View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11451_low_1 (Length: 450)

Name: NF11451_low_1
Description: NF11451
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11451_low_1
NF11451_low_1
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (11-433)||(39471987-39472409)
chr5 (13-431)||(39454592-39455010)
chr5 (11-398)||(39450951-39451344)
chr5 (11-389)||(39475457-39475841)
chr5 (13-428)||(39470558-39470973)
chr5 (11-433)||(39486410-39486844)
chr5 (13-312)||(39464451-39464750)
chr5 (12-433)||(39458090-39458511)
chr5 (11-433)||(39460201-39460626)
chr5 (349-425)||(39464359-39464435)
chr5 (12-128)||(39480325-39480441)
chr5 (155-389)||(39483355-39483592)
chr5 (12-116)||(43312626-43312730)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 433
Target Start/End: Original strand, 39471987 - 39472409
Alignment:
Q  11 agatgaagaaagcagaagtggtgtttgtctcttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39471987 agatgaagaaagcagaagtggtgtttgtcccttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccg 39472086  T
Q  111 tctccgaataactgttttagttatcaaattcccacacatcacagaaaccgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactccacatcatcaac 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39472087 tctccgaataactgttttagttatcaaattcccacacatcacagaaaccgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactccacatcatcaac 39472186  T
Q  211 cttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagttgtatctaacc 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39472187 cttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggtccctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagtagtatctaacc 39472286  T
Q  311 tcattaccagatcagaaaatggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagaattttccctccctgcatt 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||| |  |    
T  39472287 tcattaccagatcagaaaatggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagagttctctgtccctacgct 39472386  T
Q  411 tgtgttcttcacttccggtgttg 433  Q
    ||| |||||||||||||||||||    
T  39472387 tgtcttcttcacttccggtgttg 39472409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 13 - 431
Target Start/End: Original strand, 39454592 - 39455010
Alignment:
Q  13 atgaagaaagcagaagtggtgtttgtctcttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccgtc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||| ||| | ||  || ||| |||||||  | || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  39454592 atgaagaaagcagaagtggtgtttatcccttctcctggtgttggccatttagtttccacccttgagttcgcgaaacttctaatcaaccgtgataaccgtc 39454691  T
Q  113 tccgaataactgttttagttatcaaattcccacacatcacagaaaccgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactccacatcatcaacct 212  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||  ||| ||||| ||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  39454692 tccgaataactgttttagtcctcaaatttccacacgccactgaaactgatgtatacagtaaatctcttccaatctccgattcaatccgcatcatcaacct 39454791  T
Q  213 tccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagttgtatctaacctc 312  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||  ||| || |||||| ||| | || | ||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  39454792 tccagaatgctctcttcccccaaacactaatccagtttcctccatgtccgctcaccttgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagccgtatctaacctc 39454891  T
Q  313 attaccagatcagaaaatggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagaattttccctccctgcatttg 412  Q
    |||||  |   || || ||||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||| || ||| ||||| || | |    
T  39454892 attactggtgaagcaagtggagtcctcgcagctttcgttgttgacatgtcctgcacagccatgattgatgttgccaaagagttctccatccctacactcg 39454991  T
Q  413 tgttcttcacttccggtgt 431  Q
    | |||||||||||| ||||    
T  39454992 tcttcttcacttccagtgt 39455010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 11 - 398
Target Start/End: Original strand, 39450951 - 39451344
Alignment:
Q  11 agatgaagaaagcagaagtggtgtttgtctcttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccg 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | || | | ||| |||||||  | || || || ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39450951 agatgaagaaagcagaagtggtgtttatcccttttcctggtgtgagccatctagtttccacccttgaattcgcgaagcttctaatcaatcgtgataaccg 39451050  T
Q  111 tctccgaataactgttttagttatcaaattcccacacatcacagaaaccgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactccacatcatcaac 210  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||  |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||    
