View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11494_high_16 (Length: 303)

Name: NF11494_high_16
Description: NF11494
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11494_high_16
NF11494_high_16
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-279)||(7190716-7190988)
chr2 (1-279)||(13809670-13809947)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-264)||(2939335-2939595)
chr1 (1-279)||(46014948-46015222)
chr1 (1-279)||(33332427-33332706)
[»] scaffold0029 (1 HSPs)
scaffold0029 (1-279)||(70923-71196)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-279)||(45087788-45088061)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-279)||(17971036-17971308)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (1-279)||(9311714-9311988)
chr8 (1-279)||(14817383-14817658)
chr8 (1-279)||(14828081-14828356)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (2-264)||(39991770-39992028)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-279)||(11039270-11039544)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-249)||(19718418-19718663)
chr5 (230-277)||(37967468-37967514)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 279
Target Start/End: Original strand, 7190716 - 7190988
Alignment:
Q  1 aagtattgtcccttatgatcaaacatctgaaacaaaaatccagatacagtaaaaattgccgcaagaagaaaattgtttatgttgttttcagggattgtgt 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7190716 aagtattgtcccttatgaacaaacatctgaaacaaaaattcagatacagtaaaaattgccgcaagaagaaaattgtttatgttgttttctgggattgtgt 7190815  T
Q  101 ttgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggtagagagtgaaatagaggaatatgggtatcagataggagcnnnnnnnnnnnntgagaagaaagggga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||            |||||||||| ||||    
T  7190816 ttgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggtagagagtgaaatagaggaatatggatatcagattggagc----aaaaaaaatgagaagaaa-ggga 7190910  T
Q  201 agagagagtttgaatttgagttaaccctttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaataaaagttagggtttgaat 279  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7190911 agagagagtttgaatttgagttaaccctttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaat-aaagttagggtttgaat 7190988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 13809947 - 13809670
Alignment:
Q  1 aagtattgtcccttatgatcaaacatctgaaacaaaaatccagatacagtaaaaattgccgcaagaagaaaattgtttatgttgttttcagggattgtgt 100  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13809947 aagtattgtcccatatgaacaaacatctgaaacaaaaatccagatacaataaaaattgccctaagaagaaaattgtttatgttgttttctgggattgtgt 13809848  T
Q  101 ttgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggtagagagtgaaatagaggaatatgggtatcagataggag---cnnnnnnnnnnnntgagaagaaagg 197  Q
    |||||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||                ||| | ||||||    
T  13809847 ttgaaaagaagatgattgtaattttgtgtttggcagagagtgaaatagagga--atgggtatcagattggagaaagaaaaaaaaaagatgaaatgaaagg 13809750  T
Q  198 ggaagagagagtttgaatttgagttaaccctttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaataaaagttagggtttgaat 279  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  13809749 ggaagagagggtttgaatttgaattaaccctttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaa--taaagttagggtttgaat 13809670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 179; Significance: 1e-96; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Original strand, 2939335 - 2939595
Alignment:
Q  1 aagtattgtcccttatgatcaaacatctgaaacaaaaatccagatacagtaaaaattgccgcaagaagaaaattgtttatgttgttttcagggattgtgt 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  2939335 aagtattgtcccttatgaacaaacatctgaaacaaaaatccagatacagtcaaaattgccacaagaagaaaattgtttatgttgttttctgggtttgtgt 2939434  T
Q  101 ttgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggtagagagtgaaatagaggaatatgggtatcagataggagcnnnnnnnnnnnntgagaagaaagggga 200  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||            |||||||||||||||    
T  2939435 ttaaaacgaagatgatgataattttgtgtttggtatagagtgaaatagaggaatataggtatcagattggagc---caaaaaaaatgagaagaaagggga 2939531  T
