View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11464_low_5 (Length: 444)

Name: NF11464_low_5
Description: NF11464
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11464_low_5
NF11464_low_5
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (36-343)||(33861051-33861361)
chr2 (34-316)||(34691069-34691349)
chr2 (34-316)||(34713481-34713761)
chr2 (34-108)||(16232624-16232698)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (306-429)||(19964724-19964847)
chr4 (26-316)||(4231709-4231999)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (26-380)||(7890797-7891151)
chr1 (34-316)||(45993253-45993535)
chr1 (26-316)||(3300972-3301262)
chr1 (29-370)||(7888535-7888876)
chr1 (26-316)||(43045236-43045526)
chr1 (26-316)||(43045689-43045979)
chr1 (26-316)||(43066428-43066718)
chr1 (26-316)||(43084117-43084407)
chr1 (41-343)||(38137628-38137930)
chr1 (26-109)||(51292064-51292147)
chr1 (26-343)||(45983465-45983776)
chr1 (26-102)||(40034453-40034529)
chr1 (37-226)||(43076553-43076741)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (29-380)||(1846570-1846921)
chr8 (37-112)||(4787274-4787349)
chr8 (36-222)||(4620026-4620212)
chr8 (41-109)||(4297922-4297990)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (41-315)||(16349382-16349656)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (26-90)||(7528843-7528907)
chr6 (147-300)||(7519593-7519746)
chr6 (147-300)||(7528964-7529117)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 125; Significance: 3e-64; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 36 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 33861361 - 33861051
Alignment:
Q  36 gttcattcaagtatgct---tgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacaccaaa 132  Q
    |||||||||||||||||   ||||| |||||||| |||  |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||  |||||||| |||    |    
T  33861361 gttcattcaagtatgctaattgggttcttgacaagctcgaggctgagcgtgaaagaggtatctccattgacgtttctatgcgtaattttgagacaaacca 33861262  T
Q  133 ccgctgctacactatcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgctcttcttatcgtcgat 232  Q
       | | |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||  ||| | ||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||||||||| |||    
T  33861261 gtaccggtacactgtcattgatgcccctggacacagggattatattaagaacatgattaatgggacatcctatgctgattgcgctcttcttatcgttgat 33861162  T
Q  233 tctactcctggtgcttttgaaaatggtttttctaaggatggtcggacccgtgaacatgctcttcttgcctccgctcttggtgtgcctcgaatgatttgct 332  Q
    ||  ||||||||| |||||||  ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||||||||| |||||| ||||    
T  33861161 tcctctcctggtggttttgaagttggtttttctaagcatggtcagacccgtgaacatgcccttctcgcctgcactcttggtgtgcctcaaatgatctgct 33861062  T
Q  333 gcatcaacaag 343  Q
    |||||||||||    
T  33861061 gcatcaacaag 33861051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 34 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 34691349 - 34691069
Alignment:
Q  34 gcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacaccaaac 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  || ||||| ||| | ||     
T  34691349 gcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaacgctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctatgc--aagtttgagacaaccaag 34691252  T
Q  134 cgctgctacactatcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgctcttcttatcgtcgatt 233  Q
      ||||| |||| ||||||||||  | ||||| |||||||||||| | |||||||| |  ||| | ||||| ||||| |||||| ||||  || | ||||    
T  34691251 tactgcttcactctcattgatgctcccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacctcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgatt 34691152  T
Q  234 ctactcctggtgcttttgaaaatggtttttctaaggatggtcggacccgtgaacatgctcttcttgcctccgctcttggtgtg 316  Q
    | ||| || | | |||   |  |||||  |||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  34691151 cgactactagaggtttgcgagctggttggtctaagaatggtcagacctgggaacatgctcttcttgccttcactcttggtgtg 34691069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 34 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 34713761 - 34713481
Alignment:
Q  34 gcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacaccaaac 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  || ||||| ||| | ||     
