View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1145_low_3 (Length: 787)

Name: NF1145_low_3
Description: NF1145
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1145_low_3
NF1145_low_3
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (1-689)||(23139954-23140641)
chr3 (1-539)||(23038949-23039487)
chr3 (1-525)||(23148666-23149190)
chr3 (1-536)||(23036078-23036613)
chr3 (1-538)||(23145828-23146365)
chr3 (6-525)||(23024185-23024704)
chr3 (6-519)||(23016975-23017488)
chr3 (6-539)||(23032627-23033145)
chr3 (156-304)||(22972014-22972162)
chr3 (156-277)||(22946467-22946588)
chr3 (153-202)||(22919134-22919183)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-519)||(21779721-21780239)
[»] scaffold0554 (1 HSPs)
scaffold0554 (6-516)||(6331-6841)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (6-507)||(12609818-12610319)
chr1 (6-519)||(15885536-15886049)
chr1 (38-524)||(12636946-12637429)
[»] scaffold0059 (1 HSPs)
scaffold0059 (6-519)||(62066-62579)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 633; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 633; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 689
Target Start/End: Original strand, 23139954 - 23140641
Alignment:
Q  1 cactcggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23139954 cactcggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgc 23140053  T
Q  101 accaaaaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttgga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23140054 accaaaaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttgga 23140153  T
Q  201 tctctcgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaa 300  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23140154 tctctcgcgattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaaatggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaa 23140253  T
Q  301 gaggcaccggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23140254 gaggcaccggagtgtgtaacctcaaggtttctttgacgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 23140353  T
Q  401 aatctctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctcca 500  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23140354 aacctctctcacctcatcttgcactttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctcca 23140453  T
Q  501 gcaccaaaaatgtcctgaacaataactatcactaaggtccaggtaaataatacatgtttagacatagttaaatgaccaacataaaaaatcaatttgtgta 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  23140454 gcaccaaaaatgtcctgaacaataactatcactaaggtccaggtaaataatacatgtttagacatagttaaacgaccgacataaaaaatcaatttgtgta 23140553  T
Q  601 atatttttaacttaagggaggaaaacagaaccgaaacaactaaagggattaaagtgcttatattgtaacttaagggaccaaaaccgaac 689  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  23140554 gtatttttaacttaagggaggaaaatagaaccgaaa-aacttaagggactaaagtgcttatattgtaacttaagggaccaaaacggaac 23140641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 539
Target Start/End: Original strand, 23038949 - 23039487
Alignment:
Q  1 cactcggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgc 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |||||||  ||||||||| || ||||| | |||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  23038949 cacttggaagcttccagtcaaaatgatacaacaacattgcaagggccagctcaatacttctcaaaccaaatgtgctccctgggcatattcttcttccggc 23039048  T
Q  101 accaaaaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttgga 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| | | |  | | ||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| ||||||    
T  23039049 accaaaaggaatgtactcataattacttcctttatagtcaatggcgctgtcaaggaatctctctggataaaatctctccggctcagtccagtaatttgga 23039148  T
Q  201 tctctcgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaa 300  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||| |||||||    
T  23039149 tctcttgcaattgcccaagcattgactatcaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatctcacatgtttgacgacattctcttggcagcaaaa 23039248  T
Q  301 gaggcaccggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 400  Q
    ||||    |||| ||||||||||| |||||||||||  | ||| |||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23039249 gaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacaactgacttcaaataattgagttcattgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 23039348  T
Q  401 aatctctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctcca 500  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23039349 aacctctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccagtctatggtgcttgctgatgtctcacctcca 23039448  T
Q  501 gcaccaaaaatgtcctgaacaataactatcactaaggtc 539  Q
    |||||||||| |||||||| | || |||||| |||||||    
T  23039449 gcaccaaaaacgtcctgaaaagtagctatcaataaggtc 23039487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 525
