View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11499_high_6 (Length: 517)

Name: NF11499_high_6
Description: NF11499
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11499_high_6
NF11499_high_6
[»] scaffold0112 (1 HSPs)
scaffold0112 (18-360)||(33816-34158)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (18-497)||(8789715-8790190)
chr7 (260-504)||(44036737-44036978)
chr7 (257-368)||(40290235-40290346)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (26-369)||(26131123-26131465)
chr8 (124-490)||(41418186-41418549)
chr8 (18-504)||(43218414-43218903)
chr8 (465-504)||(26131526-26131565)
chr8 (351-494)||(13172924-13173067)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (18-503)||(20250716-20251204)
chr3 (20-279)||(7642947-7643206)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (35-311)||(15617477-15617753)
chr5 (272-504)||(16042948-16043178)
[»] scaffold0093 (2 HSPs)
scaffold0093 (21-360)||(16847-17183)
scaffold0093 (445-494)||(16716-16765)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (122-504)||(51748435-51748817)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (392-505)||(17118884-17118997)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (460-504)||(26264151-26264195)


Alignment Details
Target: scaffold0112 (Bit Score: 167; Significance: 3e-89; HSPs: 1)
Name: scaffold0112
Description:

Target: scaffold0112; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 18 - 360
Target Start/End: Original strand, 33816 - 34158
Alignment:
Q  18 accttgctcatatttgtttcgagtgtccttttactttgtaggtttggcgtaggactggtgtttggaatgcggttcatgaggcttttcttgaaaagaattc 117  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||| || ||||||||||||  || ||| ||||||||  ||||||||| |  ||||||||||||||||     
T  33816 accttgctcatatttgtttagaatgtccttttactgtgcaggtttggcgtacaaccggtctttggaatatggttcatgatgtgtttcttgaaaagaattt 33915  T
Q  118 aacaattgatgccatctttgaattgttacatcagctttcacaagaatttggccaacgatttgcagctgtcctctggagcctttgcaagcataaaaatctc 217  Q
    | ||  ||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||    
T  33916 agcagctgatgccatattcgaattgctacatcaactttcacaagaatttagtcaacgatttgcaattgtcctatggagcctttggaagcatagaaatctc 34015  T
Q  218 aagctttgggaagatgtcacagaaacatgcgctcagattgttgatcgagcttgtcaccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattctagatg 317  Q
    || |||||| ||||||||||| |||| || |||||  | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |  |    
T  34016 aacctttggcaagatgtcacataaacttgtgctcatgtagtcgatcgagcttgtcaccttatggaggattggtatgcagttaacgttactattctggcag 34115  T
Q  318 ctagtcgcaacaacacatcaacaaattcagcttgtaatgatca 360  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  34116 ctagtcgcaacaacacttcaacaaattcagtttgtaatgatca 34158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 158; Significance: 8e-84; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 497
Target Start/End: Original strand, 8789715 - 8790190
Alignment:
Q  18 accttgctcatatttgtttcgagtgtccttttactttgtaggtttggcgtaggactggtgtttggaatgcggttcatgaggcttttcttgaaaagaattc 117  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||||| || ||||||||||||  || | | |||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  8789715 accttgctcatatttgtttcaaatgtccttttactgtgcaggtttggcgtacaaccgatctttggaatacggttcatgaggtgtttcttgaaaagaattc 8789814  T
Q  118 aacaattgatgccatctttgaattgttacatcagctttcacaagaatttggccaacgatttgcagctgtcctctggagcctttgcaagcataaaaatctc 217  Q
    |||   ||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||| |||| | | ||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||||| |||||||    
T  8789815 aaccgctgatgccatattcgaattgctacatcaactttcacaaaaattagtc-aacgatttgcaactgtcctatggatcctttggaagcatagaaatctc 8789913  T
