View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11438_low_6 (Length: 448)

Name: NF11438_low_6
Description: NF11438
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11438_low_6
NF11438_low_6
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (20-442)||(3063424-3063846)
chr8 (30-437)||(3055450-3055857)
chr8 (34-437)||(3034588-3034991)
chr8 (30-443)||(3042624-3043037)
chr8 (56-412)||(3071138-3071491)
chr8 (24-259)||(25125231-25125466)
chr8 (81-437)||(3040441-3040794)
chr8 (153-412)||(3067593-3067852)
chr8 (244-437)||(3065767-3065957)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 415; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 442
Target Start/End: Original strand, 3063424 - 3063846
Alignment:
Q  20 acactgttcctcagtaaaaggcctttgaagcacataatctgatagaggccaatcagtgtcaatcaaaatctcaaactcatagagatcatttctcttttta 119  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3063424 acactgttcttcagtaaaaggcctttgaagcacataatctgatagaggccaatcagtgtcaatcaaaatctcaaactcatagagatcatttctcttttta 3063523  T
Q  120 cttggatcatcttctccacatccttggacgaaatctggcttgcagctgccatatggatcattaggatcaatcagtgagtactgttttggacactgacatt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3063524 cttggatcatcttctccacatccttggacgaaatctggcttgcagctgccatatggatcattaggatcaatcagtgagtactgttttggacactgacatt 3063623  T
Q  220 ttggtctcttatcatctcccaaagtgcagaagctattatatccacaaacaccactacctgcactaacagtataagtacatatattaaagggcttagacca 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3063624 ttggtctcttatcatctcccaaagtgcagaagctattatatccacaaacaccactacctgcactaacagtataagtacatatattaaagggcttagacca 3063723  T
Q  320 tactgtggtccaaccttcactcttagttgaactcttaggatgcttgtaaagtgtgaacactccatcaaaattaagagttgctctaagataaaattgtgtg 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3063724 tactgtggtccaaccttcactcttagttgaactcttaggatgcttgtaaagtgtgaacactccatcaaaattaagagttgctctaagataaaattgtgtg 3063823  T
Q  420 gtcgagacgttactctctgcttc 442  Q
    |||||||||||||||||| ||||    
T  3063824 gtcgagacgttactctcttcttc 3063846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 30 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 3055857 - 3055450
Alignment:
Q  30 tcagtaaaaggcctttgaagcacataatctgatagaggccaatcagtgtcaatcaaaatctcaaactcatagagatcatttctctttttacttggatcat 129  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||    
T  3055857 tcagtaaaaggcttttgaagcacagaatctgacataggccaatcaatgtcagtcaaagtctcaaactcatagagatcatttctgtttttacttagttcat 3055758  T
Q  130 cttctccacatccttggacgaaatctggcttgcagctgccatatggatcattaggatcaatcagtgagtactgttttggacactgacattttggtctctt 229  Q
    ||||| |||||||||| | ||| |||||||||||||| |||  |||||||| |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3055757 cttctgcacatccttgtatgaagtctggcttgcagctaccaagtggatcatcaggatcaaccagtgagtatcgttttggacactgacatgttggtctctt 3055658  T
Q  230 atcatctcccaaagtgcagaagctattatatccacaaacaccactacctgcactaacagtataagtacatatattaaagggcttagaccatactgtggtc 329  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || || || ||||| |||||||||||   || |||||||| ||| |||||    
T  3055657 atcaactcccaaagtgcagaagctattatatccacaaacaccactcccttcattagcaatataattacatatattatcaggtttagaccacactatggtc 3055558  T
Q  330 caaccttcactcttagttgaactcttaggatgcttgtaaagtgtgaacactccatcaaaattaagagttgctctaagataaaattgtgtggtcgagacgt 429  Q
    ||| | ||||||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||| ||||| |    
T  3055557 caaacatcactctcagttgaattcttgggatacttgtaaagtgtgaacactccatcaaaattaagagttgccctaacataaaattcagtggtagagactt 3055458  T
Q  430 tactctct 437  Q
    ||||||||    
T  3055457 tactctct 3055450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 34 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 3034991 - 3034588
Alignment:
Q  34 taaaaggcctttgaagcacataatctgatagaggccaatcagtgtcaatcaaaatctcaaactcatagagatcatttctctttttacttggatcatcttc 133  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||   |||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  3034991 taaaaggcttttgaagcacaaaatctgagtaaggccaatcaatgtcagtcatagtctcaaactcatagagatcatttctgtttttacttggttcatcttc 3034892  T
Q  134 tccacatccttggacgaaatctggcttgcagctgccatatggatcattaggatcaatcagtgagtactgttttggacactgacattttggtctcttatca 233  Q
