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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF11509_high_2 (Length: 576)
Name: NF11509_high_2
Description: NF11509
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11509_high_2 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 497; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 497; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 37517074 - 37516538
Alignment:
| Q |
1 |
aagttctaaaatatatactaaatgtgaaagtatttcttcctctagtggtgtgctagatatatagaaccagtcacatgtcttcagcatggcttaagctttt |
100 |
Q |
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||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
37517074 |
aagttctaaaatata--ctaaatgtgaaagtatttcttcctctagtggtgtgctagatatatagaaccattcacatgtcttcagcatggcttaagctttt |
37516977 |
T |
|
| Q |
101 |
ggaaggaattggttcatgacatggtatgaccacttcaactatgcttgatatggtttaaacctatgattactttcaaagatatattattattaacaaaatg |
200 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
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| T |
37516976 |
ggaaggaattggttcatgacatggtatgaccacttcaactatgcttgatatggtttaaacctatgattactttcaaagatatatcattattaacaaaatg |
37516877 |
T |
|
| Q |
201 |
ctgattatagttgataactgatacatttccagtatgcactgggagtaatatatgtttgtctatttagcaagcagtcttaattgaacctcttgataggcta |
300 |
Q |
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| T |
37516876 |
ctgattatagttgataactgatacatttccagtatgcactgggagtaatatatgtttgtctatttagcaagcagtcttaattgaacctcttgataggcta |
37516777 |
T |
|
| Q |
301 |
gagtttgtatcaattcttcaaagcagtgttatgaga--ctatcagtttgaaacttagttgcatgctgcgttcattcttcaagctctcttgtttgttaccc |
398 |
Q |
| |
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| T |
37516776 |
gagtttgtatcaattcttcaaagcagtgttatgagactctatcagtttgaaacttagttgcatgctgcgttcattcttcaagctctcttgtttgttaccc |
37516677 |
T |
|
| Q |
399 |
aagtctagcagtctagattattttcataatctgctgttagtacaatagttttactctcatttgctcagatgtaaattgtaatagccatgctaagctagac |
498 |
Q |
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| T |
37516676 |
aagtctagcagtctagattattttcataatctgctgttagtacaataattttactctcatttgctcagatgtaaattgtaatagccatgctaagctagac |
37516577 |
T |
|
| Q |
499 |
gatatactttttctattaaatttctctcgttataatgaa |
537 |
Q |
| |
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||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |
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| T |
37516576 |
gatatacttgttctattaaatttctcttgttataatgaa |
37516538 |
T |
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Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 14843234 - 14842726
Alignment:
| Q |
13 |
atatactaaatgtgaaagtatttcttcctctagtggtgtgctagatatatagaaccagtcacatgtcttcagcatggcttaagcttttggaaggaattgg |
112 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
14843234 |
atatactaaatgtgaaagtatttcttcctctagtggtgtgctagatatatagaaccattcacatgtcttcagcatggcttaagcttttggaaggaattgg |
14843135 |
T |
|
| Q |
113 |
ttcatgacatggtatgaccacttcaactatgcttgatatggtttaaacctatgattactttcaaagatatattattattaacaaaatgctgattatagtt |
212 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
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|
| T |
14843134 |
ttcatgacatggtatgaccacttcaactatgcttgatatggtttaaacctatgattactttcaaaga------------------atgctgattatagtt |
14843053 |
T |
|
| Q |
213 |
gataactgatacatttccagtatgcactgggagtaatatatgtttgtctatttagcaagcagtcttaattgaacctcttgataggctagagtttgtatca |
312 |
Q |
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| T |
14843052 |
gataactgatacatttccagtatgcactgggagtaatatatgtttgtctatttagcaagcagtcttaattgaacctcttgataggctagagtttgtatca |
14842953 |
T |
|
| Q |
313 |
attcttcaaagcagtgttatgagact--atcagtttgaaacttagttgcatgctgcgttcattcttcaagctctcttgtttgttacccaagtctagcagt |
410 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
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| T |
14842952 |
attcttcaaagcagtgttatgagactctatcagtttgaaacttagttgcatgctgcgttcattcttcaagctctcttgtttgttacccaagtttagcagt |
14842853 |
T |
|
| Q |
411 |
ctagattattttcataatctgctgttagtacaatagttttactctcatttgctcagatgtaaattgtaatagccatgctaagctagacgatatacttttt |
510 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
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| T |
14842852 |
ctagattattttcataatctgctgttagtacaataattttactctcatttgctcagatgtaaattgtaatagccatgctaagctagacgatatacttgtt |
14842753 |
T |
|
| Q |
511 |
ctattaaatttctctcgttataatgaa |
537 |
Q |
| |
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||||||||||||||| ||||||||||| |
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| T |
14842752 |
ctattaaatttctcttgttataatgaa |
14842726 |
T |
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