Q  218 aagctttgggaagatgtcacagaaacatgcgctcagattgttgatcgagcttgtcaccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattctagatg 317  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||| || |||||  | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  |  |    
T  8789914 aagctttggcaagatgtcacataaacttgtgctcatgtagtcgatcgagcttgtcaccttatggaggattggtatgcagctaacgctactattccggcag 8790013  T
Q  318 ctagtcgcaacaacacatcaacaaattcagcttgtaatgatcagacgacaaccacaacactgctaagccatgacgattcatgtacaactccaaattcttc 417  Q
    ||||||  |||||| | ||||||||||||| | |||| ||||||| || ||| ||||| | | |||| ||    | |||| ||| ||||| |||||||||    
T  8790014 ctagtcataacaacgcttcaacaaattcagttcgtaacgatcagatgagaacaacaacgccggtaagacacagtggttcaggtataactcgaaattcttc 8790113  T
Q  418 tactacaacaacgggaggtatagctttggtcaggtggcagcgtccataacgagaccgtctgaaatgtaatgttgatgctt 497  Q
    | ||   |||||| | | |||  ||| ||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||| |||||||    
T  8790114 tgct---acaacgagtgatatgacttcggtcaggtggcagcggccacaacaaggccgtctgaaatgtaatgtcgatgctt 8790190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 260 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 44036978 - 44036737
Alignment:
Q  260 gatcgagcttgtcaccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattctagatgctagtcgcaacaacacatcaacaaattcagcttgtaatgatc 359  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| |   |  ||||||||||||||||  ||||||||||||| |  ||||||||    
T  44036978 gatcgagcttgtcaccttatggaggattgatatgcagttaaccctactacttcggcagctagtcgcaacaacatttcaacaaattcagttcataatgatc 44036879  T
Q  360 agacgacaaccacaacactgctaagccatgacgattcatgtacaactccaaattcttctactacaacaacgggaggtatagctttggtcaggtggcagcg 459  Q
    ||| ||| || |||||   |  ||| ||    | |||| ||| ||||| |||||||||| ||   |||||| | | |||  ||| |||||||||| ||||    
T  44036878 agatgacgacaacaacgtcggaaagacaaagtggttcaggtataactcgaaattcttctgct---acaacgagtgatatgacttcggtcaggtggaagcg 44036782  T
Q  460 tccataacgagaccgtctgaaatgtaatgttgatgcttcattttc 504  Q
     ||| |||||| |||||||||||||||| | |||||||| |||||    
T  44036781 gccacaacgaggccgtctgaaatgtaatatcgatgcttcgttttc 44036737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 257 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 40290346 - 40290235
Alignment:
Q  257 gttgatcgagcttgtcaccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattctagatgctagt-cgcaacaacacatcaacaaattcagcttgtaat 355  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||||  |   ||||| | ||||||||||| ||||||||||| |||| ||    
T  40290346 gttgatcgagcttgtcaccttattgaggattgatatgcagctaatgcaactattccggcaactagtccacaacaacacataaacaaattcagtttgt-at 40290248  T
Q  356 gatcagacgacaa 368  Q
    |||||||| ||||    
T  40290247 gatcagactacaa 40290235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 138; Significance: 6e-72; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 26 - 369
Target Start/End: Original strand, 26131123 - 26131465
Alignment:
Q  26 catatttgtttcgagtgtccttttactttgtaggtttggcgtaggactggtgtttggaatgcggttcatgaggcttttcttgaaaa-gaattcaacaatt 124  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| || || |||  |||||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||||||  |||    
T  26131123 catatttgttttgagtgtccttttaatttgcaggtttggcatatgattggcctttggaatgcggttcatgaggtgtttcttaaaaaagaattcaa--att 26131220  T
Q  125 gatgccatctttgaattgttacatcagctttcacaagaatttggccaacgatttgcagctgtcctctggagcctttgcaagcataaaaatctcaagcttt 224  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  26131221 gatgccattttcgaattgttacatcagctctcgcaagaacttggtcaacgatttgcagctgtcctttggagcctttggaagcatagaaatctcaaacttt 26131320  T
