View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11471_low_10 (Length: 390)

Name: NF11471_low_10
Description: NF11471
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11471_low_10
NF11471_low_10
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (4-374)||(5213641-5214011)
chr4 (1-373)||(5182082-5182454)
chr4 (1-373)||(5159834-5160209)
chr4 (1-373)||(5195476-5195851)
chr4 (1-373)||(5172750-5173125)
chr4 (1-373)||(4842400-4842775)
chr4 (1-276)||(4856877-4857151)
chr4 (104-218)||(5202773-5202887)
chr4 (1-123)||(7142267-7142388)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 355; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 5214011 - 5213641
Alignment:
Q  4 tatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatctgggtaacca 103  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5214011 tatattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatttgggtaacca 5213912  T
Q  104 ctttgtcttttcagtctcaatgtttgcaccaatgctttgtgatgaaatatatagatgctggagattggagtgattagccaaagtgctcaatgaaaatgat 203  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5213911 ctttgtcttttcagtttcaatgtttgcaccaatgctttgtgatgaaatatatagatgctggagattggagtgattagccaaagtgctcaatgaaaatgat 5213812  T
Q  204 ccttgcatgtaatttccaaagagggataagtatgccagtgatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccaccgaacaaattatagctaagttcaa 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5213811 ccttgcatgtaatttccaaagagggataagtatgccagtgatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaacaaattatagctaagttcaa 5213712  T
Q  304 gaacattcaggtttgttaagttgcttaaacactcgggaagttgcgcgctaaacatgttatagctgatatct 374  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5213711 gaacattcaggtttgttaagttgcttaaacactcgggaagttgcgcgctaaacatgttatagctgatatct 5213641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 5182454 - 5182082
Alignment:
Q  1 aattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatctgggtaa 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  5182454 aattatattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacctcctttctccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatttgggaaa 5182355  T
Q  101 ccactttgtcttttcagtctcaatgtttgcaccaatgctttgtgatgaaatatatagatgctggagattggagtgattagccaaagtgctcaatgaaaat 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||    | ||| || |||  | |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5182354 ccactttgtcttttcagtttcaatgagaactccactgttttccggtgaaatatatagatgctgaagatttgagtgattagccaaagtgctcaatgaaaat 5182255  T
Q  201 gatccttgcatgtaatttccaaagagggataagtatgccagtgatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccaccgaacaaattatagctaagtt 300  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||    
T  5182254 gatccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatgccagtgatgtgagattgctaatgaaagatggaaaatttccactgaacagattattactaagtt 5182155  T
Q  301 caagaacattcaggtttgttaagttgcttaaacactcgggaagttgcgcgctaaacatgttatagctgatatc 373  Q
    |||||||  | |||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||    
T  5182154 caagaactctaaggtttgttaagttgcttaaacactctggaagtttagcactaaacatgttatagctgatatc 5182082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 5160209 - 5159834
Alignment:
Q  1 aattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatctgggtaa 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | || ||    
T  5160209 aattgtattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaa 5160110  T
Q  101 ccactttgtcttttcagtctcaatgtttgcaccaat---gctttgtgatgaaatatatagatgctggagattggagtgattagccaaagtgctcaatgaa 197  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||| | | |||||   | ||| ||||||||||||||||  ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5160109 ccactttgttttttcagtttcaatgtctactccaatattgttttttgatgaaatatatagaacctcaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaa 5160010  T
Q  198 aatgatccttgcatgtaatttccaaagagggataagtatgccagtgatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccaccgaacaaattatagctaa 297  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||  ||||    
T  5160009 aatgatccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatgccagtgatgtgagattgctaatgaaagatggaaactttccactgaacagattattactaa 5159910  T
Q  298 gttcaagaacattcaggtttgttaagttgcttaaacactcgggaagttgcgcgctaaacatgttatagctgatatc 373  Q
    ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| |||| ||  || ||||||||||| | |||||||||    
T  5159909 gttcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaaatttagcactaaacatgttctggctgatatc 5159834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 5195851 - 5195476
Alignment:
Q  1 aattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatctgggtaa 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||| | || ||    
T  5195851 aattatattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttccttcgtccttgtttaggttgcaatttctaacaataagtgacttcaattgaaatttaggaaa 5195752  T
Q  101 ccactttgtcttttcagtctcaatgtttgcaccaat---gctttgtgatgaaatatatagatgctggagattggagtgattagccaaagtgctcaatgaa 197  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||| | | |||||   | ||| ||||||||||||||||  ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5195751 ccactttgttttttcagtttcaatgtctactccaatattgttttttgatgaaatatatagaacctcaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaa 5195652  T
Q  198 aatgatccttgcatgtaatttccaaagagggataagtatgccagtgatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccaccgaacaaattatagctaa 297  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||  ||||    
