View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11447_low_17 (Length: 357)

Name: NF11447_low_17
Description: NF11447
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11447_low_17
NF11447_low_17
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (1-317)||(35366846-35367165)
chr5 (21-317)||(35410679-35410978)
chr5 (14-317)||(35386011-35386317)
chr5 (20-317)||(35754819-35755119)
chr5 (18-315)||(35376409-35376715)
chr5 (18-301)||(35423668-35423960)
chr5 (18-135)||(35370249-35370370)
chr5 (59-133)||(35437060-35437134)
chr5 (255-302)||(35437256-35437303)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-317)||(10420459-10420778)
chr1 (18-317)||(10415572-10415874)
chr1 (12-146)||(10410052-10410189)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (20-317)||(30663027-30663327)
chr2 (20-317)||(30671707-30672007)
chr2 (20-317)||(30626076-30626376)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (2-317)||(29623013-29623331)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (62-317)||(1153796-1154051)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (12-178)||(13564627-13564796)
chr8 (210-289)||(13564816-13564895)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 35366846 - 35367165
Alignment:
Q  1 agcagaatgtgaagctctaggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagatcctaacttgt---tcaagcattgattataagggtgaagagttcaaggct 97  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35366846 agcagaatgtgaagctctaggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagcattgattataagggtgaagagttcaaggct 35366945  T
Q  98 attgtttttgagttcatgcctaagggaagtctagaaaagcttctgcatgataacgaagggtctggaaatcataatctcagcctcagacacagagttgaca 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35366946 attgtttttgagttcatgcctaagggaagtctagaaaagcttctgcatgataacgaagggtctggaaatcataatctcagcctcagacacagagttgaca 35367045  T
Q  198 ttgctcttgatgtagctcatgcactcgattatcttcacaatggtacagagaaatccatagttcactgtgatattaagccgagcaacgttcttctggacga 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35367046 ttgctcttgatgtagctcatgcactcgattatcttcacaatggtacagagaaatccatagttcactgtgatattaagccgagcaacgttcttctggacga 35367145  T
Q  298 tgacactgtagcccacttgg 317  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  35367146 tgacactgtagcccacttgg 35367165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 21 - 317
Target Start/End: Original strand, 35410679 - 35410978
Alignment:
Q  21 gaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagatcctaac---ttgttcaagcattgattataagggtgaagagttcaaggctattgtttttgagttcatgcc 117  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||   |||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35410679 gaaagatgaggcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacgtgttgttcaagtgttgattataatggtgaagagttcaaggctattgtttttgagttaatgcc 35410778  T
Q  118 taagggaagtctagaaaagcttctgcatgataacgaagggtctggaaatcataatctcagcctcagacacagagttgacattgctcttgatgtagctcat 217  Q
    ||| || | |||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| ||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  35410779 taatgggaatctagaaaagtttttgcatgataacgaagggtctgaaaatcataatctcaacctcacacaaaggttagacattgctcttgatgtagctcat 35410878  T
Q  218 gcactcgattatcttcacaatggtacagagaaatccatagttcactgtgatattaagccgagcaacgttcttctggacgatgacactgtagcccacttgg 317  Q
    ||||| ||||||||||||||||  |||||| || |  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  35410879 gcacttgattatcttcacaatgagacagagcaagctgtagttcactgtgatcttaagccgagcaacgttcttcttgacgatgactttgtagcccacttgg 35410978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 14 - 317
Target Start/End: Original strand, 35386011 - 35386317
Alignment:
Q  14 gctctaggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagatcctaac---ttgttcaagcattgattataagggtgaagagttcaaggctattgtttttgagt 110  Q
    ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||   |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35386011 gctctgggaaagatgaagcaccagaatcttgtcaaggtcctaacctgttgttcaagtgttgattataagggtgaagatttcaaggctattgtttttgagt 35386110  T
Q  111 tcatgcctaagggaagtctagaaaagcttctgcatgataacgaagggtctggaaatcataatctcagcctcagacacagagttgacattgctcttgatgt 210  Q
