View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11469_low_2 (Length: 460)

Name: NF11469_low_2
Description: NF11469
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11469_low_2
NF11469_low_2
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (12-439)||(2797304-2797731)
chr3 (13-443)||(2855574-2856004)
chr3 (12-443)||(2807210-2807641)
chr3 (240-443)||(2790491-2790694)
chr3 (28-443)||(2838364-2838779)
chr3 (28-443)||(2769028-2769443)
chr3 (28-443)||(2759173-2759588)
chr3 (12-193)||(2790310-2790491)
chr3 (32-444)||(2748958-2749370)
chr3 (12-442)||(5412829-5413259)
chr3 (31-443)||(2818519-2818931)
chr3 (138-211)||(21945658-21945731)
chr3 (159-220)||(22368262-22368323)
chr3 (138-195)||(22648533-22648590)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (28-443)||(5916-6331)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 356; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 439
Target Start/End: Original strand, 2797304 - 2797731
Alignment:
Q  12 agagagacggacaatagaagatggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgttggatttgaaggcccaagggaagaattgt 111  Q
    ||||||||||| ||||||||||||  |||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  2797304 agagagacggataatagaagatggtgtgatcctcgactgtcttccctttttattgaagaaactgcaattgtcggatttgaaggcccgagggaagaattgt 2797403  T
Q  112 ctggttggttattggagggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacag 211  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2797404 ctggttggttactagagggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacag 2797503  T
Q  212 tcaaaaggtaacaacaaaatttgattgtcgtgcttgcatcaccgtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttgc 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2797504 tcaaaaggtaacaacaaaatttgattgtcgtgcttgcatcacagtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttgt 2797603  T
Q  312 agcgaaactgaaggccctcttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttga 411  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2797604 agcgaaactgaaagccctcttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcattgattatacaagtgaggcaatacctgcaacataaaaagtatttga 2797703  T
Q  412 tattcttcgatgatgtatggcaagaaga 439  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2797704 tattctttgatgatgtatggcaagaaga 2797731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 13 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 2856004 - 2855574
Alignment:
Q  13 gagagacggacaatagaagatggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgttggatttgaaggcccaagggaagaattgtc 112  Q
    ||||||| || ||| ||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| | | |||| ||  ||||||||||||  |||||||||||    
T  2856004 gagagacagaaaatggaagatggcgtgatcctcgactgtcttcccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcattgaaggcccaaaagaagaattgtc 2855905  T
Q  113 tggttggttattggagggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacagt 212  Q
    ||||||||||||||| || | | ||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||     
T  2855904 tggttggttattggaaggtatatctgagcgcaaagtgatttcagtggtgggaatggggggtataggaaaaactactcttgccaagctaatttttgacagc 2855805  T
Q  213 caaaaggtaacaacaaaatttgattgtcgtgcttgcatcaccgtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttgca 312  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  | ||||| |||||||||||| |||||||      
T  2855804 caaaaggtaacaacaaactttgattgtcgtgcttgcatcacagtttctcaatcatacactgtgagaggtttgttgataaacatgatggagcaattttgtc 2855705  T
Q  313 gcgaaactgaaggccctcttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgat 412  Q
    | | |||||||| |||||||   | |||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||||| | ||||||| |    
T  2855704 ggggaactgaagaccctcttccactgatgttgcacaaaatggatgaccagtcactgattatacaagtaaggcaatacctgcaacataagaggtatttggt 2855605  T
Q  413 attcttcgatgatgtatggcaagaagatttt 443  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  2855604 attctttgatgatgtttggcaagaagatttt 2855574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 12 - 443
Target Start/End: Original strand, 2807210 - 2807641
Alignment:
Q  12 agagagacggacaatagaagatggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgttggatttgaaggcccaagggaagaattgt 111  Q
    |||||||| || ||| ||||||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||  | |||||| |||||||||  |||||| |||||| |||    
T  2807210 agagagacagaaaatggaagatggcgtgatcctcgactgtcttccctttttattgaagaaagagaaattgtaggatttgaattcccaagagaagaaatgt 2807309  T
Q  112 ctggttggttattggagggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacag 211  Q
    ||| |||||||||||||||   |||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  2807310 ctgtttggttattggagggtgtagctgagcgcacggtgatttcggtggtaggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgatag 2807409  T
Q  212 tcaaaaggtaacaacaaaatttgattgtcgtgcttgcatcaccgtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttg- 310  Q