T  34713761 gcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaacgctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctatgc--aagtttgagacaaccaag 34713664  T
Q  134 cgctgctacactatcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgctcttcttatcgtcgatt 233  Q
      ||||| |||| ||||||||||  | ||||| |||||||||||| | |||||||| |  ||| | ||||| ||||| |||||| ||||  || | ||||    
T  34713663 tactgcttcactctcattgatgctcccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacctcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgatt 34713564  T
Q  234 ctactcctggtgcttttgaaaatggtttttctaaggatggtcggacccgtgaacatgctcttcttgcctccgctcttggtgtg 316  Q
    | ||| || | | |||   |  |||||  |||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  34713563 cgactactagaggtttgcgagctggttggtctaagaatggtcagacctgggaacatgctcttcttgccttcactcttggtgtg 34713481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 34 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 16232698 - 16232624
Alignment:
Q  34 gcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16232698 gcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttc 16232624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 306 - 429
Target Start/End: Original strand, 19964724 - 19964847
Alignment:
Q  306 ctcttggtgtgcctcgaatgatttgctgcatcaacaagatggatgccacaacacctacatactccatggataggtttctagaaattaaaaggatacttca 405  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19964724 ctcttcgtgtgcctccaatgatttgctgcatcaacaagatggatgccacaacacctacatactccatggataggtttctagaaattaaaaggatacttca 19964823  T
Q  406 tctctggttttgagggagataact 429  Q
    |||||||||||||| |||||||||    
T  19964824 tctctggttttgagcgagataact 19964847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 26 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 4231999 - 4231709
Alignment:
Q  26 atgaacaggcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaa 125  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||  ||| ||||| |    
T  4231999 atgaacaagcgttcatttaagtatgcttgggttcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtttgaga 4231900  T
Q  126 caccaaaccgctgctacactatcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgctcttcttat 225  Q
    |  | ||   || || |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||| | |||||||||| |||  ||||||| |||||||||||| |||| ||    
T  4231899 ccactaagtactactgcactgtcattgatgcccctggacacagggatttcattaagaacatgattactggtacatcccaagctgattgtgctgttctcat 4231800  T
Q  226 cgtcgattctactcctggtgcttttgaaaatggtttttctaaggatggtcggacccgtgaacatgctcttcttgcctccgctcttggtgtg 316  Q
    | | ||||| ||  |||||| |||||||  |||| |||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| | | |||||||||||    
T  4231799 cattgattccaccactggtggttttgaagctggtatttccaaggatggtcagactcgtgaacatgctctccttgctttcactcttggtgtg 4231709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 111; Significance: 7e-56; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 26 - 380
Target Start/End: Original strand, 7890797 - 7891151
Alignment:
Q  26 atgaacaggcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaa 125  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||| ||||| |    
T  7890797 atgaacaggcattcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctgtggaagtttgaga 7890896  T
Q  126 caccaaaccgctgctacactatcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgctcttcttat 225  Q
    || | |||  | ||| |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||| | |||||||| | |||  | ||| | ||||| |||||| |||||||    
T  7890897 caaccaacttccgctgcactctcattgatgcccctggacacagggatttcattaagaacatgatcactggagcgtccgaagctgactgtgctgttcttat 7890996  T
Q  226 cgtcgattctactcctggtgcttttgaaaatggtttttctaaggatggtcggacccgtgaacatgctcttcttgcctccgctcttggtgtgcctcgaatg 325  Q
    | | |||||||| | ||||| ||||||   |||||||| |||| |||||| ||||  |||||||| ||  ||||| | ||||||||||||  | | ||||    
T  7890997 cattgattctacacttggtggttttgacgctggtttttgtaagaatggtcagaccactgaacatgttcaacttgcattcgctcttggtgtttcacaaatg 7891096  T
Q  326 atttgctgcatcaacaagatggatgccacaacacctacatactccatggataggt 380  Q
    || |||||    ||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||||||    
T  7891097 atctgctgttgtaacaagatggatgccactacacccaaatactccaaggataggt 7891151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 34 - 316
Target Start/End: Original strand, 45993253 - 45993535
Alignment:
Q  34 gcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacaccaaac 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||  ||| ||||| |||   ||     
T  45993253 gcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaagactgagcgtgaaagaggtatcacaattgacagttctttgtcgaagtttgagacaaacaag 45993352  T
Q  134 cgctgctacactatcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgctcttcttatcgtcgatt 233  Q
      | ||| |||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||| | |||||||| |  ||| | ||||| |||||||||||| |||| ||| | ||||    
T  45993353 tacagctgcactgtcattgatgcctccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgattgtgctgttctcatcattgatt 45993452  T
Q  234 ctactcctggtgcttttgaaaatggtttttctaaggatggtcggacccgtgaacatgctcttcttgcctccgctcttggtgtg 316  Q
    | ||| || ||| |||||||   ||| |||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  45993453 ccactactcgtggttttgaagccggtatttcaaaggatggtcagactcgtgaacatgctcttcttgccttcactcttggtgtg 45993535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 26 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 3301262 - 3300972
Alignment:
Q  26 atgaacaggcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaa 125  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| || || ||  ||| ||||| |    
T  3301262 atgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaatgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtttgaga 3301163  T
Q  126 caccaaaccgctgctacactatcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgctcttcttat 225  Q
    |  | ||   || || |||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||| | |||||||||| |||  ||||||| |||||||||||| |||| ||    
T  3301162 ctactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgttctgat 3301063  T
Q  226 cgtcgattctactcctggtgcttttgaaaatggtttttctaaggatggtcggacccgtgaacatgctcttcttgcctccgctcttggtgtg 316  Q
    | | ||||| ||| | |||| |||||||   ||| | || |||||||| | |||||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||    
T  3301062 cattgattccactaccggtggttttgaagccggtatatcaaaggatgggcagacccgtgaacacgctcttcttgctttcactcttggtgtg 3300972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 29 - 370
Target Start/End: Original strand, 7888535 - 7888876
Alignment:
Q  29 aacaggcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacac 128  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||| ||| | |||     
T  7888535 aacagacgtttattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctttggaagtttcagacaa 7888634  T
Q  129 caaaccgctgctacactatcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgctcttcttatcgt 228  Q
    | | |  ||||| |||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||  | |||||||| |  ||| | ||  | |||||||||||| |||| ||| |    
T  7888635 ccagctactgctgcactctcattgatgcccccggacacagggatttcatcaagaacatgatcaccggggcgtctgaagctgattgtgctgttctcatcat 7888734  T
Q  229 cgattctactcctggtgcttttgaaaatggtttttctaaggatggtcggacccgtgaacatgctcttcttgcctccgctcttggtgtgcctcgaatgatt 328  Q
     ||||| ||  |||||| |||||||   ||||||| ||||||||||| ||||  |||||||| ||  ||||||| |||||| |||||      ||||||     
T  7888735 tgattccacaactggtggttttgaagccggtttttgtaaggatggtcagaccactgaacatgttcaacttgccttcgctctcggtgtttaaaaaatgatc 7888834  T
Q  329 tgctgcatcaacaagatggatgccacaacacctacatactcc 370  Q
    ||||||  |||||||||||||||||| ||||| | |||||||    
T  7888835 tgctgctgcaacaagatggatgccactacacccatatactcc 7888876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 26 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 43045526 - 43045236
Alignment:
Q  26 atgaacaggcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaa 125  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||| || || |   ||| ||||| |    
T  43045526 atgaacaagcgttcattcaagtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtttgaga 43045427  T
Q  126 caccaaaccgctgctacactatcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgctcttcttat 225  Q
    || | ||   || || |||| |||| |||||| | ||||| |||||||||||| | |||||||| |  ||  ||||||| |||||||||||  |||| ||    
T  43045426 caaccaagtactactgcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgccgttctcat 43045327  T
Q  226 cgtcgattctactcctggtgcttttgaaaatggtttttctaaggatggtcggacccgtgaacatgctcttcttgcctccgctcttggtgtg 316  Q
    | | ||||| ||| |||||| |||||||   ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| | | |||||||||||    
