View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11453A_low_122 (Length: 363)

Name: NF11453A_low_122
Description: NF11453A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11453A_low_122
NF11453A_low_122
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (1-357)||(21792013-21792369)
chr7 (3-343)||(21788233-21788573)
chr7 (1-343)||(21681652-21681994)
chr7 (1-340)||(15713625-15713964)
chr7 (72-340)||(21623266-21623534)
chr7 (1-343)||(21646745-21647091)
chr7 (1-342)||(21807970-21808311)
chr7 (1-343)||(21689415-21689757)
chr7 (1-343)||(21785408-21785750)
chr7 (1-343)||(21652071-21652413)
chr7 (1-343)||(21628127-21628469)
chr7 (1-343)||(21992175-21992526)
chr7 (1-340)||(21704645-21704984)
chr7 (1-340)||(21664100-21664442)
chr7 (25-342)||(21714209-21714526)
chr7 (1-343)||(21725898-21726240)
chr7 (1-343)||(21771963-21772305)
chr7 (72-343)||(21764135-21764406)
chr7 (1-340)||(21745534-21745873)
[»] scaffold0182 (2 HSPs)
scaffold0182 (214-344)||(25588-25718)
scaffold0182 (1-161)||(25312-25472)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (263-337)||(18192049-18192123)
chr1 (34-147)||(18192233-18192346)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 357
Target Start/End: Original strand, 21792013 - 21792369
Alignment:
Q  1 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792013 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagagaaaattttgagaagcattacatcccaaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 21792112  T
Q  101 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792113 agatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaaaactgaaagcattctgaaagatctgcacaaaaagattgccgat 21792212  T
Q  201 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 300  Q
    |||||||||   ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792213 aacattgatacgctgaaggatcgttttagcgatgatgttttaactttaacccgcaagtctcttgacggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 21792312  T
Q  301 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaattggaagcattttg 357  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21792313 tattgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaaatggaagcattttg 21792369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 3 - 343
Target Start/End: Original strand, 21788233 - 21788573
Alignment:
Q  3 atacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaa 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | |||  | ||  ||||||| |||||||||| ||  ||||    
T  21788233 atacaaagggtggcagagtatctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcgcccaagttgttgtcggtaggtcctatccatcatgacaacacaa 21788332  T
Q  103 atctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataa 202  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |  |||||   | |||||||||||||||||||| |||||    
T  21788333 atttgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcgaaaacactggacacattccagaggatctgcacaaaaagattgcagataa 21788432  T
Q  203 cattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatg 302  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  21788433 cattgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaagaaaagctgtcgtggatg 21788532  T
Q  303 ttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 343  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21788533 ttgttcgtggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21788573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Original strand, 21681652 - 21681994
Alignment:
Q  1 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 100  Q
    |||||||||||||| ||  |||| ||| ||| |||| ||| ||| || || |||||| ||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  21681652 agatacaaagggtgccacggtatgtcaaaaatagaacaaaatttaaggagcattacagccccaagtttgtgtcaataggtcctatccatcatggcaatac 21681751  T
Q  101 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 200  Q
    | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||  ||||||| ||||| |||    
T  21681752 agatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcaaaaggatctatacaaaaaaattgctgat 21681851  T
Q  201 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 300  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||| | |||||||    
T  21681852 aacattgatgaattgaagggccattttagcgacgatgttttaactttaaccggcgagtctcttgaaggctatcatagccttgaagaaaagttatcatgga 21681951  T
Q  301 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 343  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21681952 tgttgttcgtggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21681994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 340
Target Start/End: Original strand, 15713625 - 15713964
Alignment:
Q  1 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 100  Q
    |||||||||||||| |||  ||||||||||| || ||||||| ||||| | ||||| | || | ||| || |||||||| || |||||||||| || |||    
T  15713625 agatacaaagggtgccaggctatctcagaaaaagtaaaaattatgagatgcattacgcacctaagttggtttcaataggccctatccatcatgacaatac 15713724  T
Q  101 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 200  Q
    ||||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||   | || ||||||||||||||||| |||    
T  15713725 aaatctaaagtcaggggagaagtacaagcttatgtgggcggcaaaatacatcaaaaacactggaagcattctagaggaactgcacaaaaagattgctgat 15713824  T
Q  201 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 300  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15713825 aacattgatgaactgaagtgtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtcacttcaaggatttggtagcctagaagaaaagctgtcatgga 15713924  T
Q  301 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 340  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  15713925 tgttgttcgtggatggatgctctttgctgcatatcttgga 15713964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 72 - 340
Target Start/End: Original strand, 21623266 - 21623534
Alignment:
Q  72 tcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattc 171  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||   |||    
T  21623266 tcaataggtcctatccatcatggcaatacaaatctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacaccagaaaagttc 21623365  T
Q  172 agaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctt 271  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21623366 agaaggatatgcacaacaagattgctgataatattgatgaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtctcttgaaggctt 21623465  T
Q  272 tggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 340  Q
