View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11493_high_7 (Length: 475)

Name: NF11493_high_7
Description: NF11493
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11493_high_7
NF11493_high_7
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (20-452)||(36526186-36526599)
chr1 (53-437)||(37923557-37923941)
chr1 (23-447)||(37871834-37872260)
chr1 (63-294)||(35051609-35051840)
chr1 (82-200)||(8237318-8237434)
chr1 (141-177)||(19023346-19023382)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (20-416)||(23269842-23270237)
chr5 (175-451)||(4430540-4430817)
chr5 (20-292)||(26917294-26917566)
chr5 (20-173)||(4431011-4431164)
chr5 (93-263)||(14964904-14965074)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (29-448)||(29468266-29468684)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (35-377)||(9252262-9252603)
chr2 (233-406)||(40728311-40728484)
chr2 (98-350)||(37490746-37490999)
chr2 (138-443)||(13018965-13019258)
chr2 (323-451)||(10785894-10786022)
chr2 (63-204)||(19920791-19920932)
chr2 (25-338)||(8294968-8295281)
chr2 (96-294)||(24588542-24588736)
chr2 (141-179)||(13923026-13923064)
chr2 (64-177)||(36359621-36359734)
[»] scaffold0305 (1 HSPs)
scaffold0305 (76-452)||(18603-18972)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (62-237)||(5460873-5461048)
chr7 (101-350)||(28283782-28284031)
chr7 (25-187)||(29443757-29443918)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (62-203)||(43000413-43000554)
chr4 (65-156)||(43381919-43382010)
chr4 (256-293)||(43381799-43381836)
chr4 (134-173)||(29135150-29135189)
chr4 (135-195)||(35762788-35762849)
chr4 (63-175)||(39079649-39079761)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (94-179)||(9738634-9738720)
chr3 (35-171)||(46107349-46107485)
chr3 (123-178)||(21330778-21330833)
chr3 (136-180)||(43059104-43059148)
chr3 (95-178)||(35529008-35529090)
chr3 (137-179)||(47798396-47798438)
chr3 (223-336)||(17571196-17571309)
chr3 (92-181)||(46016235-46016324)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 452
Target Start/End: Original strand, 36526186 - 36526599
Alignment:
Q  20 gacagaaacaaacttaactcatttcatttctaatagtagttgtaatacaagatggcatataatcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccct 119  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  36526186 gacagaaacaaatttaactcatttcatttctaatggtagttgtaatacaagatgacatataatcatgaactcgggaactagcataagataatgacgcccg 36526285  T
Q  120 agataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcg 219  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526286 agctaacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcg 36526385  T
Q  220 ccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagcc 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 
T  36526386 ccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccctggaaaacctc------------- 36526472  T
Q  320 acattatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgtaccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgatcacc 419  Q
          | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36526473 ------tagcttcttttagacctctagcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgtaccacgctgtcttcgctttaatgaactcccatcgatcacc 36526566  T
Q  420 tcttagacacataccgaccccataacatcctta 452  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526567 tcttagacacataccgaccccataacatcctta 36526599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 53 - 437
Target Start/End: Original strand, 37923557 - 37923941
Alignment:
Q  53 tagtagttgtaatacaagatggcatataatcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtct 152  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37923557 tagtagttttaatacaagatggcatataatcatgatcttgggaactagcataagataatgacgccctaactaacaagtgggcaacattatttgtttgtct 37923656  T
Q  153 cctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagag 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||    
T  37923657 cctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagtgaaactttgcaagtattcagaattgcgccgaacatggaattggtgctgagattgcttgag 37923756  T
Q  253 atgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttctg 352  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||   | ||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37923757 atgccatcaaccacttgcttgcaatcaagttctatagacaccgaaggaaacctcaaggtaccaagccattttatcgcttcttttagacctcttgcttctg 37923856  T
Q  353 cttctttgggttgtgggagacctttgtaccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgatcacctcttagacacataccgac 437  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  37923857 cttctttgggttgtgggagacctttgtactatgttgtctttgctttaatgaactcccctcgatcccctcttagacacataccgac 37923941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 23 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 37872260 - 37871834
Alignment:
Q  23 agaaacaaacttaactcatttcatttctaatagtagttgtaatacaagatggcatataatcat---gaactcgggaactagcataagataatgacgccct 119  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||  ||| |   || |||||||||||||||||||||||||   |||||  ||||||| |||||||||| |   | ||    
T  37872260 agaaacatactcaactcatttcattaataacaacggtcgtaatacaagatggcatataatcatcatgaactttggaactaccataagataacgcaactct 37872161  T
Q  120 agataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcg 219  Q
       ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||  | | |||||  |     
T  37872160 gactaataagtgggaaacattatttgtttgtctcctaataaaacttatcttaaagttttgattattcagaagtgaagctttgcaaccaatcagaat-acc 37872062  T
Q  220 ccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagcc 319  Q
     | | |||||||||| || |||  |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||||| |||||    | |||||| |   ||||||| |    
T  37872061 acgagcatggaattgatgttgagattgctagagatgtcgtaaaccacttgcttacaatcaatttcgatggacacagaaggaaaccttaatttaccaagtc 37871962  T
Q  320 acattatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgtaccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgatcacc 419  Q
    | ||| |||||||||||| ||||||||||||  | |  |||||||||||||| |||||  |||| | | ||||  |  ||||| |||||| | |||| ||    
T  37871961 agattgtcgcttcttttaaacctcttgcttccaccttgttgggttgtgggaggcctttaaaccaagatttcttctccctaatgtactccccttgatcccc 37871862  T
Q  420 tcttagacacataccgaccccataacat 447  Q
    ||| |||||||| | |||||||||||||    
T  37871861 tctaagacacatgctgaccccataacat 37871834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 63 - 294
Target Start/End: Original strand, 35051609 - 35051840
Alignment:
Q  63 aatacaagatggcatataatcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaa 162  Q
    |||||||||||| |||| |||| |||   |||||||||||||| ||||||||| | | | |||||| ||| ||| |||||||  |||||| |||||||||    
T  35051609 aatacaagatggaatattatcaagaatgtgggaactagcataaaataatgacgtcattgctaacaaatggccaatattattttcttgtcttctaatgaaa 35051708  T
Q  163 cttatcttaaagttttgat-gattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtca 261  Q
    ||| ||||||||||||| | | ||| ||| ||||||||| ||| |||  | ||| ||| ||||| || |||||||| |||   | ||||  |||  ||||    
T  35051709 cttttcttaaagttttggtaggttc-taactgaagtttttcaaatatcaataattgcgtcaaacttgaaattggtgttgagtctcctagttatgttgtca 35051807  T
Q  262 accacttgcttgcaatcaagttcgatagacacc 294  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  35051808 accacttgcttgtaatcaagtttgatagacacc 35051840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 82 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 8237434 - 8237318
Alignment:
Q  82 tcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgat 181  Q
    ||||||||  |||||| | ||||||||| || || ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  8237434 tcatgaacatgggaaccaacataagatattgtcgtcctagctaacaagtcggcaatattatttgcttgtc--ctaatgaaacttatcttaaaattttggt 8237337  T
Q  182 gattcataagtgaagtttt 200  Q
     | |  |||||||||||||    
T  8237336 aaattctaagtgaagtttt 8237318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 141 - 177
Target Start/End: Original strand, 19023346 - 19023382
Alignment:
Q  141 atttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttt 177  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  19023346 atttgtttgtctcctaacaaaacttatcttaaagttt 19023382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 20 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 23270237 - 23269842
Alignment:
Q  20 gacagaaacaaacttaactcatttcatttctaatagtagttgtaatacaagatggcatataatcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccct 119  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| |  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  23270237 gacagaaacaaagttaattcatttcactattaatagcatttgtaatacaagatggcatataatcatgaacttgggaactagcataagataatgactccct 23270138  T
Q  120 agataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcg 219  Q
    || ||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| |||    
T  23270137 agctaacaagtgagcaacattatttgcttgtcttctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagtgaagctttgcaagtgttcagaatagcg 23270038  T
Q  220 ccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagcc 319  Q
     | ||| |||| |||||| |||  |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   | | | || | |||||||||||    
T  23270037 tcgaacgtggatttggtgttgagattgctagagatgtcgtcaacca-ttgcttgcaatcaagttcgatagacaccgatgtatatcttaaagtaccaagcc 23269939  T
Q  320 acattatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgtaccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgatc 416  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| | ||||||| ||||||| |||||||| ||| | |||||||||| ||||||    
T  23269938 actttctcgcttcttttagacctcttgcttccgcctcattgggttgagagagacctctgtaccaagctgtcttcgctctcatgaactcccctcgatc 23269842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 175 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 4430817 - 4430540
Alignment:
Q  175 ttttgatgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgc 274  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  4430817 ttttgatgattcacaagtgaagttttgcaagtattcataatcgcgccaaacatgaaattggtgctgaagttgctagaaatgccgtcaaccacttacttgc 4430718  T
Q  275 aatcaagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacc 374  Q
    |||  ||||||||||||||  || ||| |||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||     
T  4430717 aattcagttcgatagacactttgaaaatcctcatagtatcaagccatattatcgcttattttagaccttctgcttatgcttctttgggttgtgggagact 4430618  T
Q  375 tttgtaccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgat-cacctcttagacacataccgaccccataacatcctt 451  Q
    ||||||||| | ||| ||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4430617 tttgtaccatgatgtatttgcttaaatgaactcctctcgatacacctcttagacacataccgaccccataacatcctt 4430540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 20 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 26917566 - 26917294
Alignment:
Q  20 gacagaaacaaacttaactcatttcatttctaatagtagttgtaatacaagatggcatataatcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccct 119  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||  |||||  |||   ||| ||||||||||||| |||||||||  ||| || |||||||||||||||||||||    
T  26917566 gacaaaaacaaacttaactcatttcattaataataacagtctcaatgcaagatggcatatgatcatgaacatggggacaagcataagataatgacgccct 26917467  T
Q  120 agataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaag-ttttgatgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgc 218  Q
     | ||  |  ||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||||| ||||||| |||  ||||| ||    
T  26917466 tgctagtagatgggcaacactatttgcttgtctcctaataaaacttatcttaaagtttttgtagattc-taagtgaagctttgcaaatatcaagaatagc 26917368  T
Q  219 gccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagaca 292  Q
    | ||||||| |||||| || |||     ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26917367 gtcaaacattgaattgttgttgagtcccctagctatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagaca 26917294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 20 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 4431164 - 4431011
Alignment:
Q  20 gacagaaacaaacttaactcatttcatttctaatagtagttgtaatacaagatggcatataatcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccct 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||  || |||||| | | ||| ||||||||||||||  ||||||    
T  4431164 gacagaaacaaacttaactcatttcaattctaataataattgtaatacaagatggcatgcaaccatgaatttgagaattagcataagataattccgccct 4431065  T
Q  120 agataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaa 173  Q
    || ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||    
T  4431064 agctaacaagtgggaaacattatttgcttctctcctaataaaacttatcttaaa 4431011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 93 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 14965074 - 14964904
Alignment:
Q  93 ggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagt 192  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  14965074 ggaactagtataagataatggcgccctaactaataagtgggcaacattatttgattgtctcttgatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataaat 14964975  T
Q  193 gaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaac 263  Q
     || |||||||||| || | |||| ||   || ||  ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||    
T  14964974 taaattttgcaagtgtttaaaatctcgttgaatataaaattggtgctgaaattgttagagatgtcgtcaac 14964904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 29 - 448
Target Start/End: Original strand, 29468266 - 29468684
Alignment:
Q  29 aaacttaactcatttcatttctaatagtagttgtaatacaagatggcatataatcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaa 128  Q
    ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | |||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||    
T  29468266 aaactcaactcatttcattaataatagtagttgtaatacaagatgacatgtaatcatgaacttgagaactagcataacataatgacatcctagctaacaa 29468365  T
Q  129 gtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatg 228  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || || ||||| ||||||    
T  29468366 gtatgcaacattatttgtttgtctcataatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagtgaagctttgcaaatattcaggattgcgccgaacatg 29468465  T
Q  229 gaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcg 328  Q
    ||  ||||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||   | |||||||| ||||||||||||| ||||      
T  29468466 gacctggtgctaaagttgctagagatgcaatcaactacttgcttgcaatcaagttcgatagataccgaaggaaacctcaaagtaccaagccactttattt 29468565  T
Q  329 cttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgtaccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgatcacctcttagaca 428  Q
    ||| ||||||||||| |||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||| |||  ||||||||||| |||  | |||||||| ||    
