View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF11460_low_1 (Length: 1041)
Name: NF11460_low_1
Description: NF11460
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11460_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 950; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 950; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 1023
Target Start/End: Complemental strand, 29007740 - 29006734
Alignment:
| Q |
17 |
aataacgaacggttcattggatatgtgatgattggcagtgtttacttacacaccgttatacgacgtgatcgaggtaaaccaacaaggctacaacacatgt |
116 |
Q |
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| T |
29007740 |
aataacgaacggttcattggatatgtgatgattggcagtgtttacttacacaccgttatacgacgtgatcgaggtaaaccaacaaggctacaacacatgt |
29007641 |
T |
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| Q |
117 |
acaatagcaaatgccatttccacacacaacactggagaaacagtgatccacctcactgaatcaggaacacgctacttcgtttgtggcagaatgggtcatt |
216 |
Q |
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| T |
29007640 |
acaatagcaaatgccatttccacacacaacactggagaaacagtgatccacctcactgaatcaggaacacgctacttcgtttgtggcagaatgggtcatt |
29007541 |
T |
|
| Q |
217 |
gtcaacaaggcctcaaacttgaagtcaaagttcaagctcagtccaacaacactggaacttctcctccacctagttctccaccacgccctcattctcctcc |
316 |
Q |
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| T |
29007540 |
gtcaacaaggcctcaaacttgaagtcaaagttcaagctcagtccaacaacactggaacttctcctccacctagttctgcaccacgccctcattctcctcc |
29007441 |
T |
|
| Q |
317 |
tagtccaccgaatggtgattctcctcctagtccaccacacagtgattctcctcctagtcctccagatgcacatgctaaagcgccttgtgattgttcttgt |
416 |
Q |
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| T |
29007440 |
tagtccaccgaatggtgattctcctcctagtccaccacacagtgattctcctcctagtcctccagatgcacatgctaaagcgccttgtgattgttcttgt |
29007341 |
T |
|
| Q |
417 |
gcagatgagggtcgtttgggtgttccattgattacactcgtaatcatccgagctttcgcttggtcttannnnnnngttcacctttcagctatcaactagc |
516 |
Q |
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| T |
29007340 |
gcagatgagggtcgtttgggtgttccattgattacactcgtaatcatcttagctttcgcttggtcttctttttttgttcacctttcagctatcaactagc |
29007241 |
T |
|
| Q |
517 |
tagctcacactagacagtttatttcactgatgtgggtgtttggtcatttataatgacatattgtttagtacatatagattgtgatttggtttagtgactt |
616 |
Q |
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| T |
29007240 |
tagctcacactagacagtttatttcactgatgtgggtgtttggtcattcataatgacatattgtttagtacatatagattgtgatttggtttagtgactt |
29007141 |
T |
|
| Q |
617 |
tagtcaattgttccaaagtgagtgatgttcttgtgttgctaatgtgagaatctttgctactgtgaatttgtttgttagcaaatgaacttgtttagttcaa |
716 |
Q |
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| T |
29007140 |
tagtcaattgttccaaagtgagtgatgatcttgtgttgctaatgtgagaatctttgctactgtgaatttgtttgttagcaaatgaacttgtttagttcaa |
29007041 |
T |
|
| Q |
717 |
agtaaactctgtatactcaatttgagaatttgattgtagactctttgctccttttttgttcaattagatttctcatgttatgagttcattacttttctgg |
816 |
Q |
| |
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|
| T |
29007040 |
agtaaactctgtatactcaatttgagaatttgattgtagactctttgctccttttttgttcaattagatttctcatgttatgagttcattacttttctgg |
29006941 |
T |
|
| Q |
817 |
aagtacattttaaagaagtgtttatttgagctatccattcttattaaataattgaatcaaattacaattgatgttataattttaattagccaaaaattcc |
916 |
Q |
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| T |
29006940 |
aggtacattttaaagaagtgtttatttgagctatccattcttattaaataattgaatcaaattacaattggtgttataattttaattagccaaaaattcc |
29006841 |
T |
|
| Q |
917 |
atgctagtctgagtggcatgtacttgaaatggtttcatcagagcatttggataatgtgattactgatacatatctctttcagctttagtggtcgtgtgtt |
1016 |
Q |
| |
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|
|
| T |
29006840 |
atgctagtctgagtggcatgtacttgaaatggtttcatcaaagcatttggataatgtgattactgatacatatctctttcagctttagtggtcgtgtgtt |
29006741 |
T |
|
| Q |
1017 |
tgaacaa |
1023 |
Q |
| |
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||||||| |
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| T |
29006740 |
tgaacaa |
29006734 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 28 - 325
Target Start/End: Original strand, 21409490 - 21409776
Alignment:
| Q |
28 |
gttcattggatatgtgatgattggcagtgtttacttacacaccgttatacgacgtgatcgaggtaaaccaacaaggctacaacacatgtacaatagcaaa |
127 |
Q |
| |
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| T |
21409490 |
gttcattggatatgtgatgattgacagtgtttacttacacaccgttgtacgacgtaattgaggtaaaccaacaagggtacaacacatgtacaatagcaaa |
21409589 |
T |
|
| Q |
128 |
tgccatttccacacacaacactggagaaacagtgatccacctcactgaatcaggaacacgctacttcgtttgtggcagaatgggtcattgtcaacaaggc |
227 |
Q |
| |
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||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |
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| T |
21409590 |
tgccatttcgacatacaactcaggagaaacagtgatccacgtcattgaatcaggaaaacgctacttcgtttgtggcagaatgggccattgccaacaaggc |
21409689 |
T |
|
| Q |
228 |
ctcaaacttgaagtcaaagttcaagctcagtccaacaacactggaacttctcctccacctagttctccaccacgccctcattctcctcctagtccacc |
325 |
Q |
| |
|
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21409690 |
ctgaaactcaaagtcaaagttcaagctcagtccaacaaca-----------cctccacctatttctccaccatgccctcattctcctcctagtccacc |
21409776 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 191 - 325
Target Start/End: Original strand, 21465429 - 21465563
Alignment:
| Q |
191 |
cttcgtttgtggcagaatgggtcattgtcaacaaggcctcaaacttgaagtcaaagttcaagctcagtccaacaacactggaacttctcctccacctagt |
290 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
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| T |
21465429 |
cttcgtttgtggcagaatgggccattgccaacaaggcctgaaactcaaagtcaaagttcaagctcagtccaacaacactggaacttctcctccacctatt |
21465528 |
T |
|
| Q |
291 |
tctccaccacgccctcattctcctcctagtccacc |
325 |
Q |
| |
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||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
21465529 |
tctccaccatgccctcattctcctcctagtccacc |
21465563 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 28 - 175
Target Start/End: Original strand, 21461779 - 21461926
Alignment:
| Q |
28 |
gttcattggatatgtgatgattggcagtgtttacttacacaccgttatacgacgtgatcgaggtaaaccaacaaggctacaacacatgtacaatagcaaa |
127 |
Q |
| |
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|
| T |
21461779 |
gttcattggatatgtgatgattgacagcgtttacttacacaccgttgtacaacgtaattgaggtaaaccaacaagggtacaacacatgtacaatagcaaa |
21461878 |
T |
|
| Q |
128 |
tgccatttccacacacaacactggagaaacagtgatccacctcactga |
175 |
Q |
| |
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||| |||| ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |
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| T |
21461879 |
cgccgtttcgacatacaactctggagaaatagtgatccacctcactga |
21461926 |
T |
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Back To:
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