    ||||| | || |  ||||| |||||| || ||||  |||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| | | ||  | |||||||||||||||||    
T  35386111 tcatgtcaaatgagagtcttgaaaagtttttgcacaataatgaagggtctgaaaatcataatctcaacctcacataaaggttagacattgctcttgatgt 35386210  T
Q  211 agctcatgcactcgattatcttcacaatggtacagagaaatccatagttcactgtgatattaagccgagcaacgttcttctggacgatgacactgtagcc 310  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| || || |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||  |||||||    
T  35386211 agctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatcttaagccaagcaacgttcttcttgacgatgactttgtagcc 35386310  T
Q  311 cacttgg 317  Q
    |||||||    
T  35386311 cacttgg 35386317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 20 - 317
Target Start/End: Original strand, 35754819 - 35755119
Alignment:
Q  20 ggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagatcctaacttgtt---caagcattgattataagggtgaagagttcaaggctattgtttttgagttcatgc 116  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||   ||||  |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||     
T  35754819 ggaaagatgaagcaccggaatcttgtcaagattttaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaagctattgtttttgagttcatgt 35754918  T
Q  117 ctaagggaagtctagaaaagcttctgcatgataacgaagggtctggaaatcataatctcagcctcagacacagagttgacattgctcttgatgtagctca 216  Q
    | || || ||||| |||||| |  |||| ||||| |||||||| ||||||  |||||||| ||||| ||| ||  | |||||||||||||||||||||||    
T  35754919 caaatgggagtcttgaaaagttgttgcacgataatgaagggtcaggaaattttaatctcaacctcacacaaaggttagacattgctcttgatgtagctca 35755018  T
Q  217 tgcactcgattatcttcacaatggtacagagaaatccatagttcactgtgatattaagccgagcaacgttcttctggacgatgacactgtagcccacttg 316  Q
    |||| | |||||||||||||||| ||||||  ||  | |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| | |||||||||||||    
T  35755019 tgcattggattatcttcacaatgatacagaacaagtcgtagttcactgtgatattaagccaagcaatgttcttcttgatgatgaaattgtagcccacttg 35755118  T
Q  317 g 317  Q
    |    
T  35755119 g 35755119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 315
Target Start/End: Original strand, 35376409 - 35376715
Alignment:
Q  18 taggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagatcctaacttgtt---caagcattgattataagggtgaagagttcaaggctattgtttttgagttcat 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||   ||||  |||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  35376409 taggaaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagattttaaggccattgtttttgagttcat 35376508  T
Q  115 gcctaagggaagtctagaaaagcttctgcatgataacgaa------gggtctggaaatcataatctcagcctcagacacagagttgacattgctcttgat 208  Q
    |||||  || | ||| ||||| ||  |||||| |||||||      | |||| ||||||  |||||||   ||| ||| ||  | ||||||||||| ||     
T  35376509 gcctagtgggaatctggaaaacctgttgcatggtaacgaagatcatgagtctagaaatctgaatctcaatttcacacaaaggttagacattgctctcgac 35376608  T
Q  209 gtagctcatgcactcgattatcttcacaatggtacagagaaatccatagttcactgtgatattaagccgagcaacgttcttctggacgatgacactgtag 308  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||    ||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||| || ||||||  ||| |    
T  35376609 gtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatgttaagccaagcaatgttcttcttgatgatgacggtgtgg 35376708  T
Q  309 cccactt 315  Q
    |||||||    
T  35376709 cccactt 35376715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 301
Target Start/End: Original strand, 35423668 - 35423960
Alignment:
Q  18 taggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagatcctaacttg---ttcaagcattgattataagggtgaagagttcaaggctattgtttttgagttcat 114  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||   ||||||  |||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  35423668 taggaaagatgaagcaccgtaatcttgtgaaaatcctaacttgctgttcaagtgttgattataatggtgaagattttaaggccattgtttttgagttcat 35423767  T
Q  115 gcctaagggaagtctagaaaagcttctgcatgataacgaa------gggtctggaaatcataatctcagcctcagacacagagttgacattgctcttgat 208  Q
    |||||  || | ||||||||| ||  |||||| |||||||      | |||| ||||||  |||||||   ||| ||| ||  | ||||||||||| ||     
T  35423768 gcctagtgggaatctagaaaacctgttgcatggtaacgaagatcatgagtctagaaatctgaatctcaatttcacacaaaggttagacattgctctcgac 35423867  T