T  29468566 ctttttttagacctcgtgctttcgcttctttaggttgtgggagacctttataccaagttgtcttcgctccaatgaactcccctcgcacccctcttaggca 29468665  T
Q  429 cataccgaccccataacatc 448  Q
    ||| | || |||||||||||    
T  29468666 cattctga-cccataacatc 29468684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 111; Significance: 8e-56; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 35 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 9252603 - 9252262
Alignment:
Q  35 aactcatttcatttctaatagtagttgtaatacaagatggcatataatcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggc 134  Q
    |||||||||||| | ||| |  ||| |||||| |||||| ||||||||||| |||  | ||||||| |||||||||| ||| ||  | |||||| ||||     
T  9252603 aactcatttcatatataacaacagtcgtaatataagatgacatataatcattaacatgagaactaggataagataataacgtccaggctaacaaatgggt 9252504  T
Q  135 aacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattg 234  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  ||| ||||| ||||  |||||| |||||    
T  9252503 aacattattcgtttgtcttttaatgaaacttatgttaaagttttgatgattcaaaagtgaagctttgccaccattcagaatagcgctgaacatgaaattg 9252404  T
Q  235 gtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttctt 334  Q
    ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |   |||||||||| | || ||| |||  ||||||||||||    
T  9252403 gtgcttagattgctagagatgccgtcaaccacttgcttacaatcaagtttgatagaca-cgaagaaaacctcaaattatcaaaccaatttatcgcttctt 9252305  T
Q  335 ttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagaccttt 377  Q
    ||| | ||||||||||  | || |||| |||||||| ||||||    
T  9252304 ttaaatctcttgcttccacctcgttggattgtgggataccttt 9252262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 233 - 406
Target Start/End: Original strand, 40728311 - 40728484
Alignment:
Q  233 tggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttc 332  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |   | |||||||| |||||||| |||  || |||||||    
T  40728311 tggtgctgaagttgctagagatgtcgtcaaatacttgcttgcaatcaagttcgatagacaacgaagtaaacctcaaagtaccaaaccattttgtcgcttc 40728410  T
Q  333 ttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgtaccacgctgtctttgctttaatgaact 406  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| | ||||| | |||||| ||| |||||||||    
T  40728411 ctttagacctcttgcttctgcttctttgggttattggagacctgtataccaagatgtcttggctctaatgaact 40728484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 98 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 37490999 - 37490746
Alignment:
Q  98 tagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagtgaagt 197  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||  |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||     
T  37490999 tagcatgagataatgacgtcctagctaacaagtggacaacattatttacttgtcttctaatgaaacttatctgaaagttttgatgattcagtagtgaagc 37490900  T
Q  198 tttgcaagtattgagaatcgcgccaa-acatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccct 296  Q
    |||||||  ||| | |||   | ||| ||||| |||||||  |||  |||||||||||| ||||||| | |||||| |||||||||| |||||||| |      
T  37490899 tttgcaatcattcaaaataatgtcaacacatgaaattggtattgagattgctagagatgtcgtcaacgatttgcttacaatcaagtttgatagacaacga 37490800  T
Q  297 ggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttc 350  Q
     | |||||||| | ||||||| ||  ||||||||||||||| |||| |||||||    
T  37490799 aggaaacctcaaattaccaagacaatttatcgcttcttttaaaccttttgcttc 37490746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 138 - 443
Target Start/End: Original strand, 13018965 - 13019258
Alignment:
Q  138 attatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtg 237  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| |||  ||  ||| ||||| |||||||||||||||| |       
T  13018965 attatttgattgtctcctaatgaaacttatcttaaaattttgatgattcagatgtgaagctttataaccattaagaatagcgccaaacatggaatgg--- 13019061  T
Q  238 ctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttctttta 337  Q
         ||||||||||||| | |||||||    ||| |||| ||||||||||||||||   ||||| |||  | | |||| | |  |||||||||||||||    
T  13019062 -----gttgctagagatggcatcaacca----cttacaattaagttcgatagacaccgaagaaaatctcgaattgccaaacgaatttatcgcttctttta 13019152  T
Q  338 gacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgtaccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgatcacctcttagacacataccgac 437  Q
     ||| ||||||||||| || |||| ||||||||| |||||  |||| | |||||| ||  |||||||||||| || ||| ||||| |||| ||| |||||    
T  13019153 aaccacttgcttctgcctcgttggattgtgggaggcctttaaaccaagttgtcttcgccctaatgaactcccctcaatcccctctaagacgcatgccgac 13019252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 323 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 10786022 - 10785894
Alignment:
Q  323 ttatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgtaccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgatcacctct 422  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||| | |||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||    
