View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF11490_low_4 (Length: 456)
Name: NF11490_low_4
Description: NF11490
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11490_low_4 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 436
Target Start/End: Original strand, 788435 - 788845
Alignment:
| Q |
28 |
tagattgatgtttgatccttagccacaaaatagatactttctaaatctattactcgttcgtaggctctacaacaagaaaagaaaattaatgcatggtcag |
127 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
788435 |
tagattgatgtttgatccttagccacaaaatagatactttctaaatctattactcgttcgtaggctctacaaccagaaaagaaaattaatgcatggtcag |
788534 |
T |
|
| Q |
128 |
catatatggaatataaatatagggagcacttggaataaagtgagcacttggattccctcaccactcactttttacacttggctatctacaaatttagttt |
227 |
Q |
| |
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|
| T |
788535 |
catatatggaatataaatatagggagcacttggaataaagtgagcacttggattccctcaccactcactttttacacttggctatctacaaatttagttt |
788634 |
T |
|
| Q |
228 |
ttgatttggtctttcaaccatagaattcgatagggtaggagataatgattgtctcaattcttatacttcattttagaattatttgagaggtgt--aagag |
325 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
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|
| T |
788635 |
ttgatttggtctttcaaccatagaattcgatagggtaggagataatgattgtctcaattcttatacttcattttagaattatttgagaggtgtaaaagag |
788734 |
T |
|
| Q |
326 |
aaatagatagaaaaggaatagaaagacatgaaagagaatgaactctaacatgtgatagaaaaagacataaacacataatacacgaacaatcaaaatcatt |
425 |
Q |
| |
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|||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
788735 |
gtatagatggaaaaggaagagaaagacatgaaagagaatgaactctaacatgtgatagaaaaagacataaacacataatacacgaacaatcaaaatcatt |
788834 |
T |
|
| Q |
426 |
tatttgttttt |
436 |
Q |
| |
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||||||||||| |
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| T |
788835 |
tatttgttttt |
788845 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 402
Target Start/End: Original strand, 777742 - 778130
Alignment:
| Q |
16 |
cactaacaagtctagattgatgtttgatccttagccacaaaatagatactttctaaatctattactcgttcgtaggctctacaacaagaaaagaaaatta |
115 |
Q |
| |
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||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
777742 |
cactaacaagtttagattgatgtttgatccttagccacaaaatagatactttctaaatctattactcgttcgtaggctctacaaccagaaaagaaaatta |
777841 |
T |
|
| Q |
116 |
atgcatggtcagcatatatggaatataaatatagggagcacttggaataaagtgagcacttggattccctcaccactcactttttacacttggctatcta |
215 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
777842 |
atgcatggtcagcatatatggaatataaatatagggagcacttggaataaagtgagcacttggattccctcaccactcactttttacacttggctatcta |
777941 |
T |
|
| Q |
216 |
caaatttagtttttgatttggtctttcaaccatagaattcgatagggtaggagataatgattgtctcaattcttatacttcattttagaattatttgaga |
315 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
777942 |
caaatttagtttttgatttggtctttcaaccatagaattcgatagggtaggagataatgattgtctcaattcttatacttcattttagaattatttgaga |
778041 |
T |
|
| Q |
316 |
ggtgt--aagagaaatagatagaaaaggaatagaaagacatgaaagagaatgaactctaacatgtgatagaaaaagacataaacacata |
402 |
Q |
| |
|
||||| ||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
778042 |
ggtgtaaaagaggtatagatggaaaaggaagagaaagacatgaaagagaatgaactctaacatgtgatagaaaaagacataaacacata |
778130 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 19 - 360
Target Start/End: Original strand, 818903 - 819253
Alignment:
| Q |
19 |
taacaagtct-agattgatgtttgatccttagccacaaaatagatactttctaaatctattactcgttcgtaggctctacaacaagaaaagaaaattaat |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
818903 |
taacaagtcttagattgatgtttgatcctcagccacaaaatagatactctctaaatctattactcgttcgtaggcactacaagctgaaaagaaaattaat |
819002 |
T |
|
| Q |
118 |
gcatggtcagcatatatggaatataaatataggg--agca-----cttggaataaagtgagcacttggattccctcaccactcactttttacacttggct |
210 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
819003 |
gcatggtcagcatatatggaatataaatatagttctagtatacaccttagaataaaggaagcacttggattccctcaccactcactttttacacttggct |
819102 |
T |
|
| Q |
211 |
atctacaaatttagtttttgatttggtctttcaaccatagaattcgatagggtaggagataatgattgtctcaattcttatacttcattttagaattatt |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
819103 |
atctacaaatttagtttttgatttggt-atgcaaccatagaatttgataggataggagataatgattgtctaaattcttatacttcatgttagaattatt |
819201 |
T |
|
| Q |
311 |
tgagaggtgt--aagagaaatagatagaaaaggaatagaaagacatgaaaga |
360 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||||| |
|
|
| T |
819202 |
tgagaggtgtaaaagaggtatagatggaaaaggaagagaaagatgtgaaaga |
