View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF11447_low_2 (Length: 762)
Name: NF11447_low_2
Description: NF11447
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11447_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 698; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 698; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 744
Target Start/End: Original strand, 7561673 - 7562417
Alignment:
| Q |
1 |
atgaacatagcacattttcaacagaatct-aacctctttcttttgaaaccctataaatcttatttacagaaaagtttccaggtagttaggacaaacccaa |
99 |
Q |
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| T |
7561673 |
atgaacatagcacattttcaacagaatcttaacctctttcttttgaaaccctataaatcttatttacagaaaagtttccaggtagttaggacaaacccaa |
7561772 |
T |
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| Q |
100 |
tatagcccacaaacagacttgcgcaggcaatgagcaagctagcagttaagaattatccatgcacataaaacaagtatcaggggagatggctgttttaagt |
199 |
Q |
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| T |
7561773 |
tgtagcccacaaacagacttgcgcaggcaatgagcaagctagcagttaagaattatccatgcacataaaacaagtatcaggggag-tggctgttttaagt |
7561871 |
T |
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| Q |
200 |
ctgtatcaaataactagaattggtcttatttaaccacagtcaagccgaaagactccaactaagaaggtgctatgaatttccaaatataatcattcaggac |
299 |
Q |
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| T |
7561872 |
ctgtatcaaataactagaattggtcttatttaaccacagtcaaggcgaaagactccaactaagaaggtgctatgaatttccaaatataatcattcaggac |
7561971 |
T |
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| Q |
300 |
aagtttccctcaatttagagaatgagttaagctatacaagaatgatttgcaaaagtgatcattaaaatgccaagctatcattaacacatagaaatcatgt |
399 |
Q |
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| T |
7561972 |
aagtttccctcaatttagagaatgagttaagctatacaagaatgatttgcaaaagtgatcattaaaatgccaagctatcattaacacatagaaatcatgt |
7562071 |
T |
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| Q |
400 |
ggataagatacatacgcgatgcaaataaatacactcaccaggctaccaaacccaacataaatcggcttgtcaccatcttcaagccattttacaagggact |
499 |
Q |
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|
| T |
7562072 |
ggataagatacatacgcgatgcaaataaattaactcaccaggctaccaaacccaacataaatcggcttgtcaccatcttcaagccattttacaagggact |
7562171 |
T |
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| Q |
500 |
cgggaggttcgtagtttgatgctagatcaagaaagcaaaaccctactacatcaattttcggtccccaatctgcaaat-aaaaaataatatatttaatact |
598 |
Q |
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| T |
7562172 |
cgggaggttcgtagtttgatgctagatcaagaaagcaaaaccctactacatcaattttcggtccccaatctgcaaataaaaaaataatatatttaatact |
7562271 |
T |
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| Q |
599 |
tagtagaatgacctgagtaagttttttgaaaatatacaagagattgcacatttatatacaagagagaatcccttacaaaactaataactaatgaagggaa |
698 |
Q |
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| T |
7562272 |
tagtagaatgacctgagtaagttttttgaaaatatacaagagattgcacatttaaatacaagagagaatcccttacaaaactaataactaatgaagggaa |
7562371 |
T |
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| Q |
699 |
tgaataactacgttaattaacattgcacccaagttgaggtatatgc |
744 |
Q |
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| T |
7562372 |
tgaataactacattaattaacattgcacccaagttgaggtatatgc |
7562417 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 698; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 744
Target Start/End: Original strand, 7565435 - 7566179
Alignment:
| Q |
1 |
atgaacatagcacattttcaacagaatct-aacctctttcttttgaaaccctataaatcttatttacagaaaagtttccaggtagttaggacaaacccaa |
99 |
Q |
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| T |
7565435 |
atgaacatagcacattttcaacagaatcttaacctctttcttttgaaaccctataaatcttatttacagaaaagtttccaggtagttaggacaaacccaa |
7565534 |
T |
|
| Q |
100 |
tatagcccacaaacagacttgcgcaggcaatgagcaagctagcagttaagaattatccatgcacataaaacaagtatcaggggagatggctgttttaagt |
199 |
Q |
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| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
7565535 |
tttagcccacaaacagacttgcgcaggcaatgagcaagctagcagttaagaattatccatgcacataaaacaagtatcaggggag-tggctgttttaagt |
7565633 |
T |
|
| Q |
200 |
ctgtatcaaataactagaattggtcttatttaaccacagtcaagccgaaagactccaactaagaaggtgctatgaatttccaaatataatcattcaggac |
299 |
Q |
| |
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|
| T |
7565634 |
ctgtatcaaataactagaattggtcttatttaaccacagtcaaggcgaaagactccaactaagaaggtgctatgaatttccaaatataatcattcaggac |
7565733 |
T |
|
| Q |
300 |
aagtttccctcaatttagagaatgagttaagctatacaagaatgatttgcaaaagtgatcattaaaatgccaagctatcattaacacatagaaatcatgt |
399 |
Q |
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|
| T |
7565734 |
aagtttccctcaatttagagaatgagttaagctatacaagaatgatttgcaaaagtgatcattaaaatgccaagctatcattaacacatagaaatcatgt |
7565833 |
T |
|
| Q |
400 |
ggataagatacatacgcgatgcaaataaatacactcaccaggctaccaaacccaacataaatcggcttgtcaccatcttcaagccattttacaagggact |
499 |
Q |
| |
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|
| T |
7565834 |
ggataagatacatacgcgatgcaaataaatttactcaccaggctaccaaacccaacataaatcggcttgtcaccatcttcaagccattttacaagggact |
7565933 |
T |
|
| Q |
500 |
cgggaggttcgtagtttgatgctagatcaagaaagcaaaaccctactacatcaattttcggtccccaatctgcaaat-aaaaaataatatatttaatact |
