View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11470_low_1 (Length: 973)

Name: NF11470_low_1
Description: NF11470
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11470_low_1
NF11470_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-959)||(21272346-21273287)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (19-790)||(6956064-6956835)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (61-790)||(6751383-6752112)
chr3 (19-685)||(6466519-6467184)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (19-693)||(22009496-22010171)
chr7 (732-790)||(22010176-22010234)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 842; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 842; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 959
Target Start/End: Original strand, 21272346 - 21273287
Alignment:
Q  19 taaataacggtgtgtttagagcatcaaacagtgaatgtgagcttaaataatgctgcaacacatccaagttccatgatttctgtccaggctgaagcagttc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21272346 taaataacggtgtgtttagagcatcaaacagtgaatgtgagcttaaataatgctgcaacacatccaatttccatgatttctgcccaggctgaagcagttc 21272445  T
Q  119 cttcgtattaagttgcagcagctgattgcattgcaaa-caggctgtgctaaactgctgtttacgagccacctatcttgaaaaatcccggattttatctcc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21272446 cttcgtattaagttgcagcagctgattgcattgcaaaacaggctgtgctaaactgctgtttacgagccacctatcttgaaaaatcccggattttatctcc 21272545  T
Q  218 attaccaattgtccactgtgttccttgcttaaccatgggtatagcctcgtgaatactcttccacacataactcgaattgtgtcctttctttgcttcaaaa 317  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21272546 attaccaatcgtccactgtgttccttgcttaaccatgggtatagcctcgtgaatactcttccacacataactggaattgtgtcctttctttgcttcaaaa 21272645  T
Q  318 atatcattcctcggataataccaggctttaaaaagtctcgctactaataactccggttgagacattaaccaccaaacttgcttgccaagaagtgccatat 417  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21272646 atataattcctcggataataccaggctttaaaaagtctcgctactaataactccggttgagacattaaccaccaaacttgcttgccaagaagtgccatat 21272745  T
Q  418 tgaacatatataaattcttctaattcatatctccatgtcttttatggacggatagtttatcctacgatagccacttgattctcttgttcctatttccacc 517  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21272746 tgaacatatataaattcttctaactcatacctccatctcttttatggacggatagtttatcccacgatagccacttgattcccttgttcctatttccacc 21272845  T
Q  518 atttttccaccaaaaagaattcatgattttctcaatttcgtctccaatagatgatggaattagaaaaatactcatgaagtaggtaggaatagattggagc 617  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  21272846 attttcccaccaaaaagaattcatgattttctcaatttcgtctccaatagatgatggaattagaaaaatactcatgaagtaggtaggaatagattgaagc 21272945  T
Q  618 acaaatttactcatcaattattttcccgccttagataaatagcgtcctccccacgagttaatcttcctccacactcagtccgtaatgaatttaaacatgt 717  Q
    ||| ||||| ||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  21272946 acagatttaatcatcaacttttttcccaccttagataaagagcgtcctccccacgagttaatcttcctccacactcagtccttaatgtatttaaacatgt 21273045  T
Q  718 ccttcttgttcctccctatcatggaaggaaagccaagatatttatcggttcctattgcaatgttgatttgtaaatatcttagttatacaatatttttaga 817  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  21273046 ccttcttgttcctccctatcatggaaggaaagccaagatatttatcggttcctattgcaatgttgatttgtaaataccttcgttatacaatatttttaga 21273145  T
Q  818 gtggacagaaatggataacttggacgcagttacttggtctcctcatatggtagttattgacttggaattcaacgggaacttgactgcttgtgtgaattcc 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21273146 gtggacagaaatggataacttggacgcagttacttggtctcctcatatggtagttattgacttggaattcaacgggaacttgactgcttgtgtgaattcc 21273245  T
Q  918 ttctcttcctctatttcttcttccagacccattctcgtctct 959  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21273246 ttctcttcctctatttcttcttccagacccattctcatctct 21273287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 317; Significance: 1e-178; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 19 - 790
