View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11498_low_1 (Length: 730)

Name: NF11498_low_1
Description: NF11498
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11498_low_1
NF11498_low_1
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (152-713)||(31604339-31604904)
chr5 (162-713)||(31594087-31594646)
chr5 (182-713)||(31578557-31579097)
chr5 (309-713)||(31563203-31563610)
chr5 (13-146)||(31604991-31605121)
chr5 (13-140)||(31595226-31595357)
chr5 (74-135)||(31563836-31563897)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 525; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 525; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 152 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 31604904 - 31604339
Alignment:
Q  152 tttagggattaatccatggtttgtttggaaaatgagtgcaataatgttgatcaataatagatgcatatatgaatat----atacattgtttgttgcagtt 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||    
T  31604904 tttagggattaatccatggtttgtttgaaaaatgagtgcaataatgttgatcaataatagatgcatatatgaatatgaatatacattgtttgttgcagtt 31604805  T
Q  248 tatggatgcagaaatatatggtagtgggttgatagctgttctatggttaacaggaataaccacacccattttgaaattcctatatgacccatctaagaga 347  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31604804 tatggatgcagaaatatatggtagtgggttgatagctgttctatggttaacaggaataaccacacccattttgaaattcctatatgacccatctaagaga 31604705  T
Q  348 tatttgtccttaaataagagaagaaccattgaacaatcaacttcagatattgagctacgtctcatggcatgtgtacacagtcaagaaaacacaccaacca 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  31604704 tatttgtccttaaataagagaagaaccattgaacaatcaacttcagatattgagctacgtctcatggcatgtgtacacagtcaagaaaacacaccatcca 31604605  T
Q  448 ttatcaatcttcttgaaatgtcaaacccttctttggaaaatcctatttgtttctatgtccaacatcttattcaacttagagggagatcagcaccactttt 547  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31604604 ttatcaatcttcttgaaatgtcaaacccttctttggaaaatcctatttgtttctatgtcctacatcttattcaacttagaggaagatcagcaccactttt 31604505  T
Q  548 catagatcatcaacgaacaagcaacaagacaaaatcgtcgcactcctcttgttcaaatcacataataaatgcctttagatcatatgagcaacacaagtca 647  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31604504 cgtagatcatcaacgaacaagcaacaagacaaaatcgtcgcactcctctagttcaaatcacataataaatgcctttagatcatatgagcaacacaagtca 31604405  T
Q  648 aataatgtgattgtgaaacttttcacatcgatctcgccttttgagacaatgcatgatgaaatatgt 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31604404 aataatgtgattgtgaaacttttcacatcgatctcgccttttgagacaatgcatgatgaaatatgt 31604339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 162 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 31594646 - 31594087
Alignment:
Q  162 aatccatggtttgtttggaaaatgagtgcaataatgttgatcaataatagatgcatatatgaatat--------atacattgtttgttgcagtttatgga 253  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||        ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  31594646 aatcgatggtttgtttgaaaaatgagtgcaataatgttgatcaatagtagctgcatacttgaatatttatatgtatacattatttgttgcagtttctgga 31594547  T
Q  254 tgcagaaatatatggtagtgggttgatagctgttctatggttaacaggaataaccacacccattttgaaattcctatatgacccatctaagagatatttg 353  Q
    |  ||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31594546 tcaagaaacatatggtagtgggttgatagctctggtatgggtaacaggactaatcacacccattgtgaaattcctatatgacccatctaagagatatttg 31594447  T
Q  354 tccttaaataagagaagaaccattgaacaatcaacttcagatattgagctacgtctcatggcatgtgtacacagtcaagaaaacacaccaaccattatca 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||| |||| ||||    
T  31594446 tccttaaataagagaagaaccattgaacaatcagcttcagatattgagctacgtctcatggcatgtgtacacgatcaagaaaacataccatccatgatca 31594347  T
Q  454 atcttcttgaaatgtcaaacccttctttggaaaatcctatttgtttctatgtccaacatcttattcaacttagagggagatcagcaccacttttcataga 553  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| |||||  ||||||| ||||||||    
T  31594346 atcttcttgaaatgtcaaacccttcactgcgaagtcctatttgtttctatgtcctacatcttattcaacttgcaggaagatcgacaccactcttcataga 31594247  T
Q  554 tcatcaacgaacaagcaacaagacaaaatcgtcgcactcctcttgttcaaatcacataataaatgcctttagatcatatgagcaacacaagtcaaataat 653  Q
    |||||||| || |      ||||| || ||||| ||||| |||| |||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    |||| |    
T  31594246 tcatcaaccaatatatgggaagactaagtcgtcacactcttcttattcaagacgcataataaacgcctttagatcatatgagcaacaaaaagagaatagt 31594147  T
Q  654 gtgattgtgaaacttttcacatcgatctcgccttttgagacaatgcatgatgaaatatgt 713  Q
    ||| |||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31594146 gtggttgtgaaaatcttcacgtcgatctcgccttatgagacaatgcatgatgaaatatgt 31594087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 182 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 31579097 - 31578557
Alignment:
Q  182 aatgagtgcaataatgttgatcaataatagatgcatatatgaat----atatacat-tg-tttgttgcagtttatggatgcagaaatatatggtagtggg 275  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||| |||||    ||||| || || |||||||||| |||| |||| ||||  |||||||| ||||    