     |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||| |  |||| |||||||||||| |||||||     
T  2807410 ccaaacggtaacaacacactttgattgtcgtgcttgcatcgcagtttctcaatcatacactgtgagagggttgatgataaacatgatggagcaattttgt 2807509  T
Q  311 cagcgaaactgaaggccctcttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttg 410  Q
    ||| |||||||||| |||||||    | | ||||| |||| |||||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||| ||||||| | |||||||    
T  2807510 cag-gaaactgaagaccctcttccaaataagttacgcaaattggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatacctgcaacataagaggtatttg 2807608  T
Q  411 atattcttcgatgatgtatggcaagaagatttt 443  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2807609 atattctttgatgatgtatggcaagaagatttt 2807641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 240 - 443
Target Start/End: Original strand, 2790491 - 2790694
Alignment:
Q  240 cgtgcttgcatcaccgtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttgcagcgaaactgaaggccctcttttgcaga 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2790491 cgtgcttgcatcaccgtttctcaatcattcaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttgtagcgaaactgaaggccctcttttgcaga 2790590  T
Q  340 tgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgatattcttcgatgatgtatggcaagaaga 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2790591 tgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgatattcttcgatgatgtatggcaagaaga 2790690  T
Q  440 tttt 443  Q
    ||||    
T  2790691 tttt 2790694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 28 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 2838779 - 2838364
Alignment:
Q  28 gaagatggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgttggatttgaaggcccaagggaagaattgtctggttggttattgga 127  Q
    |||||||||| || |||||  ||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| |||||| | | |||||||||||||||    
T  2838779 gaagatggcacgaccctcgactgtcttcccttttcattgaagaaacagaaattgtaggatttgaaggcccaagagaagaaatatatggttggttattgga 2838680  T
Q  128 gggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacagtcaaaaggtaacaaca 227  Q
    |||  |||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||| ||    
T  2838679 gggtgcagctgagcgcacagtcatatcagtggtaggaatggggggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgaaagccaaaaggtaacagca 2838580  T
Q  228 aaatttgattgtcgtgcttgcatcaccgtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttgcagcgaaactgaaggcc 327  Q
    || |||||||||  ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||  | ||||| |||||||||||| |||||||  | | |||||||| ||    
T  2838579 aactttgattgttatgcttgcgtcacagtttctcaatcatacactgtgagaggtttgttgataaacatgatggagcaattttgtcggggaactgaagacc 2838480  T
Q  328 ctcttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgatattcttcgatgatgt 427  Q
    |||||   |||||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||  | ||||||||||||||||  ||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||    
T  2838479 ctcttccacagatgttgcacaaaaaggatgaccagtcactgattgaagaagtgaggcaatacctccaacataagaggtacttgatattctttgatgatgt 2838380  T
Q  428 atggcaagaagatttt 443  Q
     |||||||||||||||    
T  2838379 ttggcaagaagatttt 2838364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 28 - 443
Target Start/End: Original strand, 2769028 - 2769443
Alignment:
Q  28 gaagatggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgttggatttgaaggcccaagggaagaattgtctggttggttattgga 127  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||| || ||||||||||| | |||||| ||||| ||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||    
T  2769028 gaagatggcgtgatcctcggatgtcttccctctttattgaagaaacagaaattgtaggattggaaggcccaagagaagaattatttggttggttattgga 2769127  T
Q  128 gggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacagtcaaaaggtaacaaca 227  Q
    |||  ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||  ||    
T  2769128 gggtgcagctaagcgcacagtgatatcagtggtaggaatggggggtctaggaaaaaccactcttgccaaactagtttatgacagccaaaaggtaactgca 2769227  T
Q  228 aaatttgattgtcgtgcttgcatcaccgtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttg-cagcgaaactgaaggc 326  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| || |||| || ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||      
T  2769228 aactttgattgtcgtgcttgcatcacagtttctcaatcatacactgtgagagggttactgataaaaatgatggagcaattttgtcag-gaaactgaagaa 2769326  T
Q  327 cctcttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgatattcttcgatgatg 426  Q
    |||||  |  |||||||||||||||||||||||| ||||||  |  || | || ||| |||||||  ||||||| | ||||||||||||||| |||||||    
T  2769327 cctctgctaaagatgttacacaaaatggatgacatgtcactggtaatagaggtaaggaaatacctacaacataagaggtatttgatattctttgatgatg 2769426  T
Q  427 tatggcaagaagatttt 443  Q
    |||||||||||||||||    
T  2769427 tatggcaagaagatttt 2769443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 28 - 443
Target Start/End: Original strand, 2759173 - 2759588
