View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF11473_low_14 (Length: 390)
Name: NF11473_low_14
Description: NF11473
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11473_low_14 |
 | |
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| [»] scaffold0062 (3 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0443 (1 HSPs) |
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|
Alignment Details
Target: scaffold0062 (Bit Score: 332; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0062
Description:
Target: scaffold0062; HSP #1
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 48253 - 47886
Alignment:
| Q |
18 |
gtcatgttagtgttactatctggatcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaatt |
117 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
48253 |
gtcatgttagtgttactatctggatcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaatt |
48154 |
T |
|
| Q |
118 |
catctgcgctggacacagcctgattgtagaacttgtagtcaacccagttaattatctctttgttggcccaatacaattgatggtagtggggtttgagacg |
217 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
48153 |
catccgcgctggacacagtctgattgtagaacttgtagtcaacccagttaattatgtctttgttggcccaatacaatttatggtagtggggtttgagaag |
48054 |
T |
|
| Q |
218 |
ctctgttggagcaatggacaccagttttatggatttgcaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatcctgattgcaa |
317 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
48053 |
ctctgttggagcaatggacaccagttttatggatttggaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatccggattgcaa |
47954 |
T |
|
| Q |
318 |
ttgctgtactcatagttaatatcaataccatcaattatgtcatcgcaatggcacccgtctgtgctgct |
385 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
47953 |
ttgctgtactcatagttaatatcaataccatcaattatgtcatcgcaatggcactcgtcggtgctgct |
47886 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0062; HSP #2
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 60792 - 60425
Alignment:
| Q |
18 |
gtcatgttagtgttactatctggatcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaatt |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
60792 |
gtcatgttagtgttactatctggatcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaatt |
60693 |
T |
|
| Q |
118 |
catctgcgctggacacagcctgattgtagaacttgtagtcaacccagttaattatctctttgttggcccaatacaattgatggtagtggggtttgagacg |
217 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
60692 |
catccgcgctggacacagtctgattgtagaacttgtagtcaacccagttaattatgtctttgttggcccaatacaatttatggtagtggggtttgagaag |
60593 |
T |
|
| Q |
218 |
ctctgttggagcaatggacaccagttttatggatttgcaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatcctgattgcaa |
317 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
60592 |
ctctgttggagcaatggacaccagttttatggatttggaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatccggattgcaa |
60493 |
T |
|
| Q |
318 |
ttgctgtactcatagttaatatcaataccatcaattatgtcatcgcaatggcacccgtctgtgctgct |
385 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
60492 |
ttgctgtactcatagttaatatcaataccatcaattatgtcatcgcaatggcactcgtcggtgctgct |
60425 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0062; HSP #3
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 72911 - 72544
Alignment:
| Q |
18 |
gtcatgttagtgttactatctggatcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaatt |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
72911 |
gtcatgttagtgttactatctggatcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaatt |
72812 |
T |
|
| Q |
118 |
catctgcgctggacacagcctgattgtagaacttgtagtcaacccagttaattatctctttgttggcccaatacaattgatggtagtggggtttgagacg |
217 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
72811 |
catccgcgctggacacagtctgattgtagaacttgtagtcaacccagttaattatgtctttgttggcccaatacaatttatggtagtggggtttgagaag |
72712 |
T |
|
| Q |
218 |
ctctgttggagcaatggacaccagttttatggatttgcaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatcctgattgcaa |
317 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
72711 |
ctctgttggagcaatggacaccagttttatggatttggaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatccggattgcaa |
72612 |
T |
|
| Q |
318 |
ttgctgtactcatagttaatatcaataccatcaattatgtcatcgcaatggcacccgtctgtgctgct |
385 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
72611 |
ttgctgtactcatagttaatatcaataccatcaattatgtcatcgcaatggcactcgtcggtgctgct |
72544 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 332; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 18691602 - 18691235
Alignment:
| Q |
18 |
gtcatgttagtgttactatctggatcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaatt |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18691602 |
gtcatgttagtgttactatctggatcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaatt |
18691503 |
T |
|
| Q |
118 |
catctgcgctggacacagcctgattgtagaacttgtagtcaacccagttaattatctctttgttggcccaatacaattgatggtagtggggtttgagacg |
217 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
18691502 |
