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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF11493_high_1 (Length: 767)
Name: NF11493_high_1
Description: NF11493
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11493_high_1 |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 664; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 664; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 19621393 - 19620651
Alignment:
| Q |
7 |
aatgagatggacatcagactttattcgtctagagaaccaacacaatgagctaaacattaatacatgcttaaatagatgaatggagttcacaaaagaaata |
106 |
Q |
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| T |
19621393 |
aatgacatgcacataagactttattcatctagagaacccacacaatgagctaaacattaatacatgcttaaatagatgaatggagttcacaaaagaaata |
19621294 |
T |
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| Q |
107 |
cccagtcattgcaaccagaggccaaatgctgccaaaatgattacattcaaagaacaaatgatcgattggttcagcttgacaacacctgtaactacacaca |
206 |
Q |
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| T |
19621293 |
ccaagtcattgcaaccagaggccaaatgctgccaaaatgattacattcaaagaacaaatgatcgattggttcagcttgacaacacctgtaactacacaca |
19621194 |
T |
|
| Q |
207 |
ttttgattcgattggatgttcccatgctgcaccaaattgtcttttgttgcaatacgattccgaaatagccaccacgcaaaaattgttacttttaaaggta |
306 |
Q |
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| T |
19621193 |
ttttgattcgattggatgttcccatgctgcaccaaattgtcttttgttgcaatacgattccgaaatagccaccacacaaaaattgttacttttaaaggta |
19621094 |
T |
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| Q |
307 |
ttgttttattccaaattatatgacgatattcatcacgatttgggaggttctgctgccgttagtagctggtacactcctcaaacattataaactgtgtcac |
406 |
Q |
| |
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| T |
19621093 |
ttgttttattccaaattatatgacgatattcatcacgatttgggaggttctgctgccgttagtagctggtacactcctaaaacattataaaccgtgtcag |
19620994 |
T |
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| Q |
407 |
gtgataaccgccacctctaaagaccagcctcgccaacctgaaaaacaacatgatcaaaaagggaacaacatctcccccataactcctccttaaagt--gt |
504 |
Q |
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| T |
19620993 |
gtgataactgccacctctaaagaccagcctcgccaacctgcaaaacaacatgatcaaaaagggcgcaacatctcccccataattcctccttaaagtgtgt |
19620894 |
T |
|
| Q |
505 |
gtatcagcaactaacacataatgccacttcctctttccacacatccggcctaaaaatgttttggtcccatcaccgacctcctacaacatgttattatcaa |
604 |
Q |
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| T |
19620893 |
gtatcagcaactaacacataatgccacttcctctttccacacatccggcctaaaaatgttttggtcccatcaccgacctcctacaacatgttattatcaa |
19620794 |
T |
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| Q |
605 |
aacacctcccaaccgccaaaccatcccctcgcctaagtgctcccaactgattccagacaaaccctaaccctctatctctcaccctacactgaatcacgaa |
704 |
Q |
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| T |
19620793 |
aacacctcccaaccgccaaaccatcccctcgcctaagtgctcccaactgattccagacaaaccctaaccctctatctctcaccctacactgaatcacgga |
19620694 |
T |
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| Q |
705 |
atcttcattcctcatctcaaatcattaacattaaatcgttgaa |
747 |
Q |
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| T |
19620693 |
atcttcattcctcatcgcaaatcattaacattaaatcgttgaa |
19620651 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 24 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 19615635 - 19615231
Alignment:
| Q |
24 |
actttattcgtctagagaa-ccaacacaatgagctaaacattaatacatgcttaaatagatgaatggagttcacaaaagaaatacccagtcattgcaa-- |
120 |
Q |
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| T |
19615635 |
actttattcttctagagaaacccacacaacgaactaaacattaatacatgcccaaacaaatgaatggagttcacaaaacaaatacccagccattgcaaaa |
19615536 |
T |
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| Q |
121 |
ccagaggccaaatgctgccaaaatgattacattcaaagaacaaatgatcgattggttcagcttgacaacacctgtaactacacacattttgattcgattg |
220 |
Q |
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| T |
19615535 |
ccagagaccaaatgctgccaaaatgactatattcaaagaacgaatgattgattggtttagcttgaccacacccgtaactacacacattttgattcgattg |
19615436 |
T |
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| Q |
221 |
gatgttcccatgctgcaccaaattgtcttttgttgcaatacgattccgaaatagccaccacgcaaaaattgttacttttaaaggtattgttttattccaa |
320 |
Q |
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| T |
19615435 |
gatgatcccatgctgcatcatattatctttcattgcaatacgattccgaaatagaaaccacgcaaaaattgttacttttaaaggtattgttttattccaa |
19615336 |
T |
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| Q |
321 |
attatatgacgatattcatcacgatttgggaggttctgctgccgttagtagctggtacactcctcaaacattataaactgtgtcacgtgataaccgccac |
420 |
Q |
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| T |
19615335 |
attatatcgtgatattcatcacga-ttgggaggttctgctcccgttagtagctggtacactcctcgaacattttaaattgtgtcaaatgatgattgccac |
19615237 |
T |
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| Q |
421 |
ctctaa |
426 |
Q |
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| T |
19615236 |
ctctaa |
19615231 |
T |
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