View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11473_high_8 (Length: 432)

Name: NF11473_high_8
Description: NF11473
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11473_high_8
NF11473_high_8
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (1-419)||(2032579-2032997)
chr8 (1-415)||(2049824-2050238)
chr8 (1-415)||(10767222-10767636)
chr8 (1-415)||(2053830-2054244)
chr8 (81-415)||(1950615-1950949)
chr8 (81-415)||(2028047-2028381)
chr8 (1-414)||(2036639-2037052)
chr8 (1-414)||(2046016-2046429)
chr8 (330-377)||(2021932-2021979)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (48-415)||(48908843-48909210)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (41-144)||(28713418-28713521)
chr2 (332-377)||(28713715-28713760)
chr2 (332-377)||(28743615-28743660)
chr2 (332-377)||(28736989-28737034)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (327-370)||(16419767-16419810)
chr1 (327-376)||(16443101-16443150)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 390; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 2032997 - 2032579
Alignment:
Q  1 aaatatcaaaattactattataaacaaaggatctattgctatctctagtatacaattcttttttgacttctgtatcctgttcataaaacctcttgacacc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2032997 aaatatcaaaattactattataaacaaaggatctattgctatttctagtatacaattcttttttgacttctgtatcctgttcataaaacctcttgacacc 2032898  T
Q  101 atctttcaactcctcaagaacactcaaagggattccatgattaacaacttgnnnnnnnccccaagtttcacatgcttccttgatattgtcaactatccct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2032897 atctttcaactcctcaagaacactcaaagggattccatgattaacaacttggaaaaaaccccaagtttcacatgcttccttgatattgtcaactatccct 2032798  T
Q  201 tggtgaatacttggatctttattatcaatatctttaaggtctatgacaggaataacatggctcatgttgttggctttctcatatttgtcaggttgatgat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2032797 tggtgaatacttggatctttattatcaatatctttaaggtctatgacaggaatagcatggctcatgttgttggctttctcatatttgtcaggttgatgat 2032698  T
Q  301 ggaataagcttggtatcttcttaagtcctgcatcaacaagtccttttacaccagcttttgtttcatcaaattctttgcgttcactcaatatagaatcaag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2032697 ggaataagcttggtatcttcttaagtcctgcatcaacaagtccttttacaccagcttttgtttcatcaaattctttgcgttcactcaatatagaatcaag 2032598  T
Q  401 gttaggcttggttgtgcct 419  Q
    |||||||||||||||||||    
T  2032597 gttaggcttggttgtgcct 2032579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 1 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 2050238 - 2049824
Alignment:
Q  1 aaatatcaaaattactattataaacaaaggatctattgctatctctagtatacaattcttttttgacttctgtatcctgttcataaaacctcttgacacc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||   ||||||| |||||||| |||||||||||||||| || || ||    
T  2050238 aaatatcaaaattactattataaacaaaggatctattcatatctcttgtatacaaactttttttggcttctgtagcctgttcataaaaccttttcacccc 2050139  T
Q  101 atctttcaactcctcaagaacactcaaagggattccatgattaacaacttgnnnnnnnccccaagtttcacatgcttccttgatattgtcaactatccct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||    
T  2050138 atctttcaactcctcaagaacactcaaagggattccatgattaacaacctgaaaaaaaccccaagtttcacatgcttccttgatattgtcgacaattcct 2050039  T
Q  201 tggtgaatacttggatctttattatcaatatctttaaggtctatgacaggaataacatggctcatgttgttggctttctcatatttgtcaggttgatgat 300  Q
    || |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  2050038 tgatgaatactagggtcttgattatcaatatctttaaggtctatgacaggaataacatggcttgtgttgttggcttcctcatatttgtctggttgatgat 2049939  T
Q  301 ggaataagcttggtatcttcttaagtcctgcatcaacaagtccttttacaccagcttttgtttcatcaaattctttgcgttcactcaatatagaatcaag 400  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||     
T  2049938 ggaataaggttggtatcttcttaactcctgcatcaacaagtccttttacacctgcttttgtttcatcaaatgctatgcgctcactcaatatagaatcaaa 2049839  T
Q  401 gttaggcttggttgt 415  Q
    |||||||||||||||    
T  2049838 gttaggcttggttgt 2049824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 10767636 - 10767222
Alignment:
Q  1 aaatatcaaaattactattataaacaaaggatctattgctatctctagtatacaattcttttttgacttctgtatcctgttcataaaacctcttgacacc 100  Q