Q  209 gtagctcatgcactcgattatcttcacaatggtacagagaaatccatagttcactgtgatattaagccgagcaacgttcttctggacgatgac 301  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||    ||||||| |||||| |||| || ||||| |||||||| || ||||||    
T  35423868 gtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgac 35423960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 135
Target Start/End: Original strand, 35370249 - 35370370
Alignment:
Q  18 taggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagatcctaac---ttgttcaagcattgattataagggtgaagagtt-caaggctattgtttttgagttca 113  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||   ||| |||||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35370249 taggaaagatgaggcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacgtgttgctcaagtgttgattataatggtgaagagttccaaggctattgtttttgagttca 35370348  T
Q  114 tgcctaagggaagtctagaaaa 135  Q
    |||| || || ||| |||||||    
T  35370349 tgcccaatgggagtttagaaaa 35370370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 59 - 133
Target Start/End: Original strand, 35437060 - 35437134
Alignment:
Q  59 tgttcaagcattgattataagggtgaagagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagggaagtctagaa 133  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||||    
T  35437060 tgttcaagtattgattataatggtgaagttttcaaggctatagtttttgaattcatgcctatggggagtctagaa 35437134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 255 - 302
Target Start/End: Original strand, 35437256 - 35437303
Alignment:
Q  255 tagttcactgtgatattaagccgagcaacgttcttctggacgatgaca 302  Q
    |||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||    
T  35437256 tagttcactgtgatattaagccaagtaatgttcttctcgacgatgaca 35437303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 238; Significance: 1e-132; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 10420778 - 10420459
Alignment:
Q  1 agcagaatgtgaagctctaggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagatcctaacttgtt---caagcattgattataagggtgaagagttcaaggct 97  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10420778 agcagaacgcgaagctctaggaaagatgaaacaccgaaaccttgtcaagatcctaacttgttgttcaagcgttgattataagggtgaagagttcaaggct 10420679  T
Q  98 attgtttttgagttcatgcctaagggaagtctagaaaagcttctgcatgataacgaagggtctggaaatcataatctcagcctcagacacagagttgaca 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  10420678 attgtttttgagttcatgcctaaggggagtctagaaaagcttctgcacgataaagaagggtctggaattcataatctcagcctcagacaaagggttgaca 10420579  T
Q  198 ttgctcttgatgtagctcatgcactcgattatcttcacaatggtacagagaaatccatagttcactgtgatattaagccgagcaacgttcttctggacga 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10420578 ttgctcttgatgtagctcatgcacttaattatcttcacaatggtacagagcaagccatagttcactgtgatattaagccgagcaacgttcttctggacga 10420479  T
Q  298 tgacactgtagcccacttgg 317  Q
    ||||| |||||| |||||||    
T  10420478 tgacattgtagctcacttgg 10420459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 18 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 10415874 - 10415572
Alignment:
Q  18 taggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagatcctaacttgtt---caagcattgattataagggtgaagagttcaaggctattgtttttgagttcat 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||   ||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10415874 taggaaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcat 10415775  T
Q  115 gcctaagggaagtctagaaaagcttctgcatgataacgaagggtctggaaatcataatctcagcctcagacacagagttgacattgctcttgatgtagct 214  Q
    ||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||| ||  | ||||| ||||||||| |||||    
T  10415774 gcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcagcctggcacaaaggttagacatcgctcttgatctagct 10415675  T
Q  215 catgcactcgattatcttcacaatggtacagagaaatccatagttcactgtgatattaagccgagcaacgttcttctggacgatgacactgtagcccact 314  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||| || || |||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  10415674 catgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcaagcaacgttcttcttgacgatgacgttgtagcccact 10415575  T
Q  315 tgg 317  Q
    |||    
