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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11467_low_7 (Length: 400)

Name: NF11467_low_7
Description: NF11467
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11467_low_7
NF11467_low_7
[»] scaffold0635 (1 HSPs)
scaffold0635 (40-400)||(3135-3489)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (40-400)||(10043581-10043935)
chr2 (40-400)||(10105295-10105649)


Alignment Details
Target: scaffold0635 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 1)
Name: scaffold0635
Description:

Target: scaffold0635; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 40 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 3489 - 3135
Alignment:
Q  40 aaagaagggaaaaataagagttgcttctttcaactttggttattctcatttcataaatgttaaaatttcataagatacatgtgttctttaggtgtgaagc 139  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3489 aaagaagggaaaaataagaattgcttctttcaactttggttattctcatttcataaatgttaaaatttcataagatacatgtgttctttaggtgtgaagc 3390  T
Q  140 accatatgcatgattcacttataatatcatgtaattcctatcaaaccatataatgaaatgatgtgatattcaattgttcgaatattttnnnnnnnttatg 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||       |||||    
T  3389 accatatgcatgattcacttataatatcatgtaattcctatcaaaccatataatgaaatgatgtgatattcaactgtttgaatatttt-aaaaaattatg 3291  T
Q  240 taatagaatggaagtgatgacattattccatctcatactatttttcattaaaatttcaccataannnnnnnnatagaatatagagtctgatctatgtttc 339  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         || || | |||||||||||||||||||    
T  3290 taatagaatggaaatgatgacattattccatctcatactatttttcattaaaatttcaccataatttat----taaaaga-agagtctgatctatgtttc 3196  T
Q  340 atttcactcaactattctcattttattttataaatttccatttcattgcattacataccaa 400  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3195 atttcactcaactatgctcattctattttataaattttcatttcattgcattacataccaa 3135  T

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Target: chr2 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 40 - 400
Target Start/End: Original strand, 10043581 - 10043935
Alignment:
Q  40 aaagaagggaaaaataagagttgcttctttcaactttggttattctcatttcataaatgttaaaatttcataagatacatgtgttctttaggtgtgaagc 139  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10043581 aaagaagggaaaaataagaattgcttctttcaactttggttattctcatttcataaatgttaaaatttcataagatacatgtgttctttaggtgtgaagc 10043680  T
Q  140 accatatgcatgattcacttataatatcatgtaattcctatcaaaccatataatgaaatgatgtgatattcaattgttcgaatattttnnnnnnnttatg 239  Q
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T  10043681 accatatgcatgattcacttataatatcatgtaattcctatcaaaccatataatgaaatgatgtgatattcaactgtttgaatatttt-aaaaaattatg 10043779  T
Q  240 taatagaatggaagtgatgacattattccatctcatactatttttcattaaaatttcaccataannnnnnnnatagaatatagagtctgatctatgtttc 339  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         || || | |||||||||||||||||||    
T  10043780 taatagaatggaaatgatgacattattccatctcatactatttttcattaaaatttcaccataatttat----taaaaga-agagtctgatctatgtttc 10043874  T
Q  340 atttcactcaactattctcattttattttataaatttccatttcattgcattacataccaa 400  Q
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T  10043875 atttcactcaactatgctcattctattttataaattttcatttcattgcattacataccaa 10043935  T

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Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 40 - 400
Target Start/End: Original strand, 10105295 - 10105649
Alignment:
Q  40 aaagaagggaaaaataagagttgcttctttcaactttggttattctcatttcataaatgttaaaatttcataagatacatgtgttctttaggtgtgaagc 139  Q
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T  10105295 aaagaagggaaaaataagaattgcttctttcaactttggttattctcatttcataaatgttaaaatttcataagatacatgtgttctttaggtgtgaagc 10105394  T
Q  140 accatatgcatgattcacttataatatcatgtaattcctatcaaaccatataatgaaatgatgtgatattcaattgttcgaatattttnnnnnnnttatg 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||       |||||    
T  10105395 accatatgcatgattcacttataatatcatgtaattcctatcaaaccatataatgaaatgatgtgatattcaactgtttgaatatttt-aaaaaattatg 10105493  T
Q  240 taatagaatggaagtgatgacattattccatctcatactatttttcattaaaatttcaccataannnnnnnnatagaatatagagtctgatctatgtttc 339  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         || || | |||||||||||||||||||    
T  10105494 taatagaatggaaatgatgacattattccatctcatactatttttcattaaaatttcaccataatttat----taaaaga-agagtctgatctatgtttc 10105588  T
Q  340 atttcactcaactattctcattttattttataaatttccatttcattgcattacataccaa 400  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10105589 atttcactcaactatgctcattctattttataaattttcatttcattgcattacataccaa 10105649  T

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