Q  201 agagagagtttgaatttgagttaaccctttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaataaa 264  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2939532 agagagggtttgaatttgagttaaccatttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaataaa 2939595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 46015222 - 46014948
Alignment:
Q  1 aagtattgtcccttatgatcaaacatctgaaacaaaaatccagatacagtaaaaattgccgcaagaagaaaattgtttatgttg-ttttcagggattgtg 99  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  46015222 aagtattgtcccatatgaacaaacatctgaaacaaaaatccagatacaataaaaattgccccaagaagaaaattgtttatgttgtttttcagggattgtg 46015123  T
Q  100 tttgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggtagagagtgaaatagaggaatatgggtatcagataggagcnnnnnnnnnnnntgagaagaaagggg 199  Q
    ||||||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||||| ||||             ||||| ||||||||    
T  46015122 tttgaaaagaagatgattgtaattttgtgtttggcagagagtgaaatatagga--atgggtatcagattggag--aaaaaaaaagatgagatgaaagggg 46015027  T
Q  200 aagagagagtttgaatttgagttaaccctttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaataaaagttagggtttgaat 279  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  46015026 aagagagagtttgaatttgaatcaaccctttcacaacaattaaaagaatttggaagtaaaat-aaagttagggtttgaat 46014948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 33332706 - 33332427
Alignment:
Q  1 aagtattgtcccttatgatcaaacatctgaaacaaaaatccagatacagtaaaaattgccgcaagaagaaaattgtttatgttgttttcagggattgtgt 100  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  33332706 aagtattgtcccttgtgaacaaacatctgaaacaaaaatccagatacagtaaaaattgccacaacaaggaaattgtttatgttgttttctaggattgtgt 33332607  T
Q  101 ttgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggtagagagtgaaatagaggaatatgggtatcagataggagc---nnnnnnnnnnnntgagaagaaagg 197  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||                ||||| |||||    
T  33332606 ttgacacgaagatgatgataattttgtgtttggcagagagtgaaatagaggaatatgagtattagattggagcaaaaaaaaaaaaaaaagagaa-aaagg 33332508  T
Q  198 ggaagagagagtttgaatttgagttaaccctttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaataaaagttagggtttgaat 279  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||||||||||    
T  33332507 ggaagagagggtttgaatttgagttaaccctttcacaacaattaaatgaatttaggattaaaat-aaagttagggtttgaat 33332427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 175; Significance: 3e-94; HSPs: 1)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 71196 - 70923
Alignment:
Q  1 aagtattgtcccttatgatcaaacatctgaaacaaaaatccagatacagtaaaaattgccgcaagaagaaaattgtttatgttgttttcagggattgtgt 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  71196 aagtattgtcccttatgaacaaacatctgaaacaaaagtctagatacagtaaaaattgccacaagaagaatattgtttatgttgttttctaggattgtgt 71097  T
Q  101 ttgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggtagagagtgaaatagaggaatatgggtatcagataggagcnnnnnnnnnnnntgagaagaaagggga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||             ||||||||||||||    
T  71096 ttgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggcagagagtgaaatagaggaatatgggtatcaaattggagcataaaaaaa----gagaagaaagggga 71001  T
Q  201 agagagagtttgaatttgagttaaccctttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaataaaagttagggtttgaat 279  Q
    |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  71000 agagatggtttgaatttgagttaaccatttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaat-aaagttagggtttgaat 70923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 166; Significance: 7e-89; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 279
Target Start/End: Original strand, 45087788 - 45088061
Alignment:
Q  1 aagtattgtcccttatgatcaaacatctgaaacaaaaatccagatacagtaaaaattgccgcaagaagaaaattgtttatgttgttttcagggattgtgt 100  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45087788 aagtattgtcccttgtgaacaaacatctgaaacaaaaatccagatacagtaaaaattgccacaacaaggaaattgtttatgttgttttctgggattgtgt 45087887  T
Q  101 ttgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggtagagagtgaaatagaggaatatgggtatcagataggagcnnnnnnnnnnnntgagaagaaagggga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||            |||||| ||||||||    
T  45087888 ttgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggcaaagagtgaaatagaggaatatgggtattagattggagc---aaaaaaaaatgagaa-aaagggga 45087983  T