T  39451051 tctccgagtaactgttttagttatcaaattcccacatatatcagaaaatgatgtcaacactaaatcccttcctatctcagattctctcaacatcatcaac 39451150  T
Q  211 cttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggtt---cctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagttgtatcta 307  Q
    |||||||||  ||||||| | ||||||||  ||| |||||   | || ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||    
T  39451151 cttccagaagtttctcttcctccaaacaccaatccaggtttcgcttccatgcctgctctcctcgaagctcagaaaccaaatgtcaaacaagccgtttcta 39451250  T
Q  308 acctcattac---cagatcagaaaatggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagaattttc 398  Q
    |||||| |||     ||  ||||||||||||||| ||| |  | |||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||    
T  39451251 acctcactactggaggaggagaaaatggagtcctcgccaccatcgttgttgacatgttctgcaccaccatgattgatattgccaaagaattttc 39451344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 11 - 389
Target Start/End: Original strand, 39475457 - 39475841
Alignment:
Q  11 agatgaagaaagcagaagtggtgtttgtctcttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccg 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | |  | | ||| || ||||  | || ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  39475457 agatgaagaaagcagaagtggtgtttatcccttttcccggtctgagccatctaatttccacacttgagtttgtgaagcttctaatcaatcgtgataaccg 39475556  T
Q  111 tctccgaataactgttttagttatcaaattcccacacatcacagaaaccgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactccacatcatcaac 210  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||||||    
T  39475557 tctccgagtaactgttttagttatcaaattcccacacataacagaaaatgatgtcaacactaaatcccttcctatctcagaatctctcaacatcatcaac 39475656  T
Q  211 cttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctct---atgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagttgtatcta 307  Q
    |||||||||  ||||||| |||||||||| |||| ||||| ||||   ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || |    
T  39475657 cttccagaagtttctcttcccccaaacaccgatccaggtttctcttccatgacagctctcctcgaagctcagaaaccaaacgtaaaacaagctgtctcca 39475756  T
Q  308 acctcattaccagatcag---aaaatggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaa 389  Q
    |||||| ||| |||  ||   || |||||  ||| ||||| || |||||||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||    
T  39475757 acctcactactagagaaggacaacatggacacctcgccgccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgatcaatgttgccaa 39475841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 13 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 39470973 - 39470558
Alignment:
Q  13 atgaagaaagcagaagtggtgtttgtctcttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccgtc 112  Q
    ||||||||||  |||||||||||| || ||||||| ||||  |||||| ||||||||||  | ||||| || |||||||||||||||| ||||||||| |    
T  39470973 atgaagaaagtggaagtggtgtttatcccttttcccgctgtaggtcatctagtttctgccttagagttcgccaagcttctaatcaaccatgataaccgcc 39470874  T
Q  113 tccgaataactgttttagttatcaaattcccacacatcacagaaaccgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactccacatcatcaacct 212  Q
    || |||||||||| ||||| || |||||||||||||   ||||| | ||||||||| |||||||| |||| ||||| ||||| |||||  ||||||||||    
T  39470873 tctgaataactgtcttagtcatgaaattcccacacactgcagaatctgatgtctacgctaaatccattcccatctctgattctctccatgtcatcaacct 39470774  T
Q  213 tccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagttgtatctaacctc 312  Q
    |||||||  |||| ||  ||||| | | |||| ||||||   |||||  || |||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | | || ||||||    
T  39470773 tccagaagtttctgttctcccaacctctgatccaggttcggatatgaacgctctcctcgaagctcataaagcaaacgtcaaacaagctatctccaacctc 39470674  T
Q  313 attaccagatcagaaaatggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagaattttccctccctgcatttg 412  Q
    | |||  ||  | || |||||  ||| |||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39470673 actactggagaacaacatggacccctcgccgctgtcattgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagaattttccctccctgcgtttg 39470574  T
Q  413 tgttcttcacttccgg 428  Q
    |||| |||||||||||    
T  39470573 tgttgttcacttccgg 39470558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 11 - 433
Target Start/End: Original strand, 39486410 - 39486844
Alignment:
