View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11453A_low_198 (Length: 321)

Name: NF11453A_low_198
Description: NF11453A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11453A_low_198
NF11453A_low_198
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (9-306)||(49952974-49953272)
chr4 (9-306)||(39974683-39974981)
chr4 (7-253)||(281813-282059)
chr4 (53-305)||(13228533-13228783)
chr4 (267-306)||(281775-281814)
chr4 (115-179)||(42757638-42757698)
chr4 (215-305)||(50814634-50814725)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (9-306)||(21588784-21589082)
chr8 (92-305)||(13756376-13756590)
chr8 (92-306)||(42797318-42797532)
chr8 (92-305)||(23141828-23142042)
chr8 (92-163)||(10901475-10901546)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (9-306)||(36095949-36096247)
chr3 (168-306)||(12746103-12746241)
chr3 (196-305)||(50332063-50332173)
chr3 (53-157)||(50331954-50332056)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (185-306)||(33014000-33014122)
chr5 (53-305)||(38015928-38016177)
chr5 (9-146)||(33013852-33013989)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (53-278)||(1599549-1599773)
chr6 (100-261)||(26894788-26894949)
[»] scaffold0159 (1 HSPs)
scaffold0159 (53-305)||(33240-33492)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (53-305)||(5788867-5789119)
chr2 (53-305)||(3395448-3395698)
chr2 (215-305)||(41754529-41754620)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (92-305)||(43387132-43387344)
[»] scaffold0380 (1 HSPs)
scaffold0380 (169-298)||(14373-14503)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (120-210)||(17510279-17510369)
chr7 (120-210)||(17542845-17542935)
[»] scaffold0036 (1 HSPs)
scaffold0036 (92-225)||(50251-50384)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 9 - 306
Target Start/End: Original strand, 49952974 - 49953272
Alignment:
Q  9 tgagatggacatcaaagttacatccataatcttatgacattacaagtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcactgtgttatt 108  Q
    |||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  49952974 tgagattgacataacagttacatccaaaatcttatgacattataagtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatgccattcaatgtgttatt 49953073  T
Q  109 ttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacggagcacttccgctccccaaaaatgttg 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  49953074 ttaatccacacttgacacattaacatctctcaattaaatatgagactcttcgtgtccgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttg 49953173  T
Q  209 aagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcg-aacattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49953174 aagcgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcgaaacattgcagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 49953272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 9 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 39974981 - 39974683
Alignment:
Q  9 tgagatggacatcaaagttacatccataatcttatgacattacaagtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcactgtgttatt 108  Q
    |||||| ||||||| |||||||| || ||||||| || ||||  ||||||  |||| |||| || ||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  39974981 tgagattgacatcacagttacattcaaaatcttaagagattatgagtcattccactgatatgttattcaatatctattatatggcattcaatatgttatt 39974882  T
Q  109 ttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacggagcacttccgctccccaaaaatgttg 208  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||| ||||| | |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  39974881 ttaacccacacttgacacattaccatctctcaattaaatacgatactctttgtgtccgcgatccaccaccacgaagcacttccactccccaaaaatgttg 39974782  T
Q  209 aagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 306  Q
    ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39974781 aagcgtatatgatatcaccattggaacttacgggggagacaacacttgtgtgattcgacacattgcagaaaaaacaaccacacaggtgagaatgatgtc 39974683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 7 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 282059 - 281813
Alignment:
Q  7 aatgagatggacatcaaagttacatccataatcttatgacattacaagtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcactgtgtta 106  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||  |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  282059 aatgagattgacatcacagttacatccaaaatctcaagacattatgagtcatctcactaatatgttgttcaatatatattatatggaattcaatgtgtta 281960  T
Q  107 ttttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacggagcacttccgctccccaaaaatgt 206  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | |||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||    
T  281959 ttttaacccacacttgacacattaacatctctcaattaaatacgagactcttcgtgtccgcgatccaccaccacacagcacttccgctccacaaaaatgt 281860  T
Q  207 tgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacac 253  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  281859 tgaagcgtatatgatatcaccattgggacttacgggggagacaacac 281813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 53 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 13228783 - 13228533
Alignment:
