View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11455_low_2 (Length: 783)

Name: NF11455_low_2
Description: NF11455
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11455_low_2
NF11455_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-766)||(25802658-25803435)
[»] scaffold0026 (1 HSPs)
scaffold0026 (4-766)||(105027-105793)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (557-747)||(43697603-43697799)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 700; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 700; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 766
Target Start/End: Original strand, 25802658 - 25803435
Alignment:
Q  1 gtgaaaaagtgttgtgagattgctggatttgcggtgcagattgtgatttcagctgttttgggtgatcctacgactctcattgctggtgttgttggggcac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25802658 gtgaaaaagtgttgtgagattgctggatttgcggtgcagattgtgatttcagcggttttgggtgatcctacgactctcattgctggtgttgttggggcac 25802757  T
Q  101 tcatgtctagggcttgaatatcatggaacataacagaatctatcttttgtcttttgttgtgacgtgtatgttagttttgtttagtaccacatgatgatga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25802758 tcatgtctagggcttgaatatcatggaatataacagaatctatcttttgtcttttgttgtgacgtgtatgttagttttgtttagtaccacatgatgatga 25802857  T
Q  201 tg------------atgtgtctccataacaatgtaatgtaaggaatataaattaaatgtggnnnnnnnacataataaatagggtataaatggtactacct 288  Q
    ||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25802858 tggtgatgatgatgatgtgtctccataacaatgtaatgtaaggaatataaattaaatgtggtttttttacataataaatagggtataaatggtactacct 25802957  T
Q  289 ctattgctatatttaagagatttttggccaaaacacacgaattgagaaacacaaccacaaaggcaaaagatgaaaagtttgctagaaatccaaagagaaa 388  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25802958 ctattgctatatttaagagatttttggccaaaacacacgaattgagaaacacaaccacaaaggcaaaagatgaaaagtttgctaaaaatccaaagagaaa 25803057  T
Q  389 taagcacaaactgatcacatgcttcaaaatgcaaacttatctgtcagaagtcagaactatctacaacataagtaatacaaagtgctgcccacaacacagt 488  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25803058 taagcacaaactgatcacatgcttcaaaatgcaaacttatctgtcagaagtcagaactatctacaacataagtaatacaaagtgctgcccacaacacagt 25803157  T
Q  489 gaaaatacattctgaattgcataagtatagaaccaaatgctaaaacacgaacatactgaaactcagagtacaactataacaatgcagtatgcaaaagtat 588  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25803158 gaaaatacattctgaattgcataagtatagaaccaaatgctaaaacacgaacatactgaaactcagagtacaactacaacaatgcagtatgcaaaagtat 25803257  T
Q  589 agctaatccatattagcaaatttgttgcaaagcacaatgttttaccaaattatatcaaaataatcttcaaagcaaataagtagtatgatcaaattaatcc 688  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25803258 agctaatccatattagcaaatttgttgcaaagcacaatgttttaccaaattatatcaaaataatcttcaaagcaaataagtagtatgatcaaattaatcc 25803357  T
Q  689 ccatttagttgcatacacacacaaacatttgccttatcctagactcggtcacttaatgtagtatatgtaatactgcat 766  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25803358 ccatttagttgcatacacacacaaacatttgccttatcctagactcggtcacttaatgtagtatatgtaatactgcat 25803435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0026 (Bit Score: 678; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0026
Description:

Target: scaffold0026; HSP #1
Raw Score: 678; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 766
Target Start/End: Complemental strand, 105793 - 105027
Alignment:
Q  4 aaaaagtgttgtgagattgctggatttgcggtgcagattgtgatttcagctgttttgggtgatcctacgactctcattgctggtgttgttggggcactca 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  105793 aaaaagtgttgtgagattgctggatttgcggtgcagattgtgatttcagcggttttgggtgatcctacgactctcattgctggtgttgttggggcgctca 105694  T
Q  104 tgtctagggcttgaatatcatggaacataacagaatctatcttttgtcttttgttgtgacgtgtatgttagttttgtttagtaccacatgatgatgatg- 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  105693 tgtctagggcttgaatatcatggaacataacagaatctatcttttgtcttttgttgtgacgtgtatgttagttttgtttagtaccacatgatgatgatgg 105594  T
Q  203 -----atgtgtctccataacaatgtaatgtaaggaatataaattaaatgtggnnnnnnnacataataaatagggtataaatggtactacctctattgcta 297  Q
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  105593 tgatgatgtgtctccataacaatgtaatgtaaggaatataaattaaatgtggtttttttacataataaatagggtataaatggtactacctctattgcta 105494  T
Q  298 tatttaagagatttttggccaaaacacacgaattgagaaacacaaccacaaaggcaaaagatgaaaagtttgctagaaatccaaagagaaataagcacaa 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  105493 tatttaagagatttttggccaaaacacacgaattgagaaacacaaccacaaaggcaaaagatgaaaagtttgctataaatccaaagagaaataagcacaa 105394  T
Q  398 actgatcacatgcttcaaaatgcaaacttatctgtcagaagtcagaactatctacaacataagtaatacaaagtgctgcccacaacacagtgaaaataca 497  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  105393 actgatcacatgcttcaaaatgcaaacttatctgtcagaagtcagaactatctataacataagtaatacaaagtgctgcccacaacacaatgaaaataca 105294  T
Q  498 ttctgaattgcataagtatagaaccaaatgctaaaacacgaacatactgaaactcagagtacaactataacaatgcagtatgcaaaagtatagctaatcc 597  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  105293 ttatgaattgcataagtatagaaccaaatgctaaaacacgaacatactgaaactcagagtacaactacaacaatgcagtatgcaaaagtatagctaatcc 105194  T
Q  598 atattagcaaatttgttgcaaagcacaatgttttaccaaattatatcaaaataatcttcaaagcaaataagtagtatgatcaaattaatccccatttagt 697  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  105193 atattagcaaatttgtagcaaagcacaatgttttaccaaattatatcaaaaaaatcttcaaagcaaataagtagtatgatcaaattaatccccatttagt 105094  T
Q  698 tgcatacacacacaaacatttgccttatcctagactcggtcacttaatgtagtatatgtaatactgcat 766  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  105093 tgcataca--cacaaacatttgccttatcctagactcggtcacttaatgtagtatatgtaatactgcat 105027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 113; Significance: 8e-57; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 557 - 747
Target Start/End: Original strand, 43697603 - 43697799
Alignment:
Q  557 tacaactataacaatgcagtatgcaaaagtatagctaatccatattagcaaatttgtt--gcaaagcacaatgttttaccaaattatatcaaaataatct 654  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |    
T  43697603 tacaacaataacaatgcagaatgcataagtatagctattccatattagcaaatttgttatgcaaagcacaatcttttaacaaattatatcaaaataattt 43697702  T
Q  655 tcaaagcaaataagtagtatgatcaaattaatccccatttag----ttgcatacacacacaaacatttgccttatcctagactcggtcacttaatgt 747  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  43697703 tcaaagcaaataagtagtatgatcaaattaatccccaatcagtagctagcatacacaaacaaacattttccttatcctagactcggccacttgatgt 43697799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University