Q  11 agatgaagaaagcagaagtggtgtttgtctcttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || |||  || | ||  |||||| |||||||  | || || ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39486410 agatgaagaaagcagaagtggtgattatcccttcacctggtgttggtcatctagtttccacccttgaatttgcaaagcttctaatcaaccgtgataaccg 39486509  T
Q  111 tctccgaataactgttttagttatcaaattcccacacatcacaga-aac-----cgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactccacatc 204  Q
    ||||||||||||  | || || |||||||||||||||| ||||||  ||     |||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||  ||    
T  39486510 tctccgaataaccatcttggtcatcaaattcccacacaccacagatgacgatgtcgatgtctacacaaaatcccttcccatttccgattctctccaggtc 39486609  T
Q  205 atcaaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagttgtat 304  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| || | | |||     ||||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39486610 atcaaccttccagaatgttctcttcccccaaacaccgaaccacgttttgtcatgaacgctctccttgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagctgtat 39486709  T
Q  305 ctaacctcattaccagatcagaaaa------tggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagaattttc 398  Q
    | ||||||| ||| |||  || | |      ||||  ||||||||| || |||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||    
T  39486710 ccaacctcactactagagaaggacaaccacctggacaccttgccgccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgattgatattgccaaagaattttc 39486809  T
Q  399 cctccctgcatttgtgttcttcacttccggtgttg 433  Q
    | |||||||  |  | |||||||||||||||||||    
T  39486810 catccctgcgctcatcttcttcacttccggtgttg 39486844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 13 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 39464750 - 39464451
Alignment:
Q  13 atgaagaaagcagaagtggtgtttgtctcttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccgtc 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||| || ||||||| ||||  |||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39464750 atgaagaaagcagaagtagtgtttatcccttttcccgctgtaggtcatctagtttctgcccttgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccgtc 39464651  T
Q  113 tccgaataactgttttagttatcaaattcccacacatcacagaaaccgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactccacatcatcaacct 212  Q
    ||||||||||  | ||||| |||||| ||||||| | | ||||| |||||||||||||||||||| |||| || || ||||| ||  |  ||||||||||    
T  39464650 tccgaataaccatcttagtcatcaaactcccacaaaccgcagaatccgatgtctacactaaatccattcccatatctgattctcttaatgtcatcaacct 39464551  T
Q  213 tccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagttgtatctaacctc 312  Q
    |||||||  ||||||| ||| || | | |||| ||||||| ||||||  || ||||| || ||||| |||||||||||||||||||  || |||||||||    
T  39464550 tccagaagtttctcttccccaaacctctgatccaggttccgctatgaacgctctccttgatgctcacaaaccaaacgtcaaacaagccgtctctaacctc 39464451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 12 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 39458511 - 39458090
Alignment:
Q  12 gatgaagaaagcagaagtggtgtttgtctcttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccgt 111  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||  || | ||  |||||| |||||||  | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39458511 gatgaagaaagcagaagtggtgattatctcttcacctggtgttggtcatctagtttccaccctcgaatttgcaaagcttctaatcaaccgtgataaccgt 39458412  T
Q  112 ctccgaataactgttttagttatcaaattcccacacatcacagaaaccgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactccacatcatcaacc 211  Q
    |||||||||||| | || || || ||||| |||||||  |||||||  ||||||||||||||||||||| | |||  |||||| ||  ||||  || |||    
T  39458411 ctccgaataactatcttggtcatgaaatttccacacacaacagaaatagatgtctacactaaatcccttgccatcgacgattctcttaacattgtcgacc 39458312  T
Q  212 ttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagttgtatctaacct 311  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |  ||  |  ||||   |||   |  |||||| ||||||||||||||||||||||| |||  || || |||||    
T  39458311 ttccagaatgttctcttcccccaaactccaatataacttccggcatggtggatctcctcaaagctcagaaaccaaacgtcaaaaaagccgtctccaacct 39458212  T
Q  312 cattaccagatcagaaaatggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagaattttccctccctgcattt 411  Q
    || ||    | |||||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  |||||||||||  ||||| |  |     
T  39458211 cactaaagcaccagaaaatggagtcctagctgcattcattgttgacatgttctgcaccaccatgattgatgttgtaaaagaattttctgtccctacgctc 39458112  T
Q  412 gtgttcttcacttccggtgttg 433  Q
    || |||||||||||||||||||    
