View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11439_low_3 (Length: 708)

Name: NF11439_low_3
Description: NF11439
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11439_low_3
NF11439_low_3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-694)||(46266103-46266796)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 653; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 653; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 46266796 - 46266103
Alignment:
Q  1 ccgctccgctggtgattcatttcagatagttctgtgatttttggatcacagatatgaccaacacaaatgccgaattgtctcaggttaattataacatctt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46266796 ccgctccgctggtgaatcatttcagatagttctgtgatttttggatcacagatatgaccaacacaaatgccgaattgtctcaggttaattataacatctt 46266697  T
Q  101 tttatttattattcactttcataacttacttttcatgcacataatctattggttgtaaaaatagtacatcatatacatattatggtacatacatgagttt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46266696 tttatttattattcactttcataacttacttttcatgcacataatctattggttgtaaaaatagtacatcatatacatattatggtacatacatgagttt 46266597  T
Q  201 ttatttgataattgaagaacgaggatggtgcttctgtctgtagttattatcaatgaggggaagagtcacgtggttattatatatgctatgtaacactgac 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  46266596 ttatttgataattgaagaacgaggatggtgcttctgtctgtagttattattaatgaggggaagagtcacgtggttattatatattctatgtaacactgac 46266497  T
Q  301 atctcagattgaaggtgtgtccggtgtctgacacatgttagtgtcggccaatgtgattatctataacaatgtgtcaatgacgtgtttgatgtccatgcat 400  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46266496 atctcaaattgaaggtgtgtccggtgtctgacacatgttagtgtcggccaatgtgattatctataacaatgtgtcaatgacgtgtttgatgtccatgcat 46266397  T
Q  401 gtgtaagtgcttcatatgttatgtgtctattttgcagggaaataatggtggtccccctcctaatccccaatctggaccaccagagcatcagaattctcgt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46266396 gtgtaagtgcttcatatgttatgtgtctattttgcagggaaataatggtggtccccctcctaatccccaatctggaccaccagagcatcagaattctcgt 46266297  T
Q  501 ggttccaacaacaatgcggtaattcttttcctttgattccaaacatgaaaatttctgtaaatttggatcaatgtgccattatcatcaccaattccatatt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46266296 ggttccaacaacaatgcggtaattcttttcctttgattccaaacatgaaaatttctgtaaatttggatcaatgtgccattatcatcaccaattccatatt 46266197  T
Q  601 ggcaattgttctcaannnnnnnattttatcactctgcttaaatcatgtgatacaagcgtgcaaattgtaaagaaaagtcttcactgttaaattt 694  Q
    |||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46266196 ggcaattgttctcaatttttttattttatcactctgcttaaatcatgtaatacaagcgtgcaaattgtaaagaaaagtcttcactgttaaattt 46266103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University