    |||||||||| |||||||| |||| ||||||| |||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  10767636 aaatatcaaagttactattgtaaataaaggatttatgtctatctcttgtatacaaatcttttttgacttctgtatcctgctcataaaacctcttaacacc 10767537  T
Q  101 atctttcaactcctcaagaacactcaaagggattccatgattaacaacttgnnnnnnnccccaagtttcacatgcttccttgatattgtcaactatccct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||| ||||||||||||||||| |  |||||||| ||   |    
T  10767536 atctttcaactcctcaagaacactcaaagggattccatgattaacaacttgaaaaaacccccatgtttcacatgcttccttcactttgtcaacaattttt 10767437  T
Q  201 tggtgaatacttggatctttattatcaatatctttaaggtctatgacaggaataacatggctcatgttgttggctttctcatatttgtcaggttgatgat 300  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||| |||||||||||||||  |||||| ||||  ||||||||| |||||||||||||    
T  10767436 tggtgaatacttggatctttgttatcaatatctgcaagatctatgataggaataacatggcttgtgttgtaggctaactcatatttatcaggttgatgat 10767337  T
Q  301 ggaataagcttggtatcttcttaagtcctgcatcaacaagtccttttacaccagcttttgtttcatcaaattctttgcgttcactcaatatagaatcaag 400  Q
    |||||||| | || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||    
T  10767336 ggaataaggtagggatcttgttaagtcctccatcaacaagtccttttacaccagcttttgtttcatcaaatgctttgcgttcattcaataaagaatcaag 10767237  T
Q  401 gttaggcttggttgt 415  Q
    |||||||||||||||    
T  10767236 gttaggcttggttgt 10767222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 2054244 - 2053830
Alignment:
Q  1 aaatatcaaaattactattataaacaaaggatctattgctatctctagtatacaattcttttttgacttctgtatcctgttcataaaacctcttgacacc 100  Q
    ||||||||| ||| ||||| |||| ||||||||| |   ||||||| ||||| ||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||| || || ||    
T  2054244 aaatatcaacattgctattgtaaataaaggatctctgcatatctcttgtatagaaactttttttggcttctgtatcctgttcataaaaccttttcacccc 2054145  T
Q  101 atctttcaactcctcaagaacactcaaagggattccatgattaacaacttgnnnnnnnccccaagtttcacatgcttccttgatattgtcaactatccct 200  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       ||  | |||||||||||||||||||  || ||||||||||||    
T  2054144 atcattcaactcctcaagaacactcaaagggattccatgattaacaacctgaaaaaaacctaatgtttcacatgcttccttgactttctcaactatccct 2054045  T
Q  201 tggtgaatacttggatctttattatcaatatctttaaggtctatgacaggaataacatggctcatgttgttggctttctcatatttgtcaggttgatgat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| |||  | ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  2054044 tggtgaatacttggatctttattatcaatatcatcaaggtctataacaggaataacattgcttgtattgttggctatctcatatttgtctggttgatgat 2053945  T
Q  301 ggaataagcttggtatcttcttaagtcctgcatcaacaagtccttttacaccagcttttgtttcatcaaattctttgcgttcactcaatatagaatcaag 400  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| | ||||||||    
T  2053944 ggaataagcttggtatcttctcaactcctgcatcaacaagtccttttacaccagcttttgtttcatcaaatgctttgcgttcattgaatgtggaatcaag 2053845  T
Q  401 gttaggcttggttgt 415  Q
    |||||||||||||||    
T  2053844 gttaggcttggttgt 2053830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 81 - 415
Target Start/End: Original strand, 1950615 - 1950949
Alignment:
Q  81 tcataaaacctcttgacaccatctttcaactcctcaagaacactcaaagggattccatgattaacaacttgnnnnnnnccccaagtttcacatgcttcct 180  Q
    |||| ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       ||||||||||||||||||||||    
T  1950615 tcatgaaacctcttcacaccatccttcatctcctcaagaacactcaaagggattccatgattaacaacctgaaaaaacccccaagtttcacatgcttcct 1950714  T
Q  181 tgatattgtcaactatcccttggtgaatacttggatctttattatcaatatctttaaggtctatgacaggaataacatggctcatgttgttggctttctc 280  Q
    |||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||    
T  1950715 tgattttgccaacaatcccttgatgaatacttggatctttgttatcaatatctttaaggtctatgacaggaataacatggcttgtgttgtaggctatctc 1950814  T
Q  281 atatttgtcaggttgatgatggaataagcttggtatcttcttaagtcctgcatcaacaagtccttttacaccagcttttgtttcatcaaattctttgcgt 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  1950815 atatttgtcaggttgatgatggaataaacttggtatcttctcaactcctccatcaacaagtccttttacaccagcttttgtttcatcaaatgctttacgt 1950914  T
Q  381 tcactcaatatagaatcaaggttaggcttggttgt 415  Q
    ||| | ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1950915 tcattgaatgtagaatcaaggttaggcttggttgt 1950949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 81 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 2028381 - 2028047