T  39458111 gtcttcttcacttccggtgttg 39458090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 11 - 433
Target Start/End: Original strand, 39460201 - 39460626
Alignment:
Q  11 agatgaagaaagcagaagtggtgtttgtctcttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccg 110  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| | |  | | ||| ||| |||  | || ||||| || |||||||||| |||||||||||| ||    
T  39460201 agatgaagaaagcagaagttgtgtttatcccttttcccggtccgagccatctagattccacccttgagttcgcaaagcttctaaccaaccgtgataagcg 39460300  T
Q  111 tctccgaataactgttttagttatcaaattcccacacatcacagaaaccgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactccacatcatcaac 210  Q
     |||||||| |||||  |||| || ||| ||||| |||   ||||| |||||||  |||||||||| ||||| |  || ||||| ||| |||||||||||    
T  39460301 cctccgaattactgtcctagtcatgaaactcccatacacatcagaatccgatgttaacactaaatcacttcccacttctgattctctcgacatcatcaac 39460400  T
Q  211 cttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagttgtatctaacc 310  Q
    |||||||||  ||||||| |||||||||  || | |  ||||   ||||  ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| |    
T  39460401 cttccagaagtttctcttcccccaaacatcgaaccaacttccagaatgatggctttcctcgaagctcagaaatcaaacgtcaaacaagccgtatctaatc 39460500  T
Q  311 tcattaccagatcagaaaa---tggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagaattttccctccctgc 407  Q
    ||| ||| |    ||||||   ||||  |||  | || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||  ||||| |    
T  39460501 tcactactactagagaaaaacatggaaccctcacagcctttgttgttgacatgttctgcactaaaatgattgatattgccaaagaattttcagtccctac 39460600  T
Q  408 atttgtgttcttcacttccggtgttg 433  Q
      |||| |||||||||||||||||||    
T  39460601 gcttgtcttcttcacttccggtgttg 39460626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 349 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 39464435 - 39464359
Alignment:
Q  349 gttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagaattttccctccctgcatttgtgttcttcacttc 425  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  39464435 gttgttgacatgttctgcaccaacatgattgatgttgccaaggaattttccgtccctgcgtttgtgttcttcacttc 39464359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 12 - 128
Target Start/End: Original strand, 39480325 - 39480441
Alignment:
Q  12 gatgaagaaagcagaagtggtgtttgtctcttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccgt 111  Q
    |||||||||||||||||||||| || || |||  || | ||  |||||| |||||||  | || || || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39480325 gatgaagaaagcagaagtggtgattatcccttcacctggtgttggtcatctagtttccacccttgaattcgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccgt 39480424  T
Q  112 ctccgaataactgtttt 128  Q
    |||||||||||||||||    
T  39480425 ctccgaataactgtttt 39480441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 155 - 389
Target Start/End: Original strand, 39483355 - 39483592
Alignment:
Q  155 aaaccgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactccacatcatcaaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctc 254  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||  ||||  ||  |  | ||||||||||||||||||| |||| ||||||||   |||| || |||  |    
T  39483355 aaaccaatgtctaccctaaatcccttcccatctttgattttcttaatgtaatcaaccttccagaatgttatcttcccccaaacttcgatctagtttctgc 39483454  T
Q  255 tatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagttgtatctaacctcattaccagatcag---aaaatggagtccttgccgcttttgtt 351  Q
     || |  || ||||| |||||||||||||||||| | | ||||| ||| || ||||||| ||| |||  ||   || |||||  |||  |||| || |||    
T  39483455 catcaacgctctccttgaagctcagaaaccaaacataatacaagctgtctccaacctcactactagagaaggacaacatggacacctctccgccttcgtt 39483554  T
Q  352 gttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaa 389  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  39483555 gttgacatgttctgcaccaccatgattgatgttgccaa 39483592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 12 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 43312730 - 43312626
Alignment:
Q  12 gatgaagaaagcagaagtggtgtttgtctcttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccgt 111  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| || ||| ||| | || ||| ||| |||| ||  | || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  43312730 gatgaagaaactagaagtggtgtttatcccttctccaggtgtgggacatttagtatccacccttgagtttgctaagcttctcatcaaccgtgataaccgt 43312631  T
Q  112 ctccg 116  Q
    |||||    
T  43312630 ctccg 43312626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University