    | |||||||||| | ||| |||||||||||||| ||| ||||||| | |||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3034891 tgcacatccttgtatgaagtctggcttgcagctaccaaatggatcttcaggatcaaccagcgagtatcgttttggacactgacatttcggtctcttatca 3034792  T
Q  234 tctcccaaagtgcagaagctattatatccacaaacaccactacctgcactaacagtataagtacatatattaaagggcttagaccatactgtggtccaac 333  Q
     || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||    
T  3034791 acttccaaagtgcataagctattatatccacaaacaccactacctgcactaacaatataagtacatatattatcaggcttagaccacactgtggtccaac 3034692  T
Q  334 cttcactcttagttgaactcttaggatgcttgtaaagtgtgaacactccatcaaaattaagagttgctctaagataaaattgtgtggtcgagacgttact 433  Q
    ||||||  | | ||||| |||| ||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||| ||||| |||||    
T  3034691 cttcaccatcaattgaattcttcggatgcttgtaaactgcgaacacaccatcaaaattaagagttgctctaagataataaagagtggtagagactttact 3034592  T
Q  434 ctct 437  Q
    ||||    
T  3034591 ctct 3034588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 30 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 3043037 - 3042624
Alignment:
Q  30 tcagtaaaaggcctttgaagcacataatctgatagaggccaatcagtgtcaatcaaaatctcaaactcatagagatcatttctctttttacttggatcat 129  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | || |||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||    
T  3043037 tcagtaaaaggcttttgaagcacagaatctgacatagaccaatcaacgtcaatcaaagtctcaaactcatagagatcatttctgtttttacttagttcat 3042938  T
Q  130 cttctccacatccttggacgaaatctggcttgcagctgccatatggatcattaggatcaatcagtgagtactgttttggacactgacattttggtctctt 229  Q
    ||||| |||||||||| | ||| | ||||| |||  | |||  ||||||||  | ||||| |||||||||   |||||||||||||||| |||||| |||    
T  3042937 cttctgcacatccttgcatgaagtttggctcgcaagtaccaagtggatcatcggcatcaaccagtgagtaactttttggacactgacatgttggtcactt 3042838  T
Q  230 atcatctcccaaagtgcagaagctattatatccacaaacaccactacctgcactaacagtataagtacatatattaaagggcttagaccatactgtggtc 329  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||| || ||||||    
T  3042837 atcaactcccaaagtgcagaagctattatatccacaaacaccactacctgcactgacagtataagtacatatattatcaggcttagaccacacagtggtc 3042738  T
Q  330 caaccttcactcttagttgaactcttaggatgcttgtaaagtgtgaacactccatcaaaattaagagttgctctaagataaaattgtgtggtcgagacgt 429  Q
    ||||||||||  | | ||||| |||| ||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||| ||||| |    
T  3042737 caaccttcaccatcaattgaattcttcggatgcttgtaaactgcgaacacaccatcaaaattaagagttgctctaagataataaagcgtggtagagactt 3042638  T
Q  430 tactctctgcttct 443  Q
    |||||||| |||||    
T  3042637 tactctcttcttct 3042624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 56 - 412
Target Start/End: Original strand, 3071138 - 3071491
Alignment:
Q  56 atctgatagaggccaatcagtgtcaatcaaaatctcaaactcatagagatcatttctctttttacttggatcatcttctccacatccttggacgaaatct 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| ||||| ||| |   ||||||| | ||||||||| |||||||||| | |||||||    
T  3071138 atctgatagaggccaatcagtgtcattcaaaacctgaaactcatatagatcctttgt---tttactttgttcatcttctgcacatccttgtatgaaatct 3071234  T
Q  156 ggcttgcagctgccatatggatcattaggatcaatcagtgagtactgttttggacactgacattttggtctcttatcatctcccaaagtgcagaagctat 255  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| |||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  3071235 ggcttgcagctaccatgtggatcatcaggatcaagcagtgagtaacgttttggacaccgacatgttggtctcttatcatctcccaaagtgcagatggtat 3071334  T
Q  256 tatatccacaaacaccactacctgcactaacagtataagtacatatattaaagggcttagaccatactgtggtccaaccttcactcttagttgaactctt 355  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||   |||||||||    || | |||||| ||||| ||||||  | |||| | ||||||  ||||    
T  3071335 tatatccacaaacaccactacctgaactaacaatatattgacatatatttttaggatgagaccacactgtagtccaatttccactatcagttgagttctt 3071434  T
Q  356 aggatgcttgtaaagtgtgaacactccatcaaaattaagagttgctctaagataaaa 412  Q
     ||||||||| || |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3071435 tggatgcttgaaaggtgaaaacactccatcaaaattaagagttgctctaagataaaa 3071491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 24 - 259
Target Start/End: Original strand, 25125231 - 25125466
Alignment:
Q  24 tgttcctcagtaaaaggcctttgaagcacataatctgatagaggccaatcagtgtcaatcaaaatctcaaactcatagagatcatttctctttttacttg 123  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | || |||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  25125231 tgttcttcagtaaaaggcttttgaagcacagaatctgacatagaccaatcaacggcaatcaaagtctcaaactcatagagatcatttctgtttttactta 25125330  T
Q  124 gatcatcttctccacatccttggacgaaatctggcttgcagctgccatatggatcattaggatcaatcagtgagtactgttttggacactgacattttgg 223  Q
    | |||||||||||||||||||| | ||| ||| ||| |||  | |||  ||||||||  ||||||| |||||||||   |||||||||||||||| ||||    
T  25125331 gttcatcttctccacatccttgcatgaagtcttgctcgcaagtaccaagtggatcatcgggatcaaccagtgagtaactttttggacactgacatgttgg 25125430  T
Q  224 tctcttatcatctcccaaagtgcagaagctattata 259  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25125431 tctcttatcaactcccaaagtgcagaagctattata 25125466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 81 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 3040794 - 3040441
Alignment:
Q  81 atcaaaatctcaaactcatagagatcatttctctttttacttggatcatcttctccacatccttggacgaaatctggcttgcagctgccatatggatcat 180  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||| ||| |   ||||| | | ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||  |    
T  3040794 atcaaaatctgaaactcatatagatcctttgt---tttacatagttcatcttctgcacatccttgtacgaaatctggcttgcagctaccataaggatagt 3040698  T
Q  181 taggatcaatcagtgagtactgttttggacactgacattttggtctcttatcatctcccaaagtgcagaagctattatatccacaaacaccactacctgc 280  Q
     ||||||||  ||||||||    | ||||||| || ||  ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3040697 caggatcaactagtgagtaactatctggacaccgaaatgctggtctcgtatcatctcccaaagtgcatatgctattatatccacaaacaccactaccttc 3040598  T
Q  281 actaacagtataagtacatatattaaagggcttagaccatactgtggtccaaccttcactcttagttgaactcttaggatgcttgtaaagtgtgaacact 380  Q
    | |||||  ||||  |||||||||    || | |||||| ||||| ||||||  | || | | ||||||| |||| ||||||||| ||||||  ||||||    
T  3040597 agtaacaaaataatgacatatatttcgaggatgagaccacactgtagtccaatttccaatatcagttgaattcttcggatgcttgaaaagtgaaaacact 3040498  T
Q  381 ccatcaaaattaagagttgctctaagataaaattgtgtggtcgagacgttactctct 437  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||| |  || || ||||| |||||||||    
T  3040497 ccatcaaaattaattgttgctctaagataaaaatcagttgtggagactttactctct 3040441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 153 - 412
Target Start/End: Original strand, 3067593 - 3067852
Alignment:
Q  153 tctggcttgcagctgccatatggatcattaggatcaatcagtgagtactgttttggacactgacattttggtctcttatcatctcccaaagtgcagaagc 252  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||| | |||||| | |||||||||   |||| ||||| ||| | |||| |||||||  ||||||||||||||| |||    
T  3067593 tctggcttgcagctaccaaatggatcgtcaggatccaccagtgagtaactttttcgacaccgacgtgttggcctcttattctctcccaaagtgcagtagc 3067692  T
Q  253 tattatatccacaaacaccactacctgcactaacagtataagtacatatattaaagggcttagaccatactgtggtccaaccttcactcttagttgaact 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    ||  |  ||||  |||||||||    |||| |||||| ||| | ||||||||| |||| | |||||||||    
T  3067693 tattatatccacaaacaccactacctaatttaggaaaataatgacatatattttcaggctgagaccacactatagtccaacctccactatcagttgaact 3067792  T
Q  353 cttaggatgcttgtaaagtgtgaacactccatcaaaattaagagttgctctaagataaaa 412  Q
    ||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3067793 ctttggatgcttaagaagtgtgaacactccatcaaaattaagagttgctctaagataaaa 3067852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 244 - 437
Target Start/End: Original strand, 3065767 - 3065957
Alignment:
Q  244 tgcagaagctattatatccacaaacaccactacctgcactaacagtataagtacatatattaaagggcttagaccatactgtggtccaaccttcactctt 343  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||  |||| ||  | |  || ||||| || ||| || |||||||||||||||     
T  3065767 tgcagaagctgttatatccataaacaccactacctaaactaacaatatat-tacacattatca--ggtttagatcacactatgatccaaccttcactctc 3065863  T
Q  344 agttgaactcttaggatgcttgtaaagtgtgaacactccatcaaaattaagagttgctctaagataaaattgtgtggtcgagacgttactctct 437  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | || || |||||||||    
T  3065864 agtcgaactctttggatgcttgtaaagtgtaaacaccccgtcaaaattaagagttgctctaagttaaaaatgtgtgtttgaaactttactctct 3065957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University