View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11464_low_17 (Length: 363)

Name: NF11464_low_17
Description: NF11464
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11464_low_17
NF11464_low_17
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (1-356)||(41286949-41287299)
chr5 (1-348)||(41316790-41317133)
chr5 (1-348)||(41366943-41367286)
chr5 (1-356)||(41332756-41333107)
chr5 (4-356)||(41324846-41325194)
chr5 (4-356)||(41328823-41329171)
chr5 (4-348)||(41337571-41337911)
chr5 (4-342)||(31177706-31178040)
chr5 (1-356)||(41310983-41311338)
chr5 (4-341)||(31187769-31188102)
chr5 (1-207)||(41305243-41305445)
chr5 (4-348)||(31225669-31226009)
chr5 (241-351)||(41432002-41432112)
chr5 (296-352)||(14235906-14235962)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-356)||(17248583-17248934)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 41287299 - 41286949
Alignment:
Q  1 ctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgaccc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41287299 ctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgaccc 41287200  T
Q  101 aatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatacttt 200  Q
    |||||    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41287199 aatat----cttggatctcttccaattgcccaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatacttt 41287104  T
Q  201 ctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacata 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41287103 ctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacata 41287004  T
Q  301 cccctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttcttccatcacctttg 356  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  41287003 cccctttctatcaaacactcttcttacctcagcttgtgctt-ttccatcacctttg 41286949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 9e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 41317133 - 41316790
Alignment:
Q  1 ctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgaccc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||    
T  41317133 ctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaaccc 41317034  T
Q  101 aatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatacttt 200  Q
    ||||     ||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||| |||||||| || || ||||| ||||| |||||||||  || | ||||||    
T  41317033 aatac----cttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttggctggaatctcataaccattgatttggcatctctccctacttt 41316938  T
Q  201 ctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacata 300  Q
    |||||||||  ||||||||   | |||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  41316937 ctcttggaactaacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtttctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatccacata 41316838  T
Q  301 cccctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttcttccat 348  Q
     |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  41316837 tccctttttatcaaacactcttcttacttcagcttgtgcttgttccat 41316790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 9e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 41367286 - 41366943
Alignment:
Q  1 ctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgaccc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||||| ||| ||||| || || ||| |||  || || ||||    
T  41367286 ctccttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattcggctattaagaaatctctcaggcttaaaactcttggcatcaaccc 41367187  T
Q  101 aatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatacttt 200  Q
    ||||     || |||||||||||||| ||| ||||||| ||||  ||||| ||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||    
T  41367186 aatac----ctcggatctcttccaatagcccaagcattaacaatgacccttgtcttagctgggatatcatatctatttatttggcatggcttcgtacttt 41367091  T
Q  201 ctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacata 300  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  41367090 ctcttggaatcaataatggtatagaaggatgcaacctcattgtttctttgatgacggattttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcattcacata 41366991  T
Q  301 cccctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttcttccat 348  Q
     |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  41366990 tccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgctgcttccat 41366943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 41333107 - 41332756
Alignment:
Q  1 ctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgaccc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||    
T  41333107 ctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaattcaattgtgctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaaccc 41333008  T
Q  101 aatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatacttt 200  Q
    ||||     |||| |||||||||||| ||| ||||||| || |  ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  41333007 aatac----cttgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattacccttgtcttagctgggatttcatacccattaatttggcatggcttcatacttt 41332912  T
Q  201 ctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacata 300  Q
    |||||||||| |||||||||  | | ||||| ||||||| |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  41332911 ctcttggaattaacaatggtgcaacgggatgtaacctcaatgtttctttgacgacagactttaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacata 41332812  T
Q  301 cccctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttcttccatcacctttg 356  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||| |||   |||||||||||||  |||||||    
T  41332811 cccctttttatcaaacactcttcttacttcaatctgtgcttcttccaatacctttg 41332756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 4 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 41325194 - 41324846
Alignment:
Q  4 cttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaat 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||| || |||||||    
T  41325194 cttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcaggtttaaaactttcagcatcaacccaat 41325095  T
Q  104 atatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctc 203  Q
    |     ||||||||||||||||| ||| ||||||| || |  ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||  || | |||||||||    
T  41325094 ac----cttggatctcttccaatagcccaagcattaaccatgacccttgtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctccctactttctc 41324999  T
Q  204 ttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacataccc 303  Q
    ||||||  ||||| ||||  |  ||||| | |||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  41324998 ttggaagtaacaacggtacggttggatgtagcctcattgtttccttgatcacagattttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatccacaaaccc 41324899  T
Q  304 ctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttcttccatcacctttg 356  Q
    ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41324898 cttcctatcaaaaactcttcttacctcagcttgtgcttcttccatcacctttg 41324846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 4 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 41329171 - 41328823
Alignment:
Q  4 cttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaat 103  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||    
T  41329171 cttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaat 41329072  T
Q  104 atatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctc 203  Q
    |     |||| |||||||||||| ||| ||||||| || |  ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||  || | |||||||||    
T  41329071 ac----cttgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattacccttgtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctccctactttctc 41328976  T
Q  204 ttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacataccc 303  Q
    ||||||  |||||||||  | | ||||||||||||| |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  41328975 ttggaactaacaatggtgcaacgggatgcaacctcaatgtttctttgatgacggactttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatccacatactc 41328876  T
Q  304 ctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttcttccatcacctttg 356  Q
    |||| ||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||| |||||||    
T  41328875 ctttttatcaaacactctacttacttcatcttgtgcttcttccattacctttg 41328823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 41337911 - 41337571
Alignment:
Q  4 cttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaat 103  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||    
T  41337911 cttccagcaccaaatggtattaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaat 41337812  T
Q  104 atatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctc 203  Q
    |  |    ||||||||||||||||||| || ||||||||  |||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||  |||  ||   |||||||||    
T  41337811 actt----tggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatttcacatctctctctactttctc 41337716  T
Q  204 ttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacataccc 303  Q
    |||||| |||||| |||| || |||||| | ||| | |||||||||||| ||| |||| |||||| |||| || ||||||||||||||  | ||||||||    
T  41337715 ttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgttgcaactctgtctcgtctacataccc 41337616  T
Q  304 ctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttcttccat 348  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41337615 ctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccat 41337571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 4 - 342
Target Start/End: Original strand, 31177706 - 31178040
Alignment:
Q  4 cttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaat 103  Q
    ||||||||||| || |||||||| || |||| ||| || |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||    
T  31177706 cttccagcaccgaacggtatgtactcaaagtttgtacctttgaaatcaattgtgctattaacaaacctctcgggtttaaaactctcagcttctgcccaat 31177805  T
Q  104 atatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctc 203  Q
    |  | ||    |||||||||||||||| || |||||| |  ||| || || || || ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   |||||||||    
T  31177806 acctttc----atctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctc 31177901  T
Q  204 ttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacataccc 303  Q
    ||||||||||||| |||| || |||||||||||| | |||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||| |||    
T  31177902 ttggaatcaacaaaggtaaagaaggatgcaaccttaatgtttctttgattatagactttaagtatatcaaatggtgcaactctgtttcatcgacatgccc 31178001  T
Q  304 ctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttc 342  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31178002 ctttttatcaaacacttttcttacttcagcttgtgcttc 31178040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 41311338 - 41310983
Alignment:
Q  1 ctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgaccc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||| ||||    
T  41311338 ctccttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtccgtgcctttgaattcaattgtgctattaacaaacctctcaggtttaaatctctcagcttcaaccc 41311239  T
Q  101 aatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatacttt 200  Q
    ||||     ||||||||||||||||| ||| ||||| | | ||  || || |||||    ||||| ||||  | |||||||||||||  || | ||||||    
T  41311238 aatac----cttggatctcttccaatagcccaagcaataataacgactcttgtcttaattgggatctcatgcctattaatttggcatctctccctacttt 41311143  T
Q  201 ctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccac--- 297  Q
    |||||||||  |||||||||  | | ||||||||||||| |||||||||||| ||| |||| |||||||||||  ||||||||||  ||||| ||||       
T  41311142 ctcttggaactaacaatggtgcaactggatgcaacctcagtgtttctttgatgacaaactttaagtatatcaacaggtgcaactccatctcatccacata 41311043  T