Q  201 agagagagtttgaatttgagttaaccctttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaataaaagttagggtttgaat 279  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  45087984 agagagggtttggatttgagttaaccctttcacaacaattaaatgaatttgggagaaaaat-aaagttagggtttgaat 45088061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 156; Significance: 7e-83; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 17971308 - 17971036
Alignment:
Q  1 aagtattgtcccttatgatcaaacatctgaaacaaaaatccagatacagtaaaaattgccgcaagaagaaaattgtttatgttgttttcagggattgtgt 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | |    
T  17971308 aagtattgtcccttatgaacaaacatctgaaacaaaaatccagatacagtaaaaattgccacaagaagaaaatcgtttatgttgttttctgggatttttt 17971209  T
Q  101 ttgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggtagagagtgaaatagaggaatatgggtatcagataggagcnnnnnnnnnnnntgagaagaaagggga 200  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||             |||||| ||||||||    
T  17971208 tttaaacgaagatgatgataattttgtgtttggcagagggtgaaatagagga--atgggtatcagattggag---aaaaaaaaaatgagaacaaagggga 17971114  T
Q  201 agagagagtttgaatttgagttaaccctttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaataaaagttagggtttgaat 279  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  17971113 agagagggtttgaatttgggttaaccctttcacaaaaattaaaagaatttgggagtaaaa-caaagttagggtttgaat 17971036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 279
Target Start/End: Original strand, 9311714 - 9311988
Alignment:
Q  1 aagtattgtcccttatgatcaaacatctgaaacaaaaatccagatacagtaaaaattgccgcaagaagaaaattgtttatgttgttttcagggattgtgt 100  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  9311714 aagtattatcccatatgaacaaacatctgaaacaaaaatccagatacaataaaaattgccccaagaagaaaattgtttatgttgttttttgggattgtgt 9311813  T
Q  101 ttgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggtagagagtgaaatagaggaatatgggtatcagataggagcnnnnnnnnnnnntgagaagaaagggga 200  Q
    |||||| |||| ||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||  ||||             ||||| |||||||||    
T  9311814 ttgaaaagaaggtgattgtaattttgtgtttggcagagagtgaaatagagga--atgagtatcagaatggag-aaaaaaaaaagatgagatgaaagggga 9311910  T
Q  201 agagagagtttgaatttgagttaaccctttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaataaaagttagggtttgaat 279  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9311911 agagagggtttgaatttgaattaaccctttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaat-aaagttagggtttgaat 9311988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 9e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 279
Target Start/End: Original strand, 14817383 - 14817658
Alignment:
Q  1 aagtattgtcccttatgatcaaacatctgaaacaaaaatccagatacagtaaaaattgccgcaagaagaaaattgtttatgttgttttcagggattgtgt 100  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  14817383 aagtattgtcccatatgaacaaacatcttaaacaaaaattcagatacaataaaaatttccccaagaagaaaattgtttatgttgttttctgggattatgt 14817482  T
Q  101 ttgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggtagagagtgaaatagaggaatatgggtatcagataggag-cnnnnnnnnnnnntgagaagaaagggg 199  Q
    |||||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||              ||| | ||||||||    
T  14817483 ttgaaaagaagatgattgtaattttgtgtttggcagagagtgaaatagagga--atgggtatcagattggagaaagaaaaaaaagatgaaatgaaagggg 14817580  T
Q  200 aagagagagtttgaatttgagttaaccctttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaataaaagttagggtttgaat 279  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||    
T  14817581 aagagagggtttgaatttgaattaaccctttcacaacaattaaaagaatttgagagtaaaataaa--ttagggtttgaat 14817658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 9e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 14828356 - 14828081
Alignment:
Q  1 aagtattgtcccttatgatcaaacatctgaaacaaaaatccagatacagtaaaaattgccgcaagaagaaaattgtttatgttgttttcagggattgtgt 100  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  14828356 aagtattgtcccatatgaacaaacatcttaaacaaaaattcagatacaataaaaatttccccaagaagaaaattgtttatgttgttttctgggattatgt 14828257  T
Q  101 ttgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggtagagagtgaaatagaggaatatgggtatcagataggag-cnnnnnnnnnnnntgagaagaaagggg 199  Q
