View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11439_low_1 (Length: 848)

Name: NF11439_low_1
Description: NF11439
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11439_low_1
NF11439_low_1
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (1-826)||(39470558-39471382)
chr5 (345-710)||(39464451-39464816)
chr5 (400-831)||(39471978-39472409)
chr5 (405-831)||(39486406-39486844)
chr5 (344-831)||(39460139-39460626)
chr5 (405-787)||(39475453-39475841)
chr5 (400-796)||(39450942-39451344)
chr5 (407-829)||(39454588-39455010)
chr5 (423-831)||(39458090-39458498)
chr5 (559-787)||(39483361-39483592)
chr5 (748-823)||(39464359-39464434)
chr5 (423-537)||(39480338-39480452)
chr5 (242-287)||(39464853-39464898)
chr5 (423-532)||(43312608-43312717)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 697; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 697; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 826
Target Start/End: Complemental strand, 39471382 - 39470558
Alignment:
Q  1 acaccacacatattattgaataataaataattccaacaagataataacaacaatctagttttacannnnnnnnnnnnnnnnnncagatagtttttacata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||                  |||||||||||||||||    
T  39471382 acaccacacatattattgaataataaataattccaacaagataataacaacaatccagttttacatttttttttcctttttt-cagatagtttttacata 39471284  T
Q  101 ttcttgtacaccacaaaaacttgcacggtccatatataaggtagtagtaaatagccttcaccatccatcaattctcccataaataatataaagacaaaca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39471283 ttcttgtacaccacaaaaacttgcacggtccatatataaggtagtagtaaatagccttcaccatccatcaattctcccataaataatataaagacaaaca 39471184  T
Q  201 tttcaatctcatgccataaagttctcatatcatgccatcccgcaaagccatgacatcactcacaaagatttcttttattatgatactaaatctctacacg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39471183 tttcaatctcatgccataaagttctcatatcatgccatcccgcaaagccatgacatcactcacaaaggtttcttttattatgatactaaatctctacacg 39471084  T
Q  301 aattcatctattcctgttcctaaagaaaggnnnnnnnnnncaggtatatcaaagaacaattcagagaaacagtaactcacactgagtaagtgtatgtctt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39471083 aattcatctattcctgttcctaaagaaaggaaaaaaaaaacaggtatatcaaagaacaattcagagaaacagtaactcacactgagtaagtgtatgtctt 39470984  T
Q  401 gtgctccaacatgaagacagtggaagtggtgtttatcccttttcccgctgtaggtcatctagtttctgccgtagagttcgccaagcttctaatcaaccat 500  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39470983 gtgctccaacatgaagaaagtggaagtggtgtttatcccttttcccgctgtaggtcatctagtttctgccttagagttcgccaagcttctaatcaaccat 39470884  T
Q  501 gataaccgcctccgaataactgtcttggtcatgaaattcccacacactacagaatctgatgtctacgctaaatccattcccatctctgattctctccatg 600  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39470883 gataaccgcctctgaataactgtcttagtcatgaaattcccacacactgcagaatctgatgtctacgctaaatccattcccatctctgattctctccatg 39470784  T
Q  601 tcatcaaccttccagaagtttctgttctcccaacctctggtccaggttcggatatgaacgctctcctcgaagctcataaagcaaacgtcaaacaagctat 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39470783 tcatcaaccttccagaagtttctgttctcccaacctctgatccaggttcggatatgaacgctctcctcgaagctcataaagcaaacgtcaaacaagctat 39470684  T
Q  701 ctccaacctcactactggagaacaacatggacccctcgccgctgtcattgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagaattttccctc 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39470683 ctccaacctcactactggagaacaacatggacccctcgccgctgtcattgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagaattttccctc 39470584  T
Q  801 cctgcatttgtgttcttcacttccgg 826  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||    
T  39470583 cctgcgtttgtgttgttcacttccgg 39470558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 345 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 39464816 - 39464451
Alignment:
Q  345 tatatcaaagaacaattcagagaaacagtaactcacactgagtaagtgtatgtcttgtgctccaacatgaagacagtggaagtggtgtttatcccttttc 444  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||  |||||| || ||||||||| ||||| |||||| ||| ||||||| ||  ||||| ||||||||||||||||    
T  39464816 tatatcaaacaacaattcagaaaaacatcaactcaaaccgagtaagtgcatgtcctgtgcttcaaaatgaagaaagcagaagtagtgtttatcccttttc 39464717  T