T  5195651 aatgatccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatgccagtgatgtgagattgctaatgaaagatggaaaatttccactgaacagattattactaa 5195552  T
Q  298 gttcaagaacattcaggtttgttaagttgcttaaacactcgggaagttgcgcgctaaacatgttatagctgatatc 373  Q
    ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| || |||||||  || ||||||||||| | |||||||||    
T  5195551 gttcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacaatctggaagtttagcactaaacatgtttttgctgatatc 5195476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 5173125 - 5172750
Alignment:
Q  1 aattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatctgggtaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| | || ||    
T  5173125 aattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagggacttcaattgaaatttaggaaa 5173026  T
Q  101 ccactttgtcttttcagtctcaatgtttgcaccaatgctttgt---gatgaaatatatagatgctggagattggagtgattagccaaagtgctcaatgaa 197  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||| | | ||| |||| | |   |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| || | | ||||    
T  5173025 ccactttgttttttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatgtagatgctgaagattggagtgattagccaaaatgataagtgaa 5172926  T
Q  198 aatgatccttgcatgtaatttccaaagagggataagtatgccagtgatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccaccgaacaaattatagctaa 297  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||    
T  5172925 aatgatccttgcatgtaattttcatagagtgataagaatgtcaaggatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaatagattatggctaa 5172826  T
Q  298 gttcaagaacattcaggtttgttaagttgcttaaacactcgggaagttgcgcgctaaacatgttatagctgatatc 373  Q
    | |||||||   | |||||||||||||| ||||||||||| |||||||  || | ||||||||| | |||||||||    
T  5172825 ggtcaagaattctgaggtttgttaagttacttaaacactcaggaagtttagccccaaacatgtttttgctgatatc 5172750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 373
Target Start/End: Original strand, 4842400 - 4842775
Alignment:
Q  1 aattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatctgggtaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| | || ||    
T  4842400 aattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttcttcatgtttaggttgcaatttctaagaatgagggacttcaattgaaatttaggaaa 4842499  T
Q  101 ccactttgtcttttcagtctcaatgtttgcaccaatgctttgt---gatgaaatatatagatgctggagattggagtgattagccaaagtgctcaatgaa 197  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||| | | ||||| || | |   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | | ||||    
T  4842500 ccactttgttttttcagtttcaatgtgtactccaatactgtttttagatgaaatatatagatgctgaagattggagtgattagccaaattgataagtgaa 4842599  T
Q  198 aatgatccttgcatgtaatttccaaagagggataagtatgccagtgatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccaccgaacaaattatagctaa 297  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||| ||  |||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  4842600 aatgatccttgcatgtaattttcatagagtgataagaatgtcaaggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccaccgaacagattatggctaa 4842699  T
Q  298 gttcaagaacattcaggtttgttaagttgcttaaacactcgggaagttgcgcgctaaacatgttatagctgatatc 373  Q
    | |||||||   | |||||||||||||| ||||||||||| |||||||  || | ||||||||| | |||||||||    
T  4842700 ggtcaagaattctgaggtttgttaagttacttaaacactcaggaagtttagccccaaacatgtttttgctgatatc 4842775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 276
Target Start/End: Original strand, 4856877 - 4857151
Alignment:
Q  1 aattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatctgggtaa 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  4856877 aattatattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttccttcgtccatgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatttgggaaa 4856976  T
Q  101 ccactttgtcttttcagtctcaatgtttgcaccaatgctttgtgatgaaatatatagatgctggagattggagtgattagccaaagtgctcaatgaaaat 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||    | ||| || |||  | |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4856977 ccactttgtcttttcagtttcaatgagaactccactgttttccggtgaaatatatagatgctgaagatttgagtgattagccaaagtggtcaatgaaaat 4857076  T
Q  201 gatccttgcatgtaatttccaaagagggataagtatgccagtgatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttc 276  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| || |||||||||||  || ||||||||||||||||||    
T  4857077 gatccttgcatgtaatttccatagatggat-agtatgcaagagatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttc 4857151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 104 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 5202887 - 5202773
Alignment:
Q  104 ctttgtcttttcagtctcaatgtttgcaccaatgctttgtgatgaaatatatagatgctggagattggagtgattagccaaagtgctcaatgaaaatgat 203  Q
    |||||| |||| ||| ||||||| | | |||||||||| ||| ||||||||||||| ||| ||  || ||||||||||||||||||| | |||||||| |    
T  5202887 ctttgttttttaagtttcaatgtgttctccaatgctttctgaggaaatatatagatcctgaagcgtgaagtgattagccaaagtgcttactgaaaatggt 5202788  T
Q  204 ccttgcatgtaattt 218  Q
    |||||| ||| ||||    
T  5202787 ccttgcgtgtgattt 5202773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 7142388 - 7142267
Alignment:
Q  1 aattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatctgggtaa 100  Q
    |||||| |||||| |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| |||  || ||||| |  | ||||||||| || ||    
T  7142388 aattatgttgatatgaaaaaaaactaggaatgacatttcctttgtccatgttttggttgcaatttttaa-cataagtgtatgtagttgaaatctaggaaa 7142290  T
Q  101 ccactttgtcttttcagtctcaa 123  Q
    ||||||||| |||||||| ||||    
T  7142289 ccactttgtattttcagtttcaa 7142267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University