598 |
Q |
| |
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| T |
7565934 |
cgggaggttcgtagtttgatgctagatcaagaaagcaaaaccctactacatcaattttcggtccccaatctgcaaataaaaaaataatatatttaatact |
7566033 |
T |
|
| Q |
599 |
tagtagaatgacctgagtaagttttttgaaaatatacaagagattgcacatttatatacaagagagaatcccttacaaaactaataactaatgaagggaa |
698 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
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| T |
7566034 |
tagtagaatgacctgagtaagttttttgaaaatatacaagagattgcacatttatatacaagagagaatcccttacaaaattaataactaatgaagggaa |
7566133 |
T |
|
| Q |
699 |
tgaataactacgttaattaacattgcacccaagttgaggtatatgc |
744 |
Q |
| |
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||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
7566134 |
tgaataactactttaattaacattgcacccaagttgaggtatatgc |
7566179 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 374 - 708
Target Start/End: Original strand, 7545762 - 7546091
Alignment:
| Q |
374 |
ctatcattaacacatagaaatcatgtggataagatacatacgcgatgcaaataaatacactcaccaggctaccaaacccaacataaatcggcttgtcacc |
473 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7545762 |
ctatcattaacaca--gaaatcatgtggacaagatacatgcatgatgcaaataaatacactcaccaggctaccaaacccaatgtaaatcggcttgtcacc |
7545859 |
T |
|
| Q |
474 |
atcttcaagccattttacaagggactcgggaggttcgtagtttgatgctagatcaagaaagcaaaaccctactacatcaattttcggtccccaatctgca |
573 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7545860 |
atcttcaagccattttacaagggactcgggaggttcataatttgatgctagatcaagaaagcaaaaccctactacatcaattttcggtccccaatctgca |
7545959 |
T |
|
| Q |
574 |
aat-aaaaaataatatatttaatacttagtagaatgacctgagtaagttttttgaaaatatacaagagattgcacatttatatacaagagagaatccctt |
672 |
Q |
| |
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||| ||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||| ||| | | | ||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| |||||| |
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| T |
7545960 |
aataaaaaaatcacatatttaattgttagtagaatgttctgaataattgtaataaaaatatacaagagactgcacatttttagacaagagagattccctt |
7546059 |
T |
|
| Q |
673 |
acaaaactaataactaatgaagggaatgaataacta |
708 |
Q |
| |
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| |||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7546060 |
aaaaaactaa----taatgaagggaatgaataacta |
7546091 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 2 - 108
Target Start/End: Original strand, 7545089 - 7545195
Alignment:
| Q |
2 |
tgaacatagcacattttcaacagaatct-aacctctttcttttgaaaccctataaatcttatttacagaaaagtttccaggtagttaggacaaacccaat |
100 |
Q |
| |
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||||| |||||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
7545089 |
tgaacttagcacatttcca-cagaatcttaacctctttctttccaaaccatataaatgttatttacagaaaagtctccaggtagtcaggacaaacccaat |
7545187 |
T |
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| Q |
101 |
atagccca |
108 |
Q |
| |
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|||||||| |
|
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| T |
7545188 |
atagccca |
7545195 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 501; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 501; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 225 - 744
Target Start/End: Complemental strand, 8985665 - 8985145
Alignment:
| Q |
225 |
ttatttaaccacagtcaagccgaaagactccaactaagaaggtgctatgaatttccaaatataatcattcaggacaagtttccctcaatttagagaatga |
324 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8985665 |
ttatttaaccacagtcaaggcgaaagactccaactaagaaggtgctatgaatttccaaatataatcattcaggacaagtttccctcaatttagagaatga |
8985566 |
T |
|
| Q |
325 |
gttaagctatacaagaatgatttgcaaaagtgatcattaaaatgccaagctatcattaacacatagaaatcatgtggataagatacatacgcgatgcaaa |
424 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8985565 |
gttaagctatacaagaatgatttgcaaaagtgatcattaaaatgccaagctatcattaacacatagaaatcatgtggataagatacatacgcgatgcaaa |
8985466 |
T |
|
| Q |
425 |
taaatacactcaccaggctaccaaacccaacataaatcggcttgtcaccatcttcaagccattttacaagggactcgggaggttcgtagtttgatgctag |
524 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8985465 |
taaataaactcaccaggctaccaaacccaacataaatcggcttgtcaccatcttcaagccattttacaagggactcgggaggttcgtagtttgatgctag |
8985366 |
T |
|
| Q |
525 |
atcaagaaagcaaaaccctactacatcaattttcggtccccaatctgcaaataa-aaaataatatatttaatacttagtagaatgacctgagtaagtttt |
623 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8985365 |
atcaagaaagcaaaaccctactacatcaattttcggtccccaatctgcaaataaaaaaataatatatttaatacttagtagaatgacctgagtaagtttt |
8985266 |
T |
|
| Q |
624 |
ttgaaaatatacaagagattgcacatttatatacaagagagaatcccttacaaaactaataactaatgaagggaatgaataactacgttaattaacattg |
723 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8985265 |
ttgaaaatatacaagagattgcacatttatatacaagagagaatcccttacaaaaataataactaatgaagggaatgaataactacgttaattaacattg |
8985166 |
T |
|
| Q |
724 |
cacccaagttgaggtatatgc |
744 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8985165 |
cacccaagttgaggtatatgc |
8985145 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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