Target Start/End: Original strand, 6956064 - 6956835
Alignment:
Q  19 taaataacggtgtgtttagagcatcaaacagtgaatgtgagcttaaataatgctgcaacacatccaagttccatgatttctgtccaggctgaagcagttc 118  Q
    |||||||||| ||||| | ||| ||| |||  || ||||  ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| || || || |||||||||| |||    
T  6956064 taaataacggagtgttcatagcctcacacatcgactgtggacttaaataatgttgcagcacatccaaattccatgacttttgacccggctgaagcaattc 6956163  T
Q  119 cttcgtattaagttgcagcagctgattgcattgcaaac-aggctgtgctaaactgctgtttacgagccacctatcttgaaaaatcccggattttatctcc 217  Q
     |||  |||||||||||||| ||||||| | |||  |  |||||||||||||||||  || | |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||     
T  6956164 gttcacattaagttgcagcaactgattgtactgcgcagtaggctgtgctaaactgccattcatgagccacctatcttgaaaaa-cccgaattttatctct 6956262  T
Q  218 attaccaattgtccactgtgttccttgcttaaccatgggtatagcctcgtgaatactcttccacacataactcgaattgtgtcctttctttgcttcaaaa 317  Q
     ||||||||  |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||    
T  6956263 gttaccaatcttccaccttgttccttgcttgaccatgggtatagcctcatgaatactcttccacacataacttgaattgtttcctttctttgcctcaaaa 6956362  T
Q  318 atatcattcctcggataataccaggctttaaaaagtctcgctactaataactccggttgagacattaaccaccaaacttgcttgccaagaagtgccatat 417  Q
    |||||||||||  | ||||  |  |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  || ||||| ||||| |||||||||||||    
T  6956363 atatcattccttcggtaatgtcgtgctttaaaaagtcttgctactaataactctggttgagacattaaccgacatacttgtttgcctagaagtgccatat 6956462  T
Q  418 tgaacatatataaattcttctaattcatatctccatgtcttttatggacggatagtttatcctacgatagccacttgattctcttgttcctatttccacc 517  Q
    |||||||||||||||||||  ||  |||| | |||| ||||||||||||  ||| ||||||| | || |||||| |||||||||| || |||||| ||||    
T  6956463 tgaacatatataaattcttaaaacccataccaccatttcttttatggacatataatttatcccatgaaagccacctgattctcttatttctattttcacc 6956562  T
Q  518 atttttccaccaaaaagaattcatgattttctcaatttcgtctccaatagatgatggaattagaaaaatactcatgaagtaggtaggaatagattggagc 617  Q
    ||||  |||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  6956563 atttccccaccaaaaagaattcatcattttctcgatttcatcaccaagagatgagggaattagaaaaatactcatgaaataggtaggaatagattggagt 6956662  T
Q  618 acaaatttactcatcaattattttcccgccttagataaatagcgtcctccccacgagttaatcttcctccacactcagtccgtaatgaatttaaacatgt 717  Q
    ||| ||||| ||||||  | |||||||||| |||||||| |||||| |||||| || || ||||||||||| | ||  ||| ||||||||||||||| ||    
T  6956663 acagatttaatcatcacctcttttcccgccgtagataaagagcgtcatccccatgacttgatcttcctccatattcgatccttaatgaatttaaacaagt 6956762  T
Q  718 ccttcttgttcctccctatcatggaaggaaagccaagatatttatcggttcctattgcaatgttgatttgtaa 790  Q
    | |||||| |||||||| |||||||||||| | | ||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  6956763 ctttcttgctcctccctgtcatggaaggaaggtcgagatatttaccggttccaattgcaatgttgacttgtaa 6956835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 61 - 790
Target Start/End: Original strand, 6751383 - 6752112
Alignment:
Q  61 ttaaataatgctgcaacacatccaagttccatgatttctgtccaggctgaagcagttccttcgtattaagttgcagcagctgattgcattgcaaa-cagg 159  Q
    |||||||||| |||| ||||||||| | |||||| || || ||||| ||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||||| | |||  | ||||    
T  6751383 ttaaataatgttgcagcacatccaaatcccatgacttttgaccaggttgaagcaattccttcacattaagttgcagcaactgattgtactgcgcagcagg 6751482  T
Q  160 ctgtgctaaactgctgtttacgagccacctatcttgaaaaatcccggattttatctccattaccaattgtccactgtgttccttgcttaaccatgggtat 259  Q
    ||||||||||| ||  || | |||||||||||||||||||| | || |||||||||   ||||||||  |||||  |||||||||||| |||||||||||    