Alignment:
Q  81 tcataaaacctcttgacaccatctttcaactcctcaagaacactcaaagggattccatgattaacaacttgnnnnnnnccccaagtttcacatgcttcct 180  Q
    |||| ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       ||||||||||||||||||||||    
T  2028381 tcatgaaacctcttcacaccatccttcatctcctcaagaacactcaaagggattccatgattaacaacctgaaaaaacccccaagtttcacatgcttcct 2028282  T
Q  181 tgatattgtcaactatcccttggtgaatacttggatctttattatcaatatctttaaggtctatgacaggaataacatggctcatgttgttggctttctc 280  Q
    |||| |||  ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||    
T  2028281 tgattttgctaacaatcccttgatgaatacttggatctttgttatcaatatctttaaggtctatgacaggaataacatggcttgtgttgtaggctatctc 2028182  T
Q  281 atatttgtcaggttgatgatggaataagcttggtatcttcttaagtcctgcatcaacaagtccttttacaccagcttttgtttcatcaaattctttgcgt 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2028181 atatttgtcaggttgatgatggaataaacttggtatcttctcaactcctccatcaacaagtccttttacaccagcttttgtttcatcaaatgctttgcgt 2028082  T
Q  381 tcactcaatatagaatcaaggttaggcttggttgt 415  Q
    ||| | ||| | |||||||||||||||||||||||    
T  2028081 tcattgaatgtggaatcaaggttaggcttggttgt 2028047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 2037052 - 2036639
Alignment:
Q  1 aaatatcaaaattactattataaacaaaggatctattgctatctctagtatacaattcttttttgacttctgtatcctgttcataaaacctcttgacacc 100  Q
    |||||||| |||| ||||| |||| ||| ||||||||  ||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || || ||    
T  2037052 aaatatcataattgctattgtaaataaaagatctattcatatctcttgtataaaaatcttttttgacttctgtgtcttgttcataaaaccttttcacccc 2036953  T
Q  101 atctttcaactcctcaagaacactcaaagggattccatgattaacaacttgnnnnnnnccccaagtttcacatgcttccttgatattgtcaactatccct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       ||  | |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||    
T  2036952 atctttcaactcctcaagaacactcaaagggattccatgattaacaacctgaaaaaaacctaatgtttcacatgcttccttgattttgccaacaatccct 2036853  T
Q  201 tggtgaatacttggatctttattatcaatatctttaaggtctatgacaggaataacatggctcatgttgttggctttctcatatttgtcaggttgatgat 300  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||    
T  2036852 tggtaaatacttggatctttattatcaatatctacaagatctatgacaggaataacatggcttgtgttgttggctttctcgtatttgtcaggttgacaat 2036753  T
Q  301 ggaataagcttggtatcttcttaagtcctgcatcaacaagtccttttacaccagcttttgtttcatcaaattctttgcgttcactcaatatagaatcaag 400  Q
    ||||||     |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||| || |||||||||    
T  2036752 ggaatatctcaggtatcctcttaagtcctccatcaacaagtcctttcacaccagattttgtttcatcaaatgctttgcgttcattcattacagaatcaag 2036653  T
Q  401 gttaggcttggttg 414  Q
    ||||||| ||||||    
T  2036652 gttaggcatggttg 2036639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 2046429 - 2046016
Alignment:
Q  1 aaatatcaaaattactattataaacaaaggatctattgctatctctagtatacaattcttttttgacttctgtatcctgttcataaaacctcttgacacc 100  Q
    |||||||| |||| ||||| |||| ||| ||||||||  ||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || || ||    
T  2046429 aaatatcataattgctattgtaaataaaagatctattcatatctcttgtataaaaatcttttttgacttctgtgtcttgttcataaaaccttttcacccc 2046330  T
Q  101 atctttcaactcctcaagaacactcaaagggattccatgattaacaacttgnnnnnnnccccaagtttcacatgcttccttgatattgtcaactatccct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       ||  | |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||    
T  2046329 atctttcaactcctcaagaacactcaaagggattccatgattaacaacctgaaaaaaacctaatgtttcacatgcttccttgattttgccaacaatccct 2046230  T
Q  201 tggtgaatacttggatctttattatcaatatctttaaggtctatgacaggaataacatggctcatgttgttggctttctcatatttgtcaggttgatgat 300  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  |||||||||||||||  ||    
T  2046229 tggtaaatacttggatctttattatcaatatctacaagatctatgacaggaataacatggcttgtgttgttggctttctggtatttgtcaggttgacaat 2046130  T
Q  301 ggaataagcttggtatcttcttaagtcctgcatcaacaagtccttttacaccagcttttgtttcatcaaattctttgcgttcactcaatatagaatcaag 400  Q
    ||||||     |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||| || |||||||||    
T  2046129 ggaatatctcaggtatcctcttaagtcctccatcaacaagtcctttcacaccagattttgtttcatcaaatgctttgcgttcattcattacagaatcaag 2046030  T