Target Start/End: Original strand, 23148666 - 23149190
Alignment:
Q  1 cactcggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgc 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |||||||  |||| |||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  23148666 cactgggaagcttccagtcaaaatgatacaacaacattgctagggccagctcaatatttctcaaaccaaatatgctccctgggcatattcttcttccggc 23148765  T
Q  101 accaaaaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttgga 200  Q
    |||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||  | || | ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |    
T  23148766 accaaaaggaatgtactcgaagttactccctttatagtcaatatcgctttcaatgaatctctctggataaaacctctctggttcagtccagtagtttgaa 23148865  T
Q  201 tctctcgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaa 300  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||  | ||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||| ||||||| ||| ||||| |||| |||||    
T  23148866 tctcttgcaattgcccaagcattgattatcactttagtcttaatcggaatgtgataaccatttatatcacacgcttgactacattctctcggtaacaaaa 23148965  T
Q  301 gaggcaccggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 400  Q
    ||||  |||||| ||||| ||| |||||||||||||  | | |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  23148966 gaggtgccggagggtgtagccttaaggtttctttgacaactaatttcaaataattgagttcattgatgcaattttcatcaacctttcctttcattttgaa 23149065  T
Q  401 aatctctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctcca 500  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23149066 aacctctctcacctcatcttgtgctttcttcattattcttggatcctttaccatctctaccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcgcctcca 23149165  T
Q  501 gcaccaaaaatgtcctgaacaataa 525  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  23149166 gcaccaaaaatgtcctgaacaataa 23149190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 1 - 536
Target Start/End: Original strand, 23036078 - 23036613
Alignment:
Q  1 cactcggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgc 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |||||||  | ||||||| ||  |||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  23036078 cacttggaagcttccagtcaaaatgatacaacaacatcgcaagggccatgtcaatatttctcaaaccaaatgtgctccctgggcatattcttcttccggc 23036177  T
Q  101 accaaaaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttgga 200  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| | |  | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  23036178 accaaaaggaatgtactcaaagttactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 23036277  T
Q  201 tctctcgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaa 300  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| |     |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23036278 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 23036377  T
Q  301 gaggcaccggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 400  Q
    ||||    |||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||  ||| |||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  23036378 gaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagttcgttgatacaattctcttcgacccttcctttcattttgaa 23036477  T
Q  401 aatctctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctcca 500  Q
    || ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23036478 aacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattccttaccatttctgccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctcca 23036577  T
Q  501 gcaccaaaaatgtcctgaacaataactatcactaag 536  Q
    ||||||||||||||||||| | || |||||| ||||    
T  23036578 gcaccaaaaatgtcctgaaaagtagctatcagtaag 23036613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 538
Target Start/End: Original strand, 23145828 - 23146365
Alignment:
Q  1 cactcggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgc 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |||| ||  ||||||||  || ||||| |||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||||| ||| ||    
T  23145828 cactaggaagcttccagtcaaaatgatacaataacattgcaaggaccagctcaatatttgtcaaaccaaatgtgctccctggacatattcttcttccagc 23145927  T
Q  101 accaaaaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttgga 200  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||  | |  | ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  23145928 accaaaaggaatgtactcaaagttactccctttatagtcaatatcgctgtcgatgaatctctctggataaaacctctctggttcagtccagtagtttgga 23146027  T
Q  201 tctctcgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaa 300  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||| ||||| |||| |||||    
T  23146028 tctcttgcaactgcccaagcattgactaacaccttagtcttaatcggtatgtgataaccatttatatcacattcttgactacattctctcggtaacaaaa 23146127  T
Q  301 gaggcaccggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 400  Q