T  6751483 ctgtgctaaaccgccattcatgagccacctatcttgaaaaa-ctcgaattttatctttcttaccaatcttccaccttgttccttgcttgaccatgggtat 6751581  T
Q  260 agcctcgtgaatactcttccacacataactcgaattgtgtcctttctttgcttcaaaaatatcattcctcggataataccaggctttaaaaagtctcgct 359  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||  | ||||| |  |||||||||||||| |||    
T  6751582 agcctcatgaatactcttccacacataacttgaattatttcctttctttgcctcaaaaatatcattcctttggtaatatcgtgctttaaaaagtcttgct 6751681  T
Q  360 actaataactccggttgagacattaaccaccaaacttgcttgccaagaagtgccatattgaacatatataaattcttctaattcatatctccatgtcttt 459  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  |||| | ||   |||||    
T  6751682 attaataactccggttgacacattaaccgccaaacttgcttgccaagaagtgccatattgaacatatataaattcttaaaacccataccaccgcttcttt 6751781  T
Q  460 tatggacggatagtttatcctacgatagccacttgattctcttgttcctatttccaccatttttccaccaaaaagaattcatgattttctcaatttcgtc 559  Q
    |||||||  |||  || | | | || |||||| |||||| ||| || |||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||    
T  6751782 tatggacatataacttgtaccatgaaagccacctgattcccttatttctatttccaccatttccccaccaaaaagaattcatcattttttcgatttcatc 6751881  T
Q  560 tccaatagatgatggaattagaaaaatactcatgaagtaggtaggaatagattggagcacaaatttactcatcaattattttcccgccttagataaatag 659  Q
     |||| |||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  || ||||| ||||||  | ||||||||||||||||||| ||    
T  6751882 accaagagatgagggaatcagaaaaatactcataaaataggtaggaatagattggagtgcagatttaatcatcacctcttttcccgccttagataaagag 6751981  T
Q  660 cgtcctccccacgagttaatcttcctccacactcagtccgtaatgaatttaaacatgtccttcttgttcctccctatcatggaaggaaagccaagatatt 759  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  6751982 cgtcctccccatgaattgatcttcctccatacttggtccttaatgaatttaaacatgtctttcttgctcctccctatcatggaaggaaggccgagatatt 6752081  T
Q  760 tatcggttcctattgcaatgttgatttgtaa 790  Q
    ||||| || | ||||||||||||| ||||||    
T  6752082 tatcgatttcaattgcaatgttgacttgtaa 6752112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 19 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 6467184 - 6466519
Alignment:
Q  19 taaataacggtgtgtttagagcatcaaacagtgaatgtgagcttaaataatgctgcaacacatccaagttccatgatttctgtccaggctgaagcagttc 118  Q
    |||||||||| ||||| | ||| ||| |||  ||||||   ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| || |  || ||  |||||| |||    
T  6467184 taaataacggagtgttcatagcctcacacaccgaatgtagacttaaataatgttgcagcacatccaaattccatgactttttaccgggtggaagcaattc 6467085  T
Q  119 cttcgtattaagttgcagcagctgattgcattgcaaa-caggctgtgctaaactgctgtttacgagccacctatcttgaaaaatcccggattttatctcc 217  Q
    ||||  ||||||||| |||| ||||||| | |||  | |||||| |||||||| ||  || | |||||||||||||||||||| | |  |||||||||||    
T  6467084 cttcacattaagttgtagcaactgattgtactgcgcagcaggctctgctaaaccgccattcatgagccacctatcttgaaaaa-ctcaaattttatctcc 6466986  T
Q  218 attaccaattgtccactgtgttccttgcttaaccatgggtatagcctcgtgaatactcttccacacataactcgaattgtgtcctttctttgcttcaaaa 317  Q
     ||||||||  |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| || ||||||    
T  6466985 cttaccaatcttccaccttgttccttgcttgaccatgggtatagcctcatgaatactcttccacacataacttgaattatttcctttctt-gcctcaaaa 6466887  T
Q  318 atatcattcctcggataataccaggctttaaaaagtctcgctactaataactccggttgagacattaaccaccaaacttgcttgccaagaagtgccatat 417  Q
    |||||||||||  | |||||||  |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| || ||||||||||||    
T  6466886 atatcattccttcggtaataccgtgctttaaaaagtcttgctactagtaactccggttgacacattaaccgccagacttgcttgtcatgaagtgccatat 6466787  T
Q  418 tgaacatatataaattcttctaattcatatctccatgtcttttatggacggatagtttatcctacgatagccacttgattctcttgttcctatttccacc 517  Q
    |||||||||||||||||||  ||  |||| | |    ||||||||||||  |||  || ||| | || |||||| |||||| ||| || |||||||||||    