catccgcgctggacacagtctgattgtagaacttgtagtcaacccagttaattatgtctttgttggcccaatacaatttatggtagtggggtttgagaag |
18691403 |
T |
|
| Q |
218 |
ctctgttggagcaatggacaccagttttatggatttgcaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatcctgattgcaa |
317 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
18691402 |
ctctgttggagcaatggacaccagttttatggatttggaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatccggattgcaa |
18691303 |
T |
|
| Q |
318 |
ttgctgtactcatagttaatatcaataccatcaattatgtcatcgcaatggcacccgtctgtgctgct |
385 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
18691302 |
ttgctgtactcatagttaatatcaataccatcaattatgtcatcgcaatggcactcgtcggtgctgct |
18691235 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 332; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 15699341 - 15698974
Alignment:
| Q |
18 |
gtcatgttagtgttactatctggatcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaatt |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15699341 |
gtcatgttagtgttactatctggatcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaatt |
15699242 |
T |
|
| Q |
118 |
catctgcgctggacacagcctgattgtagaacttgtagtcaacccagttaattatctctttgttggcccaatacaattgatggtagtggggtttgagacg |
217 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
15699241 |
catccgcgctggacacagtctgattgtagaacttgtagtcaacccagttaattatgtctttgttggcccaatacaatttatggtagtggggtttgagaag |
15699142 |
T |
|
| Q |
218 |
ctctgttggagcaatggacaccagttttatggatttgcaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatcctgattgcaa |
317 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
15699141 |
ctctgttggagcaatggacaccagttttatggatttggaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatccggattgcaa |
15699042 |
T |
|
| Q |
318 |
ttgctgtactcatagttaatatcaataccatcaattatgtcatcgcaatggcacccgtctgtgctgct |
385 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
15699041 |
ttgctgtactcatagttaatatcaataccatcaattatgtcatcgcaatggcactcgtcggtgctgct |
15698974 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 15711880 - 15711513
Alignment:
| Q |
18 |
gtcatgttagtgttactatctggatcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaatt |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15711880 |
gtcatgttagtgttactatctggatcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaatt |
15711781 |
T |
|
| Q |
118 |
catctgcgctggacacagcctgattgtagaacttgtagtcaacccagttaattatctctttgttggcccaatacaattgatggtagtggggtttgagacg |
217 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
15711780 |
catccgcgctggacacagtctgattgtagaacttgtagtcaacccagttaattatgtctttgttggcccaatacaatttatggtagtggggtttgagaag |
15711681 |
T |
|
| Q |
218 |
ctctgttggagcaatggacaccagttttatggatttgcaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatcctgattgcaa |
317 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
15711680 |
ctctgttggagcaatggacaccagttttatggatttggaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatccggattgcaa |
15711581 |
T |
|
| Q |
318 |
ttgctgtactcatagttaatatcaataccatcaattatgtcatcgcaatggcacccgtctgtgctgct |
385 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
15711580 |
ttgctgtactcatagttaatatcaataccatcaattatgtcatcgcaatggcactcgtcggtgctgct |
15711513 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 15724358 - 15723991
Alignment:
| Q |
18 |
gtcatgttagtgttactatctggatcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaatt |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15724358 |
gtcatgttagtgttactatctggatcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaatt |
15724259 |
T |
|
| Q |
118 |
catctgcgctggacacagcctgattgtagaacttgtagtcaacccagttaattatctctttgttggcccaatacaattgatggtagtggggtttgagacg |
217 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
15724258 |
catccgcgctggacacagtctgattgtagaacttgtagtcaacccagttaattatgtctttgttggcccaatacaatttatggtagtggggtttgagaag |
15724159 |
T |
|
| Q |
218 |
ctctgttggagcaatggacaccagttttatggatttgcaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatcctgattgcaa |
317 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
15724158 |
ctctgttggagcaatggacaccagttttatggatttggaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatccggattgcaa |
15724059 |
T |
|
| Q |
318 |
ttgctgtactcatagttaatatcaataccatcaattatgtcatcgcaatggcacccgtctgtgctgct |
385 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
15724058 |
ttgctgtactcatagttaatatcaataccatcaattatgtcatcgcaatggcactcgtcggtgctgct |
15723991 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0443 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0443
Description:
Target: scaffold0443; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 324 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 8933 - 8901
Alignment:
| Q |
324 |
tactcatagttaatatcaataccatcaattatg |
356 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8933 |
tactcatagttaatatcaataccatcaattatg |
8901 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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