View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11461_high_16 (Length: 245)

Name: NF11461_high_16
Description: NF11461
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11461_high_16
NF11461_high_16
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (16-243)||(41947120-41947347)
chr8 (6-243)||(1288630-1288867)
chr8 (6-243)||(200299-200536)
chr8 (6-243)||(315136-315373)
chr8 (6-243)||(30408418-30408655)
chr8 (6-243)||(43810098-43810335)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (6-243)||(30697101-30697338)
chr5 (6-243)||(12020594-12020831)
chr5 (6-243)||(40369862-40370099)
chr5 (6-243)||(37679341-37679578)
chr5 (6-243)||(7101989-7102226)
chr5 (6-243)||(16795974-16796211)
chr5 (6-243)||(10276329-10276566)
chr5 (125-236)||(15065043-15065154)
[»] scaffold0044 (1 HSPs)
scaffold0044 (6-243)||(47480-47717)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (6-243)||(27187941-27188178)
chr4 (6-243)||(31356467-31356704)
chr4 (6-243)||(44148863-44149100)
chr4 (136-243)||(43681937-43682044)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (6-243)||(9699384-9699621)
chr3 (6-243)||(54169959-54170196)
chr3 (6-243)||(43551597-43551834)
chr3 (134-243)||(21848928-21849037)
chr3 (136-232)||(22930051-22930147)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (6-243)||(17889243-17889482)
chr6 (6-243)||(8318119-8318356)
chr6 (6-245)||(17161398-17161637)
chr6 (6-245)||(31927250-31927489)
chr6 (6-243)||(27570346-27570584)
chr6 (21-232)||(15500823-15501026)
chr6 (123-236)||(23255356-23255469)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (11-245)||(35953052-35953286)
chr2 (6-243)||(8052697-8052934)
chr2 (6-242)||(36672357-36672593)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (6-243)||(7942698-7942935)
chr7 (6-243)||(27758702-27758939)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (6-243)||(26313318-26313555)
chr1 (6-243)||(39795700-39795937)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 16 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 41947347 - 41947120
Alignment:
Q  16 acatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaagtgtcacaaa 115  Q
    |||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |  | ||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41947347 acatatgaatatacaacattaagcagctcatttgatctacttgttgaacttgaattgaatgcacttctaggttgcttgcccaacaagcaagtgtcacaaa 41947248  T
Q  116 ttgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatctataatgcca 215  Q
     | |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  41947247 ctatattaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatctttatcaactaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatctataatgcca 41947148  T
Q  216 taaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  41947147 taaccagctatcttcatcttttaccata 41947120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 1288867 - 1288630
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||    
T  1288867 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttgatctacttgctgcacttgaactgaatacacttctaggtcgcttgcccaacaagcaa 1288768  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  1288767 gtatcacaaattgtgttaggtatctcaattttaggtactcctagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 1288668  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| || |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1288667 tatagtgtcataaccatctatcttcatcttttaccata 1288630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Original strand, 200299 - 200536
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  200299 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttgatctacttgctgaacttgaactgaatgcacttcttggttgctttcccaacaagcaa 200398  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    ||  |||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  200399 gtaccacagactgtgttaggtatctcaattttaggaactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 200498  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  200499 tatagtgccataaccaactatcttcatcttttaccata 200536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Original strand, 315136 - 315373
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  315136 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttgatctacttgctgaacttgaactgaatgcacttcttggttgctttcccaacaagcaa 315235  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    ||  |||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  315236 gtaccacagactgtgttaggtatctcaattttaggaactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 315335  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  315336 tatagtgccataaccaactatcttcatcttttaccata 315373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Original strand, 30408418 - 30408655
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  30408418 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttgatctacttgctgaacttgaactgaatgcacttcttggttgctttcccaacaagcaa 30408517  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    ||  |||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  30408518 gtaccacagactgtgttaggtatctcaattttaggaactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 30408617  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30408618 tatagtgccataaccaactatcttcatcttttaccata 30408655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Original strand, 43810098 - 43810335
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  43810098 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttgatctacttgctgaacttgaactgaatgcacttcttggttgctttcccaacaagcaa 43810197  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    ||  |||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  43810198 gtaccacagactgtgttaggtatctcaattttaggaactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 43810297  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  43810298 tatagtgccataaccaactatcttcatcttttaccata 43810335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 146; Significance: 5e-77; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 30697338 - 30697101
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  30697338 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttgatctacttgctgaacttgaactgaatgcacttctaggttgctttcccaacaagcaa 30697239  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    || ||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  30697238 gtatcacaaactgtgttaggtatctcaattttaggcactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 30697139  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30697138 tatagtgccataaccagctatcttcatcttttaccata 30697101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 12020831 - 12020594
