View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11464_low_18 (Length: 316)

Name: NF11464_low_18
Description: NF11464
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11464_low_18
NF11464_low_18
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (1-316)||(31575806-31576121)
chr7 (1-316)||(31604475-31604787)
chr7 (1-316)||(31608066-31608381)
chr7 (3-316)||(31618079-31618389)
chr7 (1-316)||(31614350-31614662)
chr7 (1-314)||(31594868-31595178)
chr7 (1-316)||(31585216-31585531)
chr7 (9-314)||(31532207-31532512)
chr7 (9-314)||(31540833-31541135)
chr7 (6-314)||(31572952-31573251)
chr7 (12-314)||(33305267-33305563)
chr7 (15-314)||(31439138-31439434)
chr7 (210-290)||(21898582-21898662)
chr7 (39-91)||(21898417-21898469)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-316)||(52174418-52174730)
chr1 (30-70)||(49728741-49728781)
[»] scaffold0394 (1 HSPs)
scaffold0394 (12-314)||(1753-2052)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (12-314)||(15063482-15063781)
chr4 (214-271)||(29083729-29083786)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 31576121 - 31575806
Alignment:
Q  1 atatggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaa 100  Q
    ||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  31576121 atatggcaccagaagcatttaatagatcatttggtggagtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaag 31576022  T
Q  101 gaagaactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31576021 gaagaactatgacactggagggtcgtgtactccggaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgt 31575922  T
Q  201 atgacatcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaata 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||    
T  31575921 atgacatcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgtattcaaaccaaaccattagacaggccaccgatgaata 31575822  T
Q  301 aagtaatagaaatgtt 316  Q
    ||||||||||||||||    
T  31575821 aagtaatagaaatgtt 31575806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 31604787 - 31604475
Alignment:
Q  1 atatggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaa 100  Q
    ||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  31604787 atatggcaccagaagcatttaatagatcatttggtggagtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaag 31604688  T
Q  101 gaagaactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgt 200  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| || |||    
T  31604687 gaagaactacgacactggcgggtcatgtacttctgaaatgtactttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaatact---cttttaaattgt 31604591  T
Q  201 atgacatcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaata 300  Q
      ||||   || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31604590 tcgacagtctcggaggaagaaaatgatatggtcagaaagattactttggtgagtctgtggcgcattcaaactaaactatcagatagaccaccgatgaata 31604491  T
Q  301 aagtaatagaaatgtt 316  Q
    ||||||||||||||||    
T  31604490 aagtaatagaaatgtt 31604475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 31608381 - 31608066
Alignment:
Q  1 atatggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaa 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  31608381 atatggcgccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgattggaggaag 31608282  T
Q  101 gaagaactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgt 200  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||| ||  |     
T  31608281 gaagaactacgacactggcgggtcatgtacttctgaaatgtactttccagactggatttataaggatcttgagcaaggtaaccatactgttttaaatggg 31608182  T
Q  201 atgacatcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaata 300  Q
     |||||   |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||    
T  31608181 ttgacaatctcaacggaagaaaatgatatggttagaaagattactatggtgagtctatggtgcattcaaacgaatccatcagatagaccaccaatgaata 31608082  T
Q  301 aagtaatagaaatgtt 316  Q
    ||||||||||||||||    
T  31608081 aagtaatagaaatgtt 31608066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 3 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 31618389 - 31618079
Alignment:
Q  3 atggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaaga 102  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  31618389 atggcaccagaaatatttagtagagcgtttggtggagtttcgtacagatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaagga 31618290  T
Q  103 agaactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtat 202  Q
    ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |   ||||| || |||      
T  31618289 agaactacgacacgggagggtcatgtacttctgaaatgtactttccagattggatttataaggatcttgagcaagggaatact---cttttaaattgttc 31618193  T
Q  203 gacatcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaa 302  Q