    |||||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||              ||| | ||||||||    
T  14828256 ttgaaaagaagatgattgtaattttgtgtttggcagagagtgaaatagagga--atgggtatcagattggagaaagaaaaaaaagatgaaatgaaagggg 14828159  T
Q  200 aagagagagtttgaatttgagttaaccctttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaataaaagttagggtttgaat 279  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||    
T  14828158 aagagagggtttgaatttgaattaaccctttcacaacaattaaaagaatttgagagtaaaataaa--ttagggtttgaat 14828081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 136; Significance: 6e-71; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 39992028 - 39991770
Alignment:
Q  2 agtattgtcccttatgatcaaacatctgaaacaaaaatccagatacagtaaaaattgccgcaagaagaaaattgtttatgttgttttcagggattgtgtt 101  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39992028 agtattgttccatatgaacaaacatctgaaacaaaaatccagatacaataaaaattgctccaagaagaaaattgtttatgttgttttctgggattgtgtt 39991929  T
Q  102 tgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggtagagagtgaaatagaggaatatgggtatcagataggagcnnnnnnnnnnnntgagaagaaaggggaa 201  Q
    ||||| ||| |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||             ||||| ||||||||||    
T  39991928 tgaaaagaa-atgattgtaattttgtgtttggcagagagtgaaatagagga--atgggtatcagattggag-aaagaaaaaagatgagatgaaaggggaa 39991833  T
Q  202 gagagagtttgaatttgagttaaccctttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaataaa 264  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39991832 gagagggtttgaatttgaattaaccctttcacaacaattaaaagaacttgggagtaaaataaa 39991770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 279
Target Start/End: Original strand, 11039270 - 11039544
Alignment:
Q  1 aagtattgtcccttatgatcaaacatctgaaacaaaaatccagatacagtaaaaattgccgcaagaagaaaattgtttatgttgttttcagggattgtgt 100  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||    
T  11039270 aagtattgtgccatatgaacaaacatctgaaacaaaaatccatatacaataaaaattgccccaagaagaaaattatttatgttgttttttgggattgtgt 11039369  T
Q  101 ttgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggtagagagtgaaatagaggaatatgggtatcagataggagcnnnnnnnnnnnntgagaagaaagggga 200  Q
    |||||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| |||| |||| ||||             ||||| |||||| ||    
T  11039370 ttgaaaagaagatgattgtaattttgtgtttggcagagagtgaaatagagga--atgagtattagattggag-aaaaaaaaaagatgagatgaaaggaga 11039466  T
Q  201 agagagagtttgaatttgagttaaccctttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaataaaagttagggtttgaat 279  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11039467 agagagggtttgaatttgaattaaccctttcacaacaattaaaacaatttgggagtaaaat-aaagttagggtttgaat 11039544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 111; Significance: 5e-56; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Original strand, 19718418 - 19718663
Alignment:
Q  1 aagtattgtccct-tatgatcaaacatctgaaacaaaaatccagatacagtaaaaattgccgcaagaagaaaattgtttatgttgttttcagggattgtg 99  Q
    ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  19718418 aagtattgtccccatatgaacaaacatctgaaacaaaaatccagatacaataaaaattgttccaagaagaaaattgtttatgttgttttttgggattgtg 19718517  T
Q  100 tttgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggtagagagtgaaatagaggaatatgggtatcagataggagcnnnnnnnnnnnntgagaagaaagggg 199  Q
    ||||||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||             ||||| ||||||||    
T  19718518 tttgaaaagaagatgattgtaattttgtgtttggcagagagtgaaatagagga--atgagtatcagattggag--gaaaaaaaaaatgagatgaaagggg 19718613  T
Q  200 aagagagagtttgaatttgagttaaccctttcacaacaattaaaagaatt 249  Q
    ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19718614 aagagagggtttgaacttgaattaaccctttcacaacaattaaaacaatt 19718663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 230 - 277
Target Start/End: Original strand, 37967468 - 37967514
Alignment:
Q  230 tcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaataaaagttagggtttga 277  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  37967468 tcacaacaattaaaagaattcgggagtaaaat-aaagttagggtttga 37967514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University