Q  298 -atacccctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttcttccatcacctttg 356  Q
     |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||    
T  41311042 tatacccctttttatcaaacactcttcttacttcaacttgtgcttcttccattacctttg 41310983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 4 - 341
Target Start/End: Original strand, 31187769 - 31188102
Alignment:
Q  4 cttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaat 103  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| || | |||||| |||||||||||||  ||||| | ||||||||| ||||| ||| ||||||||||  ||||||    
T  31187769 cttccagcaccgaacggtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaat 31187868  T
Q  104 atatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctc 203  Q
    |  | ||    |||||||||||||||| || |||||| |  ||| || || || || ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   |||||||||    
T  31187869 acctttc----atctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctc 31187964  T
Q  204 ttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacataccc 303  Q
    |||||| |||||| || | || |||||| | ||||| ||||||| |||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||    
T  31187965 ttggaaccaacaaaggcacagaaggatgtagcctcaatgtttctctgattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacataccc 31188064  T
Q  304 ctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgctt 341  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31188065 ctttttatcaaacacttttcttacttcagcttgtgctt 31188102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 41305445 - 41305243
Alignment:
Q  1 ctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgaccc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||    
T  41305445 ctccttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcgggtttaaaactctcagcttcaaccc 41305346  T
Q  101 aatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatacttt 200  Q
    |    |||  |||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||| || || ||||||||  |||| ||||||||   || | ||||||    
T  41305345 a----atactttggatctcttccaatcgcccaagcattgacaataaccctagtcttagctggaatatcatactcattgatttggcaactctccctacttt 41305250  T
Q  201 ctcttgg 207  Q
    |||||||    
T  41305249 ctcttgg 41305243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 4 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 31226009 - 31225669
Alignment:
Q  4 cttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaat 103  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| || | |||||| |||||||||||||  ||||| | ||||||||| ||||| ||| ||||||||||  ||||||    
T  31226009 cttccagcaccgaacggtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaat 31225910  T
Q  104 atatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctc 203  Q
    |  | ||    |||||||||||||||| || |||||| |  ||| || || || || ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   |||||||||    
T  31225909 acctttc----atctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctc 31225814  T
Q  204 ttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacataccc 303  Q
    |||||| |||||| |||  ||  ||||| || |||| ||||||| | || | |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||  ||    
T  31225813 ttggaaccaacaaaggtgcagatggatgtaatctcaatgtttctctaattatagactttaagtatattaattggtgcaactctgtttcatcgacatgtcc 31225714  T
Q  304 ctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttcttccat 348  Q
    |||| |||||||||  |||||||| |||||||||||||| |||||    
T  31225713 ctttttatcaaacatgtttcttacttcagcttgtgcttcctccat 31225669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 241 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 41432112 - 41432002
Alignment:
Q  241 tgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgct 340  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  41432112 tgtttctttgatgatagacttcaagtatatcaattagtgcaactcagtctcatccacataccctttcatatcaaacactcttcttacctcagcttgtgct 41432013  T
Q  341 tcttccatcac 351  Q
    |||||||||||    
T  41432012 tcttccatcac 41432002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 296 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 14235962 - 14235906
Alignment:
Q  296 acatacccctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttcttccatcacc 352  Q
    ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14235962 acatacccctttctatcaaactcccttcttacctcagcttgtgcttcttccatcacc 14235906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 356
Target Start/End: Original strand, 17248583 - 17248934
Alignment:
Q  1 ctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgaccc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||| |||||||||||||| ||||||| |||||| || ||||||||| |||||||||| ||||    
T  17248583 ctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaaattcatgcctttgaaatcaattgggctattaaaaaacctttcaggtttgaaactctcagcttcaaccc 17248682  T
Q  101 aatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatacttt 200  Q
    ||||     ||| ||||||||||||||||| || |||| |||  |||||| ||||| || || |||||||| || || ||| | |||   | | ||||||    
T  17248683 aatac----ctttgatctcttccaattgcccaaacattaacagcaacccttgtcttagctggaatatcatacccgttgattcgacatttttccctacttt 17248778  T
Q  201 ctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacata 300  Q
     ||| |||||||||||||||| |  |||||||| ||||| |||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| | |||||| || ||| | |||||    
T  17248779 gtctaggaatcaacaatggtacaataggatgcagcctcagtgtttctttgatgacagaatttaagtatattaattgatccaactccgtttcatctacata 17248878  T
Q  301 cccctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttcttccatcacctttg 356  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17248879 cccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgctgcttccatcacctttg 17248934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University