    ||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  21623466 tggtagcattaaagaaaagctgtcgtggatgttgttcgtggatggatgttctttgctgcatatcatgga 21623534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Original strand, 21646745 - 21647091
Alignment:
Q  1 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 100  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||| |||| ||| |||||| || |||||||||| | ||| || ||||||||||| |||||||||| || | |    
T  21646745 agatacaaagggtgccacagtatctcagaaatagaacaaaatttgaggagcattacacccccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaatcc 21646844  T
Q  101 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 200  Q
    ||| ||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||| ||| |||| ||||| |||||||||||||  |||    
T  21646845 aaagctgaagataggagagaaatacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacacgggaagaattaagaaggatctacacaaaaagattgtagat 21646944  T
Q  201 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 300  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  21646945 aacattgatgaactgaagggtcattttagcgacgacgttttaactttgaccggcaagtctcttaaaggcttccgtagccttgaagaaaagttgtcgtgga 21647044  T
Q  301 tgttgttcgtgg----atggatgttctttgttgcatatcttggagaa 343  Q
    | ||||||||||    |||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  21647045 tattgttcgtggatatatggatgttctttgctgcatatcttagagaa 21647091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 21808311 - 21807970
Alignment:
Q  1 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||| | || | ||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||     
T  21808311 agatacaaagggtggctgagtatctcagaaatagaacaaatcttgagaagcattactcacccaagttggtatcaataggtcctatccatcatggaaatat 21808212  T
Q  101 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||||||  ||||||  |     ||||   | ||||| |||||||||||||| |||    
T  21808211 aaatctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtggtctgcgaaatacatagaaaacagcggctttattctagaggatctacacaaaaagattgctgat 21808112  T
Q  201 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 300  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21808111 aacatcgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaaggctttggtagccttgaagaaaagctgtcatgga 21808012  T
Q  301 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggaga 342  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||    
T  21808011 tgttgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttggaga 21807970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Original strand, 21689415 - 21689757
Alignment:
Q  1 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 100  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||  | |||| |||||| ||||||||||||| ||     
T  21689415 agatacaaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagcattagaccccgaggttgatgtcaaaaggtcctatccatcatggcaataa 21689514  T
Q  101 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 200  Q
    |  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||| ||||  |||    
T  21689515 atctctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgttgat 21689614  T
Q  201 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 300  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||   || ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| || ||||    
T  21689615 aacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccggaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtgga 21689714  T
Q  301 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 343  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  21689715 tgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21689757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Original strand, 21785408 - 21785750
Alignment:
Q  1 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 100  Q
    ||||||||||||||  ||||||||| ||||| || ||||| ||||||||| ||||| | || | ||| || ||||||||||| |||||||||| || | |    
T  21785408 agatacaaagggtgcaagagtatctaagaaataggaaaaactttgagaagcattactcacccaagttagtgtcaataggtcctatccatcatgacaatcc 21785507  T
Q  101 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 200  Q
    ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || | || |  |   ||| ||     ||||| ||||||||||||||||||    
T  21785508 aaatctgaagacaggagagaagtacaagcttatgtgggccgcaaaatacctcgagaatataggccgcaatccacgcgatctacacaaaaagattgccgat 21785607  T
Q  201 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 300  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  21785608 aacattaatgaactgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaagactttggtagccttgaagaaaagctgtcgtgga 21785707  T
Q  301 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 343  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21785708 tgttgtttgtggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21785750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Original strand, 21652071 - 21652413
Alignment:
Q  1 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 100  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||| || |||    
T  21652071 agatacaaagggtgccacagtatctcagaaatagaaacaattttgagaaacattacacccccaagtttgtttcaataggtcctatccatcatgacaatac 21652170  T
Q  101 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 200  Q
    |||| || |   ||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||  ||||||  |     ||||   | ||||  ||||||||||||||||||    
T  21652171 aaatatgaaaccaggagaggagtataagcttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaacggctttattctagaggatcgacacaaaaagattgccgat 21652270  T
Q  201 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 300  Q
    || ||| | || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| ||||    
T  21652271 aaaattaacgaactaaagggtcattttagcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttgatagccttgaagaaaagttgtcgtgga 21652370  T
Q  301 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 343  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  21652371 tgttgttcgtggatggatgttcgttgctgcatatcttggagaa 21652413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Original strand, 21628127 - 21628469
Alignment:
Q  1 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 100  Q
    |||||||||||||||| ||  |||||||||| | |||| |||||| |||||||||| | || | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21628127 agatacaaagggtggccgatcatctcagaaataaaaaagattttgggaagtattactcacccaagtttgtgtcaataggtcctatccatcatggcagtac 21628226  T
Q  101 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 200  Q