T  10786022 ttatcgtttcttttagacctcttgcttttacttctttgggttgtgggatgcctttgtaccaagttgtcttcgctctaatgaactcccctcgatcccctct 10785923  T
Q  423 tagacacataccgaccccataacatcctt 451  Q
     | ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  10785922 caaacacataccgatcccataacaacctt 10785894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 63 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 19920932 - 19920791
Alignment:
Q  63 aatacaagatggcatataatcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaa 162  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   ||||||| | |||||||||||||| ||| | |||||| |||  |||| |||||| |||| |||||||||||    
T  19920932 aatacaagatggcatataatcatgaatgtgggaactggtataagataatgacgtccttgctaacaaatggcaaacactatttgcttgtttcctaatgaaa 19920833  T
Q  163 cttatcttaaagttttgat-gattcataagtgaagttttgcaa 204  Q
    | || |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||    
T  19920832 cctagcttaaagttttgatagattc-taagtgatgttttgcaa 19920791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 25 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 8295281 - 8294968
Alignment:
Q  25 aaacaaacttaactcatttcatttctaatagtagttgtaatacaagatggcatataatcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagata 124  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||| | |   |||||||||||| ||||  ||||||||   |  | || ||||||||||||||    | | ||    
T  8295281 aaacaaacttaactcatttcattattaatagcaatctcaatacaagatggtatatgttcatgaacgtagagattaacataagataatgacaaatttgtta 8295182  T
Q  125 acaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgat-gattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaa 223  Q
     ||| || |||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||| ||||||| |||  ||||   ||||||    
T  8295181 gcaaatgagcaacactatttatttgtctcttaataaaacttatcttaaagttttggcagattc-taagtgaagctttgcaaatatcaagaacaacgccaa 8295083  T
Q  224 acatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacat 323  Q
    ||||| ||||| || |||     | ||  ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| | || |  |||||| | ||||||||  |    
T  8295082 acatgaaattgatgttgagtccccaagctatgccgtaaatcacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccttagatagactcatacttccaagccattt 8294983  T
Q  324 tatcgcttcttttag 338  Q
    |||||| ||||||||    
T  8294982 tatcgcctcttttag 8294968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 96 - 294
Target Start/End: Original strand, 24588542 - 24588736
Alignment:
Q  96 actagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgat-gattcataagtga 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||   | ||||||||| |||||| |||| | ||||| |||||||     |||||||| | ||||| |||||||    
T  24588542 actagcataagataatgacgccctttctagtgaatgggcaacactatttgattgtgttctaataaaacttac----aagttttgttagattc-taagtga 24588636  T
Q  195 agttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacacc 294  Q
    || ||| ||| |||  ||||| ||||||||||||||||||||| |||     ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24588637 agctttacaaatatcaagaatagcgccaaacatggaattggtgttgagtcccctagttatgtcgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacacc 24588736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 141 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 13923064 - 13923026
Alignment:
Q  141 atttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttg 179  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13923064 atttgcttgtttcctaatgaaacttatcttaaagttttg 13923026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 64 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 36359734 - 36359621
Alignment:
Q  64 atacaagatggcatataatcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaac 163  Q
    |||||||||||||||| |||||||  | | || |||||||| || ||||| ||||| | |||||| |  || ||||| |||| |||||  || || ||||    
T  36359734 atacaagatggcatatgatcatgacattgagacctagcatatgacaatgaagcccttgctaacaaattagccacattgtttgcttgtcgtctgataaaac 36359635  T
Q  164 ttatcttaaagttt 177  Q
    ||||||||||||||    
T  36359634 ttatcttaaagttt 36359621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0305 (Bit Score: 76; Significance: 6e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0305
Description:

Target: scaffold0305; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 76 - 452
Target Start/End: Original strand, 18603 - 18972
Alignment:
Q  76 atataatcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagt 175  Q
    |||||||||||||||  ||| ||||||| || |||||||  | | | |||||||||||||| ||||||| ||| | || ||||||||||| |||| || |    
T  18603 atataatcatgaactttggagctagcatgaggtaatgacaacttggctaacaagtgggcaaaattatttctttttttcttaatgaaacttgtcttcaaat 18702  T
Q  176 tttgatgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgca 275  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||  ||| | ||| ||   |||| ||||||||||| |||  || ||||| ||| ||||||||||||| || ||    
T  18703 tttgatgattcagaagtgaagctttgcaaccattcaaaatagc-ataaacgtggaattggtgttgagatttctagatatgtcgtcaaccacttgtttaca 18801  T