Q  445 ccgctgtaggtcatctagtttctgccgtagagttcgccaagcttctaatcaaccatgataaccgcctccgaataactgtcttggtcatgaaattcccaca 544  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  |||| ||||| ||| |||||||    
T  39464716 ccgctgtaggtcatctagtttctgcccttgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccgtctccgaataaccatcttagtcatcaaactcccaca 39464617  T
Q  545 cactacagaatctgatgtctacgctaaatccattcccatctctgattctctccatgtcatcaaccttccagaagtttctgttctcccaacctctggtcca 644  Q
     ||  ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| ||||    
T  39464616 aaccgcagaatccgatgtctacactaaatccattcccatatctgattctcttaatgtcatcaaccttccagaagtttctcttccccaaacctctgatcca 39464517  T
Q  645 ggttcggatatgaacgctctcctcgaagctcataaagcaaacgtcaaacaagctatctccaacctc 710  Q
    ||||| | ||||||||||||||| || ||||| ||| ||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  39464516 ggttccgctatgaacgctctccttgatgctcacaaaccaaacgtcaaacaagccgtctctaacctc 39464451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 400 - 831
Target Start/End: Original strand, 39471978 - 39472409
Alignment:
Q  400 tgtgctccaacatgaagacagtggaagtggtgtttatcccttttcccgctgtaggtcatctagtttctgccgtagagttcgccaagcttctaatcaacca 499  Q
    |||||||||| ||||||| ||  |||||||||||| |||||||||| ||||  |||||| ||||||||||  | ||||| || ||||||||||||||||     
T  39471978 tgtgctccaagatgaagaaagcagaagtggtgtttgtcccttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccg 39472077  T
Q  500 tgataaccgcctccgaataactgtcttggtcatgaaattcccacacactacagaatctgatgtctacgctaaatccattcccatctctgattctctccat 599  Q
    ||||||||| |||||||||||||| || || || |||||||||||||  |||||| | ||||||||| |||||||| |||| ||||| ||||| |||||     
T  39472078 tgataaccgtctccgaataactgttttagttatcaaattcccacacatcacagaaaccgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactccac 39472177  T
Q  600 gtcatcaaccttccagaagtttctgttctcccaacctctggtccaggttcggatatgaacgctctcctcgaagctcataaagcaaacgtcaaacaagcta 699  Q
     |||||||||||||||||  |||| ||  ||||| | | | || |||| |   |||||  || |||||||||||||| ||| |||||||||||||||       
T  39472178 atcatcaaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggtccctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagtag 39472277  T
Q  700 tctccaacctcactactggagaacaacatggacccctcgccgctgtcattgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagaattttccct 799  Q
    | || ||||||| |||  ||  | || |||||  ||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |    
T  39472278 tatctaacctcattaccagatcagaaaatggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagagttctctgt 39472377  T
Q  800 ccctgcatttgtgttcttcacttccggtgttg 831  Q
    |||| |  |||| |||||||||||||||||||    
T  39472378 ccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttg 39472409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 405 - 831
Target Start/End: Original strand, 39486406 - 39486844
Alignment:
Q  405 tccaacatgaagacagtggaagtggtgtttatcccttttcccgctgtaggtcatctagtttctgccgtagagttcgccaagcttctaatcaaccatgata 504  Q
    ||||| ||||||| ||  ||||||||| |||||||||  || | ||| ||||||||||||||  || | || || || |||||||||||||||| |||||    
T  39486406 tccaagatgaagaaagcagaagtggtgattatcccttcacctggtgttggtcatctagtttccacccttgaatttgcaaagcttctaatcaaccgtgata 39486505  T
Q  505 accgcctccgaataactgtcttggtcatgaaattcccacacactacaga-----atct-gatgtctacgctaaatccattcccatctctgattctctcca 598  Q
    |||| |||||||||||  |||||||||| |||||||||||||| |||||     || | ||||||||| | |||||| ||||||| || |||||||||||    
T  39486506 accgtctccgaataaccatcttggtcatcaaattcccacacaccacagatgacgatgtcgatgtctacacaaaatcccttcccatttccgattctctcca 39486605  T
Q  599 tgtcatcaaccttccagaagtttctgttctcccaacctctggtccaggttcggatatgaacgctctcctcgaagctcataaagcaaacgtcaaacaagct 698  Q
     ||||||||||||||||||  |||| ||| ||||| | | |  ||| |||  |  |||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  39486606 ggtcatcaaccttccagaatgttctcttcccccaaacaccgaaccacgttttgtcatgaacgctctccttgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagct 39486705  T
Q  699 atctccaacctcactact------ggagaacaacatggacccctcgccgctgtcattgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagaat 792  Q
