View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11440_low_4 (Length: 398)

Name: NF11440_low_4
Description: NF11440
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11440_low_4
NF11440_low_4
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (1-398)||(46344512-46344909)
chr1 (1-398)||(46462615-46463012)
chr1 (1-346)||(46451699-46452044)
chr1 (1-338)||(46466097-46466434)
chr1 (1-338)||(46471302-46471639)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 390; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 398
Target Start/End: Original strand, 46344512 - 46344909
Alignment:
Q  1 tacccttaacatactctgtaaaagccaaagcaatcaaacccaacatagcaattcttccattccatagttctgcatctgaagacataacaccttttgactt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46344512 tacccttaacatactctgtaaaggccaaagcaatcaaacccaacatagcaattcttccattccatagttctgcatctgaagacataacaccttttgactt 46344611  T
Q  101 ggactcaacactaacaccttggaaaaatggaatcaaagaagcaagtgacaacaacacacttgtccccaagaaccatggaattccaccaccagatatttga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46344612 ggactcaacactaacaccttggaaaaatggaatcaaagaagcaagtgacaacaacacacttgtccccaagaaccatggaattccaccaccagatatttga 46344711  T
Q  201 tcaaacaaaccctgtccatttgctatttccacccccattgctgctacaaaaccaatcatagccaaccttccattgattctttcaggtgctggcccaccaa 300  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46344712 tcaaacaaaccctgtccttttgctatttccacccccattgctgctacaaaaccaatcatagccaaccttccattgattctttcaggtgctggcccaccaa 46344811  T
Q  301 aagccatcaaatccgaaaactttgtgctcatctgccatattttcattattaaaattaataaaagggcctaataaattttaaacaaaattagcactttg 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46344812 aagccatcaaatccgaaaactttgtgctcatctgccatattttcattattaaaattaataaaagggcctaataaattttaaacaaaattagcactttg 46344909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 46463012 - 46462615
Alignment:
Q  1 tacccttaacatactctgtaaaagccaaagcaatcaaacccaacatagcaattcttccattccatagttctgcatctgaagacataacaccttttgactt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46463012 tacccttaacatactctgtaaaggccaaagcaatcaaacccaacatagcaattcttccattccatagttctgcatctgaagacataacaccttttgactt 46462913  T
Q  101 ggactcaacactaacaccttggaaaaatggaatcaaagaagcaagtgacaacaacacacttgtccccaagaaccatggaattccaccaccagatatttga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46462912 ggactcaacactaacaccttggaaaaatggaatcaaagaagcaagtgacaacaacacacttgtccccaagaaccatggaattccaccaccagatatttga 46462813  T
Q  201 tcaaacaaaccctgtccatttgctatttccacccccattgctgctacaaaaccaatcatagccaaccttccattgattctttcaggtgctggcccaccaa 300  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46462812 tcaaacaaaccctgtccttttgctatttccacccccattgctgctacaaaaccaatcatagccaaccttccattgattctttcaggtgctggcccaccaa 46462713  T
Q  301 aagccatcaaatccgaaaactttgtgctcatctgccatattttcattattaaaattaataaaagggcctaataaattttaaacaaaattagcactttg 398  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46462712 aagccatcaaatccgaaaattttgtgctcatctgccatattttcattattaaaattaataaaagggcctaataaattttaaacaaaattagcactttg 46462615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 46452044 - 46451699
Alignment:
Q  1 tacccttaacatactctgtaaaagccaaagcaatcaaacccaacatagcaattcttccattccatagttctgcatctgaagacataacaccttttgactt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46452044 tacccttaacatactctgtaaaagccaaagcaatcaaacccaacatagcaattcttccattccatagttctgcatctgaagacataacaccttttgactt 46451945  T
Q  101 ggactcaacactaacaccttggaaaaatggaatcaaagaagcaagtgacaacaacacacttgtccccaagaaccatggaattccaccaccagatatttga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46451944 ggactcaacactaacaccttggaaaaatggaatcaaagaagcaagtgacaacaacacacttgtccccaagaaccatggaattccaccaccagatatttga 46451845  T
Q  201 tcaaacaaaccctgtccatttgctatttccacccccattgctgctacaaaaccaatcatagccaaccttccattgattctttcaggtgctggcccaccaa 300  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46451844 tcaaacaaaccctgtccttttgctatttccacccccattgctgctacaaaaccaatcatagccaaccttccattgattctttcaggtgctggcccaccaa 46451745  T
Q  301 aagccatcaaatccgaaaactttgtgctcatctgccatattttcat 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  46451744 aagccatcaaatccgaaaactttgtgctcatctgccatattatcat 46451699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 46466434 - 46466097
Alignment:
Q  1 tacccttaacatactctgtaaaagccaaagcaatcaaacccaacatagcaattcttccattccatagttctgcatctgaagacataacaccttttgactt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| ||||| | ||||||||||||    
T  46466434 tacccttaacatattctgtaacagccagagcaatcaaacccaacatagcaattcttccattccaaagctctgcatttgaggacatgataccttttgactt 46466335  T
Q  101 ggactcaacactaacaccttggaaaaatggaatcaaagaagcaagtgacaacaacacacttgtccccaagaaccatggaattccaccaccagatatttga 200  Q
     |||||||||||||||||||  || ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  46466334 agactcaacactaacaccttcaaataatggaaccaaagaagcaactgtcaacaacacacttgtatacaagaaccatgggattccaccaccagatatttga 46466235  T
Q  201 tcaaacaaaccctgtccatttgctatttccacccccattgctgctacaaaaccaatcatagccaaccttccattgattctttcaggtgctggcccaccaa 300  Q
    || ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  46466234 tcgaacaaaccctgcccttttgctaattccacccccattgcagatacaaaaccaatcatagccaaccttccattgattctttcaggtgctgccccaccaa 46466135  T
Q  301 aagccatcaaatccgaaaactttgtgctcatctgccat 338  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  46466134 aagccatcaaatccgaaaactttgtgcttatctgccat 46466097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 46471639 - 46471302
Alignment:
Q  1 tacccttaacatactctgtaaaagccaaagcaatcaaacccaacatagcaattcttccattccatagttctgcatctgaagacataacaccttttgactt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| ||||| | ||||||||||||    
T  46471639 tacccttaacatattctgtaacagccagagcaatcaaacccaacatagcaattcttccattccaaagctctgcatttgaggacatgataccttttgactt 46471540  T
Q  101 ggactcaacactaacaccttggaaaaatggaatcaaagaagcaagtgacaacaacacacttgtccccaagaaccatggaattccaccaccagatatttga 200  Q
     |||||||||||||||||||  || ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  46471539 agactcaacactaacaccttcaaataatggaaccaaagaagcaactgtcaacaacacacttgtatacaagaaccatgggattccaccaccagatatttga 46471440  T
Q  201 tcaaacaaaccctgtccatttgctatttccacccccattgctgctacaaaaccaatcatagccaaccttccattgattctttcaggtgctggcccaccaa 300  Q
    || ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  46471439 tcgaacaaaccctgcccttttgctaattccacccccattgcagatacaaaaccaatcatagccaaccttccattgattctttcaggtgctgccccaccaa 46471340  T
Q  301 aagccatcaaatccgaaaactttgtgctcatctgccat 338  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  46471339 aagccatcaaatccgaaaactttgtgcttatctgccat 46471302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University