819253 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 19 - 389
Target Start/End: Original strand, 830364 - 830744
Alignment:
| Q |
19 |
taacaagtctagattgatgtttgatccttagccacaaaatagatactttctaaatctattactcgttcgtaggctc--tacaacaagaaaagaaaattaa |
116 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
830364 |
taacaagtctagattgatgtttgatccttagccacaaaaaagatactttttaaatcttttactcattcgtaggcacactacaagctgaaaagaaaattaa |
830463 |
T |
|
| Q |
117 |
tgcatggtcagcatatatggaatata-------aata-tagggagcacttg-gaataaagtgagcacttggattccctcaccactcactttttacacttg |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
830464 |
tgcatggtcagcatatatggaatatataaatacaatactagtatacacctcagaataaagggagcacttggattccctcaccactcactatttacacttg |
830563 |
T |
|
| Q |
208 |
gctatctacaaatttagtttttgatttggtctttcaaccatagaattcgatagggtaggagataatgattgtctcaattcttatacttcattttagaatt |
307 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
830564 |
gctatctacaaatttagtttttgatttggtctttcaaccatagaatttgataggaaaggagataatgatcgtctcaactcttatacttcattttagaatt |
830663 |
T |
|
| Q |
308 |
atttgagaggtgtaagagaaatagatagaaaaggaatagaaagacatgaaagagaatgaactctaacatgtgatagaaaaag |
389 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| | || | ||||||||| || | || |||||||||||||||| |
|
|
| T |
830664 |
atttgagaggtgtaagagagatagatggaaaaggaagagagatacgttaaagagaat-aagtgtaccatgtgatagaaaaag |
830744 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 19 - 389
Target Start/End: Original strand, 1195544 - 1195924
Alignment:
| Q |
19 |
taacaagtctagattgatgtttgatccttagccacaaaatagatactttctaaatctattactcgttcgtaggctc--tacaacaagaaaagaaaattaa |
116 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
1195544 |
taacaagtctagattgatgtttgatccttagccacaaaaaagatactttttaaatcttttactcattcgtaggcacactacaagctgaaaagaaaattaa |
1195643 |
T |
|
| Q |
117 |
tgcatggtcagcatatatggaatata-------aata-tagggagcacttg-gaataaagtgagcacttggattccctcaccactcactttttacacttg |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
1195644 |
tgcatggtcagcatatatggaatatataaatacaatactagtatacacctcagaataaagggagcacttggattccctcaccactcactatttacacttg |
1195743 |
T |
|
| Q |
208 |
gctatctacaaatttagtttttgatttggtctttcaaccatagaattcgatagggtaggagataatgattgtctcaattcttatacttcattttagaatt |
307 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1195744 |
gctatctacaaatttagtttttgatttggtctttcaaccatagaatttgataggaaaggagataatgatcgtctcaactcttatacttcattttagaatt |
1195843 |
T |
|
| Q |
308 |
atttgagaggtgtaagagaaatagatagaaaaggaatagaaagacatgaaagagaatgaactctaacatgtgatagaaaaag |
389 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| | || | ||||||||| || | || |||||||||||||||| |
|
|
| T |
1195844 |
atttgagaggtgtaagagagatagatggaaaaggaagagagatacgttaaagagaat-aagtgtaccatgtgatagaaaaag |
1195924 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 160 - 390
Target Start/End: Original strand, 8456423 - 8456654
Alignment:
| Q |
160 |
gaataaagtgagcacttggattccctcaccactcactttttacacttggctatctacaaatttagtttttgatttggtctttcaaccatagaattcgata |
259 |
Q |
| |
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|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
8456423 |
gaataaagggagcacttggattccctcaccactcactatttacactcggctatctacaattttagtttttgatttggtatt-caaccatagaatttgata |
8456521 |
T |
|
| Q |
260 |
gggtaggagataatgattgtctcaattcttatacttcattttagaattatttgagaggtgtaagaga--aatagatag-aaaaggaatagaaagacatga |
356 |
Q |
| |
|
|| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||| ||| |
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| T |
8456522 |
ggataggagacaatgattgtctaaattcttatacttcattttagaattatttgagaggtgtaagagaggtatagatggaaaaaggaagagaaagacgtga |
8456621 |
T |
|
| Q |
357 |
aagagaatgaactctaacatgtgatagaaaaaga |
390 |
Q |
| |
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|||||||| || | ||||||| ||| |||||||| |
|
|
| T |
8456622 |
aagagaat-aagtgtaacatgcgatggaaaaaga |
8456654 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 37 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 8457764 - 8457658
Alignment:
| Q |
37 |
gtttgatccttagccacaaaatagatactttctaaatctattactcgttcgtaggctctacaacaagaaaagaaaattaatgcatggtcagcatatatgg |
136 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8457764 |
gtttgatcctaagccacaaaatagatactttctaaatttattactcgttcgtaggcactacaacatgaaaagaaatttattgcatggtcagcatatatga |
8457665 |
T |
|
| Q |
137 |
aatataa |
143 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
8457664 |
aatataa |
8457658 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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