    ||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||  |||||| || |   ||||   | || || |||||||||||||| |||    
T  21628227 aaatctgaacataggagagaagtacaagcttgtgtgggcatcaaaatacatagaaaacattggacttattccagaggaactacacaaaaagattgctgat 21628326  T
Q  201 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 300  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| || || |||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||    
T  21628327 aacattgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaaatttaacgggaaactctcttcaaggctttggatgccttgaagaaaagctgtcgtgga 21628426  T
Q  301 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 343  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  21628427 tgttgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21628469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Original strand, 21992175 - 21992526
Alignment:
Q  1 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | ||||||||| | ||| | || |  || || ||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  21992175 agatacaaagggtggcagagtatctcaaaaatagaaaagactttgagaagcactactcacccaaattggtgtcaataggtcctatccatcatggcaatac 21992274  T
Q  101 aa---------atctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaag 191  Q
    ||         ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||  | | |   | ||     ||||| |||||||||    
T  21992275 aagcaatgcaaatctgaagttaggagagaagtacaagcttacgtgggcagcaaaatacatcgaaaatgcaggacttaatccatgcgatctacacaaaaag 21992374  T
Q  192 attgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagc 291  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21992375 attatcgataacattgatgaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttagctggaaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaagaaaagc 21992474  T
Q  292 tgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 343  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21992475 tgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21992526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 340
Target Start/End: Original strand, 21704645 - 21704984
Alignment:
Q  1 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 100  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||| |||||| || ||||| | || | ||| || || |||||||| |||||||||| || | |    
T  21704645 agatacaaagggtgcaagagtatctcagaagtagaaaaaactttgagcagcattactcacccaagttagtgtcgataggtcctatccatcatgacaatcc 21704744  T
Q  101 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 200  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| | |   ||||   | || || |||||||||||||| |||    
T  21704745 aactctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacttattccagaggaactacacaaaaagattgcagat 21704844  T
Q  201 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 300  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||   |||| || ||||||||||| ||||    
T  21704845 aacattgatgaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactctaaccggaaactctcttcaaggctttgagtgccttgatgaaaagctgtcgtgga 21704944  T
Q  301 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 340  Q
    | |||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21704945 tattgttcatggatggatgttctttgctccatatcttgga 21704984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 340
Target Start/End: Original strand, 21664100 - 21664442
Alignment:
Q  1 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 100  Q
    |||||||||||||| || |  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | || | |||  | ||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  21664100 agatacaaagggtgccacacaatctcagaaacagaaaaaactttgagaagtattactcacccaagttcctgtcaataggtcctatccatcatggcaatac 21664199  T
Q  101 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 200  Q
    | ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| ||   |  || ||     ||||| ||||||||||||   |||    
T  21664200 agatctgaagttaggagggaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacattgaaaatacaagactcaatccacgggatctacacaaaaagatttttgat 21664299  T
Q  201 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgt---tttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcat 297  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |    
T  21664300 aacatcgatgaactgaagggtcattttgacgatgatgtaattttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggaagccttgaagaaaagctgtcgt 21664399  T
Q  298 ggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 340  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||    
T  21664400 ggatattgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttgga 21664442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 25 - 342
Target Start/End: Original strand, 21714209 - 21714526
Alignment:
Q  25 tcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagta 124  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||| ||||| | || | |||||| ||| ||||||| |||||||||| || | |||||||| ||  ||||||||||||    
T  21714209 tcagaaatagaacaaattttgagaagcattactcacccaagtttgtgtcattaggtcctatccatcatgacaatccaaatctgaagaaaggagagaagta 21714308  T
Q  125 caagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcat 224  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||   |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  21714309 caaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccagacacattccagaggatctacacaaaaagattgcagataacattgatgaactgaagggtcat 21714408  T
Q  225 tttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctt 324  Q
    |||  | | ||||||||| ||| |||| |   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21714409 tttgacaacgatgttttagcttcaaccagttggtctcttgaaggctttggtagccttgaagaaaagctatcgtggatgttgttcgtggatggatgttctt 21714508  T
Q  325 tgttgcatatcttggaga 342  Q
    || | |||||||||||||    
T  21714509 tgcttcatatcttggaga 21714526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Original strand, 21725898 - 21726240
Alignment:
Q  1 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 100  Q
    ||||||||||||||  | ||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | || ||| ||||||||||| || ||||||   |  ||    
T  21725898 agatacaaagggtgctaaagtctctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcacccaagtgtgtgtcaataggtcctattcatcatcagaacac 21725997  T
Q  101 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 200  Q
    |||||||   |||| |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||    
T  21725998 aaatctgatattagcagagtagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacacattccagaggatctacacaaaaagattgctgat 21726097  T
