View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11464_low_13 (Length: 395)

Name: NF11464_low_13
Description: NF11464
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11464_low_13
NF11464_low_13
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (6-395)||(31576252-31576641)
chr7 (29-395)||(31604918-31605284)
chr7 (6-395)||(31595309-31595698)
chr7 (6-395)||(31608512-31608901)
chr7 (27-366)||(31614815-31615154)
chr7 (33-395)||(31618522-31618884)
chr7 (27-395)||(31585662-31586030)
chr7 (16-395)||(31541274-31541650)
chr7 (16-395)||(31572441-31572817)
chr7 (16-316)||(33304766-33305068)
chr7 (16-395)||(31532617-31532993)
chr7 (11-395)||(31438609-31438993)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (27-395)||(52173919-52174287)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (11-395)||(15062956-15063340)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 6 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 31576641 - 31576252
Alignment:
Q  6 aggagcacagactcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaa 105  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||   ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31576641 aggatcacaaactcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaagtttaattgatggtcgtcaagtggcggtgaaagtaa 31576542  T
Q  106 taaacgaatcaaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgtta 205  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  31576541 taaatgaatccaaaggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacatcacacatgaacattgtgtcccttttaggcttttgtta 31576442  T
Q  206 tgaggggaacaaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgatttt 305  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||    
T  31576441 tgaggtggacaaaagagcactaatatatgaattcatgcccaatggatcattggataagttcatctataaaagtgaatttcctaacgctatttgtgatttt 31576342  T
Q  306 cattggaacacttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtcgttccaggattctgcatctt 395  Q
     ||||||||||||| ||||||||  || |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||    
T  31576341 gattggaacactttgttccaaatagcaattggcattgctagaggtctagagtacttgcaccaaggatgcagttcaaggattctgcatctt 31576252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 29 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 31605284 - 31604918
Alignment:
Q  29 taaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatggg 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||     
T  31605284 taaattaggccaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaagtttaattgatggtcgtcaagtggcggtgaaagtaataaatgaatccaaaggaaatgga 31605185  T
Q  129 gaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcactaa 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||    
T  31605184 gaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacatcacacatgaacattgtgtcccttttaggcttttgttatgaggtggacaaaagagcactaa 31605085  T
Q  229 tatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaaat 328  Q
    ||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  31605084 tatatgaattcatgcccaatggatcattggataagttcatctataaaagtgaatttcctaacgctatttgtgattttgattggaacactttgttccaaat 31604985  T
Q  329 tacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtcgttccaggattctgcatctt 395  Q
      || |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||    
T  31604984 agcaattggcattgctagaggtctagagtacttgcaccaaggatgcagttcaaggattctgcatctt 31604918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 6 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 31595698 - 31595309
Alignment:
Q  6 aggagcacagactcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaa 105  Q
    |||| |||| ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31595698 aggatcacaaactcattccgtgataaattaggccacggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaacggatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaa 31595599  T
Q  106 taaacgaatcaaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgtta 205  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||| ||||||||    
T  31595598 taaacgagtcaaaaggaaatggggaagagttcataaatgaagttgctagcatcagtagaacatcacacatgaacattgtgtcacttttaggttattgtta 31595499  T
Q  206 tgaggggaacaaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgatttt 305  Q
     ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || || |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  31595498 cgaggcaaataaaagagcactaatatatgagttcatgcccaaaggatcactagacaaattcatctataaaagtggatttcctgacgctgtttgtgatttt 31595399  T
Q  306 cattggaacacttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtcgttccaggattctgcatctt 395  Q
     ||| ||||||||| ||||||||| |  | ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||    
T  31595398 gattcgaacactttgttccaaattgctatcggcattgctagaggtttagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggatactgcatctt 31595309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 6 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 31608901 - 31608512
Alignment:
Q  6 aggagcacagactcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaa 105  Q
    |||| |||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31608901 aggatcacaaactcatttcgagataaattaggccatggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaacggatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaa 31608802  T
Q  106 taaacgaatcaaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgtta 205  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| ||  |||| | ||||||    
T  31608801 taaacgagtcaaaaggaaatggggaagagttcataaatgaagttgctagcatcagtagaacatcacacctgaacattgtgtcactcttaggtttttgtta 31608702  T
Q  206 tgaggggaacaaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgatttt 305  Q
    ||||| ||| |||||||| ||||||||||| | ||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||    
T  31608701 tgaggtgaataaaagagcgctaatatatgaatacatgcccaaaggatccctggataagttcatctataagagtggatttcctgacgctgtttgtgatttt 31608602  T
Q  306 cattggaacacttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtcgttccaggattctgcatctt 395  Q
     ||||||||||||| |||||| || |  | |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||    
T  31608601 gattggaacactttgttccaagttgctatcggcattgctagaggtctcgagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggatactacatctt 31608512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 27 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 31615154 - 31614815
Alignment:
Q  27 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 126  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||   ||||||||||| ||||| ||||||||| |||| || ||||| |||||||    
