View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11480_low_2 (Length: 671)

Name: NF11480_low_2
Description: NF11480
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11480_low_2
NF11480_low_2
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (20-671)||(11310963-11311613)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 590; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 590; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 11311613 - 11310963
Alignment:
Q  20 tttttaaggtttcaaaaacttgtagaaaatcaacttgatagaaagatcaagatttttcagtgtgatggcggaggagagtttaactcaaattcttttctaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11311613 tttttaaggtttcaaaaacttgtagaaaatcaacttgatagaaagatcaagatttttcagtgtgatggcggaggagagtttaactcaaattcttttctaa 11311514  T
Q  120 atcatctacatacttgcggcattgaacttcatgtttcatgtccagggaccccggaacaaaatggcacaacagaacgaaaacatcgtcacattgtcgagat 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11311513 atcatctacatacttgcggcattgaacttcatgtttcatgtccagggaccccggaacaaaatggtacggaagaacgaaagcatcgtcacattgtcgagat 11311414  T
Q  220 tgggttaaccatgatgtttcatgcaaatattccattacctttgtgggttgaagtttttctaacagctgtttatttaataaacaggcttcctttatctaca 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11311413 tgggttaaccatgatgtttcatgcaaatattccattacctttgtgggttgaagtttttctaacagctgtttatttaataaacaggcttcctttatctaca 11311314  T
Q  320 ttgaagaatgaaagtccatactttaagcttttcaaacgacatccacaatataatggcttgcgggtgattggatgtcaatgctttccttcactaaggcatc 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11311313 ttgaagaatgaaagtccatactttaagcttttcaaacgacatccacaatataatggcttgcgggtgattggatgtcaatgctttccttcactaaggcatc 11311214  T
Q  420 aagggaagaataagttttctgcaaaaacttatccttgtatctttataggttacagtccaatgcacaaagggtacagatgtttggat-caaagaccaagcg 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||    
T  11311213 aagggaagaataagttttctgcaaaaacttatccttgtatctttataggttacagtccaatgcacaaagggtacatatgtttggatccaaagacaaagcg 11311114  T
Q  519 tgtttacatctctcgtcatgttgtttttgatgaaacgactttccctttcaagccatcaacaactgtaccatctactccaaatctagaacttaccgagttt 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11311113 tgtttacatctctcgtcatgttgtttttgatgaaacgattttccctttcaagccatcaacaattgtaccatctactccaaatctagaacttaccgagttt 11311014  T
Q  619 cctaatgctgatgaatggttggactccaagtgatgtccatctcattgtctact 671  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||    
T  11311013 cctaatgctgatgaatggttggactccaagttatgtgca--tcattgtctact 11310963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University