View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11453A_low_29 (Length: 461)

Name: NF11453A_low_29
Description: NF11453A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11453A_low_29
NF11453A_low_29
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (17-441)||(32633147-32633571)
chr8 (17-441)||(6310267-6310688)
chr8 (17-438)||(5549675-5550093)
chr8 (17-435)||(5607836-5608251)
chr8 (17-435)||(5627119-5627534)
chr8 (17-438)||(14404603-14405021)
chr8 (20-439)||(13164766-13165182)
chr8 (17-441)||(5571255-5571676)
chr8 (17-300)||(12177099-12177382)
chr8 (17-300)||(12421527-12421810)
chr8 (17-279)||(12188420-12188682)
chr8 (17-279)||(12432848-12433110)
chr8 (23-124)||(9394271-9394372)
[»] scaffold0363 (1 HSPs)
scaffold0363 (17-438)||(13832-14250)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (17-258)||(19492820-19493061)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 32633571 - 32633147
Alignment:
Q  17 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32633571 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 32633472  T
Q  117 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32633471 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 32633372  T
Q  217 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||    
T  32633371 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaattttttttattaaa 32633272  T
Q  317 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatgtctt 416  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32633271 gactgaatggtgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggtaatgtctt 32633172  T
Q  417 caatcaagtcagattcagtcctaac 441  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  32633171 caatcaagtcagattcagtcctaac 32633147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 17 - 441
Target Start/End: Original strand, 6310267 - 6310688
Alignment:
Q  17 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||| ||||    
T  6310267 acatcatctattacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcattgatggtattaatttggaagtatcaatatcaagatcttccctgagta 6310366  T
Q  117 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 216  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  6310367 acttggaaagaagtttgttgcatgtgtaattgatcccatgtctctttgatacttctgttaccttttctaagaagcaactgccttcatatttaaaagagac 6310466  T
Q  217 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 316  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||         ||||||    
T  6310467 cctttgaaacatagcagcagcaagggttgtcttacctgtgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttagatca---gattttattaaa 6310563  T
Q  317 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatgtctt 416  Q
    || |||||| | | |||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||| ||||  ||||| |||||||  |||||| |||| | |||| |||    
T  6310564 gattgaatgctccaatagttttcatcaagtatgaaattacatggaagatcatttgtatactgttgatttaattttcctaatacagctctagtaatggctt 6310663  T
Q  417 caatcaagtcagattcagtcctaac 441  Q
    ||||||  |||||||||||||||||    
T  6310664 caatcatttcagattcagtcctaac 6310688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 17 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 5550093 - 5549675
Alignment:
Q  17 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||| ||  |||||||||||||||||  ||||||    
T  5550093 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagta 5549994  T
Q  117 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 216  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  5549993 acttagaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccacgactttttgatacttctgtaaccttttcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagac 5549894  T
Q  217 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 316  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||        ||||||    
T  5549893 cctttgaaacatagcagtggcaagggttgtcttaccaatgcctcccataccccaaactccaatgatttgaacttctgttgaatcaa---attttattaaa 5549797  T
Q  317 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatgtctt 416  Q
    || |||||| | ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||| |||||   |  ||||| |||||||| |||||| ||| || |||||||     
T  5549796 gattgaatgctccgatagttttcatcaggtatgaaattacaagtaagatcaattgtgctttgttgatttaattttcttaatacagctccggtaatgtctc 5549697  T
Q  417 caatcaagtcagattcagtcct 438  Q
    |||| || || |||||||||||    
T  5549696 caattaattcggattcagtcct 5549675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 17 - 435
Target Start/End: Original strand, 5607836 - 5608251
Alignment:
Q  17 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||| ||  |||||||||||||||||  ||||||    
T  5607836 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagta 5607935  T
Q  117 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 216  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  5607936 acttacaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccatgactttttgatacttctgtcaccttctcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagac 5608035  T
Q  217 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 316  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||        ||||||    
T  5608036 cctttgaaacatagcagtggcaagggttgtcttacctatgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttgagtcaa---attttattaaa 5608132  T
Q  317 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatgtctt 416  Q
    || |||| | | | ||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||| |||||   |  ||||| |||||||| | |||| |||||| ||||||||    
T  5608133 gattgaacgctccaatagttttcatcaggtatgaaattacaagtaagatcaattgtgctttgttgatttaattttcttattacagctctggtaatgtctt 5608232  T
Q  417 caatcaagtcagattcagt 435  Q
    |||| ||||  ||||||||    
T  5608233 caattaagttggattcagt 5608251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 17 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 5627534 - 5627119
Alignment:
Q  17 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||| ||  |||||||||||||||||  ||||||    
T  5627534 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagta 5627435  T