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  12020831 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttgatctacttgctgaacttgaactgaatgcacttctaggttgctttcccaacaagcaa 12020732  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    || ||||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  12020731 gtatcacagactgtgttaggtatctcaattttaggcactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 12020632  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12020631 tatagtgccataaccagctatcttcatcttttaccata 12020594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Original strand, 40369862 - 40370099
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  40369862 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagtagctcctttgatctacttgctgaacttgaactgaatgcacttctaggttgctttcccaacaagcaa 40369961  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    || ||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| ||||| |||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  40369962 gtatcacaaactgtgttagatatctcaattttaggcactcccagaatcatttctttatcaaccaattggttaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 40370061  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40370062 tatagtgccataaccagctatcttcatcttttaccata 40370099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 37679578 - 37679341
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| || | ||||||| ||||| || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  37679578 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttaatctacttgctgaacttgaactgaatgcacttctaggttgctttcccaacaagcaa 37679479  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    || ||||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  37679478 gtatcacagactgtgttaggtatctcaattttaggcactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 37679379  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37679378 tatagtgccataaccagctatcttcatcttttaccata 37679341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Original strand, 7101989 - 7102226
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  7101989 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttgatctacttgctgaacttgaactgaatgcacttcttggttgctttcccaacaagcaa 7102088  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    ||  |||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  7102089 gtaccacagactgtgttaggtatctcaattttaggaactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 7102188  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7102189 tatattgccataaccaactatcttcatcttttaccata 7102226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 16796211 - 16795974
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  16796211 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttgatctacttgctgaacttgaactgaatgcacttcttggttgctttcccaacaagcaa 16796112  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    ||  |||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  16796111 gtaccacagactgtgttaggtatctcaattttaggaactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 16796012  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16796011 tatagtgccataaccaactatcttcatcttttaccata 16795974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 10276566 - 10276329
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||| || | ||||||| | ||| || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  10276566 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagcttctttgatttacttgctgaacttgaacttaatgcacttctaggttgcttccccaacaagcaa 10276467  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    || ||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  10276466 gtatcacaaactgtgttagatatctcaattttaggcactcccagaatcatttctttataaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 10276367  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  10276366 tatagtgccataaccggctatcttcatcttttatcata 10276329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 125 - 236
Target Start/End: Original strand, 15065043 - 15065154
Alignment:
Q  125 gtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatctataatgccataaccagct 224  Q
    ||||||| | |||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||| ||| ||  ||| | || |||| ||||||  |||| ||||||||||| ||    
T  15065043 gtatctccaatttaggtactccaagaatcatgtctttatcaaccaattgaataagactcctacaattgagataaccaaacatatagtgccataaccaact 15065142  T
Q  225 atcttcatcttt 236  Q
    |||||| |||||    
T  15065143 atcttcttcttt 15065154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044 (Bit Score: 142; Significance: 1e-74; HSPs: 1)
Name: scaffold0044
Description:

Target: scaffold0044; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Original strand, 47480 - 47717
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  47480 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttgatctacttgctgaacttgaactgaatgcacttctaggttgctttcccaacaagcaa 47579  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    || ||||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  47580 gtatcacagactgtgttaggtatctcaattttaggcactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 47679  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47680 tatagtgccataaccagctatcttcatcttttaccata 47717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 27188178 - 27187941
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |  | ||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  27188178 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttgatctacttgttgcacttgaactgaatgcacttctaggttgcttgcccaacaagcaa 27188079  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    || ||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  27188078 gtatcacaaactctgttaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 27187979  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  27187978 tatagtgccataactagttatcttcatcttttaccata 27187941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 31356704 - 31356467
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    | ||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  31356704 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttgatctacttattgcacttgaactgaatgcacttctaggttgcttgcccaacaagcaa 31356605  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    || ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| | |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  31356604 gtatcacaaagtgtgttaggtatctcaattttaggtactcccaaaatcatttctttatcatccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 31356505  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31356504 tatagtgccataaccagctatctttatcttttaccata 31356467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 44149100 - 44148863
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  44149100 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttgatctacttgctgaacttgaactgaatgcacttcttggttgctttcccaacaagcaa 44149001  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    ||  |||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  44149000 gtaccacagactgtgttaggtatctcaattttaggaactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 44148901  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44148900 tatagtgccataaccaactatcttcatcttttaccata 44148863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 136 - 243