Q  53 agtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcactgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgag 152  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||| ||||| |||   ||||||| |||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| |||||  |||||    
T  13228783 agtcatctcacttatatgtttctcaacatctactatt--gcattcaatgtgttattttaactcacacttgacacattaacatctctccattaagtatgag 13228686  T
Q  153 actcttcgtgtctgtgatccaccaccacggagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaaca 252  Q
    ||| || ||||||| ||||||||||||   | |||||  |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||  |||||  |||||| |||||    
T  13228685 actttttgtgtctgcgatccaccaccaaaaaccacttatgctccccaaaaatgttgaagcggatatgatatcaccattgaaactta-tggggagccaaca 13228587  T
Q  253 cttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgt 305  Q
    ||||||||| || |  ||||| ||||| | ||| ||||||||||| ||||||||    
T  13228586 cttgtgtgaatcaacgcattgcagaaagagcaatcacacaagtgaaaatgatgt 13228533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 267 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 281814 - 281775
Alignment:
Q  267 acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 306  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  281814 acattgcagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 281775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 115 - 179
Target Start/End: Original strand, 42757638 - 42757698
Alignment:
Q  115 cacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccacca 179  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||    |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42757638 cacaattgacacattaacatctctctattaa----gagactctccgtgtctgtgatccaccacca 42757698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 215 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 50814725 - 50814634
Alignment:
Q  215 atatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgt 305  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||| |||||| | ||| | ||| ||||| ||||| ||||||||    
T  50814725 atatgatatcaccattgggacttatgggggagccaacgcttgtgtgaatcgacacattgcataaagagcaatcacacgagtgataatgatgt 50814634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 163; Significance: 5e-87; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 9 - 306
Target Start/End: Original strand, 21588784 - 21589082
Alignment:
Q  9 tgagatggacatcaaagttacatccataatcttatgacattacaagtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcactgtgttatt 108  Q
    |||||| ||||||| |||||||| || ||||||| || ||||  |||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  21588784 tgagattgacatcacagttacattcaaaatcttaagagattatgagtcatctcactgatatgttattcaatatctattatatgacattcaatgtgttatt 21588883  T
Q  109 ttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacggagcacttccgctccccaaaaatgttg 208  Q
    |||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||   |||||||||||||| ||||||| ||||||||| || |||||    
T  21588884 ttaacccacccttgacacattaccatctctcaattaaatacgatactcttcgtgtccacgatccaccaccacgaagcactttcgctccccataattgttg 21588983  T
Q  209 aagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 306  Q
    ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21588984 aagcgtatatgatatcaccattggaacttacgggggagacaacacttgtgtgattcgacacattgcagaaaaaacaaccacacaggtgagaatgatgtc 21589082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 92 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 13756590 - 13756376
Alignment:
Q  92 gcattcactgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacggagcacttcc 191  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||| || |||   ||||||||||||||| |||||||    
T  13756590 gcattcaatgtgttattttaactcacacttgacacattaacatatctatattaagcatgagactctttgtatctactatccaccaccacggaccacttcc 13756491  T
Q  192 gctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacac 290  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||| | || || |||| ||||||||| |||| |||||| ||||| | ||| |||||    
T  13756490 gctccccaaaaatgttgaagcagatatgatatcaccattgggacttatgtggaagccaacgcttgtgtgaatcgacacattgcagaaagagcaatcacac 13756391  T
Q  291 aagtgagaatgatgt 305  Q
    |||||| ||||||||    
T  13756390 aagtgataatgatgt 13756376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 92 - 306
Target Start/End: Original strand, 42797318 - 42797532
Alignment:
Q  92 gcattcactgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacggagcacttcc 191  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||  || ||||  |||||||||||| || |||||||    
T  42797318 gcattcaatgtgttattttaactcacacttgacacattaacatctttctattaagcatgagactctctgtatctgctatccaccaccacagaccacttcc 42797417  T
Q  192 gctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacac 290  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||| ||||||| | ||||  ||||||||||||| |||| |||||| ||||| | ||| |||||    
T  42797418 gctccccaaaaatgttgaagcagatatgatatcaccattgagacttac-gaggagcaaacacttgtgtgaatcgacacattgcagaaagagcaatcacac 42797516  T
Q  291 aagtgagaatgatgtc 306  Q
     ||||| |||||||||    
T  42797517 gagtgataatgatgtc 42797532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 92 - 305
Target Start/End: Original strand, 23141828 - 23142042
Alignment:
Q  92 gcattcactgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacggagcacttcc 191  Q