T  10415574 tgg 10415572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 12 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 10410189 - 10410052
Alignment:
Q  12 aagctctaggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagatcctaacttgtt---caagcattgattataagggtgaagagttcaaggctattgtttttga 108  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||   ||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10410189 aagctctgggaaacatgaagcaccggaatcttgttaagatcctaacttgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttga 10410090  T
Q  109 gttcatgcctaagggaagtctagaaaagcttctgcatg 146  Q
    |||||||||||| || ||| | ||||| ||| ||||||    
T  10410089 gttcatgcctaatgggagtttggaaaaccttttgcatg 10410052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 167; Significance: 2e-89; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 20 - 317
Target Start/End: Original strand, 30663027 - 30663327
Alignment:
Q  20 ggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagatcctaac---ttgttcaagcattgattataagggtgaagagttcaaggctattgtttttgagttcatgc 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||   |||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30663027 ggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagcgtagattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgc 30663126  T
Q  117 ctaagggaagtctagaaaagcttctgcatgataacgaagggtctggaaatcataatctcagcctcagacacagagttgacattgctcttgatgtagctca 216  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  30663127 ctaaggggagtctagaaaagcttctgcacgataacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctca 30663226  T
Q  217 tgcactcgattatcttcacaatggtacagagaaatccatagttcactgtgatattaagccgagcaacgttcttctggacgatgacactgtagcccacttg 316  Q
    |||| | |||||||||||||||||||| |||||     |||||||||||||| | || || | ||| |||||||| || |||||||  ||||||||||||    
T  30663227 tgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttg 30663326  T
Q  317 g 317  Q
    |    
T  30663327 g 30663327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 20 - 317
Target Start/End: Original strand, 30671707 - 30672007
Alignment:
Q  20 ggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagatcctaac---ttgttcaagcattgattataagggtgaagagttcaaggctattgtttttgagttcatgc 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||   |||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30671707 ggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagcgtagattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgc 30671806  T
Q  117 ctaagggaagtctagaaaagcttctgcatgataacgaagggtctggaaatcataatctcagcctcagacacagagttgacattgctcttgatgtagctca 216  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  30671807 ctaaggggagtctagaaaagcttctgcacgataacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctca 30671906  T
Q  217 tgcactcgattatcttcacaatggtacagagaaatccatagttcactgtgatattaagccgagcaacgttcttctggacgatgacactgtagcccacttg 316  Q
    |||| | |||||||||||||||||||| |||||     |||||||||||||| | || || | ||| |||||||| || |||||||  ||||||||||||    
T  30671907 tgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttg 30672006  T
Q  317 g 317  Q
    |    
T  30672007 g 30672007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 20 - 317
Target Start/End: Original strand, 30626076 - 30626376
Alignment:
Q  20 ggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagatcctaac---ttgttcaagcattgattataagggtgaagagttcaaggctattgtttttgagttcatgc 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||   ||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30626076 ggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagaatagattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgc 30626175  T
Q  117 ctaagggaagtctagaaaagcttctgcatgataacgaagggtctggaaatcataatctcagcctcagacacagagttgacattgctcttgatgtagctca 216  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  30626176 ctaaggggagtctagaaaagcttctgcacgataacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctca 30626275  T
Q  217 tgcactcgattatcttcacaatggtacagagaaatccatagttcactgtgatattaagccgagcaacgttcttctggacgatgacactgtagcccacttg 316  Q
    |||| | |||||||||||||||||||| |||||     ||||||| |||||| | || || | ||| |||||||| || |||||||  ||||||||||||    