     | |||||||||||||||      ||| ||| || ||||| ||| |||||  || ||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||    
T  39486706 gtatccaacctcactactagagaaggacaaccacctggacaccttgccgccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgattgatattgccaaagaat 39486805  T
Q  793 tttccctccctgcatttgtgttcttcacttccggtgttg 831  Q
    ||||| |||||||  |  | |||||||||||||||||||    
T  39486806 tttccatccctgcgctcatcttcttcacttccggtgttg 39486844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 344 - 831
Target Start/End: Original strand, 39460139 - 39460626
Alignment:
Q  344 gtatatcaaagaacaattcagagaaacagtaactcacactgagtaagtgtatgtcttgtgctccaacatgaagacagtggaagtggtgtttatccctttt 443  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||  ||||||| |||| || |||||||||| ||||||| ||  ||||| |||||||||||||||    
T  39460139 gtatatcaaagaacaattcaaa-aaacagtaacttaca--gagtaagggtatatcctgtgctccaagatgaagaaagcagaagttgtgtttatccctttt 39460235  T
Q  444 cccgctgtaggtcatctagtttctgccgtagagttcgccaagcttctaatcaaccatgataaccgcctccgaataactgtcttggtcatgaaattcccac 543  Q
    |||| |    | ||||||| |||  || | |||||||| |||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||     
T  39460236 cccggtccgagccatctagattccacccttgagttcgcaaagcttctaaccaaccgtgataagcgcctccgaattactgtcctagtcatgaaactcccat 39460335  T
Q  544 acactacagaatctgatgtctacgctaaatccattcccatctctgattctctccatgtcatcaaccttccagaagtttctgttctcccaacctctggtcc 643  Q
    ||||  ||||||| |||||  || |||||||  ||||||  |||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |   |  ||    
T  39460336 acacatcagaatccgatgttaacactaaatcacttcccacttctgattctctcgacatcatcaaccttccagaagtttctcttcccccaaacatcgaacc 39460435  T
Q  644 aggttcggatatgaacgctctcctcgaagctcataaagcaaacgtcaaacaagctatctccaacctc---actactggagaacaacatggacccctcgcc 740  Q
    |  |||    ||||  ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  | || || |||   |||||| ||||| |||||||| ||||| |     
T  39460436 aacttccagaatgatggctttcctcgaagctcagaaatcaaacgtcaaacaagccgtatctaatctcactactactagagaaaaacatggaaccctcaca 39460535  T
Q  741 gctgtcattgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagaattttccctccctgcatttgtgttcttcacttccggtgttg 831  Q
    ||  |  ||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||  ||||| |  |||| |||||||||||||||||||    
T  39460536 gcctttgttgttgacatgttctgcactaaaatgattgatattgccaaagaattttcagtccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttg 39460626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 405 - 787
Target Start/End: Original strand, 39475453 - 39475841
Alignment:
Q  405 tccaacatgaagacagtggaagtggtgtttatcccttttcccgctgtaggtcatctagtttctgccgtagagttcgccaagcttctaatcaaccatgata 504  Q
    ||||| ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| | |  | |||||| ||||  |  | ||||| |  |||||||||||||| | |||||    
T  39475453 tccaagatgaagaaagcagaagtggtgtttatcccttttcccggtctgagccatctaatttccacacttgagtttgtgaagcttctaatcaatcgtgata 39475552  T
Q  505 accgcctccgaataactgtcttggtcatgaaattcccacacactacagaatctgatgtctacgctaaatccattcccatctctgattctctccatgtcat 604  Q
    |||| |||||| ||||||| || || || |||||||||||||  ||||||  ||||||| || |||||||| |||| ||||| || |||||| |  ||||    
T  39475553 accgtctccgagtaactgttttagttatcaaattcccacacataacagaaaatgatgtcaacactaaatcccttcctatctcagaatctctcaacatcat 39475652  T
Q  605 caaccttccagaagtttctgttctcccaacctctggtccaggttcggat---atgaacgctctcctcgaagctcataaagcaaacgtcaaacaagctatc 701  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||| | | | ||||||||    |   ||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| ||    
T  39475653 caaccttccagaagtttctcttcccccaaacaccgatccaggtttctcttccatgacagctctcctcgaagctcagaaaccaaacgtaaaacaagctgtc 39475752  T
Q  702 tccaacctcactactggaga---acaacatggacccctcgccgctgtcattgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaa 787  Q
    ||||||||||||||| ||||   ||||||||||| |||||||||  || ||||||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||    
T  39475753 tccaacctcactactagagaaggacaacatggacacctcgccgccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgatcaatgttgccaa 39475841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 400 - 796