Q  225 gggaagatgtcacagaaacatgcgctcagattgttgatcgagcttgtcaccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattctagatgctagtcg 324  Q
    || |||| | |||||||||||| |||||  | || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||  ||||| |||  |  ||||||||    
T  26131321 ggcaagaggccacagaaacatgtgctcatgtagtagatcgagcttgtcaccttatggaggattggcatgcagctaatcctactcttccggtagctagtcg 26131420  T
Q  325 caacaacacatcaacaaattcagcttgtaatgatcagacgacaac 369  Q
     |||||||  |||| |||||||| |  |||||||||||| |||||    
T  26131421 aaacaacatttcaataaattcagttcataatgatcagacaacaac 26131465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 124 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 41418549 - 41418186
Alignment:
Q  124 tgatgccatctttgaattgttacatcagctttcacaagaatttggccaacgatttgcagctgtcctctggagcctttgcaagcataaaaatctcaagctt 223  Q
    |||| ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||  ||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  41418549 tgataccatcttcgaattgctacatcaactttcacaagaatttagtcaataatttgcaactgtcctatggagcctttggaagcatagaaatctcaagctt 41418450  T
Q  224 tgggaagatgtcacagaaacatgcgctcagattgttgatcgagcttgtcaccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattctagatgctagtc 323  Q
    ||| |||||||||||||||| || |||||  | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||  |  ||||||     
T  41418449 tggcaagatgtcacagaaacttgtgctcatgtagtcgatcgagcttgtcaccttatggaggattggtatgcagctaacactactattccggcagctagtt 41418350  T
Q  324 gcaacaacacatcaacaaattcagcttgtaatgatcagacgacaaccacaacactgctaagccatgacgattcatgtacaactccaaattcttctactac 423  Q
    |||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||| | | |||| ||    | |||||||||||||| ||||||||||  |||    
T  41418349 gcaacaacacttcaacaaattcagttcgtaatgatcagatgacaacaacaacgccggtaagacaaagtggttcatgtacaactcgaaattcttctgatac 41418250  T
Q  424 aacaacgggaggtatagctttggtcaggtggcagcgtccataacgagaccgtctgaaatgtaatgtt 490  Q
    ||| ||    | |||  ||| ||||||||||||||| ||| ||| || ||||| |||||||||||||    
T  41418249 aacgac---tgatatgtcttcggtcaggtggcagcggccacaacaaggccgtccgaaatgtaatgtt 41418186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 18 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 43218903 - 43218414
Alignment:
Q  18 accttgctcatatttgtttcgagtgtccttttactttgtaggtttggcgtaggactggtgtttggaatgcggttcatgaggcttttcttgaaaagaattc 117  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||| || |||  ||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||    
T  43218903 accttgcacatatttgttttgagtgtccttttactgtgcaggtttggcgtaagattggcctttggaatgtggttcatgaggtgtttctcgaaaagaattc 43218804  T
Q  118 aacaattgatgccatctttgaattgttacatcagctttcacaagaatttggccaacgatttgcagctgtcctctggagcctttgcaagcataaaaatctc 217  Q
    | || |||||||||| || |||||| |||||||||| || |||||| |||| |||||||||||||||  ||| |||||||||||  |||||| |||||||    
T  43218803 agcagttgatgccattttcgaattgctacatcagctctcgcaagaacttggtcaacgatttgcagctaccctttggagcctttgggagcatagaaatctc 43218704  T
Q  218 aagctttgggaagatgtcacagaaacatgcgctcagattgttgatcgagcttgtcaccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattctagatg 317  Q
    || |||||| ||||   |||| ||||||  ||||   | || ||||| |||| |||||| || ||||||||| |||||| ||| |||||| |||| |  |    
T  43218703 aaactttggcaagagaccacataaacatatgctcttgtagtagatcgggcttttcacctcatagaggattggcatgcagctaatgctactcttctggtag 43218604  T
Q  318 ctagtcgcaacaacacatcaacaaattcagcttgtaatgatcagacgacaaccacaacactgctaagccatgacgattcatgtacaactccaa---attc 414  Q
    ||| ||| |||||||  |||| |||||| | |  ||||||||| || ||||| | ||||| | |||| || | | |||||  |||||||| ||     ||    
T  43218603 ctaatcgaaacaacatttcaataaattctgttcataatgatcatacaacaacaataacaccgataagacaaggcaattcagttacaactcgaatgtcctc 43218504  T
