View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11451_high_7 (Length: 323)

Name: NF11451_high_7
Description: NF11451
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11451_high_7
NF11451_high_7
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-323)||(20648770-20649092)
chr5 (1-323)||(20632674-20632993)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 255; Significance: 1e-142; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 20649092 - 20648770
Alignment:
Q  1 aatgattctgatgcatatgcatttgtgaatggtattgaagttgtttcaataccaaatggtttatacattggtggtgatgattcccctattgctttagttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  20649092 aatgattctgatgcatatgcatttgtgaatggtattgaagttgtttcaataccaaatggtttatacattggtggtgatgattcccctattcctttagttg 20648993  T
Q  101 gccaggatgcaaatgttgtttacatttataatgattcagctatggaaactttgtatagattgaatgtaggaggggaacaaattctaccgaaatttgatac 200  Q
    |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20648992 gccacgatacaaaagttgtttacatttataatgattcagctatggaaactttgtatagattgaatgtaggaggggaacaaattctaccgaaatatgatac 20648893  T
Q  201 tggtatgtttcgcaattgggatatcgatgatggttacatctttatgagatatggtattaaacgcttcaataagagcattgaagttttgtatactgatcat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | |||  ||||||| |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||    
T  20648892 tggtatgtttcgcaattgggatatcgatgatggttacatctttggggtagatgaaattaaacccttcaataggagcatgaaagttttgtatactgatcat 20648793  T
Q  301 gttcccgagtatactgctcctga 323  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  20648792 gttccggagtatactgctcctga 20648770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 20632993 - 20632674
Alignment:
Q  1 aatgattctgatgcatatgcatttgtgaatggtattgaagttgtttcaataccaaatggtttatacattggtggtgatgattcccctattgctttagttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||    
T  20632993 aatgattctgatgcatatgcatttgtgaatggtattgaagttgtttcaataccaaatggtttatacattggtggtgatgattcccctattcctttcgctg 20632894  T
Q  101 gccaggatgcaaatgttgtttacatttataatgattcagctatggaaactttgtatagattgaatgtaggaggggaacaaattctaccgaaatttgatac 200  Q
    |||| ||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20632893 gccacgatacaa---ttgtttacatttataatgattcagctatggaaactttgtatagattgaatgtaggaggggaacaaattctaccgaaatatgatac 20632797  T
Q  201 tggtatgtttcgcaattgggatatcgatgatggttacatctttatgagatatggtattaaacgcttcaataagagcattgaagttttgtatactgatcat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| | |||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  20632796 tggtatgtttcgcaattgggatatcgatgatggttacatctttgggggatatgattttaaacacttcaataagagcatgaaagttttgtatactgatcat 20632697  T
Q  301 gttcccgagtatactgctcctga 323  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  20632696 gttccggagtatactgctcctga 20632674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University