Target Start/End: Original strand, 39450942 - 39451344
Alignment:
Q  400 tgtgctccaacatgaagacagtggaagtggtgtttatcccttttcccgctgtaggtcatctagtttctgccgtagagttcgccaagcttctaatcaacca 499  Q
    |||||| ||| ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| | |||  | |||||||||||  || | || ||||| |||||||||||||| |     
T  39450942 tgtgcttcaagatgaagaaagcagaagtggtgtttatcccttttcctggtgtgagccatctagtttccacccttgaattcgcgaagcttctaatcaatcg 39451041  T
Q  500 tgataaccgcctccgaataactgtcttggtcatgaaattcccacacactacagaatctgatgtctacgctaaatccattcccatctctgattctctccat 599  Q
    ||||||||| |||||| ||||||| || || || ||||||||||| |   |||||  ||||||| || |||||||| |||| ||||| ||||||||| |     
T  39451042 tgataaccgtctccgagtaactgttttagttatcaaattcccacatatatcagaaaatgatgtcaacactaaatcccttcctatctcagattctctcaac 39451141  T
Q  600 gtcatcaaccttccagaagtttctgttctcccaacctctggtccaggttcggat---atgaacgctctcctcgaagctcataaagcaaacgtcaaacaag 696  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||  |||| | |   ||||||||  | |   |||   ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||    
T  39451142 atcatcaaccttccagaagtttctcttcctccaaacaccaatccaggtttcgcttccatgcctgctctcctcgaagctcagaaaccaaatgtcaaacaag 39451241  T
Q  697 ctatctccaacctcactact---ggagaacaacatggacccctcgccgctgtcattgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagaatt 793  Q
    |  | || ||||||||||||   |||| | || |||||  ||||||| |  || ||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||    
T  39451242 ccgtttctaacctcactactggaggaggagaaaatggagtcctcgccaccatcgttgttgacatgttctgcaccaccatgattgatattgccaaagaatt 39451341  T
Q  794 ttc 796  Q
    |||    
T  39451342 ttc 39451344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 407 - 829
Target Start/End: Original strand, 39454588 - 39455010
Alignment:
Q  407 caacatgaagacagtggaagtggtgtttatcccttttcccgctgtaggtcatctagtttctgccgtagagttcgccaagcttctaatcaaccatgataac 506  Q
    ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| ||| | ||| || ||| |||||||  || | |||||||| || ||||||||||||| |||||||    
T  39454588 caacatgaagaaagcagaagtggtgtttatcccttctcctggtgttggccatttagtttccacccttgagttcgcgaaacttctaatcaaccgtgataac 39454687  T
Q  507 cgcctccgaataactgtcttggtcatgaaattcccacacactacagaatctgatgtctacgctaaatccattcccatctctgattctctccatgtcatca 606  Q
    || |||||||||||||| || ||| | ||||| |||||| | || ||| ||||||| |||  ||||||  |||| ||||| |||||  |||   ||||||    
T  39454688 cgtctccgaataactgttttagtcctcaaatttccacacgccactgaaactgatgtatacagtaaatctcttccaatctccgattcaatccgcatcatca 39454787  T
Q  607 accttccagaagtttctgttctcccaacctctggtccaggttcggatatgaacgctctcctcgaagctcataaagcaaacgtcaaacaagctatctccaa 706  Q
    |||||||||||   ||| ||| ||||| | ||  ||||| |||    |||  ||||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||  | || ||    
T  39454788 accttccagaatgctctcttcccccaaacactaatccagtttcctccatgtccgctcaccttgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagccgtatctaa 39454887  T
Q  707 cctcactactggagaacaacatggacccctcgccgctgtcattgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagaattttccctccctgca 806  Q
    ||||| |||||| |||  |  ||||  |||||| ||| || |||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||| || ||| ||||| ||    
T  39454888 cctcattactggtgaagcaagtggagtcctcgcagctttcgttgttgacatgtcctgcacagccatgattgatgttgccaaagagttctccatccctaca 39454987  T
Q  807 tttgtgttcttcacttccggtgt 829  Q
     | || |||||||||||| ||||    
T  39454988 ctcgtcttcttcacttccagtgt 39455010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 423 - 831
Target Start/End: Complemental strand, 39458498 - 39458090
Alignment:
Q  423 gaagtggtgtttatcccttttcccgctgtaggtcatctagtttctgccgtagagttcgccaagcttctaatcaaccatgataaccgcctccgaataactg 522  Q
    ||||||||| ||||| |||  || | ||| ||||||||||||||  || | || || || |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||     
T  39458498 gaagtggtgattatctcttcacctggtgttggtcatctagtttccaccctcgaatttgcaaagcttctaatcaaccgtgataaccgtctccgaataacta 39458399  T
Q  523 tcttggtcatgaaattcccacacactacagaatctgatgtctacgctaaatccattcccatctctgattctctccatgtcatcaaccttccagaagtttc 622  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||   ||||||||| |||||||| || |||||   ||||||||  |  |  || |||||||||||  |||    