T  31615154 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaattgatggtcgtcatgtggcggtgaaagtactaaatgagtcaaagggaaatg 31615055  T
Q  127 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 226  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  31615054 gagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacattacacatgaacattgtatcccttttaggcttttgttatgaggtgaacaaaagagcact 31614955  T
Q  227 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaa 326  Q
    ||||||||| |||||| || |||||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  31614954 aatatatgaattcatgtccaaaggatcattggatagtttcatctacaaaagtgaatttcctaatgctatttgtgattttaattggaacactttgttccaa 31614855  T
Q  327 attacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatc 366  Q
    ||| || ||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  31614854 attgcaattggcatcgctagaggtctagagtacttgcatc 31614815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 33 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 31618884 - 31618522
Alignment:
Q  33 ttaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatggggaag 132  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||   || ||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| |||||||| ||||    
T  31618884 ttaggccaaggagggtatggtgttgtctacaaagcaagtttatataatagtcgtcaagtggcagtgaaagtaataagcgagacaaagggaaatggagaag 31618785  T
Q  133 aattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcactaatata 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| ||| |||| |||||||| || | |||||||||||| ||||||||    
T  31618784 aattcataaatgaagttgctagcattagtaggacatcacatatgaacattgtgtcgcttttaggatattgttacgaagagaacaaaagagcgctaatata 31618685  T
Q  233 tgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaaattaca 332  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | ||  ||||||||||| ||||||||||||| || | |||| ||    
T  31618684 tgaattcatgcccaaaggatcattggataagttcatctacaaaagtgaatttcctaatgccatttgtgattttgattggaacactttgtttcgaattgca 31618585  T
Q  333 cttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtcgttccaggattctgcatctt 395  Q
     |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||    
T  31618584 attggcattgctaaaggtctagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctacatctt 31618522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 27 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 31586030 - 31585662
Alignment:
Q  27 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 126  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  ||||   ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| | || |||||||    
T  31586030 gataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcatgtttaagtgatggtcgtcatgtggcggtgaaagtaataaatgaaactaagggaaatg 31585931  T
Q  127 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 226  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||| |    
T  31585930 gagaagaattcataaatgaagtttctagcattagtagaacatcacacatcaacattgtatcacttttaggcttttgctatgaggtgaacaaaagagcatt 31585831  T
Q  227 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaa 326  Q
     |||||||| |||||| || |||||||||||| |||||| ||||||| |||   ||||||| | ||| | | ||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  31585830 gatatatgaattcatgtccaaaggatcattgggtaagtttatctatagaagccaatttcctaatgctatatatgattttgattggaacactttgttccaa 31585731  T
Q  327 attacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtcgttccaggattctgcatctt 395  Q
    ||| || ||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  31585730 attgcagttggcattgctagaggtttagagtatttgcatcaaggatgtagttcgaggattctgcatctt 31585662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 16 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 31541650 - 31541274
Alignment:
Q  16 actcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatc 115  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| | |||||||||||||| ||||||||| | ||||| || ||    
T  31541650 actcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatgagtc 31541551  T
Q  116 aaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaac 215  Q
     || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| || ||| | || | |||||||||   ||||    
T  31541550 taagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatga---gaac 31541454  T
Q  216 aaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaaca 315  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| | | ||| |||||  |||  ||||||| |    
T  31541453 aaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattggaaga 31541354  T
Q  316 cttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtcgttccaggattctgcatctt 395  Q
    | || | ||||||| || | || |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  ||| || ||| ||||||||    
T  31541353 cattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatctt 31541274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 16 - 395
Target Start/End: Original strand, 31572441 - 31572817
Alignment:
Q  16 actcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatc 115  Q
    |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||| |||| | |||||| |||||||||| || |||||||||||||||||    
T  31572441 actcatttcgagataaattaggttaaggaggatatggtgtcgtgtacaaagcaagtttacctgatggttgtcaagtggcggttaaagtaataaacgaatc 31572540  T
Q  116 aaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaac 215  Q
     || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| || ||| | || |  ||||||||   ||||    
T  31572541 taagggagatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttctgttatga---gaac 31572637  T
Q  216 aaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaaca 315  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  | || ||| | || |||||||||| ||||||||||||||||   ||  ||||| ||||  |||||||||    
T  31572638 aaaagagcactaatatatgaattcatgccaaatggttcactagacaagttcatctttaaaagtggatttcctagtgcactttgtaatttggattggaaca 31572737  T
Q  316 cttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtcgttccaggattctgcatctt 395  Q
    | || | || |||| || | ||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||  ||| |||||| ||||||||    
T  31572738 cgttgtaccgaattgcaataggcatagctagaggactcgaatacttgcaacaaggatgtatttcaaggattttgcatctt 31572817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 16 - 316
Target Start/End: Original strand, 33304766 - 33305068
Alignment:
Q  16 actcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatc 115  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  33304766 actcatttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacctgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaaagagtc 33304865  T
