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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF11493_high_2 (Length: 724)
Name: NF11493_high_2
Description: NF11493
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11493_high_2 |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 627; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 627; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 704
Target Start/End: Complemental strand, 19621340 - 19620651
Alignment:
| Q |
17 |
acatcaatacatgcttaaatagatgaatggagttcacaaaagaaatacccagtcattgcaaccagaggccaaatgctgccaaaatgattacattcaaaga |
116 |
Q |
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| T |
19621340 |
acattaatacatgcttaaatagatgaatggagttcacaaaagaaataccaagtcattgcaaccagaggccaaatgctgccaaaatgattacattcaaaga |
19621241 |
T |
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| Q |
117 |
acaaatgatcgattggttcagcttgacaacacctgtaactacacacattttgattcgattggatgttcccatgctgcaccaaattgtcttttgttgcaat |
216 |
Q |
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| T |
19621240 |
acaaatgatcgattggttcagcttgacaacacctgtaactacacacattttgattcgattggatgttcccatgctgcaccaaattgtcttttgttgcaat |
19621141 |
T |
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| Q |
217 |
acgattccgaaatagccaccacgcaaaaattgttacttttaaaggtattgttttattccaaattatatgacgatattcatcacgatttgggaggttctgc |
316 |
Q |
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| T |
19621140 |
acgattccgaaatagccaccacacaaaaattgttacttttaaaggtattgttttattccaaattatatgacgatattcatcacgatttgggaggttctgc |
19621041 |
T |
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| Q |
317 |
tgccgttagtagctggtacactcctcaaacattataaactgtgtcacgtgataaccgccacctctaaagaccagcctcgccaacctgaaaaacaacatga |
416 |
Q |
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| T |
19621040 |
tgccgttagtagctggtacactcctaaaacattataaaccgtgtcaggtgataactgccacctctaaagaccagcctcgccaacctgcaaaacaacatga |
19620941 |
T |
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| Q |
417 |
tcaaaaagggaacaacatctcccccataactcctccttaaagt--gtgtatcagcaactaacacataatgccacttcctctttccacacatccggcctaa |
514 |
Q |
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| T |
19620940 |
tcaaaaagggcgcaacatctcccccataattcctccttaaagtgtgtgtatcagcaactaacacataatgccacttcctctttccacacatccggcctaa |
19620841 |
T |
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| Q |
515 |
aaatgttttggtcccatcaccgacctcctacaacatgttattatcaaaacacctcccaaccgccaaaccatcccctcgcctaagtgctcccaactgattc |
614 |
Q |
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| T |
19620840 |
aaatgttttggtcccatcaccgacctcctacaacatgttattatcaaaacacctcccaaccgccaaaccatcccctcgcctaagtgctcccaactgattc |
19620741 |
T |
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| Q |
615 |
cagacaaaccctaaccctctatctctcaccctacactgaatcacgaaatcttcattcctcatctcaaatcattaacattaaatcgttgaa |
704 |
Q |
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| T |
19620740 |
cagacaaaccctaaccctctatctctcaccctacactgaatcacggaatcttcattcctcatcgcaaatcattaacattaaatcgttgaa |
19620651 |
T |
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Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 17 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 19615598 - 19615231
Alignment:
| Q |
17 |
acatcaatacatgcttaaatagatgaatggagttcacaaaagaaatacccagtcattgcaa--ccagaggccaaatgctgccaaaatgattacattcaaa |
114 |
Q |
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| T |
19615598 |
acattaatacatgcccaaacaaatgaatggagttcacaaaacaaatacccagccattgcaaaaccagagaccaaatgctgccaaaatgactatattcaaa |
19615499 |
T |
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| Q |
115 |
gaacaaatgatcgattggttcagcttgacaacacctgtaactacacacattttgattcgattggatgttcccatgctgcaccaaattgtcttttgttgca |
214 |
Q |
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| T |
19615498 |
gaacgaatgattgattggtttagcttgaccacacccgtaactacacacattttgattcgattggatgatcccatgctgcatcatattatctttcattgca |
19615399 |
T |
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| Q |
215 |
atacgattccgaaatagccaccacgcaaaaattgttacttttaaaggtattgttttattccaaattatatgacgatattcatcacgatttgggaggttct |
314 |
Q |
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| T |
19615398 |
atacgattccgaaatagaaaccacgcaaaaattgttacttttaaaggtattgttttattccaaattatatcgtgatattcatcacga-ttgggaggttct |
19615300 |
T |
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| Q |
315 |
gctgccgttagtagctggtacactcctcaaacattataaactgtgtcacgtgataaccgccacctctaa |
383 |
Q |
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| T |
19615299 |
gctcccgttagtagctggtacactcctcgaacattttaaattgtgtcaaatgatgattgccacctctaa |
19615231 |
T |
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