T  39458398 tcttggtcatgaaatttccacacacaacagaaatagatgtctacactaaatcccttgccatcgacgattctcttaacattgtcgaccttccagaatgttc 39458299  T
Q  623 tgttctcccaacctctggtccaggttcggatatgaacgctctcctcgaagctcataaagcaaacgtcaaacaagctatctccaacctcactactggagaa 722  Q
    | ||| ||||| |||   |  |  ||| |  |||   | ||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||  |||||||||||||||  | |  |    
T  39458298 tcttcccccaaactccaatataacttccggcatggtggatctcctcaaagctcagaaaccaaacgtcaaaaaagccgtctccaacctcactaaagcacca 39458199  T
Q  723 caacatggacccctcgccgctgtcattgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagaattttccctccctgcatttgtgttcttcactt 822  Q
     || |||||  ||| || ||  |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  |||||||||||  ||||| |  | || ||||||||||    
T  39458198 gaaaatggagtcctagctgcattcattgttgacatgttctgcaccaccatgattgatgttgtaaaagaattttctgtccctacgctcgtcttcttcactt 39458099  T
Q  823 ccggtgttg 831  Q
    |||||||||    
T  39458098 ccggtgttg 39458090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 559 - 787
Target Start/End: Original strand, 39483361 - 39483592
Alignment:
Q  559 atgtctacgctaaatccattcccatctctgattctctccatgtcatcaaccttccagaagtttctgttctcccaacctctggtccaggttcggatatgaa 658  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||  |||| |||||||||||||||  || | ||| ||||| ||  | || || ||| |  || ||    
T  39483361 atgtctaccctaaatcccttcccatctttgattttcttaatgtaatcaaccttccagaatgttatcttcccccaaacttcgatctagtttctgccatcaa 39483460  T
Q  659 cgctctcctcgaagctcataaagcaaacgtcaaacaagctatctccaacctcactactggagaa---caacatggacccctcgccgctgtcattgttgac 755  Q
    ||||||||| |||||||| ||| ||||| | | ||||||| ||||||||||||||||| |||||   |||||||||| |||| ||||  || ||||||||    
T  39483461 cgctctccttgaagctcagaaaccaaacataatacaagctgtctccaacctcactactagagaaggacaacatggacacctctccgccttcgttgttgac 39483560  T
Q  756 atgttctgcacaaacatgattgatgttgccaa 787  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  39483561 atgttctgcaccaccatgattgatgttgccaa 39483592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 748 - 823
Target Start/End: Complemental strand, 39464434 - 39464359
Alignment:
Q  748 ttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagaattttccctccctgcatttgtgttcttcacttc 823  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  39464434 ttgttgacatgttctgcaccaacatgattgatgttgccaaggaattttccgtccctgcgtttgtgttcttcacttc 39464359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 423 - 537
Target Start/End: Original strand, 39480338 - 39480452
Alignment:
Q  423 gaagtggtgtttatcccttttcccgctgtaggtcatctagtttctgccgtagagttcgccaagcttctaatcaaccatgataaccgcctccgaataactg 522  Q
    ||||||||| |||||||||  || | ||| ||||||||||||||  || | || ||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  39480338 gaagtggtgattatcccttcacctggtgttggtcatctagtttccacccttgaattcgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccgtctccgaataactg 39480437  T
Q  523 tcttggtcatgaaat 537  Q
    | |||||||||||||    
T  39480438 ttttggtcatgaaat 39480452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 242 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 39464898 - 39464853
Alignment:
Q  242 gcaaagccatgacatcactcacaaagatttcttttattatgatact 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  39464898 gcaaagccatgacatcactcacaaagattcctcttattatgatact 39464853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 423 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 43312717 - 43312608
Alignment:
Q  423 gaagtggtgtttatcccttttcccgctgtaggtcatctagtttctgccgtagagttcgccaagcttctaatcaaccatgataaccgcctccgaataactg 522  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | ||| || ||| |||| ||  || | ||||| || |||||||| ||||||| ||||||||| |||||  |||| |    
T  43312717 gaagtggtgtttatcccttctccaggtgtgggacatttagtatccacccttgagtttgctaagcttctcatcaaccgtgataaccgtctccgtgtaaccg 43312618  T
Q  523 tcttggtcat 532  Q
    ||||||||||    
T  43312617 tcttggtcat 43312608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University