     |||   || |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31618192 aacaatctcggaggaagaaaatgatatgatcagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaa 31618093  T
Q  303 gtaatagaaatgtt 316  Q
    ||||||||||||||    
T  31618092 gtaatagaaatgtt 31618079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 31614662 - 31614350
Alignment:
Q  1 atatggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaa 100  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||     
T  31614662 atatggcaccagaagtatttagcagagcatttggcggagtttcttacaaatctgatgtatatagttatggaatgttgattcttgaaatgattggaggaag 31614563  T
Q  101 gaagaactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgt 200  Q
     ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||| |  ||||| || |||    
T  31614562 aaagaactatgacactggagggtcatgcacttctgaaatgtactttccagattggatttataagaatcttgagcaa---aataacactcttttaaattgt 31614466  T
Q  201 atgacatcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaata 300  Q
     |||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  31614465 ttgacaatctcagaggaagaaaatgatatgattagaaagatcactttggtgagtgtttggtgcattcaaactaaaccattagacagaccaccgatgaata 31614366  T
Q  301 aagtaatagaaatgtt 316  Q
    ||||||||||||||||    
T  31614365 aagtaatagaaatgtt 31614350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 31595178 - 31594868
Alignment:
Q  1 atatggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaa 100  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||     
T  31595178 atatggcgccagaagtatttagcagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatacagttatggtatgttgattcttgaaatgattggaggaag 31595079  T
Q  101 gaagaactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgt 200  Q
     ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||| || | |    
T  31595078 aaagaactatcaaactggagggtcgtgtacttctgaaatgtactttccagactggatttataaggatcttgagcaaggtaatgat---cttttaaattct 31594982  T
Q  201 atgacatcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaata 300  Q
     |||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| |||||||    
T  31594981 ttgacaatttcagaggaagaaaatgatatggttaaaaagattactatggtgagcctatggtgcattcaaacaaatccattagatagaccaccaatgaata 31594882  T
Q  301 aagtaatagaaatg 314  Q
    ||||||| ||||||    
T  31594881 aagtaattgaaatg 31594868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 31585531 - 31585216
Alignment:
Q  1 atatggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaa 100  Q
    ||||||| |||||| |||| | |||||| |||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |     
T  31585531 atatggcaccagaaatattcattagagcctttggtggagtttctcacaagtctgatgtgtatagttatggcatgctgattctagaaattatcggaggtag 31585432  T
Q  101 gaagaactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgt 200  Q
    ||||||||| ||||| ||||| || ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    ||||| || |||    
T  31585431 gaagaactacgacacaggaggttcatgtgcttctgaaatgtactttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaatgaacctcttttaaattgt 31585332  T
Q  201 atgacatcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaata 300  Q
     |||||   || || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||    
T  31585331 ttgacaatctccgaagaagaaaatgacatggttagaaagattactatggtaagtctatggtgcattcaaacgaatccatcggacagaccaccgatgaata 31585232  T
Q  301 aagtaatagaaatgtt 316  Q
    ||||||||||||||||    
T  31585231 aagtaatagaaatgtt 31585216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 9 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 31532512 - 31532207
Alignment:
Q  9 ccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaact 108  Q
    |||||||| |||||| || ||| |||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||  ||||| |    
T  31532512 ccagaagtgtttagtcgaacatatggtggagtttctcacaagtctgatgtatacagttatgggatgttaattctagaaatgattggaggaagaaagaatt 31532413  T
Q  109 atgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgacatc 208  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || | | |   |      
T  31532412 atgacactggagggtcatgtacttctgaaatgtactttcctgactggatttataaggatcttgaacaaggtaataataaccttgtgaattatttagaaaa 31532313  T
Q  209 gtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaagtaata 308  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |    
T  31532312 ttcagaggaagaaaatgatatggtgagaaagattactatggtgagtttatggtgcattcaaacaaacccatccgatagaccatcaatgagtaaagtaaca 31532213  T
Q  309 gaaatg 314  Q
    ||||||    
T  31532212 gaaatg 31532207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 9 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 31541135 - 31540833
Alignment:
Q  9 ccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaact 108  Q
    ||||||||||| ||  || ||| |||||| |||||| | || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| | || ||||  ||||| |    
T  31541135 ccagaagtattcagccgaacatatggtggagtttctcataagtctgatgtatatagttatggtatgttaattctagaaatggttgggggaagaaagaatt 31541036  T
Q  109 atgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgacatc 208  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||  ||| ||| |  ||      
T  31541035 atgacactggagggtcatgtacttctgaaatgtgttttccagattggatttataaggatcttgagcaag---ctaataaccttgctaattgtttagcaaa 31540939  T
Q  209 gtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaagtaata 308  Q
     ||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||| | |||| ||||||| ||    
T  31540938 ctcaaaggaagaaaatgatatggtaagaatgattactatggtgagtctatggtgcattcaaacaaatccagccgatagaccatcaatgagtaaagtatta 31540839  T
Q  309 gaaatg 314  Q
    ||||||    
T  31540838 gaaatg 31540833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 6 - 314
Target Start/End: Original strand, 31572952 - 31573251
Alignment:
Q  6 gctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaaga 105  Q
    ||||| ||||||||||| ||||  |||||||| |||||| |||| |||||||||||| ||      ||||| ||| | |||||||| || ||||  ||||    
T  31572952 gctcctgaagtatttagcagagtgtttggtggagtttctcacaagtctgatgtatatggt------atgttaattttagaaatgattggtggaagaaaga 31573045  T
Q  106 actatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgac 205  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |   | ||||||| || | ||  || |  |    
T  31573046 actatgacacaggagggtcgtgtacttctgaaatgtactttccagattggatttataatgatcttgagcta---agtaataactttgtgaatggtttagc 31573142  T
Q  206 atcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaagta 305  Q
    |   || |||||||||| ||||||||| |||||| | ||| |||| |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||| |||||| |||||||    
T  31573143 aaactccgaggaagaaactgatatggtaagaaagttaactatggttagtctatggtgcattcaaacgaacccattagatagaccatcgatgagtaaagta 31573242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 12 - 314
Target Start/End: Original strand, 33305267 - 33305563
Alignment:
Q  12 gaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaactatg 111  Q
    |||||||||||| || |||||||||| |||||| | || || |||||||| |||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||  ||||| ||||    
T  33305267 gaagtatttagtcgaacatttggtggagtttctcataagtccgatgtatacagttatggtatgttaatactagaaatgatcgggggaagaaagaattatg 33305366  T
Q  112 acactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgacatcgtc 211  Q
    |||| |||||||| ||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |   | ||||||||   |||| |||    ||   ||    
T  33305367 acacgggagggtcatgtacatcggaaatgtacttttcagattggatttataaggatcttgagcta---agtaataacc---ttaattgttctgcaaactc 33305460  T
Q  212 agaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaagtaatagaa 311  Q
    ||| ||||||||||||||||  |||||||||||| || | ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| | |||| |||||| ||||||    
T  33305461 agaagaagaaaatgatatggcaagaaagattactatgattagtctttggtgcattcaaacgaatccatcagatagaccatcaatgagtaaagtgatagaa 33305560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 15 - 314
Target Start/End: Original strand, 31439138 - 31439434
Alignment:
Q  15 gtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaactatgaca 114  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| |||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| | ||||| ||  ||||    ||| |    
T  31439138 gtattcagtcgagcatttggtggagtttcttctaagtctgatgtatacagttatggcatgttgactctcgaaataaccggagaaagaaagagtcgtgata 31439237  T
Q  115 ctggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgacatcgtcaga 214  Q
    || |||||||   ||   |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |   ||||  ||   | | |||   || ||    
T  31439238 ctagagggtctgatatgactgaaatgtactttccggattggatatataaggatcttgagcaaggtaatact---ctttcaaataatttaacaatctccga 31439334  T
Q  215 ggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaagtaatagaaatg 314  Q
     |||||||||||||| || |  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || |||||||| |||||| | |||| ||||||||||||||||    
T  31439335 agaagaaaatgatatcgtaaagaagattactatggtgagtttatggtgcattcaaacaaatccatcagagagaccatcaatgagtaaagtaatagaaatg 31439434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 210 - 290
Target Start/End: Original strand, 21898582 - 21898662
Alignment:
Q  210 tcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagacca 290  Q
    ||||||||||| ||||||||  |  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||   |||| | ||||||||||||    