    ||||  | |||| ||||| ||| |||||||||||||  | | |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23146128 gaggtgctggagggtgtagccttaaggtttctttgacaactaatttcaaataattgagttcattgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 23146227  T
Q  401 aatctctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctcca 500  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23146228 aacctctctcacctcatcttgtgctttcttcatgattcttggatcctttaccaattctaccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctcca 23146327  T
Q  501 gcaccaaaaatgtcctgaacaataactatcactaaggt 538  Q
    ||| ||||||||||||| | | || |||||| ||||||    
T  23146328 gcagcaaaaatgtcctgtaaagtagctatcaataaggt 23146365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 6 - 525
Target Start/End: Original strand, 23024185 - 23024704
Alignment:
Q  6 ggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgcaccaa 105  Q
    |||||||||||||||||||   |||||||  |||||||||  | ||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23024185 ggaagcttccaatcaaaatggtacaacaactttgcaagggctagctcaacacttcgcaaaccaaatatgctccctggacatattcttcgtcccgcaccaa 23024284  T
Q  106 aaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttggatctct 205  Q
    ||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||    |  | ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  23024285 aaggaatatactcaaagttactccctttatagtcaatatcactatcgatgaatctctctggataaaacctctctggttcggtccagtaatttggatctct 23024384  T
Q  206 cgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaagaggc 305  Q
     ||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| |||| |||| |||||| | ||||| ||||| |||| |||| ||||| ||||  ||||| ||     
T  23024385 tgcaattgcccaagcattgactatcaccttagtcttagttggaatgtcataaccgtctatcttacatgattgagcacattctctcggtattaaaagtggt 23024484  T
Q  306 accggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaaaatct 405  Q
     |||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||  || || ||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23024485 gccggagggtgtaacctcagggtttctttgacaattgatttcaaataattaagttcattgatacaattctcttcaacccttcctttcatattgaaaatct 23024584  T
Q  406 ctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctccagcacc 505  Q
    ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23024585 ctcgcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattctttaccatttctgccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctccagcacc 23024684  T
Q  506 aaaaatgtcctgaacaataa 525  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  23024685 aaaaatgtcctgaacaataa 23024704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 6 - 519
Target Start/End: Original strand, 23016975 - 23017488
Alignment:
Q  6 ggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgcaccaa 105  Q
    ||||||||||| ||||||| | |||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | || || ||||||||||||| |||  ||||||    
T  23016975 ggaagcttccagtcaaaatgatacaacaacatcgcaagggccaactcaacatttctcaaaccgaatgtactcccagggcatattcttcttccaccaccaa 23017074  T
Q  106 aaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttggatctct 205  Q
    |||||||||| || || | |||||||||||||||||||  |||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23017075 aaggaatgtattcgaagttactccctttatagtcaataccgttgtcaatgaatctctctggataaaacttctctggttcagtccagtagtttggatctct 23017174  T
Q  206 cgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaagaggc 305  Q
     || |||||||| ||||| |  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||     
T  23017175 tgcgattgcccaagcattaattatcaccttagtcttaactggtatgtgataaccatgtatctcacatgctttaccacattctcttggtagcaaaagaggt 23017274  T
Q  306 accggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaaaatct 405  Q
    || | ||  ||||| || | |||||||||||  | |||||||| ||||  ||| || || ||||| ||||||||||||| |||||||||||| | ||  |    
T  23017275 actgaaggatgtaatctaagggtttctttgacaactgatttcagataactgagttcatttatgcatttttcatcaacccgtcctttcatttttataacat 23017374  T
Q  406 ctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctccagcacc 505  Q
    | ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  23017375 ccctcacttcatcttgtgctttcttcattattcttggattccttatcatttctatcattgcccaatctgtggtgcttgctgatgtctcacctccaccacc 23017474  T
Q  506 aaaaatgtcctgaa 519  Q
     |||||||||||||    
T  23017475 gaaaatgtcctgaa 23017488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 6 - 539
Target Start/End: Original strand, 23032627 - 23033145
Alignment:
Q  6 ggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgcaccaa 105  Q
    |||||| |||| ||||||| | |||||||  | || |||| || ||||| |||||||||||||||| | || |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  23032627 ggaagcgtccagtcaaaatgatacaacaacatcgcgagggccagctcaatatttctcaaaccaaatgtactccctgggcatattcttcttccggcaccaa 23032726  T
Q  106 aaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttggatctct 205  Q