Alignment:
Q  28 gaagatggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgttggatttgaaggcccaagggaagaattgtctggttggttattgga 127  Q
    ||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||  |||||| | | |||||||||||||||    
T  2759173 gaagatggcgtgatcctcgactgtcttcccttttcattgaagaaacagaaattgtaggatttgaaggcccaaaagaagaactatatggttggttattgga 2759272  T
Q  128 gggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacagtcaaaaggtaacaaca 227  Q
    |||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  2759273 gggttcagctgaacgcacagtgatttcagtggtaggaatggggggtctcggcaaaaccactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacaaca 2759372  T
Q  228 aaatttgattgtcgtgcttgcatcaccgtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttg-cagcgaaactgaaggc 326  Q
     | ||||||||||  |||||||||   ||||||||||||||||| ||||| ||  || |||| || ||||||| | ||||||| ||| |||||||||| |    
T  2759373 cagtttgattgtcaagcttgcatcgtagtttctcaatcatacactgtgagaggattactgataaaaatgatggcgcaattttgtcag-gaaactgaagac 2759471  T
Q  327 cctcttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgatattcttcgatgatg 426  Q
    ||||||    ||| |||||||||||||||||||| |||||| |||  | | || ||| |||||||  ||||||| | ||||||||||||||| |||||||    
T  2759472 cctcttccaaagaagttacacaaaatggatgacaggtcactgattacagaggtaaggaaatacctagaacataagaggtatttgatattctttgatgatg 2759571  T
Q  427 tatggcaagaagatttt 443  Q
    |||||||||||||||||    
T  2759572 tatggcaagaagatttt 2759588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 12 - 193
Target Start/End: Original strand, 2790310 - 2790491
Alignment:
Q  12 agagagacggacaatagaagatggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgttggatttgaaggcccaagggaagaattgt 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  2790310 agagagacggacaatagaagatggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgtcggatttgaaggcccgagggaagaattgt 2790409  T
Q  112 ctggttggttattggagggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgc 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2790410 ctggttggttattggagggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgc 2790491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 32 - 444
Target Start/End: Original strand, 2748958 - 2749370
Alignment:
Q  32 atggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgttggatttgaaggcccaagggaagaattgtctggttggttattggagggc 131  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||| | | |||||||  |||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||     
T  2748958 atggcatgatcctcgactgtcttctctttttattgaagaaacagaagttgttggtattgaagtcccaaaagaagaactgtctggttggttattggatggt 2749057  T
Q  132 acagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacagtcaaaaggtaacaacaaaat 231  Q
      |||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||| || || | |    
T  2749058 gaagctgagcgcacggtgatatccgtggtaggaatgggaggcctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgaaagcaaaaaggtatcagcacact 2749157  T
Q  232 ttgattgtcgtgcttgcatcaccgtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttgcagcgaaactgaaggccctct 331  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||| ||  | ||||| |||||||||||| |||| ||  |    ||| ||| | ||||    
T  2749158 ttgattgtcgtgcttgcgtcacagtttctcaatcttacactgtgagaggtttgttgataaacatgatggagcaattctgtcggagtactaaagactctct 2749257  T
Q  332 tttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgatattcttcgatgatgtatgg 431  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  2749258 tctgcagatgttacacaaaatggatgaccagtcactaattatagaagtgaggcaatacctgcaacataagaggtatttgatattctttgatgacgtatgg 2749357  T
Q  432 caagaagattttg 444  Q
    |||||||||||||    
T  2749358 caagaagattttg 2749370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 12 - 442
Target Start/End: Original strand, 5412829 - 5413259
Alignment:
Q  12 agagagacggacaatagaagatggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgttggatttgaaggcccaagggaagaattgt 111  Q
    |||||||| || ||| |||||||||  ||||||||  |||||||||| ||||||  |||||| | | |||| ||| ||||||| ||||  ||||||||||    
T  5412829 agagagacagaaaatggaagatggcgagatcctcgactgtcttccctattcattacagaaacagaagttgtaggaattgaaggtccaaaagaagaattgt 5412928  T
Q  112 ctggttggttattggagggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacag 211  Q
    |||||||||||||||| ||  |||| || || ||||| || |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  5412929 ctggttggttattggatggtgcagcggaacgtacagtcatatcagtggtaggaatggggggcctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgaaag 5413028  T
Q  212 tcaaaaggtaacaacaaaatttgattgtcgtgcttgcatcaccgtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttgc 311  Q
     ||||||||| || || | ||||||||| |||||||| | || ||||||||||||||||| ||||| ||  | ||||| |||||||||||| |||||||     
T  5413029 ccaaaaggtatcagcacactttgattgttgtgcttgcgtaacagtttctcaatcatacactgtgagaggtttgttgataaacatgatggagcaattttgt 5413128  T
Q  312 agcgaaactgaaggccctcttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttga 411  Q
     | | |||||||| | |||||  |||||||||||||||||||||||||  |||||| ||| || ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||    
T  5413129 cggggaactgaagactctcttccgcagatgttacacaaaatggatgaccggtcactgattatagaagtgaggcaatacctgcaacataagaggtatttga 5413228  T
Q  412 tattcttcgatgatgtatggcaagaagattt 442  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  5413229 tattctttgatgatgtatggcaacaagattt 5413259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 31 - 443
Target Start/End: Original strand, 2818519 - 2818931
Alignment:
Q  31 gatggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgttggatttgaaggcccaagggaagaattgtctggttggttattggaggg 130  Q
    |||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| | ||| || |||||||||||||| || |||||| | | ||||||||||||||||||    
T  2818519 gatggcgtgatcctcgactgtcttctcttttcattgaagaaacagaaatcgtaggatttgaaggcccgagagaagaactatatggttggttattggaggg 2818618  T
Q  131 cacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacagtcaaaaggtaacaacaaaa 230  Q
      |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |     
T  2818619 tgcagccgagcgcacagtgatatcagtggtaggaatggggggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacaacacag 2818718  T
Q  231 tttgattgtcgtgcttgcatcaccgtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaatttt-gcagcgaaactgaaggccct 329  Q
    ||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||| ||||| ||  || |||| || ||||||||| ||||||  ||| ||| |||||| ||||    
T  2818719 tttgattgtcgagcttgcatcgtagtttctcaatcatacactgtgagaggattactgataaaaatgatggagcaattttatcag-gaagctgaagaccct 2818817  T
Q  330 cttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgatattcttcgatgatgtat 429  Q
      | |  |||| |||| |||||||||||||| || ||| ||| || | || ||| |||||||  ||||||| | |||||| |||||||| ||||||||||    
T  2818818 gatctagagattttacgcaaaatggatgacaggttactgattatagaggtaaggaaatacctagaacataagaggtatttaatattctttgatgatgtat 2818917  T
Q  430 ggcaagaagatttt 443  Q
    ||||||||||||||    
T  2818918 ggcaagaagatttt 2818931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 138 - 211
Target Start/End: Original strand, 21945658 - 21945731
Alignment:
Q  138 gagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacag 211  Q
    |||||||| ||  |||| ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||  |||||| |||||    
T  21945658 gagcgcactgtagtttccgtggtaggaatgggagggcaaggaaaaaccactctagccaagaaagtttttgacag 21945731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 159 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 22368323 - 22368262
Alignment:
Q  159 gttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacagtcaaaaggt 220  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||  |||||| ||||  ||||||||    
T  22368323 gttggaatgggaggactgggaaaaaccactctagccaagaaagtttttgacaaccaaaaggt 22368262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 138 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 22648590 - 22648533
Alignment:
Q  138 gagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgcca 195  Q
    |||||||| || || || ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22648590 gagcgcactgtcatctctgtggtaggtatgggagggctaggaaaaaccactcttgcca 22648533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 28 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 6331 - 5916
Alignment:
Q  28 gaagatggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgttggatttgaaggcccaagggaagaattgtctggttggttattgga 127  Q
    ||||||||| ||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||| || ||||| | |||||||||||||||    
T  6331 gaagatggcgtgatcctcgattatctgccctttttattgaagaaactgaagttgtaggattcgaaggcccaagagaggaattatatggttggttattgga 6232  T
Q  128 gggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacagtcaaaaggtaacaaca 227  Q
    | |  ||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  6231 gagtccagctgagcgcaccgtaatttcagtggtaggaatgggaggtatagggaaaaccactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacaaca 6132  T
Q  228 aaatttgattgtcgtgcttgcatcaccgtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttgcagcgaaactgaaggcc 327  Q
     ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||| || | || |||||||||||| |||||||  | |||||||||| ||    
T  6131 caatttgattgtcgtgcttgcatcgcagtttctcaaacatacaccgtgagagggttactcataaacatgatggagcaattttgtcgggaaactgaagacc 6032  T
Q  328 ctcttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgatattcttcgatgatgt 427  Q
    |||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||| || ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||| ||||||||    
T  6031 ctcttccgcaaatgttacacaaaatggatgacaagtcattaattatagaagtgaggcaatacctgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgt 5932  T
Q  428 atggcaagaagatttt 443  Q
    ||||||||||||||||    
T  5931 atggcaagaagatttt 5916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University