    ||||||| |||||||||||||  || | ||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||  || ||||  ||||||||||||||| |||||||    
T  23141828 gcattcaatgtgttattttaactcatacttgacacgttaacatctctctattaagcatgagactctctgtatctgctatccaccaccacggaccacttcc 23141927  T
Q  192 gctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacac 290  Q
    ||||||| ||||||||||||   ||||||||||||| ||| |||||| ||||||| |||| ||||||||| |||| |||||| | ||| | ||| |||||    
T  23141928 gctccccgaaaatgttgaagcagatatgatatcaccattgagacttatgggggagccaacgcttgtgtgaatcgacacattgcataaagagcaatcacac 23142027  T
Q  291 aagtgagaatgatgt 305  Q
     ||||| ||||||||    
T  23142028 gagtgataatgatgt 23142042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 92 - 163
Target Start/End: Original strand, 10901475 - 10901546
Alignment:
Q  92 gcattcactgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgt 163  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||    
T  10901475 gcattcaatgtgttattttaactcacatttgatacattaacatctctccattaagtacgagactctccgtgt 10901546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 159; Significance: 1e-84; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 9 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 36096247 - 36095949
Alignment:
Q  9 tgagatggacatcaaagttacatccataatcttatgacattacaagtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcactgtgttatt 108  Q
    |||||| ||||||  |||||||| || ||||||| || ||||  |||||||||| | |||| || ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||    
T  36096247 tgagattgacatcgcagttacattcaaaatcttaagagattatgagtcatctcattgatatgttattcaatatcaattatatggcattcaatgtattatt 36096148  T
Q  109 ttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacggagcacttccgctccccaaaaatgttg 208  Q
    |||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||| | || |||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36096147 ttaacccacacttgacacattacaatctctcaattaaatacgatactcttcgtgtccgcgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttg 36096048  T
Q  209 aagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 306  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  36096047 aagcgtatatgatatcaccattgggacatacgggggatacaacacttgtgtgattcgacacattgcagaaaaaacaaccacaaaggtgagaatgatgtc 36095949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 168 - 306
Target Start/End: Original strand, 12746103 - 12746241
Alignment:
Q  168 gatccaccaccacggagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga- 266  Q
    |||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  12746103 gatccaccaccacaaagcatttccgctctccaaaaatgttgaagcgtatatgatatcaccattgggaattacaggggagacaacacttgtgtgattcgat 12746202  T
Q  267 acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 306  Q
    |||||| || | || ||| |||||||||||||||||||||    
T  12746203 acattgcag-agaagcaatcacacaagtgagaatgatgtc 12746241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 196 - 305
Target Start/End: Original strand, 50332063 - 50332173
Alignment:
Q  196 cccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcg-aacattgtagaaaaaacaaccacacaagt 294  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||  |||||| ||||| | ||| ||||| |||    
T  50332063 cccaaaaatgttgaagcagatatgatatcaccattgggacttatgggggagccaacgcttgtgtgaatcgtcacattgcagaaagagcaatcacacgagt 50332162  T
Q  295 gagaatgatgt 305  Q
    || ||||||||    
T  50332163 gataatgatgt 50332173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 53 - 157
Target Start/End: Original strand, 50331954 - 50332056
Alignment:
Q  53 agtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcactgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgag 152  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||| ||||| |||   ||||||| |||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||     
T  50331954 agtcatctcacttatatgtttctcaacatctactatt--gcattcaatgtgttattttaactcacacttgacacattaacatctctctattaagcatgaa 50332051  T
Q  153 actct 157  Q
    |||||    
T  50332052 actct 50332056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 185 - 306
Target Start/End: Original strand, 33014000 - 33014122
Alignment:
Q  185 cacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaaca 283  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  33014000 cacttccgctccccaaaaatgttgaagcgtatatgatatcaccattgggacttacatgggagacaacacttgtgtgattcgacacattgcagaaaaaaca 33014099  T
Q  284 accacacaagtgagaatgatgtc 306  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  33014100 accacacaagtgagaatgatgtc 33014122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 53 - 305
Target Start/End: Original strand, 38015928 - 38016177
Alignment:
Q  53 agtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcactgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgag 152  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||   ||||||| |||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| || ||  |||||    
T  38015928 agtcatctcacttatatgttgctcaacatctactatt--gcattcaatgtgttattttaactcacacttgacacattaacatctctccatcaagtatgag 38016025  T
Q  153 actcttcgtgtctgtgatccaccaccacggagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaaca 252  Q