T  6466786 tgaacatatataaattcttaaaacccataccacggcttcttttatggacatataacttgtcccatgaaagccacctgattcccttatttctatttccacc 6466687  T
Q  518 atttttccaccaaaaagaattcatgattttctcaatttcgtctccaatagatgatggaattagaaaaatactcatgaagtaggtaggaatagattggagc 617  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| || |||| |||||| ||||| | ||||||||| || || ||||||||||||||||||||     
T  6466686 attttcccaccaaaaataattcatgattttctcgatttcatcaccaagagatgagggaatcaaaaaaatacttataaaataggtaggaatagattggagt 6466587  T
Q  618 acaaatttactcatcaattattttcccgccttagataaatagcgtcctccccacgagttaatcttcct 685  Q
    | | ||||| ||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| || || ||||||||    
T  6466586 atatatttaatcatcacctcttttcccgccttagataaagagcgtcctccccatgaattgatcttcct 6466519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 19 - 693
Target Start/End: Original strand, 22009496 - 22010171
Alignment:
Q  19 taaataacggtgtgtttagagcatcaaacagtgaatgtgagcttaaataatgctgcaacacatccaagttccatgatttctgtccaggctgaagcagttc 118  Q
    |||||||| | ||||| | ||| |||||||  || ||||| ||||||||||| |||| ||||||||| ||||| || || || ||||||||||||| |||    
T  22009496 taaataacagagtgttcatagcctcaaacaccgactgtgaacttaaataatgttgcagcacatccaaattccacgacttttgaccaggctgaagcaattc 22009595  T
Q  119 cttcgtattaagttgcagcagctgattgcattgcaaa-caggctgtgctaaactgctgtttacgagccacctatcttgaaaaatcccggattttatctcc 217  Q
    ||||  |||||||||||||| | ||||| | | |  | ||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  22009596 cttcacattaagttgcagcaaccgattgtactacgcagcaggctgtgctaaaccgccgttcacgagccacctatcttgaaaaa-cccgaattttatctcc 22009694  T
Q  218 attaccaattgtccactgtgttccttgcttaaccatgggtatagcctcgtgaatactcttccacacataactcgaattgtgtcctttctttgcttcaaaa 317  Q
     ||||| ||  |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||| |||||| ||||| ||||||    
T  22009695 gttaccgatcttccaccttgttccttgcttgaccatgggtatagcctcatgaatactcttccacacataacttaaattgtttcctttatttgcctcaaaa 22009794  T
Q  318 atatcattcctcggataataccaggcttt-aaaaagtctcgctactaataactccggttgagacattaaccaccaaacttgcttgccaagaagtgccata 416  Q
    ||| |||||||  |||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  22009795 atagcattccttcgataataccgtgcttttaaaaagtcttgctactaataactccggttgagacattaaccgccagacttgattgccaagaagtgccata 22009894  T
Q  417 ttgaacatatataaattcttctaattcatatctccatgtcttttatggacggatagtttatcctacgatagccacttgattctcttgttcctatttccac 516  Q
    ||||||| ||||||||||||  ||  |||| | |||| ||||||||||||  ||| ||| ||| | || |||||| |||||| ||| || ||||||||||    
T  22009895 ttgaacaaatataaattcttaaaacccataccaccatttcttttatggacaaataatttgtcccatgaaagccacctgattcccttatttctatttccac 22009994  T
Q  517 catttttccaccaaaaagaattcatgattttctcaatttcgtctccaatagatgatggaattagaaaaatactcatgaagtaggtaggaatagattggag 616  Q
    |||||  | |||| ||||||||||| |||||||| ||||| || |||| |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  22009995 catttccctaccataaagaattcatcattttctcgatttcatcaccaagagatgagggaattagaaaaatacttataaagtaggtaggaatagattggag 22010094  T
Q  617 cacaaatttactcatcaattattttcccgccttagataaatagcgtcctccccacgagttaatcttcctccacactc 693  Q
     ||| ||||| ||||||    ||||||||||||||||||| |||| |||||||  ||||| ||||||||||| ||||    
T  22010095 tacagatttaatcatcaccacttttcccgccttagataaagagcgccctcccctagagttgatcttcctccatactc 22010171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 732 - 790
Target Start/End: Original strand, 22010176 - 22010234
Alignment:
Q  732 cctatcatggaaggaaagccaagatatttatcggttcctattgcaatgttgatttgtaa 790  Q
    ||||||| |||||||| |||||| |||||| ||||||  ||||||||||||| ||||||    
T  22010176 cctatcacggaaggaaggccaaggtatttaccggttcaaattgcaatgttgacttgtaa 22010234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University