T  43045326 cattgattccactactggtggttttgaagccggtatttctaaggatggtcagacccgtgaacatgctctccttgctttcactcttggtgtg 43045236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 26 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 43045979 - 43045689
Alignment:
Q  26 atgaacaggcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaa 125  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||| || || |   ||| ||||| |    
T  43045979 atgaacaagcgttcattcaagtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtttgaga 43045880  T
Q  126 caccaaaccgctgctacactatcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgctcttcttat 225  Q
    || | ||   || || |||| |||| |||||| | ||||| |||||||||||| | |||||||| |  ||  ||||||| |||||||||||  |||| ||    
T  43045879 caaccaagtactactgcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgccgttctcat 43045780  T
Q  226 cgtcgattctactcctggtgcttttgaaaatggtttttctaaggatggtcggacccgtgaacatgctcttcttgcctccgctcttggtgtg 316  Q
    | | ||||| ||| |||||| |||||||   ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| | | |||||||||||    
T  43045779 cattgattccactactggtggttttgaagccggtatttctaaggatggtcagacccgtgaacatgctctccttgctttcactcttggtgtg 43045689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 26 - 316
Target Start/End: Original strand, 43066428 - 43066718
Alignment:
Q  26 atgaacaggcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaa 125  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||| || || |   ||| ||||| |    
T  43066428 atgaacaagcgttcattcaagtatgcctgggttcttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtttgaga 43066527  T
Q  126 caccaaaccgctgctacactatcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgctcttcttat 225  Q
    || | ||   || || |||| |||| |||||| | ||||| |||||||||||| | |||||||| |  ||  ||||||| |||||||||||  |||| ||    
T  43066528 caaccaagtactactgcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgccgttctcat 43066627  T
Q  226 cgtcgattctactcctggtgcttttgaaaatggtttttctaaggatggtcggacccgtgaacatgctcttcttgcctccgctcttggtgtg 316  Q
    | | ||||| ||| |||||| |||||||   ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| | | |||||||||||    
T  43066628 cattgattccactactggtggttttgaagccggtatttctaaggatggtcagacccgtgaacatgctctccttgctttcactcttggtgtg 43066718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 26 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 43084407 - 43084117
Alignment:
Q  26 atgaacaggcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaa 125  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||| || || |   ||| ||||| |    
T  43084407 atgaacaagcgttcattcaagtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtttgaga 43084308  T
Q  126 caccaaaccgctgctacactatcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgctcttcttat 225  Q
    || | ||   || || |||| |||| |||||| | ||||| |||||||||||| | |||||||| |  ||  ||||||| |||||||||||  |||| ||    
T  43084307 caaccaagtactactgcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgccgttctcat 43084208  T
Q  226 cgtcgattctactcctggtgcttttgaaaatggtttttctaaggatggtcggacccgtgaacatgctcttcttgcctccgctcttggtgtg 316  Q
    | | ||||| ||| |||||| |||||||   ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| | | |||||||||||    
T  43084207 cattgattccactactggtggttttgaagccggtatttctaaggatggtcagacccgtgaacatgctctccttgctttcactcttggtgtg 43084117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 41 - 343
Target Start/End: Original strand, 38137628 - 38137930
Alignment:
Q  41 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacaccaaaccgctgct 140  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||   || ||||| ||  | ||   || ||    
T  38137628 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 38137727  T
Q  141 acactatcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgctcttcttatcgtcgattctactcc 240  Q
     |||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||| | ||||||||||  ||| | ||||| ||||| |||||| ||||  || | ||||| ||  |    
T  38137728 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattccacaac 38137827  T
Q  241 tggtgcttttgaaaatggtttttctaaggatggtcggacccgtgaacatgctcttcttgcctccgctcttggtgtgcctcgaatgatttgctgcatcaac 340  Q
    ||||  |||||||  ||||| |||| |||| |||| ||||  |||||||||||||||||| | || |||||||||||  | |||||| ||||||  ||||    
T  38137828 tggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctgcaac 38137927  T