Q  401 gttaggcttggttg 414  Q
    ||||||| ||||||    
T  2046029 gttaggcatggttg 2046016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 330 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 2021979 - 2021932
Alignment:
Q  330 gcatcaacaagtccttttacaccagcttttgtttcatcaaattctttg 377  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  2021979 gcatcaacaagtcctttgacaccatcttttgtttcatcaaatgctttg 2021932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 163; Significance: 6e-87; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 48 - 415
Target Start/End: Original strand, 48908843 - 48909210
Alignment:
Q  48 gtatacaattcttttttgacttctgtatcctgttcataaaacctcttgacaccatctttcaactcctcaagaacactcaaagggattccatgattaacaa 147  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| |||||| |||| ||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  48908843 gtatacaaatctttttttacttctggatcctgctcatgaaatctcttaataccatctttcaattcctcaagaatgttcaaagggattccatgattaacaa 48908942  T
Q  148 cttgnnnnnnnccccaagtttcacatgcttccttgatattgtcaactatcccttggtgaatacttggatctttattatcaatatctttaaggtctatgac 247  Q
    | ||       ||||| |||||||||||||| || |  |||||||  ||   |||||||||| |||||||||| |||||||| |||  |||||||||||     
T  48908943 cctgaaaaaaaccccatgtttcacatgcttctttcaatttgtcaataattttttggtgaataattggatctttgttatcaatgtctgcaaggtctatgat 48909042  T
Q  248 aggaataacatggctcatgttgttggctttctcatatttgtcaggttgatgatggaataagcttggtatcttcttaagtcctgcatcaacaagtcctttt 347  Q
    ||||| ||||||||   |||||| |||| |||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||  ||| ||||||||| |||||||    
T  48909043 aggaagaacatggcaattgttgtaggctatctcatttttgtctggttgatgatggaaaaagcttgggatcttcttaataccttcatcaacaaatcctttt 48909142  T
Q  348 acaccagcttttgtttcatcaaattctttgcgttcactcaatatagaatcaaggttaggcttggttgt 415  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  48909143 acactagcttttgtttcatcaaatgctttgcgttcactcaatatagaatcaaagttaggcttggttgt 48909210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 41 - 144
Target Start/End: Original strand, 28713418 - 28713521
Alignment:
Q  41 atctctagtatacaattcttttttgacttctgtatcctgttcataaaacctcttgacaccatctttcaactcctcaagaacactcaaagggattccatga 140  Q
    ||||||||||||||  ||||| || ||||| ||||| |||||| | || ||||| || ||||||||||  || ||||||||| ||||||| || ||||||    
T  28713418 atctctagtatacatctctttcttcacttcagtatcttgttcaaagaatctcttcactccatctttcatatcttcaagaacattcaaaggaataccatga 28713517  T
Q  141 ttaa 144  Q
    ||||    
T  28713518 ttaa 28713521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 332 - 377
Target Start/End: Original strand, 28713715 - 28713760
Alignment:
Q  332 atcaacaagtccttttacaccagcttttgtttcatcaaattctttg 377  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28713715 atcaacaaggcctttaacaccagcttttgtttcatcaaatgctttg 28713760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 332 - 377
Target Start/End: Original strand, 28743615 - 28743660
Alignment:
Q  332 atcaacaagtccttttacaccagcttttgtttcatcaaattctttg 377  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28743615 atcaacaaggcctttaacaccagcttttgtttcatcaaatgctttg 28743660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 332 - 377
Target Start/End: Original strand, 28736989 - 28737034
Alignment:
Q  332 atcaacaagtccttttacaccagcttttgtttcatcaaattctttg 377  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  28736989 atcaacaaggcctttaacaccagcttttctttcatcaaatgctttg 28737034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 327 - 370
Target Start/End: Original strand, 16419767 - 16419810
Alignment:
Q  327 cctgcatcaacaagtccttttacaccagcttttgtttcatcaaa 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  16419767 cctgcatcaacaagtccttttacaccaaattttgtttcatcaaa 16419810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 327 - 376
Target Start/End: Original strand, 16443101 - 16443150
Alignment:
Q  327 cctgcatcaacaagtccttttacaccagcttttgtttcatcaaattcttt 376  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||    
T  16443101 cctgcatcaacaagtcctttaacaccaagttttgtttcatcaaaatcttt 16443150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University