Q  201 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 300  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||| ||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||    
T  21726098 aacattgatgaactgaagggtcattttgacgacgatgttttagcttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagctgtcgtgga 21726197  T
Q  301 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 343  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  21726198 tgttgttcgtggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21726240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Original strand, 21771963 - 21772305
Alignment:
Q  1 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 100  Q
    ||||||||||||||  | ||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | || ||| ||||||||||| || ||||||   |  ||    
T  21771963 agatacaaagggtgctaaagtctctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcacccaagtgtgtgtcaataggtcctattcatcatcataacac 21772062  T
Q  101 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 200  Q
    |||||||   |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||| |  | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||    
T  21772063 aaatctgatattagcagagaagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaataacggatacattccagaggatctacacaaaaagattgctgat 21772162  T
Q  201 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 300  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  21772163 aacattgatgaactgaagggtcattttgacgatgatgttttaacttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagttgtcgtgga 21772262  T
Q  301 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 343  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  21772263 tgttgttcgtggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21772305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 72 - 343
Target Start/End: Original strand, 21764135 - 21764406
Alignment:
Q  72 tcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattc 171  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||  || ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| | |   | ||    
T  21764135 tcaataggtcctatccatcatgacagatcagatctgaagttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacaccgcacttaatc 21764234  T
Q  172 agaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctt 271  Q
       | || || ||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  21764235 cagaggaactacaccaaaagattgctgataacatcgatgaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactttaactggaaagtctcttgaaggctt 21764334  T
Q  272 tggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 343  Q
    |  |||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |  || ||||||||||    
T  21764335 tcatagccttgaagaaaagttgtcgtggatgttgttcgtggatggatgctctttgctttatctcttggagaa 21764406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 340
Target Start/End: Original strand, 21745534 - 21745873
Alignment:
Q  1 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 100  Q
    ||||||||||||||| |||  |||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||| | || | ||| || ||| ||||||| |||||||||| || | |    
T  21745534 agatacaaagggtggtagaccatctcataaatagaacaaattttgagaagcattactcacccaagttggtgtcattaggtcctatccatcatgacaatcc 21745633  T
Q  101 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 200  Q
    ||||||  ||  ||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||| || | || || |    || ||   | |||||||||||||||||||  |||    
T  21745634 aaatctaaagacaggagaagagtataagcttatgtgggcagcaaaatacctcgagaatacaggccacaatccacacgatctgcacaaaaagattgttgat 21745733  T
Q  201 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 300  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||| |||||||||   |||| |||||||||||||| ||||    
T  21745734 aacattgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaactttaactggaaattctcttcaaggctttgaatgccttgaagaaaagctgtcgtgga 21745833  T
Q  301 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 340  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21745834 tgttattcgtagatggatgttctttgctccatatcttgga 21745873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 2)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 214 - 344
Target Start/End: Original strand, 25588 - 25718
Alignment:
Q  214 tgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtgga 313  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  25588 tgaagggtcattttagcgaggatgttttaactttaactaaaaagtctcttgaaggctttggtacccttgaagaaaagctgtcgttgatgttgttcgtgga 25687  T
Q  314 tggatgttctttgttgcatatcttggagaat 344  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  25688 tggatgttctttgctacatatcttggagaat 25718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 161
Target Start/End: Original strand, 25312 - 25472
Alignment:
Q  1 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 100  Q
    ||||||||||||||||| | || | |||||||| |  ||||||   |||||| ||||  || | ||| || ||||||||||| |||||||||| || ||     
T  25312 agatacaaagggtggcatattaccgcagaaagataccaaatttgaggaagtactacaaacccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaataa 25411  T
Q  101 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacact 161  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  25412 aaatctgaagttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacact 25472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 47; Significance: 9e-18; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 263 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 18192123 - 18192049
Alignment:
Q  263 tgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatctt 337  Q
    ||||||||||| || | | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18192123 tgaaggctttgataacttggaagaaaagctatcatggatgttgtttgtggatggatgttctttgttgcgtatctt 18192049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 34 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 18192346 - 18192233
Alignment:
Q  34 gaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttat 133  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| | || |  || |||||||| ||||| |||||||||||  |  ||||| |||||||| ||||||||||||||||       
T  18192346 gaaaagattttgagaagcattactcgcccaaattggtatcaatgggtcctatccatcatggtcgcccaaatttggagttatgagagaagtacaagctaca 18192247  T
Q  134 gtgggcagcagaat 147  Q
    |||||||||| |||    
T  18192246 gtgggcagcaaaat 18192233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University