Q  341 aag 343  Q
    |||    
T  38137928 aag 38137930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 26 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 51292147 - 51292064
Alignment:
Q  26 atgaacaggcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttct 109  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  51292147 atgaacatgcgttcattcacgtatgcttgggtgcttgacaagttcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttct 51292064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 26 - 343
Target Start/End: Original strand, 45983465 - 45983776
Alignment:
Q  26 atgaacaggcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaa 125  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||| | ||||||||| || |  ||  ||| ||||| |    
T  45983465 atgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtgttacaattgacattaccctgtcgaagtttgaga 45983564  T
Q  126 caccaaaccgctgctacactatcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgctcttcttat 225  Q
    ||   ||   |  || |||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||| | |||||||| |  ||  | ||||| ||||| |||||| ||||  |    
T  45983565 caaacaagtacaactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggaacgtcccaagctgactgtgctgttctcgt 45983664  T
Q  226 cgtcgattctactcctggtgcttttgaaaatggtttttctaaggatggtcggacccgtgaacatgctcttcttgcctccgctcttggtgtgcctcgaatg 325  Q
    | | ||||| ||| |||||| |||||||   ||      || | |||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  || ||||    
T  45983665 cattgattccactactggtggttttgaagccgg------tatgaatggtcagacccgtgaacatgctcttcttgccttcactcttggtgtgaatcaaatg 45983758  T
Q  326 atttgctgcatcaacaag 343  Q
    || ||||||  |||||||    
T  45983759 atctgctgctgcaacaag 45983776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 26 - 102
Target Start/End: Original strand, 40034453 - 40034529
Alignment:
Q  26 atgaacaggcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattga 102  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  40034453 atgaacaagcgctcattcaagtatgcttgggtacttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtgttacaattga 40034529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 37 - 226
Target Start/End: Original strand, 43076553 - 43076741
Alignment:
Q  37 ttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacaccaaaccgc 136  Q
    |||| |||||||||| ||| | |||||||| |||| |||||| |||||||||||||| || |||||  ||||| |   ||| ||||| ||| ||||   |    
T  43076553 ttcagtcaagtatgcctggatccttgacaagctcagggctgaacgtgaaagaggtat-accattgagatttctctctggaagtttgagacaacaaagaac 43076651  T
Q  137 tgctacactatcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgctcttcttatc 226  Q
    |||| |  | ||||||||| | | ||||| | | |||||||| | |||||||| | |||| | ||||| |||||||||||||||||||||    
T  43076652 tgctgcgttgtcattgatgtcccgggacacaagaatttcattaagaacatgatcactgggacgtcccaagctgattgtgctcttcttatc 43076741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 108; Significance: 4e-54; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 29 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 1846921 - 1846570
Alignment:
Q  29 aacaggcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacac 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||| ||||| |||     
T  1846921 aacaggcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctatggaagtttgagacaa 1846822  T
Q  129 caaaccgctgctacactatcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgctcttcttatcgt 228  Q
    | |||  |  || |||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||| | |||||||| |  ||  ||||| | ||||| |||||  |||||||| |    
T  1846821 ccaacttcctctgcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggagcatccgaagctgactgtgccgttcttatcat 1846722  T
Q  229 cgattctactcctggtgcttttgaaaatggtttttctaaggatggtcggacccgtgaacatgctcttcttgcctccgctcttggtgtgcctcgaatgatt 328  Q
     || ||||| ||||||| |||||||  |||||||| |||| |||||| ||||  |||||||| ||  ||||||| ||||||||||||  | | ||||||     
T  1846721 tgactctacacctggtggttttgaagctggtttttgtaagaatggtcagaccaatgaacatgttcaacttgcctacgctcttggtgtttcacaaatgatc 1846622  T
Q  329 tgctgcatcaacaagatggatgccacaacacctacatactccatggataggt 380  Q
    ||||||   ||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||||||    
T  1846621 tgctgctgtaacaagatggatgccactacacccaaatactccaaggataggt 1846570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 37 - 112