Q  276 atcaagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacct 375  Q
    ||||||||| |||||||||   | |||||| | | |||||||||       ||||||||||| |||||||||||  || || ||||||||||||||||||    
T  18802 atcaagttcaatagacaccgacggaaaccttaaattaccaagcc-------cgcttcttttaaacctcttgcttacgcctcattgggttgtgggagacct 18894  T
Q  376 ttgtaccacgctgtctttgct-ttaatgaactcccatcgatcacctcttagacacataccgaccccataacatcctta 452  Q
    ||  |||| | |||||| |||   |||| |||||| | |||| ||||| ||||||||  |||||| | ||||||||||    
T  18895 ttaaaccaagttgtcttcgctcccaatgtactccccttgatcccctctaagacacatgtcgacccaacaacatcctta 18972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 69; Significance: 9e-31; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 62 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 5461048 - 5460873
Alignment:
Q  62 taatacaagatggcatataatcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaa 161  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| | | | |||||||||||||||||| |  |||| ||||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||    
T  5461048 taatacaagatggcatatgatcatgaatttgaggactagcataagataatgatgttctagctaacaagtcagcaacaatatttgcttgtctcctaatgaa 5460949  T
Q  162 acttatcttaaagttttgat-gattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtg 237  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||  ||| |||| ||||||||| |  ||||| ||||| |||||||||||||||    
T  5460948 acttatcttaaagttttggtaaattctcaag-gaagctttgcaagtctctagaatagcgccgaacatggaattggtg 5460873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 101 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 28284031 - 28283782
Alignment:
Q  101 cataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagtgaagtttt 200  Q
    |||||||||||||| ||||   |||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||     
T  28284031 cataagataatgacaccctgactaacaagtgaacatcattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcagaagtgaagctta 28283932  T
Q  201 gcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccctggaa 300  Q
    |||   ||| ||||| | |   ||||| ||||  ||| |||  |||||||||||| | |||  ||||||||| | ||||||||| ||||||||    | |    
T  28283931 gcagccattcagaatagtgttgaacatagaatcagtgttgagattgctagagatgtcatcaggcacttgcttacgatcaagttcaatagacacagaagga 28283832  T
Q  301 aacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttc 350  Q
    ||||||| | ||| ||||||  |||| |||||||||| | | ||||||||    
T  28283831 aacctcaaattactaagccaatttattgcttcttttaaaacccttgcttc 28283782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 25 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 29443918 - 29443757
Alignment:
Q  25 aaacaaacttaactcatttcatttctaatagtagttgtaatacaagatggcatataatcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagata 124  Q
    ||||||||| |||||||||||||  ||| |||| | ||||||||| ||| |||||||||||||||  | |||| | ||||||||||| | ||||| | ||    
T  29443918 aaacaaactcaactcatttcattaataacagtaatcgtaatacaatatgacatataatcatgaacatgagaacaaacataagataataatgcccttgcta 29443819  T
Q  125 acaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatg-aaacttatcttaaagttttgatgattca 187  Q
    |||||||  |||  ||||||| ||||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29443818 acaagtgaacaaatttatttgcttgtct--aaatgaaaacttatcttaaagttttgatgattca 29443757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 54; Significance: 8e-22; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 62 - 203
Target Start/End: Original strand, 43000413 - 43000554
Alignment:
Q  62 taatacaagatggcatataatcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaa 161  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| || |||  ||||| || | || ||| |||| |||||||||||| ||    
T  43000413 taatgcaagatgacatataatcatgaacttggaaattagcataagataatgacaccttagcaaacaaatgagtaatattgtttgcttgtctcctaataaa 43000512  T
Q  162 acttatcttaaagttttgatgattcataagtgaagttttgca 203  Q
    |||||| |||||||||||||  ||  ||||||||| ||||||    
T  43000513 acttatattaaagttttgattttttttaagtgaagctttgca 43000554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 65 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 43382010 - 43381919
Alignment:
Q  65 tacaagatggcatataatcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctccta 156  Q
    |||||||| | |||| ||||||||   || ||||||||||||||||||||| ||| | |||||| || |||||| |||||||||||||||||    
T  43382010 tacaagatagaatatgatcatgaatgtggaaactagcataagataatgacgtccttgttaacaaatgagcaacactatttgtttgtctccta 43381919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 256 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 43381836 - 43381799
Alignment:
Q  256 ccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacac 293  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43381836 ccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacac 43381799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 134 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 29135189 - 29135150