Q  116 aaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatca---caca--cgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgagg 210  Q
     || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||   ||||||||| || ||| | || | |||||||||      
T  33304866 caagggaaatggagaagaatttataaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacgtcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttttgttatga-- 33304963  T
Q  211 ggaacaaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattg 310  Q
     |||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||| | ||| ||||||||||  ||||    
T  33304964 -gaacaaaagagctctgatatatgaattcatgcccaaaggatcattggataagttcatccatataagtggatctcctgatgctatttgtgatttggattg 33305062  T
Q  311 gaacac 316  Q
    ||||||    
T  33305063 gaacac 33305068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 16 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 31532993 - 31532617
Alignment:
Q  16 actcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatc 115  Q
    |||||||||| || | ||| || ||||||||||||||| | || ||||||||||  ||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  31532993 actcatttcgagacagattgggtcaaggaggatatggtatggtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtgaagtggcggtgaaagtaataaacgagtc 31532894  T
Q  116 aaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaac 215  Q
    ||| |||||| | |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||| || || ||| | || | ||| |||||   ||||    
T  31532893 aaagggaaatagagaagaattcacaaatgaagttgcaagcattagtagaacatcacatgtgaacatcgtttcacttttgggtttttgctatga---gaac 31532797  T
Q  216 aaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaaca 315  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||| ||||| ||||||   |||||||| || ||| | ||| |||||  |||  ||||||||     
T  31532796 aaaagagcactaatatatgaattcatgtccagaggatcattagataaattcatcctcaaaagtgggttgcctgatgctatttgtagtttagattggaacg 31532697  T
Q  316 cttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtcgttccaggattctgcatctt 395  Q
    | || | ||||||| || | |||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||  ||| |||||| ||||||||    
T  31532696 cattgtaccaaattgcaatcggcattgctcaaggactagaatacttgcatcaaggatgtaattcaaggattttgcatctt 31532617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 11 - 395
Target Start/End: Original strand, 31438609 - 31438993
Alignment:
Q  11 cacagactcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaac 110  Q
    |||| |||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||||| ||||| || || |||||||||||||      
T  31438609 cacaaactcatttcgagataagttgggtcaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttacctgatggccgtcatgttgcggtgaaagtaataagt 31438708  T
Q  111 gaatcaaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgagg 210  Q
    || |  || ||| | || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||| |||||||||   ||||||||| || ||| | || | |||||||||      
T  31438709 gagtgcaagggagacggagaagaatttataaatgaagttgcaagcataagtaaaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttttgttatgaaa 31438808  T
Q  211 ggaacaaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattg 310  Q
     ||||||||| ||| | |||||||| |||||| || | || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  | ||| ||||||||||  ||||    
T  31438809 agaacaaaagtgcattgatatatgaattcatgtccaatgggtcattagataagttcatatataaaagtggatttccaaatgctatttgtgatttggattg 31438908  T
Q  311 gaacacttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtcgttccaggattctgcatctt 395  Q
    ||||||  | ||||| ||| || || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  ||| || ||| ||||||||    
T  31438909 gaacacaatgttccatattgcaattagcattgctagaggactagagtacttacatcaaggttgtatttcaagaattttgcatctt 31438993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 27 - 395
Target Start/End: Original strand, 52173919 - 52174287
Alignment:
Q  27 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| || |||||||||||||| | ||| ||  |||    
T  52173919 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaagtttacctgatggtcgtcaagtggctgttaaagtaataaacgagttaaagggggatg 52174018  T
Q  127 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 226  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  52174019 gagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacgtgaacattgtgtcacttttaggctattgttatgaggtgaacaaaagagcact 52174118  T
Q  227 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaa 326  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  52174119 aatatatgaattcatgcgccaaggatcattggatcagttcatctataaaagtggattttctgaagctgtttgtgattttaattggaacactttgttccaa 52174218  T
Q  327 attacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtcgttccaggattctgcatctt 395  Q
    ||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||    
T  52174219 attgcaattggcattgctaaaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattttgcatctt 52174287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 105; Significance: 2e-52; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 11 - 395
Target Start/End: Original strand, 15062956 - 15063340
Alignment:
Q  11 cacagactcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaac 110  Q
    |||| |||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| | ||||| ||||| || || |||||||| |||| |    
T  15062956 cacaaactcgtttcgagataagttgggccaaggaggatatggtgttgtttacaaagccagtttacctgatggccgtcatgtagcggtgaaagtgataagc 15063055  T
Q  111 gaatcaaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgagg 210  Q
    || |  || ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| |  | ||||||||| | |||| |||| || ||| | || | ||||||||||     
T  15063056 gagtgcaagggaaacggagaagaatttataaatgaagttgcaagcataacaaaaacatcacatatgaacgttgtttcacttttgggtttttgttatgaga 15063155  T
Q  211 ggaacaaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattg 310  Q
     ||||||||||||| | |||||||| |||||| || | |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||  | ||| ||||||||||  ||||    
T  15063156 agaacaaaagagcattgatatatgaattcatgtccaatggatcattagataagttcatatacaaaagtggatttccaaatgctatttgtgatttggattg 15063255  T
Q  311 gaacacttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtcgttccaggattctgcatctt 395  Q
    |||||| || ||||||||   | ||||||||||| |||| |||||||| || |||||||| |||  ||| || ||| ||||||||    
T  15063256 gaacacattattccaaatcgtaattggcattgctcgaggtctagagtatttacatcaaggttgtatttcaagaattttgcatctt 15063340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University