Q  415 ttctactacaacaacgggaggtatagctttggtcaggtggcagcgtccataacgagaccgtctgaaatgtaatgttgatgcttcattttc 504  Q
    |||| ||||||||||  | | ||| ||||  | ||||||||| |||||| | |||| || |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  43218503 ttcttctacaacaacaagtgatatggcttcagacaggtggcaacgtccacagcgagtccatctgaaatgtaatgttgatgtttcattttc 43218414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 465 - 504
Target Start/End: Original strand, 26131526 - 26131565
Alignment:
Q  465 aacgagaccgtctgaaatgtaatgttgatgcttcattttc 504  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26131526 aacgaggccgtctgaaatgtaatgttgatgcttcattttc 26131565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 351 - 494
Target Start/End: Original strand, 13172924 - 13173067
Alignment:
Q  351 gtaatgatcagacgacaaccacaacactgctaagccatgacgattcatgtacaactccaaattcttctactacaacaacgggaggtatagctttggtcag 450  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||   |||| || |  |||| | ||||||||| ||||||||||  || | ||||| | | ||| | |||||||||    
T  13172924 gtaatgattagacgacaacaacaacaccagtaagacaaggtgattaaggtacaactcaaaattcttctcttatagcaacgagtgatatggttttggtcag 13173023  T
Q  451 gtggcagcgtccataacgagaccgtctgaaatgtaatgttgatg 494  Q
    |||||| || | | |||| |  ||||||||||||||||||||||    
T  13173024 gtggcaacgccaacaacgtggtcgtctgaaatgtaatgttgatg 13173067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 131; Significance: 1e-67; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 503
Target Start/End: Original strand, 20250716 - 20251204
Alignment:
Q  18 accttgctcatatttgtttcgagtgtccttttactttgtaggtttggcgtaggactggtgtttggaatgcggttcatgaggcttttcttgaaaagaattc 117  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||| || |||  ||||||||| |||||||||||  |||||  ||||||||||    
T  20250716 accttgcacatatttgttttgagtgtccttttactgtgcaggtttggcgtaagattggcctttggaatgtggttcatgaggtgtttctcaaaaagaattc 20250815  T
Q  118 aacaattgatgccatctttgaattgttacatcagctttcacaagaatttggccaacgatttgcagctgtcctctggagcctttgcaagcataaaaatctc 217  Q
    | || |||||||||| || |||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||| |||||||    
T  20250816 agcagttgatgccattttcgaattgctacatcagctttcgcaagaacttggtcaacgatttgcagctaccctttggagcctttgaaagcatagaaatctc 20250915  T
Q  218 aagctttgggaagatgtcacagaaacatgcgctcagattgttgatcgagcttgtcaccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattctagatg 317  Q
    || |||||| |||| | |||| ||||||| ||||  || || ||| | |||| |||||| || ||||||||| |||||| ||| |||||| |||  |  |    
T  20250916 aaactttggcaagagggcacaaaaacatgtgctcttatagtagattgggcttttcacctcatggaggattggcatgcagctaatgctactcttccggtag 20251015  T
Q  318 ctagtcgcaacaacacatcaacaaattcagcttgtaatgatcagacgacaaccacaacactgctaagccatgacgattcatgtacaactccaaat---tc 414  Q
    ||||||| |||||||  |||| |||||  | | ||||||||||||| ||||| | | ||| | |||| || | | ||| |  |||||||| || |   ||    
T  20251016 ctagtcgaaacaacatttcaataaattatgttcgtaatgatcagacaacaacaatagcaccgataagacaaggcaatttaattacaactcgaatttcctc 20251115  T
Q  415 ttctactacaacaacgggaggtatagctttggtcaggtggcagcgtccataacgagaccgtctgaaatgtaatgttgatgcttcatttt 503  Q
    |||| |||||||||   | | ||| ||||  | ||||||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20251116 ttcttctacaacaaaaagtgatatggcttcagacaggtggcaacgtccacaacgtggccgtctgaaatgtaatgttgatgcttcatttt 20251204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 20 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 7643206 - 7642947
Alignment:
Q  20 cttgctcatatttgtttcgagtgtccttttactttgtaggtttggcgtaggactggtgtttggaatgcggttcatgaggcttttcttgaaaagaattcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||| || || |||| ||||||||| |||||||||||| ||| ||||||| ||||||     
T  7643206 cttgctcatatttgtttcgagtgtcattttactatgaaggtttggcatatgattggtctttggaatgtggttcatgaggcattttttgaaaataattcag 7643107  T