T  31579097 aatgagtgcaatgatgttaatcaataatagttacatatttgaatgtgaatatatatgtgatttgttgcagcttatagatgaagaatcatatggtattggg 31578998  T
Q  276 ttgatagctgttctatggttaacaggaataaccacacccattttgaaattcctatatgacccatctaagagatatttgtccttaaataagagaagaacca 375  Q
    ||||||||| |  ||||| |||||| |   || ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||| |||||||||||    
T  31578997 ttgatagctttaatatggataacagcagccacaacacccattgtgaaattcctatatgatccatctaagaggtacttatccttaaataggagaagaacca 31578898  T
Q  376 ttgaacaatcaacttcagatattgagctacgtctcatggcatgtgtacacagtcaagaaaacacaccaaccattatcaatcttcttgaaatgtcaaaccc 475  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  31578897 ttgaacaatcaacttcagatattgaacttcgtatcttggcatgtatacacagtcaagaaaacacaccatccattatcaatcttcttgaaatgtcaagccc 31578798  T
Q  476 ttctttggaaaatcctatttgtttctatgtccaacatcttattcaacttagagggagatcagcaccacttttcatagatcatcaacgaacaagcaacaag 575  Q
    ||| ||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||  | ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  31578797 ttcattgaaaaatccaatttgtttctatgtcctacatcttattcaacttagaggacgagtaacaccagttttcatagatcatcaaccaacatgcaacaag 31578698  T
Q  576 acaaaatcgtcgcactcctc---ttgttcaaatcacataataaatgcctttagatcatatgagcaacacaagtcaaataatgtgattgtgaaacttttca 672  Q
       ||  |  |||||||  |   || |||| | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||||||| |||||||||| ||||    
T  31578697 gagaatccaccgcactcgacgagttattcacaacacataataaatgcttttagatcgtatgagcaacaaaattcgaataatgtggttgtgaaactcttca 31578598  T
Q  673 catcgatctcgccttttgagacaatgcatgatgaaatatgt 713  Q
    ||||||| || |||| |||||| ||||||||||| ||||||    
T  31578597 catcgatttctccttatgagacgatgcatgatgagatatgt 31578557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 309 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 31563610 - 31563203
Alignment:
Q  309 acacccattttgaaattcctatatgacccatctaagagatatttgtccttaaataagagaagaaccattgaacaatcaacttcagatattgagctacgtc 408  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||    
T  31563610 acacccattgtgaaattcctatatgatccatctaagaaatacttatccttaaataggagaagaaccattgaacaatcaacttcagataccgaactaagtc 31563511  T
Q  409 tcatggcatgtgtacacagtcaagaaaacacaccaaccattatcaatcttcttgaaatgtcaaacccttctttggaaaatcctatttgtttctatgtcca 508  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||     
T  31563510 tcatggcatgtatacatagtcaagaaaacacaccatccattattaatcttcttgaaatgtcaaacccttcattggagaatcctatttgtttctatgtcct 31563411  T
Q  509 acatcttattcaacttagagggagatcagcaccacttttcatagatcatcaacgaacaagcaacaagacaaaatcgtcgcactcctc---ttgttcaaat 605  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |   ||  |  |||||||  |   || |||| |     
T  31563410 acatcttattcaacttagaggaagatcaactccacttttcatagatcatcaaccaacatgcaacagggagaatccaccgcactcggcgagttattcacaa 31563311  T
Q  606 cacataataaatgcctttagatcatatgagcaacacaagtcaaataatgtgattgtgaaacttttcacatcgatctcgccttttgagacaatgcatgatg 705  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||||||||| || || || |||||| |||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||||||| |||    
T  31563310 cacataataaacgcgtttagatcgtatgagcaacaaaattcgaacaatgtggttgtgaaactcttcacatcgatttctccttatgagacaatgcataatg 31563211  T
Q  706 aaatatgt 713  Q
    | ||||||    
T  31563210 agatatgt 31563203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 13 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 31605121 - 31604991
Alignment:
Q  13 catcacacaagtactttacttgcagacttctttcaacctttatgtaagattcaatatacccttcttctaattttccattatgtatgtgattaatttgcat 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31605121 catcacacaagtactttacttgcagacttctttcaacctttatgtaagattcaatatac---tcttctaattttccattatgtatgtgattaatttgcat 31605025  T
Q  113 agagagaaaaatgaggaataaacgatgatttagt 146  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31605024 agagagaaaaatgaggaataaactatgatttagt 31604991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 13 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 31595357 - 31595226
Alignment:
Q  13 catcacacaagtactttacttgcagacttctttcaacctttatgtaagattcaatatacccttcttctaattttccattatgtatgtgat----taattt 108  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |   |||| | ||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||| |    || |||    
T  31595357 catcacacaattactttacttgcagacttctatagcccttgaagtaagattccatatacccttcttttagttttccattatgtatgtggttttatatttt 31595258  T
Q  109 gcatagagagaaaaatgaggaataaacgatga 140  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  31595257 gcatagaaagaaaaatgaggaataaaccatga 31595226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 74 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 31563897 - 31563836
Alignment:
Q  74 ttcttctaattttccattatgtatgtgattaatttgcatagagagaaaaatgaggaataaac 135  Q
    ||||||| |||||| || ||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||| |||||    
T  31563897 ttcttctcattttcaatcatgtatgtggttaaattggataaagagaaaaatgaggagtaaac 31563836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University