Alignment:
Q  134 caacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaa 173  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  29135189 caacattatttatttgtctcctaacgaaacttatcttaaa 29135150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 135 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 35762849 - 35762788
Alignment:
Q  135 aacattatttgtttgtctcctaatgaaactta-tcttaaagttttgatgattcataagtgaa 195  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||| ||| | ||||||||||||||||||| |||||||    
T  35762849 aacattatttgtttgtcccataataaaatttaatattaaagttttgatgattcacaagtgaa 35762788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 63 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 39079761 - 39079649
Alignment:
Q  63 aatacaagatggcatataatcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaa 162  Q
    |||||||||| | |||| |||||||| | |  ||||||||||||||||||||   |||| |||||| ||  | ||||||||| ||| ||   |||| |||    
T  39079761 aatacaagatagtatatgatcatgaatttgaaaactagcataagataatgactttctagctaacaaatgaacgacattatttatttttcgtgtaataaaa 39079662  T
Q  163 cttatcttaaagt 175  Q
    |||||||||||||    
T  39079661 cttatcttaaagt 39079649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 94 - 179
Target Start/End: Original strand, 9738634 - 9738720
Alignment:
Q  94 gaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatg-aaacttatcttaaagttttg 179  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||| |||||| || ||||||||||||| ||||| ||||||| |||  |||||||||||||||    
T  9738634 gaactaacataagataatgacgctctagctaacaaatgagcaacattatttggttgtcacctaatgaaaaaatatcttaaagttttg 9738720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 35 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 46107485 - 46107349
Alignment:
Q  35 aactcatttcatttctaatagtagttgtaatacaagatggcatataatcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggc 134  Q
    |||||||||||||  |||||   || || ||||||| |||||||| ||  |||| |  ||||||| ||||| |||||||||| |||| |||||| || ||    
T  46107485 aactcatttcattagtaataactgtcgtgatacaagttggcatatgattgtgaatttaggaactaacataatataatgacgctctagctaacaaatgagc 46107386  T
Q  135 aacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatctta 171  Q
    ||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||    
T  46107385 aacattatttacttgtcacctaatgaaacgtatctta 46107349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 123 - 178
Target Start/End: Original strand, 21330778 - 21330833
Alignment:
Q  123 taacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagtttt 178  Q
    |||||| || |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  21330778 taacaaatgagcaacattatttatttgtctccgaataaaacttatcttaaagtttt 21330833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 136 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 43059148 - 43059104
Alignment:
Q  136 acattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttga 180  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  43059148 acattatttgtttgtcttataatgaaacttatcttaaaattttga 43059104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 95 - 178
Target Start/End: Original strand, 35529008 - 35529090
Alignment:
Q  95 aactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagtttt 178  Q
    ||||| ||||||||||||||   |||| |||||| || ||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||    
T  35529008 aactaacataagataatgacattctagctaacaa-tgagcaacatcatttgtttgtcgcttaatgaaacttattttaaaatttt 35529090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 137 - 179
Target Start/End: Original strand, 47798396 - 47798438
Alignment:
Q  137 cattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttg 179  Q
    |||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  47798396 cattatttatttgtctcttaataaaacttatcttaaagttttg 47798438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 223 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 17571309 - 17571196
Alignment:
Q  223 aacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccaca 322  Q
    |||||| |||||||| |||  |||||||||||| |||||||||| | ||| || | |||||||||||| |||   |||||||||| | ||| |||  |      
T  17571309 aacatgtaattggtgttgagattgctagagatgtcgtcaaccacatacttacagttaagttcgatagagaccgaagaaaacctcaaattactaagttagt 17571210  T
Q  323 ttatcgcttctttt 336  Q
    ||||||||||||||    
T  17571209 ttatcgcttctttt 17571196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 92 - 181
Target Start/End: Original strand, 46016235 - 46016324
Alignment:
Q  92 gggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgat 181  Q
    |||||| | ||||||||||||| || |||  |||||| || |||||||| |||| |||||  | |||||||||||| ||| |||||||||    
T  46016235 gggaacaaacataagataatgatgctctaactaacaaatgagcaacattgtttgattgtcctcaaatgaaacttatattatagttttgat 46016324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University