    | |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| | |  | |||||||||||               |||||||||||||||||||||||||||    
T  23032727 agggaatgtactcaaaattacttcctttatagtcaatagcgctgtcgatgaatctctc---------------tggttcagtccagtagtttggatctct 23032811  T
Q  206 cgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaagaggc 305  Q
     ||||||||||| |||||||| | ||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||     
T  23032812 tgcaattgcccaagcattgactatcaccttacttttaattggtatgtgataaccatttatctcacatgcttgaccgcattctcttggtagcaaaagaggt 23032911  T
Q  306 accggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaaaatct 405  Q
    || | || ||| ||||| | ||||||||||| || |||||||||||||| ||| |||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  23032912 actgtagggtggaacctaagggtttctttgacgactgatttcaaataattgagatcggggatgtaattttcatcaacctttcctttcattttgaaaacct 23033011  T
Q  406 ctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctccagcacc 505  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23033012 ctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcgttgatctcttatcatttctgtcatcgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcgcctccagcacc 23033111  T
Q  506 aaaaatgtcctgaacaataactatcactaaggtc 539  Q
    |||||||||||||| | || |||||| |||||||    
T  23033112 aaaaatgtcctgaaaagtagctatcaataaggtc 23033145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 156 - 304
Target Start/End: Original strand, 22972014 - 22972162
Alignment:
Q  156 aatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttggatctctcgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgat 255  Q
    ||||| || |||||||| || ||||| |||||||| || |||||||| ||  |||||||||| |||||||  | |||| || | || |||||||||||||    
T  22972014 aatctttcaggataaaacttatctggatcagtccaatattttggatcccttccaattgcccaagcattgattatcaccctacttttgattggtatgtgat 22972113  T
Q  256 aaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaagagg 304  Q
    ||||||  |||||||| ||||| |||||| | |||||||  ||||||||    
T  22972114 aaccatcaatctcacaagcttgtccacacacccttggtactaaaagagg 22972162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 156 - 277
Target Start/End: Original strand, 22946467 - 22946588
Alignment:
Q  156 aatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttggatctctcgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgat 255  Q
    ||||| || |||||||| || ||||| |||||||| || |||||||| ||  |||||||||| |||||||  | |||| || | || |||||||||||||    
T  22946467 aatctttcaggataaaacttatctggatcagtccaatattttggatcccttccaattgcccaagcattgattatcaccctactattgattggtatgtgat 22946566  T
Q  256 aaccatgtatctcacatgcttg 277  Q
    ||||||  ||||||||||||||    
T  22946567 aaccatcaatctcacatgcttg 22946588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 153 - 202
Target Start/End: Original strand, 22919134 - 22919183
Alignment:
Q  153 atgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttggatc 202  Q
    ||||| || ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||    
T  22919134 atgaacctttctggataaaatttcttcggttcattccagtagtttggatc 22919183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 291; Significance: 1e-163; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 1 - 519
Target Start/End: Original strand, 21779721 - 21780239
Alignment:
Q  1 cactcggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgc 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |||||||  | |||||||||  ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  21779721 cacttggaagcttccagtcaaaatgatacaacaacatcgcaagggtcgtctcaatatttctcaaaccaaatgtgctccctgggcatattcttcttccggc 21779820  T
Q  101 accaaaaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttgga 200  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  | |  | ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  21779821 accaaatggaatgtactcaaaattactccctttaaagtcaatatcgctatcgatgaatctctctggataaaacatctctggttcagtccagtagtttgga 21779920  T
Q  201 tctctcgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaa 300  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||  | ||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||| ||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||    
T  21779921 tctcttgcaattgcccaagcattgattatcaccttagtcttaatcggaatgtggtaaccatttatatcacatgcttgactacattctctcggtaacaaaa 21780020  T
Q  301 gaggcaccggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 400  Q
    ||||  | |||| ||||| ||| |||||||||||||  | |||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21780021 gaggtgctggagggtgtagccttaaggtttctttgacaactgatttcaaataattgagttcattgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 21780120  T
Q  401 aatctctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctcca 500  Q