    ||| || |||||   |||||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||||||| | |||||||||| || ||||||||||  |||||| || ||    
T  38016026 actttt-gtgtccacgatccaccaccacgaaccacttccgttccacaaaaatgttgaagcggatatgatatcgccattgggactta-tggggagccagca 38016123  T
Q  253 cttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgt 305  Q
    ||||||||| |||| | |||| ||||| | ||| ||||||||| | ||||||||    
T  38016124 cttgtgtgaatcgatatattgcagaaagagcaatcacacaagtaataatgatgt 38016177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 9 - 146
Target Start/End: Original strand, 33013852 - 33013989
Alignment:
Q  9 tgagatggacatcaaagttacatccataatcttatgacattacaagtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcactgtgttatt 108  Q
    |||||| ||||||| | |||||||||   ||||| |||||||  |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||  ||||| |||||||||    
T  33013852 tgagattgacatcacaattacatccaagttcttaagacattatgagtcatctcactaatatgttgttcaatatatattatatgaaattcaatgtgttatt 33013951  T
Q  109 ttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaa 146  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  33013952 ttaacccacacttgacacattagcatctctcaattaaa 33013989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 53 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 1599773 - 1599549
Alignment:
Q  53 agtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcactgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgag 152  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||| ||||| |||   ||||||| |||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  1599773 agtcatctcacttatatgtttctcaacatctactatt--gcattcaatgtgttattttaactcacacttgacacattaacatctctctattaagcatgag 1599676  T
Q  153 actcttcgtgtctgtgatccaccaccacggagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaaca 252  Q
    |||||  || ||||  ||||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||| |    
T  1599675 actctctgtatctgctatccaccaccacataccacttccgctcccaaaaaatgttgaagcatatatgatatcacctttgggacttatgggggagccaata 1599576  T
Q  253 cttgtgtgattcga-acattgtagaaa 278  Q
    ||||||||| |||| |||||| |||||    
T  1599575 cttgtgtgaatcgacacattgcagaaa 1599549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 100 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 26894949 - 26894788
Alignment:
Q  100 tgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacggagcacttccgctcccca 199  Q
    |||||||||||||  |||| |||| | ||||||||||||| |||||  |||||||| | ||||||||  ||||||||||| | | ||||||| ||||||     
T  26894949 tgtgttattttaaatcacacttgatatattaacatctctccattaagtatgagactatccgtgtctgcaatccaccaccatgaaccacttccactcccct 26894850  T
Q  200 aaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtga 261  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||   |||||||||| |||| || ||||| ||||||||    
T  26894849 aaaatgttgaagtggatattatatcattattgggacttatggggtagccaacagttgtgtga 26894788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0159 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0159
Description:

Target: scaffold0159; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 53 - 305
Target Start/End: Original strand, 33240 - 33492
Alignment:
Q  53 agtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcactgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgag 152  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||   ||||||| |||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||  |||||  |||||    
T  33240 agtcatctcacttatatgttgttcaacatctactatt--gcattcaatgtgttattttaactcacatttgacacattaacatctcttcattaagtatgag 33337  T
Q  153 actcttcgtgtctgtgatccaccaccacggagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaaca 252  Q
    |||||  ||||||| |||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||| |  |||||||||| | ||| ||||||  |||||| |||||    
T  33338 actctctgtgtctgcgatccaccaccacgaaccacttccgcttcccaaaaatgttgaagcgggtatgatatcaacattgagactta-tggggagccaaca 33436  T
Q  253 cttgtgtgatt--cga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgt 305  Q
    ||||||||| |   || |||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||    
T  33437 cttgtgtgaatgatgacacattgcagaaagagcaatcacacaagtgagaatgatgt 33492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 53 - 305
Target Start/End: Original strand, 5788867 - 5789119
Alignment:
Q  53 agtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcactgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgag 152  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||   ||||||| |||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||  |||||  |||||    
T  5788867 agtcatctcacttatatgttgttcaacatctactatt--gcattcaatgtgttattttaactcacatttgacacattaacatctcttcattaagtatgag 5788964  T
Q  153 actcttcgtgtctgtgatccaccaccacggagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaaca 252  Q
    |||||  ||||||| |||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||| |  |||||||||| | ||| ||||||  |||||| |||||    
T  5788965 actctctgtgtctgcgatccaccaccacgaaccacttccgcttcccaaaaatgttgaagcgggtatgatatcaacattgagactta-tggggagccaaca 5789063  T
Q  253 cttgtgtgatt--cga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgt 305  Q