Q  117 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 216  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  5627434 acttacaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccatgactttttgatacttctgtcaccttctcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagac 5627335  T
Q  217 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 316  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||        ||||||    
T  5627334 cctttgaaacatagcagtggcaagggttgtcttacctatgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttgagtcaa---attttattaaa 5627238  T
Q  317 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatgtctt 416  Q
    || |||| | | | ||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||| |||||   |  ||||| |||||||| | |||| |||||| ||||||||    
T  5627237 gattgaacgctccaatagttttcatcaggtatgaaattacaagtaagatcaattgtgctttgttgatttaattttcttattacagctctggtaatgtctt 5627138  T
Q  417 caatcaagtcagattcagt 435  Q
    |||| ||||  ||||||||    
T  5627137 caattaagttggattcagt 5627119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 17 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 14405021 - 14404603
Alignment:
Q  17 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||    
T  14405021 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatagatggtattagtttgggactgtcaatatcaagatcttcccttagta 14404922  T
Q  117 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 216  Q
    |||| |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||     
T  14404921 acttggaaagaagtttgttgcacgcgtaattgattccatgccttttcgatacttctgtcaccttttcaaacaagcagctgccttcatatttgaaagagaa 14404822  T
Q  217 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 316  Q
    ||||||||||| |  || ||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||        |||||     
T  14404821 cctttgaaacagaatagaagcaagggttgtcttacctgtgcctcccataccccaaattccaatgatttgaacttgtgctgaatcaa---attttattaat 14404725  T
Q  317 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatgtctt 416  Q
    || |||||| | | |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||| | |  ||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  14404724 gattgaatgctccaatagttttcatcaagtataaaattacatgtaagatcatttgtgcattgctgatttaattttcctaatacaactctggtaatgtctt 14404625  T
Q  417 caatcaagtcagattcagtcct 438  Q
    |||| |||||||||||||||||    
T  14404624 caattaagtcagattcagtcct 14404603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 183; E-Value: 8e-99
Query Start/End: Original strand, 20 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 13165182 - 13164766
Alignment:
Q  20 tcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagtaact 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||    ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  13165182 tcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcctgatcatggatggtattactttgagagtggtaatatcaaggtcttcccctagtaact 13165083  T
Q  120 tagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagaccct 219  Q
    | |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||| ||||  |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |   ||||||| ||    
T  13165082 tggaaagaagtttgttgcatgtgtcattgattccatgcttttctgattgttctgtcacattttctaagaagcaatggccttcatagtgagaagagactct 13164983  T
Q  220 ttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaagac 319  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||        ||||||||     
T  13164982 ttgaaacatggcagcagcaagggttgtcttgcctgtgccccccattccccaaactccaatgatttgaacttctgatgaatcaa---tttttattaaagat 13164886  T
Q  320 tgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatgtcttcaa 419  Q
    | |||| | |  || |||||||||||||||||| || | ||||| ||| ||| ||||  |||||| |||||||  ||||||||||||  |||||||||||    
T  13164885 ttaatgctccagtaattttcatcgagtatgaaactatatgtaagttcaattgcgtaccggtgatttaattttcctaatacaactctgataatgtcttcaa 13164786  T
Q  420 tcaagtcagattcagtccta 439  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  13164785 tcaagtcagattcagtccta 13164766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 17 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 5571676 - 5571255
Alignment:
Q  17 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 116  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||  ||||||  ||||||||||| |||||    
T  5571676 acatcatctaatacaatgaaagatttcatatgtctgagtcttctcttgatcatggctgggattactttgggagtgtcaatacgaagatcttcccctagta 5571577  T
Q  117 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 216  Q
    |||| |||||||||||||||||  || |||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||     
T  5571576 acttggaaagaagtttgttgcacgtgtaattgattccatgcttttttgaaacttctgtcaccctttctaagaagcaattgccttcatatttgaaagagaa 5571477  T
Q  217 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 316  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  | |||||||||        ||||||    
T  5571476 cctttgaaacatagcagcagcaagagttgtcttaccagtgcctcccattccccaaagtccaatgatttgaactgttgttgaatcaa---attttattaaa 5571380  T
Q  317 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatgtctt 416  Q
    ||  ||| |   | |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||| | |||||| |||||||||||| |  |||| | |||||| ||||||||    
T  5571379 gatcgaacggcccaatagttttcatcaagtatcaaattacatgtaagttcatctctgtactggtgattcaatttccctaataaagctctggtaatgtctt 5571280  T
Q  417 caatcaagtcagattcagtcctaac 441  Q
    |||||| || |||||||||||||||    
T  5571279 caatcatgttagattcagtcctaac 5571255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 17 - 300
Target Start/End: Original strand, 12177099 - 12177382
Alignment:
Q  17 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||| |||| ||||||||| | ||  ||||||| ||||||||||| |||||    
T  12177099 acatcatctagtacaatgaaagctttcatgcgtttgagtcttttcataaccatagatgatattactttaggagtctcaatatgaagatcttcccctagta 12177198  T
Q  117 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 216  Q
    |||||||||||||| ||||| || || || |||  ||||| || |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||| || |||| ||    