    ||  |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21780121 aacttctctcacttcatcttgtgctttcttcattattcttggatcccttaccatttctaccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctcca 21780220  T
Q  501 gcaccaaaaatgtcctgaa 519  Q
    |||||||| ||||||||||    
T  21780221 gcaccaaacatgtcctgaa 21780239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0554 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 1)
Name: scaffold0554
Description:

Target: scaffold0554; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 6 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 6841 - 6331
Alignment:
Q  6 ggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgcaccaa 105  Q
    ||||||||||| ||||||| | |||||||  | ||||| | || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  6841 ggaagcttccagtcaaaatgatacaacaacatcgcaagcgccagctcaacatttctcaaaccaaatatacttcctgggcaaattcttcttccagcaccaa 6742  T
Q  106 aaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttggatctct 205  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |  |  |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6741 aaggaatgtactcaaaattaccccctttatagtcaatagtgctgtcagtgaatctctctggataaaacctctctggttcagtccagaagtttggatctct 6642  T
Q  206 cgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaagaggc 305  Q
     ||||||||||| |||||||  | ||||||| || |||  ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||     
T  6641 tgcaattgcccaagcattgattatcaccttactcctaaacggtatgttataaccatttatctcacatgctttaccacattctcttggtagcaaaagaggt 6542  T
Q  306 accggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaaaatct 405  Q
     | |||| ||||||||| | ||||||||||| || |||||||||||||| ||| | | | ||| |||||||||||||| |||| |||| | | ||||  |    
T  6541 gctggagggtgtaacctaagggtttctttgacgactgatttcaaataattgagtttgctaatgtaattttcatcaacctttccattcaatgtaaaaactt 6442  T
Q  406 ctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctccagcacc 505  Q
    ||| ||||||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  6441 ctcgcacctcagcttgtgctttcatcattattcttggctcccttatcatttctgccattgcccaatctatggtggttgctgatgtatcacctccagcacc 6342  T
Q  506 aaaaatgtcct 516  Q
    |||||||||||    
T  6341 aaaaatgtcct 6331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 154; Significance: 3e-81; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 6 - 507
Target Start/End: Original strand, 12609818 - 12610319
Alignment:
Q  6 ggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgcaccaa 105  Q
    ||||||||||||||||| | | ||||||    |||||| | ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||||| ||| |||||||    
T  12609818 ggaagcttccaatcaaagtgatacaacatcaatgcaagtgccaactcaacatttatcaaaccaaatgtgctacctggacatattcttcttccagcaccaa 12609917  T
Q  106 aaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttggatctct 205  Q
    | |||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| | | || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12609918 agggaatgtactcaaaattattccctttgtagtcaatagagctaccgatgaatctctccggataaaacttctctggttcagtccagtactttggatctct 12610017  T
Q  206 cgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaagaggc 305  Q
      |||| |||||||||||||| | ||||||  | || ||||||||  |||| ||||  |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||     
T  12610018 tccaatcgcccatgcattgactatcaccttgcttttgattggtatacgatacccatcaatctcacatgcttgtccacattctcttggaagtaaaagagga 12610117  T
Q  306 accggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaaaatct 405  Q
     | ||||  |||||||| ||||| ||||| |  | ||| || ||||||  ||| || || || |||||||| |||||  |||||||||| ||||| || |    
T  12610118 cctggaggatgtaaccttaaggtctctttcacaactgactttaaataagtgagttcatttatacaattttcttcaacatttcctttcatgttgaatatat 12610217  T
Q  406 ctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctccagcacc 505  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||  |||||||| ||  |||  |||||||||| |||| ||    |||||||| ||||||||||||||    
T  12610218 ctcttacctcatcttgtgctttcttcatcactcttttatcccttaccaactctgacattgcccaaactatagtagaagctgatgtatcacctccagcacc 12610317  T
Q  506 aa 507  Q
    ||    
T  12610318 aa 12610319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 6 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 15886049 - 15885536
Alignment:
Q  6 ggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgcaccaa 105  Q
    |||||| |||||||||| | | |||||||   |||||| | |||||||||||||  |||||||||| |  | || ||||||||||||| ||| | |||||    
T  15886049 ggaagcctccaatcaaagtgatacaacaacaatgcaagtgccaactcaacatttaccaaaccaaatgttatgcccgggcatattcttcttccagaaccaa 15885950  T
Q  106 aaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttggatctct 205  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | | || ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||||    
T  15885949 aaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctggttcagtccaatactttggatctct 15885850  T
Q  206 cgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaagaggc 305  Q