Target Start/End: Original strand, 43681937 - 43682044
Alignment:
Q  136 ttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatctataatgccataaccagctatcttcatctt 235  Q
    ||||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  43681937 ttaggtactcccaaaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgggatgaccaaatctatagtgccataaccagctatcttcatctt 43682036  T
Q  236 ttaccata 243  Q
    ||||||||    
T  43682037 ttaccata 43682044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 9699621 - 9699384
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |  | ||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  9699621 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttgatctacttgttgcacttgaactgaatgcacttctaggttgcttgcccaacaagcaa 9699522  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    || ||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  9699521 gtatcacaaactctgttaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 9699422  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  9699421 tatagtgccataactagttatcttcatcttttaccata 9699384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Original strand, 54169959 - 54170196
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  54169959 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttgatctacttgctgaacttgaactgaatgcacttcttggttgctttcccaacaagcaa 54170058  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    ||  |||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  54170059 gtaccacagactgtgttaggtatctcaattttaggaactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 54170158  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  54170159 tatagtgccataaccaactatcttcatcttttaccata 54170196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 43551834 - 43551597
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| |||||| |||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||  || |||| |||||||||||||||||||||    
T  43551834 aggaccacacacatctaaatatacaacatcaagcagctcctttgatctacttgctgcacttgaactgaacgcacttctaggttgcttgcccaacaagcaa 43551735  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    || | ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  43551734 gtataacaaactgtgttaggtatctcaattttaggtactcctagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 43551635  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43551634 tatagtgccataaccagctatcttcatctttaaccata 43551597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 134 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 21849037 - 21848928
Alignment:
Q  134 ttttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatctataatgccataaccagctatcttcatc 233  Q
    ||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21849037 ttttaggcactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatctatagtgccataaccagctatcttcatc 21848938  T
Q  234 ttttaccata 243  Q
    ||||||||||    
T  21848937 ttttaccata 21848928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 136 - 232
Target Start/End: Original strand, 22930051 - 22930147
Alignment:
Q  136 ttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatctataatgccataaccagctatcttcat 232  Q
    ||||||||| ||| |||||| | ||| |||||||| ||||||| || | |  | |||||||| |||||  |||| ||||||| ||||||||||||||    
T  22930051 ttaggtactaccaaaatcatctctttgtcaactaaatgattaagacttatgtaattaagatggccaaacatatagtgccatagccagctatcttcat 22930147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 137; Significance: 1e-71; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Original strand, 17889243 - 17889482
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  17889243 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagtagctcctttgatctacttgctgaacttgaactgaatgcacttctaggttgcttccccaacaagcaa 17889342  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgacc--aaa 203  Q
    || ||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||  |||    
T  17889343 gtatcacaaactgtgtcaggtatctcaattttaggcactctcagaatcatttatttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaaaa 17889442  T
Q  204 tctataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17889443 tctatagtgccataaccagctatcttcatcttttaccata 17889482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Original strand, 8318119 - 8318356
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  8318119 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttgatctacttgctgaacttgaactgaatgcacttcttggttgctttcccaacaagcaa 8318218  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    ||  |||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  8318219 gtaccacagactgtgttaggtatctcaattttaggaactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 8318318  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8318319 tatagtgccataaccaactatcttcatcttttaccata 8318356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 6 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 17161637 - 17161398
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||   |||||||  |||| ||| ||| ||||| |||| ||||||||||    
T  17161637 aggaccacacacatctgaatgcacaacattaagtagctcatttgatctacttgctccacttgaacagaatgcatgtctaggttggttgctcaacaagcaa 17161538  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  17161537 gtgtcacagactgtgttaggtatctcaattttaggaactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 17161438  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccataac 245  Q
    ||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  17161437 tataatgtcatagcaagctatcttcatcttttaccataac 17161398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 6 - 245
Target Start/End: Original strand, 31927250 - 31927489
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||| |||||||||| |||| ||| ||||||||| |||||  ||||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||| |||    
T  31927250 aggaccacatacatctgaaaacacaacattgagtaactcttttgatctattagcaacacttgaactgaatgtatttctaggttgcttgcccaacaaacaa 31927349  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    || | ||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| |    
T  31927350 gtattacaaaatgtactaagtatctcaattttaggtactcccataatcatatctttgtcaactaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaacc 31927449  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccataac 245  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31927450 tataatgtcataaccaactatcttcatcttttaccataac 31927489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Original strand, 27570346 - 27570584
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  27570346 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttgatctacttgctgaacttgaactgaatgcacttctaggttgcttccccaacaagcaa 27570445  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatct-caattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaat 204  Q
    || ||||||| |||| ||||||||| || ||||||| ||||||| |||||| | ||||||||| |||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||    