T  12177199 acttagaaagaagtctgttgtatgtgtaactgagcccatgtctctttgattcttctgtgacattttctaggaagcaactaccttcatacatggaagatac 12177298  T
Q  217 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatc 300  Q
    | | ||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||  ||  ||||||| |||||||    
T  12177299 cttctgaaatatggcagcagcaagggttgtctttcctatgcctcccatgccccaaattccaatagttctaacttctcttgaatc 12177382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 17 - 300
Target Start/End: Original strand, 12421527 - 12421810
Alignment:
Q  17 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||| |||| ||||||||| | ||  ||||||| ||||||||||| |||||    
T  12421527 acatcatctagtacaatgaaagctttcatgcgtttgagtcttttcataaccatagatgatattactttaggagtctcaatatgaagatcttcccctagta 12421626  T
Q  117 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 216  Q
    |||||||||||||| ||||| || || || |||  ||||| || |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||| || |||| ||    
T  12421627 acttagaaagaagtctgttgtatgtgtaactgagcccatgtctctttgattcttctgtgacattttctaggaagcaactaccttcatacatggaagatac 12421726  T
Q  217 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatc 300  Q
    | | ||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||  ||  ||||||| |||||||    
T  12421727 cttctgaaatatggcagcagcaagggttgtctttcctatgcctcccatgccccaaattccaatagttctaacttctcttgaatc 12421810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 279
Target Start/End: Original strand, 12188420 - 12188682
Alignment:
Q  17 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||| |||| ||||||||| | ||  ||||||| ||||||||||| |||||    
T  12188420 acatcatctagtacaatgaaagctttcatgcgtttgagtcttttcataaccatagatgatattactttaggagtctcaatatgaagatcttcccctagta 12188519  T
Q  117 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 216  Q
     ||||||||||||| ||||| || || || |||  ||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  || |||| ||    
T  12188520 gcttagaaagaagtctgttgtatgtgtaactgagcccatgtctctttgattcttctgtgacattttctaagaagcaactaccttcatatctggaagatac 12188619  T
Q  217 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaat 279  Q
    | | ||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  12188620 cttctgaaatatggcagcagcaagggttgtctttcctatgcctcccatgccccaaattccaat 12188682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 279
Target Start/End: Original strand, 12432848 - 12433110
Alignment:
Q  17 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||| |||| ||||||||| | ||  ||||||| ||||||||||| |||||    
T  12432848 acatcatctagtacaatgaaagctttcatgcgtttgagtcttttcataaccatagatgatattactttaggagtctcaatatgaagatcttcccctagta 12432947  T
Q  117 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 216  Q
     ||||||||||||| ||||| || || || |||  ||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  || |||| ||    
T  12432948 gcttagaaagaagtctgttgtatgtgtaactgagcccatgtctctttgattcttctgtgacattttctaagaagcaactaccttcatatctggaagatac 12433047  T
Q  217 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaat 279  Q
    | | ||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  12433048 cttctgaaatatggcagcagcaagggttgtctttcctatgcctcccatgccccaaattccaat 12433110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 23 - 124
Target Start/End: Original strand, 9394271 - 9394372
Alignment:
Q  23 tctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagtaacttag 122  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||| | ||| |||| ||||||||||| ||  |||||| |||||||||||  || ||||||||    
T  9394271 tctagtacaatgaaagctttcatgtgtttgagtctttacataaccatagatgatattactttgggagtgtcaataccaagatcttccgctattaacttag 9394370  T
Q  123 aa 124  Q
    ||    
T  9394371 aa 9394372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 17 - 438
Target Start/End: Original strand, 13832 - 14250
Alignment:
Q  17 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||    
T  13832 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatagatggtattagtttgggactgtcaatatcaagatcttcccttagta 13931  T
Q  117 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 216  Q
    |||| |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||     
T  13932 acttggaaagaagtttgttgcacgcgtaattgattccatgccttttcgatacttctgtcaccttttcaaacaagcagctgccttcatatttgaaagagaa 14031  T
Q  217 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 316  Q
    ||||||||||| |  || ||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||        |||||     
T  14032 cctttgaaacagaatagaagcaagggttgtcttacctgtgcctcccataccccaaattccaatgatttgaacttgtgctgaatcaa---attttattaat 14128  T
Q  317 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatgtctt 416  Q
    || |||||| | | |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||| | |  ||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  14129 gattgaatgctccaatagttttcatcaagtataaaattacatgtaagatcatttgtgcattgctgatttaattttcctaatacaactctggtaatgtctt 14228  T
Q  417 caatcaagtcagattcagtcct 438  Q
    |||| |||||||||||||||||    
T  14229 caattaagtcagattcagtcct 14250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 17 - 258
Target Start/End: Original strand, 19492820 - 19493061
Alignment:
Q  17 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 116  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||| |||| ||||||||  |||||| | |  |  || |||| || ||||||||  ||||    
T  19492820 acatcatctagtacaatgaaagctttcattcctttgagtcttctaatgaccatggatgacattactataggcgtgtcgatattaacatcttccccgagta 19492919  T
Q  117 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 216  Q
    |  | |||| |||||| ||  |  ||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||  | |||| ||| ||| ||||||     
T  19492920 atgtggaaacaagttttttataagtgaaattgattccattcctttttgattcttctgccaccttttctaagaagcaggtaccttgatatttgcaagagaa 19493019  T
Q  217 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgcc 258  Q
      ||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||    
T  19493020 attttgaaacatagcagcaacaatggctgtcttacctatgcc 19493061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University