T  21898582 tcagaggaagagaatgatataatacgaaagattactatggtgtgtctatggtgcattcagtttaaagcgtcagatagacca 21898662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 39 - 91
Target Start/End: Original strand, 21898417 - 21898469
Alignment:
Q  39 gtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgat 91  Q
    |||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  21898417 gtttctgaaaaatctgatatatatagttatggaatgttgattattgacatgat 21898469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 316
Target Start/End: Original strand, 52174418 - 52174730
Alignment:
Q  1 atatggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaa 100  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  52174418 atatggcgccagaagtatatagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatatatacagttatggcatgttgattcttgaaatgattggaggaag 52174517  T
Q  101 gaagaactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgt 200  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |   ||||  || |||    
T  52174518 aaagaactatgacactggagggtcatgtacttcagaaatgtactttccagactggatttataaggatcttgagcaaggaaatact---ctttcaaattgt 52174614  T
Q  201 atgacatcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaata 300  Q
     |||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||    
T  52174615 ttgacaatctcagaggaagaaaatgatatggttataaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaacgaaaccatcggatagaccacagatgaata 52174714  T
Q  301 aagtaatagaaatgtt 316  Q
    ||||||||||||||||    
T  52174715 aagtaatagaaatgtt 52174730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 30 - 70
Target Start/End: Original strand, 49728741 - 49728781
Alignment:
Q  30 tttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatgg 70  Q
    |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  49728741 tttggtggcgtctctcacaaatctgatgtatatagttatgg 49728781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0394 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0394
Description:

Target: scaffold0394; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 12 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 2052 - 1753
Alignment:
Q  12 gaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaactatg 111  Q
    |||||||||||| |||| |||||||  |||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||    
T  2052 gaagtatttagtcgagcttttggtgcagtttcttctaagtctgatgtatacagttatggcatgttgattcttgaaatgaccggaggaaaaaagaattatg 1953  T
Q  112 acactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgacatcgtc 211  Q
    ||||||| |||||   | |  | ||||  || ||| | |||||||| | ||||||||||||||||||||||  |   ||||| ||  ||||| ||   ||    
T  1952 acactggcgggtctcttgcagccgaaacatacttttcggattggatatttaaggatcttgagcaaggtaattct---cttttaaatagtatggcaatctc 1856  T
Q  212 agaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaagtaatagaa 311  Q
    ||| ||||||||||||||| | |  ||||||||| ||||| || | ||||| |||||||| || ||||||||||| ||| | |||| |||||||||||||    
T  1855 agaagaagaaaatgatatgctaaagaagattactatggtgggtttgtggtgtattcaaacgaatccatcagatagtccatcaatgagtaaagtaatagaa 1756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 81; Significance: 4e-38; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 12 - 314
Target Start/End: Original strand, 15063482 - 15063781
Alignment:
Q  12 gaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaactatg 111  Q
    |||||||||||| |||| |||||||  |||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||    
T  15063482 gaagtatttagtcgagcttttggtgcagtttcttctaagtctgatgtatacagttatggcatgttgattcttgaaatgaccggaggaaaaaagaattatg 15063581  T
Q  112 acactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgacatcgtc 211  Q
    ||||||| |||||   |||  | |||   || ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||   ||||  |||||| ||  || || ||   ||    
T  15063582 acactggcgggtctcatacaaccgaagcatactttccggattggatatttaaggatcttgagcaagg---taattcccttttaaatagtttggcaatctc 15063678  T
Q  212 agaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaagtaatagaa 311  Q
    ||| ||||||||||||||| | |  ||||||||| |||||  | | ||||| |||||||| || |||||||| |||||| | |||| |||||||||||||    
T  15063679 agaagaagaaaatgatatgctaaagaagattactatggtggctttgtggtgtattcaaacgaatccatcagacagaccatcaatgagtaaagtaatagaa 15063778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 214 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 29083786 - 29083729
Alignment:
Q  214 aggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaac 271  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||  || ||||||||| || |||||||||    
T  29083786 aggaagaaaatgatatggtgagatagattacaatgatgagtctatcgtacattcaaac 29083729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University