T  27570446 gtatcacaaactgtgttaggtatctccatttttaggcactcccaaaatcatttctttatcaaccaatttattaagacctctaaaattgagatgaccaaat 27570545  T
Q  205 ctataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    ||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||||    
T  27570546 ctatagtgccataaccaacaaccttcatcttttaccata 27570584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 21 - 232
Target Start/End: Original strand, 15500823 - 15501026
Alignment:
Q  21 tgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaagtgtcacaaattgtg 120  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||   |  ||||| ||| | ||| ||||||| ||||||||||| |        || ||| ||| |||     
T  15500823 tgaatacacaacattcaatagctcctttgatctatgtgttgtactagaacttaatgcatttctaggttgcttgccta--------gtatcataaactgta 15500914  T
Q  121 ctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatctataatgccataacc 220  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||     
T  15500915 ctaggtatctcaattttaggtacaccaagaaccatttctttatcaactaattgattaaaacctctaaaattaagatgaccaaacctatagtgccataaca 15501014  T
Q  221 agctatcttcat 232  Q
    | ||||||||||    
T  15501015 aactatcttcat 15501026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 123 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 23255469 - 23255356
Alignment:
Q  123 aggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatctataatgccataaccag 222  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||  ||||| || |||| ||||||| |||| ||||||||||||    
T  23255469 aggtatctcaaatttaggtactcctagaatcatatatttatcaaccaattgattaacactcctaaaattgagatcaccaaatttatagtgccataaccag 23255370  T
Q  223 ctatcttcatcttt 236  Q
     ||||||| |||||    
T  23255369 ttatcttcttcttt 23255356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 11 - 245
Target Start/End: Original strand, 35953052 - 35953286
Alignment:
Q  11 cacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaagtgtc 110  Q
    |||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| || || | ||||||||||||||||||||| ||||    
T  35953052 cacacacatctgaatatagaacattaagcagctcctttgatctacttgctgcacttgaactgaattcacttataggttgcttgcccaacaagcaaatgtc 35953151  T
Q  111 acaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatctataa 210  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||     
T  35953152 acaaactgtgttaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatctatag 35953251  T
Q  211 tgccataaccagctatcttcatcttttaccataac 245  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||||||||||    
T  35953252 tgccataacaaaatatcttcatcttttaccataac 35953286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 8052934 - 8052697
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  8052934 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttgatctacttgctgaacttgaactgaatgcacttcttggttgctttcccaacaagcaa 8052835  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    ||  |||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  8052834 gtaccacagactgtgttaggtatctcaattttaggaactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 8052735  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8052734 tatagtgccataaccaactatcttcatcttttaccata 8052697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 6 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 36672593 - 36672357
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  36672593 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttgatctacttgctgaacttgaactgaatgcacttcttggttgctttcccaacaagcaa 36672494  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    ||  |||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  36672493 gtaccacagactgtgttaggtatctcaattttaggaactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 36672394  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccat 242  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  36672393 tatagtgccataaccaactatcttcatcttttaccat 36672357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 134; Significance: 7e-70; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Original strand, 7942698 - 7942935
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  7942698 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttgatctacttgctgaacttgaactgaatgcacttcttggttgctttcccaacaagcaa 7942797  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    ||  |||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  7942798 gtaccacagactgtgttaggtatctcaattttaggaactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 7942897  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7942898 tatagtgccataaccaactatcttcatcttttaccata 7942935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 27758939 - 27758702
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| || |||| |||||||| |||||||| |||    
T  27758939 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttgatctacttgctgaacttgaactgaatgcacttcttggttgctttcccaacaaacaa 27758840  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    || ||||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  27758839 gtatcacagactgtgttaggtatctcaattttaggaactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 27758740  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27758739 tatagtgccataaccaactatcttcatcttttaccata 27758702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 134; Significance: 7e-70; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 26313555 - 26313318
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  26313555 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttgatctacttgctgaacttgaactgaatgcacttcttggttgctttcccaacaagcaa 26313456  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    ||  |||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  26313455 gtaccacagactgtgttaggtatctcaattttaggaactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 26313356  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26313355 tatagtgccataaccaactatcttcatcttttaccata 26313318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 6 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 39795937 - 39795700
Alignment:
Q  6 aggagcacagacatctgaatacacaacattaagtagctcctttgatctactagcagtacttgaattgaatacatttctgggttgcttgcccaacaagcaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  39795937 aggaccacacacatctgaatatacaacattaagcagctcctttgatctacttgctgaacttgaactgaatgcacttcttggttgctttcccaacaagcaa 39795838  T
Q  106 gtgtcacaaattgtgctaggtatctcaattttaggtactcccagaatcatatatttatcaactaattgattaaaacctctaaatttaagatgaccaaatc 205  Q
    ||  |||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  39795837 gtaccacagactgtgttaggtatctcaattttaggaactcccagaatcatttctttatcaaccaattgattaagacctctaaaattgagatgaccaaatc 39795738  T
Q  206 tataatgccataaccagctatcttcatcttttaccata 243  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39795737 tatagtgccataaccaactatcttcatcttttaccata 39795700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University