Target Start/End: Original strand, 4787274 - 4787349
Alignment:
Q  37 ttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  4787274 ttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcaagggtgagcgtgaaagaggtgccacaattgacatttctatg 4787349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 36 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 4620212 - 4620026
Alignment:
Q  36 gttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacaccaaaccg 135  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||   || ||||| ||| | ||       
T  4620212 gttcattcaaatatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaatcgacatttctctgtccaagtttgagacaaccaagta 4620113  T
Q  136 ctgctacactatcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgctcttct 222  Q
    || || |||| ||||||||||| | ||||| || ||||||||| | |||||||| |  ||  ||||||| ||||| |||||| ||||    
T  4620112 ctactgcactctcattgatgcccccggacacagagatttcattaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgactgtgctgttct 4620026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 41 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 4297990 - 4297922
Alignment:
Q  41 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttct 109  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| | ||||||||||  |||||||||| |||||    
T  4297990 ttcaagtatgcttgggtacttgacaaactcaaagctgaccatgaaagaggtgccacaattgacatttct 4297922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 103; Significance: 4e-51; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 41 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 16349656 - 16349382
Alignment:
Q  41 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacaccaaaccgctgct 140  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||||| ||| | ||   | |||    
T  16349656 ttcaagtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgct 16349557  T
Q  141 acactatcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgctcttcttatcgtcgattctactcc 240  Q
     |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||| | |||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  16349556 gcactatcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgctcttcttatcgttgattccactcc 16349457  T
Q  241 tggtgcttttgaaaatggtttttctaaggatggtcggacccgtgaacatgctcttcttgcctccgctcttggtgt 315  Q
    || || ||||| |   ||| |||| ||  |||||| || ||||||||||||||| | ||| | | ||||||||||    
T  16349456 tgctggttttggagccggtatttccaataatggtcagatccgtgaacatgctctccatgcttactctcttggtgt 16349382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 26 - 90
Target Start/End: Original strand, 7528843 - 7528907
Alignment:
Q  26 atgaacaggcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagagg 90  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  7528843 atgaacaagcgttcattcaagtatgcatgggttcttgacaaacttaaggctgagcgtgaaagagg 7528907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 147 - 300
Target Start/End: Original strand, 7519593 - 7519746
Alignment:
Q  147 tcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgctcttcttatcgtcgattctactcctggtgc 246  Q
    ||||||||||  | |||||| | ||||||||  | |||||||||| |||  | ||||| |||||||||||| | |||||| | || || ||  ||||||     
T  7519593 tcattgatgctcccggacatcgtgatttcatcaagaacatgattactggaacctcccaggctgattgtgctgtccttatcattgactccaccactggtgg 7519692  T
Q  247 ttttgaaaatggtttttctaaggatggtcggacccgtgaacatgctcttcttgc 300  Q
    |||||||  |||| | ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||    
T  7519693 ttttgaagctggtatctctaaggatggacagacccgtgagcatgctcttcttgc 7519746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 147 - 300
Target Start/End: Original strand, 7528964 - 7529117
Alignment:
Q  147 tcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgctcttcttatcgtcgattctactcctggtgc 246  Q
    ||||||||||  | |||||| | ||||||||  | |||||||||| |||  | ||||| |||||||||||  | |||||| | || || ||  ||||||     
T  7528964 tcattgatgctcccggacatcgtgatttcatcaagaacatgattactggaacctcccaggctgattgtgccgtgcttatcattgactccaccactggtgg 7529063  T
Q  247 ttttgaaaatggtttttctaaggatggtcggacccgtgaacatgctcttcttgc 300  Q
    |||||||  |||| | ||||||||||| | ||||||||| || |||||||||||    
T  7529064 ttttgaagctggtatctctaaggatggacagacccgtgagcacgctcttcttgc 7529117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University