T  30626276 tgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcaatgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttg 30626375  T
Q  317 g 317  Q
    |    
T  30626376 g 30626376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 141; Significance: 7e-74; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 2 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 29623331 - 29623013
Alignment:
Q  2 gcagaatgtgaagctctaggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagatcctaacttgtt---caagcattgattataagggtgaagagttcaaggcta 98  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  29623331 gcagaatgtaaatctctaggaaagatgaaacaccggaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggcta 29623232  T
Q  99 ttgtttttgagttcatgcctaagggaagtctagaaaagcttctgcatgataacgaagggtctggaaatcataatctcagcctcagacacagagttgacat 198  Q
    ||||||||||||||||||||||    |||||||||||| |  |||| ||||| ||||| |||||||  |||||||||| ||||| ||| ||  | |||||    
T  29623231 ttgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaaggatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacat 29623132  T
Q  199 tgctcttgatgtagctcatgcactcgattatcttcacaatggtacagagaaatccatagttcactgtgatattaagccgagcaacgttcttctggacgat 298  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| || |||  || |  |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| || |||    
T  29623131 tgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtagttcactgtgatgttaagccaagcaatgttcttcttgatgat 29623032  T
Q  299 gacactgtagcccacttgg 317  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  29623031 gacattgtagcccacttgg 29623013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 104; Significance: 9e-52; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 62 - 317
Target Start/End: Original strand, 1153796 - 1154051
Alignment:
Q  62 tcaagcattgattataagggtgaagagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagggaagtctagaaaagcttctgcatgataacgaagggtctg 161  Q
    ||||| |||||||  || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |  |||||||||  ||||||||||    
T  1153796 tcaagtattgattgcaaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaacgggagtctagaaaagatgttgcatgatattgaagggtctg 1153895  T
Q  162 gaaatcataatctcagcctcagacacagagttgacattgctcttgatgtagctcatgcactcgattatcttcacaatggtacagagaaatccatagttca 261  Q
     |||||| |||||||  |||| | | || || ||  ||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| |||| || ||   | ||||||    
T  1153896 aaaatcacaatctcaagctcacaaaaagggtagattttgctcttgatatagctcatgcacttgattttcttcacaatgatacaaagcaagttacagttca 1153995  T
Q  262 ctgtgatattaagccgagcaacgttcttctggacgatgacactgtagcccacttgg 317  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||| ||||||||||||||    
T  1153996 ctgtgatattaagccaagcaatgttcttcttgatgatgacaatgtagcccacttgg 1154051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 68; Significance: 3e-30; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 12 - 178
Target Start/End: Original strand, 13564627 - 13564796
Alignment:
Q  12 aagctctaggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagatcctaact---tgttcaagcattgattataagggtgaagagttcaaggctattgtttttga 108  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||  ||   |||||||| |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  13564627 aagctttaggaaagatgaagcaccgaaatcgtgttaagattcttccttaatgttcaagtattgataataagggtgacgatttcaaggctattgtttttga 13564726  T
Q  109 gttcatgcctaagggaagtctagaaaagcttctgcatgataacgaagggtctggaaatcataatctcagc 178  Q
    ||||||| |||| || |||||||||||| |  ||||  ||||||||||  ||| ||||||| ||||||||    
T  13564727 gttcatgtctaatggtagtctagaaaagatgttgcacaataacgaaggaactgaaaatcattatctcagc 13564796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 210 - 289
Target Start/End: Original strand, 13564816 - 13564895
Alignment:
Q  210 tagctcatgcactcgattatcttcacaatggtacagagaaatccatagttcactgtgatattaagccgagcaacgttctt 289  Q
    ||||| ||||| | |||||||||||||||| |  |||| || || ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  13564816 tagcttatgcattggattatcttcacaatgatgtagagcaagccttaggtcattgtgatgttaagccgagcaacgttctt 13564895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University