Q  120 caattgatgccatctttgaattgttacatcagctttcacaagaatttggccaacgatttgcagctgtcctctggagcctttgcaagcataaaaatctcaa 219  Q
    || |||||||||| ||  ||| ||| |||||||| || | ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| ||||    
T  7643106 cagttgatgccattttcaaatcgttgcatcagctctcgcgagaatttggtcaatgatttgcagctgtcctctcgagcctttggaagcatagaaatttcaa 7643007  T
Q  220 gctttgggaagatgtcacagaaacatgcgctcagattgttgatcgagcttgtcaccttat 279  Q
    | ||||  | |||||||||||||||||  ||||  | || |||||||||||| |||||||    
T  7643006 gttttgacaggatgtcacagaaacatgtactcatgtagtagatcgagcttgtaaccttat 7642947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 35 - 311
Target Start/End: Original strand, 15617477 - 15617753
Alignment:
Q  35 ttcgagtgtccttttactttgtaggtttggcgtaggactggtgtttggaatgcggttcatgaggcttttcttgaaaagaattcaacaattgatgccatct 134  Q
    |||||||||||||| ||| || |||||||||||||| || || ||||||||| |||| | || || ||||| ||||||||||||  | ||||||||||||    
T  15617477 ttcgagtgtcctttaactatgcaggtttggcgtagggctcgtctttggaatgtggttaacgaagcgtttctcgaaaagaattcagtagttgatgccatct 15617576  T
Q  135 ttgaattgttacatcagctttcacaagaatttggccaacgatttgcagctgtcctctggagcctttgcaagcataaaaatctcaagctttgggaagatgt 234  Q
    ||||||||| |||| |||| || |||||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||   ||||||| |||||| || |||||| |||||||    
T  15617577 ttgaattgtcacataagctctcgcaagaatttgaccaacgagttgcagctatcctctagagccttcagaagcatagaaatcttaaactttggcaagatgt 15617676  T
Q  235 cacagaaacatgcgctcagattgttgatcgagcttgtcaccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattc 311  Q
    |||| ||||||| |||||||| || || ||||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||| ||||||||||    
T  15617677 cacataaacatgtgctcagatagtagaccgagcttgtcaccatatggaggattggtatgtagctaatgctactattc 15617753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 272 - 504
Target Start/End: Original strand, 16042948 - 16043178
Alignment:
Q  272 caccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattctagatgctagtcgcaacaacacatcaacaaattcagcttgtaatgatcagacgacaacca 371  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||  ||||||||||||| | ||| ||    || || |  ||||||||| |||| ||| |    
T  16042948 caccttattgaggattggtatgcaactaacgttactattccagtagctagtcgcaaca-cgcataaaattttttagttcataatgatcaaacga-aacga 16043045  T
Q  372 caacactgctaagccatgacgattcatgtacaactccaaattcttctactacaacaacgggaggtatagctttggtcaggtggcagcgtccataacgaga 471  Q
    |||||||| || | || ||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||| || |||     
T  16043046 caacactggtaggacaagacgattcaggtacaactccagatccttctactacaacaacgaatgatatagctttggtcaggtggcagcgtccacaatgagt 16043145  T
Q  472 ccgtctgaaatgtaatgttgatgcttcattttc 504  Q
     |||||||||| |||||| ||| ||||||||||    
T  16043146 tcgtctgaaatataatgtcgatacttcattttc 16043178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0093 (Bit Score: 106; Significance: 8e-53; HSPs: 2)
Name: scaffold0093
Description:

Target: scaffold0093; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 21 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 17183 - 16847
Alignment:
Q  21 ttgctcatatttgtttcgagtgtccttttactttgtaggtttggcgtaggactggtgtttggaatgcggttcatgaggcttttcttgaaaagaattcaac 120  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||| || |||||||| |||  ||  || ||||||||  |||||||||||  |||||||||||||| | | |    
T  17183 ttgctcatatttgtttagaatgtccttttactgtgcaggtttggtgtacaaccagtatttggaatatggttcatgaggtgtttcttgaaaagaaattagc 17084  T
Q  121 aattgatgccatctttgaattgttacatcagctttcacaagaatttggccaacgatttgcagctgtcctctggagcctttgcaagcataaaaatctcaag 220  Q
    |  ||||||||| ||  ||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||||  |||||| |  |||||||| ||||||| ||||||||||    