    ||||||||| |   || |||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||    
T  5789064 cttgtgtgaatgatgacacattgcagaaagagcaatcacacaagtgagaatgatgt 5789119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 53 - 305
Target Start/End: Original strand, 3395448 - 3395698
Alignment:
Q  53 agtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcactgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgag 152  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||| ||||| |||   |||||||  ||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||| |||||  |||||    
T  3395448 agtcatctcacttatatgtttctcaacatctactatt--gcattcaaagtgttattttaactcacacctgacacattaacatctctccattaagtatgag 3395545  T
Q  153 actcttcgtgtctgtgatccaccaccacggagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaaca 252  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||   | |||||  |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| |||||  ||||||||||||    
T  3395546 actctttgtgtctgcgatccaccaccaaaaaccacttatgctccccaaaaatgttgaagcggatatgatatcaccattggaactta-tggggagacaaca 3395644  T
Q  253 cttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgt 305  Q
    ||||||||| |||| || ||| ||||| | ||| ||||||||||| ||||||||    
T  3395645 cttgtgtgaatcgacacgttgcagaaagagcaatcacacaagtgaaaatgatgt 3395698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 215 - 305
Target Start/End: Original strand, 41754529 - 41754620
Alignment:
Q  215 atatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgt 305  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||| |||||| | ||| | ||| ||||| ||||| ||||||||    
T  41754529 atatgatatcaccattgggacttatgggggagccaacgcttgtgtgaatcgacacattgcataaagagcaatcacacgagtgataatgatgt 41754620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 67; Significance: 9e-30; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 92 - 305
Target Start/End: Original strand, 43387132 - 43387344
Alignment:
Q  92 gcattcactgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacggagcacttcc 191  Q
    ||||||| ||||| |||||||  |||| ||||||||||||||||||||  ||||  | |||||||| |||||||| |||||| ||||||| | |||||      
T  43387132 gcattcaatgtgtaattttaactcacacttgacacattaacatctctctgttaagtacgagactctccgtgtctgcgatcca-caccacgaaccactttt 43387230  T
Q  192 gctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacac 290  Q
    |||||| ||||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||||  |||||  |||||||||||||| | || ||| |||||||||| ||| |||||    
T  43387231 gctcccaaaaaatgttgaaacggatatgatatcaccattgggactta-tggggatccaacacttgtgtgaattgacacaatgtagaaaaagcaatcacac 43387329  T
Q  291 aagtgagaatgatgt 305  Q
    |||||| ||| ||||    
T  43387330 aagtgaaaataatgt 43387344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0380 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0380
Description:

Target: scaffold0380; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 169 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 14503 - 14373
Alignment:
Q  169 atccaccaccacggagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-a 267  Q
    |||||||| |||| | ||| |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||| ||  |||||| || |||| |||||||||||||| || | |    
T  14503 atccaccatcacgaaccacatccgctcctcaaaaatgttgaagcggatatgatatcaccattaagacttatggaggagccaacacttgtgtgaatcaaca 14404  T
Q  268 cattgtagaaaaaacaaccacacaagtgaga 298  Q
    ||||| |||||   ||| |||||||||||||    
T  14403 cattgaagaaagggcaatcacacaagtgaga 14373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 120 - 210
Target Start/End: Original strand, 17510279 - 17510369
Alignment:
Q  120 ttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacggagcacttccgctccccaaaaatgttgaa 210  Q
    |||||||||||||||||||| | |||   | |||||||| ||| |||||||| ||||||| | | |||| || |||||| |||||||||||    
T  17510279 ttgacacattaacatctctccagtaagtgtcagactctttgtgcctgtgatcgaccaccaagaaccactcccactcccctaaaatgttgaa 17510369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 120 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 17542935 - 17542845
Alignment:
Q  120 ttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacggagcacttccgctccccaaaaatgttgaa 210  Q
    |||||||||||||||||||| | |||   | |||||||| ||| |||||||| ||||||| | | |||| || |||||| |||||||||||    
T  17542935 ttgacacattaacatctctccagtaagtgtcagactctttgtgcctgtgatcgaccaccaagaaccactcccactcccctaaaatgttgaa 17542845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0036 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0036
Description:

Target: scaffold0036; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 92 - 225
Target Start/End: Original strand, 50251 - 50384
Alignment:
Q  92 gcattcactgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacggagcacttcc 191  Q
    |||||||  ||||||||||||   ||| |||||| |||||  |||||| |||||  | ||||||||   |||| | |||||||||| ||| | ||||||     
T  50251 gcattcaacgtgttattttaactgacacttgacatattaaattctctccattaagtacgagactctctatgtccgcgatccaccactacgaaccacttct 50350  T
Q  192 gctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatca 225  Q
    |||||| ||||| ||||||| | |||||||||||    
T  50351 gctcccaaaaaacgttgaagcggatatgatatca 50384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University