View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11453A_low_688 (Length: 207)

Name: NF11453A_low_688
Description: NF11453A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11453A_low_688
NF11453A_low_688
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (1-207)||(3067552-3067758)
chr8 (9-200)||(3055577-3055768)
chr8 (1-207)||(3071191-3071397)
chr8 (41-200)||(3034747-3034906)
chr8 (41-200)||(3042789-3042948)
chr8 (1-207)||(3040560-3040766)
chr8 (41-166)||(3063557-3063682)
chr8 (60-200)||(25125326-25125466)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 3067758 - 3067552
Alignment:
Q  1 ggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggagagaataagaggccaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3067758 ggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggagagaataagaggccaac 3067659  T
Q  101 atgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatggatatgcagaagatgaactaagt 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3067658 acgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatggatatgcagaagatgaactaagt 3067559  T
Q  201 gaaacaa 207  Q
    |||||||    
T  3067558 gaaacaa 3067552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 9 - 200
Target Start/End: Original strand, 3055577 - 3055768
Alignment:
Q  9 cctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggagagaataagaggccaacatgtcggt 108  Q
    ||||| ||||||||| ||||| || ||||   ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||||| |||||||||| ||    
T  3055577 cctgataatatatgtaattatattgctaatgaagggagtggtgtttgtggatataatagcttctgcactttgggagttgataagagaccaacatgtcagt 3055676  T
Q  109 gtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatggatatgcagaagatgaactaagt 200  Q
    ||| |||| | ||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  3055677 gtccaaaacgatactcactggttgatcctgatgatccacttggtagctgcaagccagacttcatacaaggatgtgcagaagatgaactaagt 3055768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 3071397 - 3071191
Alignment:
Q  1 ggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggagagaataagaggccaac 100  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||| ||| ||  ||  | |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  3071397 ggtctcatcctaaaaatatatgtcaatatattgttagttcaggtagtggtgtttgtggatataataccatctgcactttgggagatgataagagaccaac 3071298  T
Q  101 atgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatggatatgcagaagatgaactaagt 200  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||| | |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||  ||||||| |||| |||||||||||||| ||||    
T  3071297 atgtcggtgtccaaaacgttactcactgcttgatcctgatgatccacatggtagctgcaagccagatttcatacaaggatgtgcagaagatgaacaaagt 3071198  T
Q  201 gaaacaa 207  Q
     ||||||    
T  3071197 aaaacaa 3071191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 41 - 200
Target Start/End: Original strand, 3034747 - 3034906
Alignment:
Q  41 aggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggagagaataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgac 140  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||   ||||||| || | ||||| ||||| |||| | ||||| ||||| ||||||||     
T  3034747 aggtagtggtgtttgtggatataatagcttatgcactttggaagttgataagagaccgaaatgtcagtgtccaaaacgatactcgctggttgatcctgaa 3034846  T
Q  141 gatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatggatatgcagaagatgaactaagt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||| ||||    
T  3034847 gatccatttggtagctgcaagccagacttcatacaaggatgtgcagaagatgaaccaagt 3034906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 41 - 200
Target Start/End: Original strand, 3042789 - 3042948
Alignment:
Q  41 aggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggagagaataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgac 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||| | |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| | ||     
T  3042789 aggtagtggtgtttgtggatataatagcttctgcactttgggagttgataagtgaccaacatgtcagtgtccaaaaagttactcactggttgatgccgat 3042888  T
Q  141 gatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatggatatgcagaagatgaactaagt 200  Q
    |||||| ||||||  ||| ||||| || |||| || |||| |||||||||||||||||||    
T  3042889 gatccacttggtacttgcgagccaaacttcatgcaaggatgtgcagaagatgaactaagt 3042948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 3040560 - 3040766
Alignment:
Q  1 ggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggagagaataagaggccaac 100  Q
    ||||||| |||  |||||||||||||||||||  ||    ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||  ||| ||| ||| |    
T  3040560 ggtctcatcctcgaaatatatgtcattattttgttactgaaggtagtggtgtttgtggatataatagcatatgcactttgggagatgatacgagaccagc 3040659  T
Q  101 atgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatggatatgcagaagatgaactaagt 200  Q
    || |||||||| | | ||||||||||| || ||||||||| |||| | ||||||||||||||||||  || |||| |||| |||||||||||||||| ||    
T  3040660 atttcggtgtccagatagttactcactagttgatcctgactatccttatggtagctgcaagccagatttcgtacaaggatgtgcagaagatgaactatgt 3040759  T
Q  201 gaaacaa 207  Q
     ||||||    
T  3040760 aaaacaa 3040766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 41 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 3063682 - 3063557
Alignment:
Q  41 aggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggagagaataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgac 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||| |||| ||||| ||||| ||||   ||||||||| | |||||| |     
T  3063682 aggtagtggtgtttgtggatataatagcttctgcactttgggagatgataagagaccaaaatgtcagtgtccaaaacagtactcactgattgatcctaat 3063583  T
Q  141 gatccatttggtagctgcaagccaga 166  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  3063582 gatccatatggcagctgcaagccaga 3063557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 60 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 25125466 - 25125326
Alignment:
Q  60 tataatagctactgcactttgggagagaataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgca 159  Q
    |||||||||| ||||||||||||||   ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||  |||     
T  25125466 tataatagcttctgcactttgggagttgataagagaccaacatgtcagtgtccaaaaagttactcactggttgatcccgatgatccacttggtacttgcg 25125367  T
Q  160 agccagacctcatacatggatatgcagaagatgaactaagt 200  Q
    ||| |||| |||| || |||| || ||||||||||||||||    
T  25125366 agcaagacttcatgcaaggatgtggagaagatgaactaagt 25125326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University