T  17083 agctgatgccatattcaaattgctacatcaactttcacaagaatttagtcaacaatttgcaattgtcctatttagcctttggaagcatagaaatctcaag 16984  T
Q  221 ctttgggaagatgtcacagaaacatgcgctcagattgttgatcgagcttgtcaccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattctagatgcta 320  Q
    |||||| || |  ||||| |||| || |||||  |||| ||||||||||||||||     |||||||||||||||| ||||| ||||||||  |  ||||    
T  16983 ctttggcaaaacatcacataaacttgtgctcatgttgtcgatcgagcttgtcacc---aggaggattggtatgcagctaacgttactattccggcagcta 16887  T
Q  321 gtcgcaacaacacatcaacaaattcagcttgtaatgatca 360  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||    
T  16886 gtcgcaacaacacttcaacaaattcagttcgtaatgatca 16847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0093; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 445 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 16765 - 16716
Alignment:
Q  445 ggtcaggtggcagcgtccataacgagaccgtctgaaatgtaatgttgatg 494  Q
    ||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  16765 ggtcaggtggcagcggccacaacaaggccgtctgaaatgtaatgtcgatg 16716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 79; Significance: 1e-36; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 122 - 504
Target Start/End: Original strand, 51748435 - 51748817
Alignment:
Q  122 attgatgccatctttgaattgttacatcagctttcacaagaatttggccaacgatttgcagctgtcctctggagcctttgcaagcataaaaatctcaagc 221  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||  ||||  ||||  |||  |||| |||||||  |||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||| |    
T  51748435 attgatgccattttcgaattgttacatcaattttcgtaagatcttgatcaacaatttgcatatgtcctttggagcctttcgaagcatagaaatctcaaac 51748534  T
Q  222 tttgggaagatgtcacagaaacatgcgctcagattgttgatcgagcttgtcaccttattgaggattggtatgcagttaacgctactattctagatgctag 321  Q
     | || |||||| |||| ||||||  | |||  | || ||||||| |||||||||||| ||||||||  |||||| |||||||||| ||   |  || ||    
T  51748535 ctaggcaagatgccacaaaaacatatgttcatgtagtagatcgagtttgtcaccttatggaggattgacatgcagctaacgctactctttcggtagccag 51748634  T
Q  322 tcgcaacaacacatcaacaaattcagcttgtaatgatcagacgacaaccacaacactgctaagccatgacgattcatgtacaactccaaattcttctact 421  Q
    ||| |||||||  |||| |||||||| | ||||||||| | ||||||| | || |  | |||| || ||| ||| |  |||||||| || ||||||| ||    
T  51748635 tcgaaacaacatttcaataaattcagttcgtaatgatcggtcgacaacaataatatcgataagacaagacaatttagttacaactcgaatttcttcttct 51748734  T
Q  422 acaacaacgggaggtatagctttggtcaggtggcagcgtccataacgagaccgtctgaaatgtaatgttgatgcttcattttc 504  Q
    ||||||||| | | ||| ||||  | |||||||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  51748735 acaacaacgagtgatatggcttcagacaggtggcagcgtccacaacgaggctgtatgaaatgtaatgttgatgcttcattttc 51748817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 392 - 505
Target Start/End: Original strand, 17118884 - 17118997
Alignment:
Q  392 gattcatgtacaactccaaattcttctactacaacaacgggaggtatagctttggtcaggtggcagcgtccataacgagaccgtctgaaatgtaatgttg 491  Q
    |||||| ||||||||| |||||||| | |||||  |||  | | ||| | || ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||| |    
T  17118884 gattcaggtacaactcaaaattcttttcctacagtaacaagtgatattgtttcggtcaggtggcagcgtccacaatgaggccgtctgaaatgtaatgtcg 17118983  T
Q  492 atgcttcattttca 505  Q
    ||||||| ||||||    
T  17118984 atgcttcgttttca 17118997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 460 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 26264195 - 26264151
Alignment:
Q  460 tccataacgagaccgtctgaaatgtaatgttgatgcttcattttc 504  Q
    |||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26264195 tccacaacgaggtcgtctgaaatgtaatgttgatgcttcattttc 26264151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University