      |||| |||||||||||||| | ||||||  | ||  ||||||| ||||||||||  ||||||||||||||  |||| |||||||| || ||||||||     
T  15885849 tccaatcgcccatgcattgactatcaccttgcttttggttggtatatgataaccatcaatctcacatgcttgttcacattctcttggaagtaaaagagga 15885750  T
Q  306 accggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaaaatct 405  Q
     | |||| ||||||||| ||||| ||||| |  | ||| |||||||||  |||||| || ||  | || ||| ||||  |||||||  | ||||| || |    
T  15885749 gctggagggtgtaaccttaaggtctctttcacaactgacttcaaataagtgagctcattaatatagttctcaccaacaattccttttgtgttgaacattt 15885650  T
Q  406 ctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctccagcacc 505  Q
    |||| || |||||||| ||||||||||| | ||||  |||||||| ||  ||| ||||||||||| |||||||| |    ||||| || |||||||||||    
T  15885649 ctcttacttcatcttgtgctttcttcatcactctttcatcccttaccaactctgccattgcccaaactatggtggtactcgatgtatctcctccagcacc 15885550  T
Q  506 aaaaatgtcctgaa 519  Q
    ||| ||||||||||    
T  15885549 aaacatgtcctgaa 15885536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 38 - 524
Target Start/End: Original strand, 12636946 - 12637429
Alignment:
Q  38 tgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgcaccaaaaggaatgtactcaaaatcactccctttatag 137  Q
    |||||| | ||||||||||||| ||||||||||| || | |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | | ||||| |||    
T  12636946 tgcaagtgccaactcaacatttatcaaaccaaatgtgatgcctgggcatattcttcttcctgcaccaaaaggaatgtactcaaaattatttcctttgtag 12637045  T
Q  138 tcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttggatctctcgcaattgcccatgcattgacgaccaccttag 237  Q
    ||||||| | | || |||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||| ||||||||| || | |||||||     
T  12637046 tcaatagagctaccaatgaatctctctggatgaaacctctctggttcagtccagtactttggatctctaccaattgtccatgcatttactatcaccttac 12637145  T
Q  238 tcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaagaggcaccggagtgtgtaacctcaaggtttctttgat 337  Q
    | ||   |||||| ||||| || |  || ||||||||||| ||||| |||||    || ||||||||    |||| ||||||||| |  || ||||| |     
T  12637146 ttttggctggtatatgatacccttcaatttcacatgcttgtccacattctct---aagtaaaagaggagttggagggtgtaaccttagagtctctttcac 12637242  T
Q  338 gattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaaaatctctctcacctcatcttgcgctttcttcattatt 437  Q
     | | | |||||||| | ||| || || ||  | |||||| ||||  |||||||| | ||||| || | |||||| |||| ||| ||||||||||| | |    
T  12637243 tactaacttcaaatattcgagttcatttatatagttttcaccaacagttcctttcttgttgaatatttttctcacttcatattgtgctttcttcatcact 12637342  T
Q  438 cttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctccagcaccaaaaatgtcctgaacaata 524  Q
    |||||||||||||  |  ||| ||||||||||| |||||||  | | |||||| ||||||||||||||||  |||||||||| ||||    
T  12637343 cttggatcccttactaactctgccattgcccaaactatggtagtggatgatgtttcacctccagcaccaatgatgtcctgaaaaata 12637429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 107; Significance: 3e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 6 - 519
Target Start/End: Original strand, 62066 - 62579
Alignment:
Q  6 ggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgcaccaa 105  Q
    ||||||||||||||||| | | |||||||  ||||||| | || ||||| | |  ||||||||||| | || |||||||||||||||  ||| |||||||    
T  62066 ggaagcttccaatcaaagtgatacaacaacattgcaagtgccagctcaagactcatcaaaccaaatttactgcctgggcatattctttttccagcaccaa 62165  T
Q  106 aaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttggatctct 205  Q
    ||||||||||||| |||| | |||| || ||||||||||   | || ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||  ||||||||||    
T  62166 aaggaatgtactcgaaattattcccgttgtagtcaatagaactaccaatgaatctctctggataaaacctctctggttccgtccagtaccttggatctct 62265  T
Q  206 cgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaagaggc 305  Q
      | |||||||||||||| || | || ||| || || |||||||| ||||| ||||  |||||||||||||  | ||| |||||||| || |||||| ||    
T  62266 tccgattgcccatgcattaactatcagctttgttttcattggtatatgatacccatcaatctcacatgcttctctacattctcttggaagtaaaaga-gc 62364  T
Q  306 acc-ggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaaaatc 404  Q
    ||| || | ||||||||||| ||| ||||| |  ||||| ||||  || | ||| || |  || ||| |||||||||    ||| ||||| ||| | ||     
T  62365 acctggggggtgtaacctcagggtctctttcacaattgacttcacgtatttgagttcatgcatacaactttcatcaaaagctcccttcatgttgtatatt 62464  T
Q  405 tctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctatggtgcttgctgatgtctcacctccagcac 504  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||| ||  ||| ||||||||||| ||| | |    |||||||| |||||||||||||    
T  62465 tctctcacttcatcttgtgctttcttcatcactcttggatctcttaccaactctgccattgcccaaactacgctcaaagctgatgtatcacctccagcac 62564  T
Q  505 caaaaatgtcctgaa 519  Q
    |||| ||||||||||    
T  62565 caaacatgtcctgaa 62579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University