View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1150_low_3 (Length: 867)

Name: NF1150_low_3
Description: NF1150
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1150_low_3
NF1150_low_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-867)||(46942025-46942883)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 799; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 799; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 867
Target Start/End: Original strand, 46942025 - 46942883
Alignment:
Q  9 agcataggatggacttctgcttccatacatgtggggtggggaaggatacggtggaagagcagctgggtattgcccgtgtgatggagatctaacaaatgta 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46942025 agcataggatggacttctgcttccatacatgtggggtggggaaggatacagtggaagagcagctgggtattgcccgtgtgatggagatctaacaaatgta 46942124  T
Q  109 ggagcggcagggaaagatgatacatatgcattagtcaaacgtccagctttagcaggtggcattggacctccattgctgttgcttgctcgtgttcttttat 208  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46942125 gaagcggcagggaaagatgatacatatgcattggtcaaacgtccagctttagcaggtggcattggacctccattgctgttgcttgctcgtgttcttttat 46942224  T
Q  209 tggcagggacaacaatctgtttccttttctcaggcttaaccttctccagctgttcaagtcgcttcttcagactctcggcagggaattcagcctcaaggtt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46942225 tggcagggacaacaatctgtttccttttctcaggcttaaccttctccagctgttcaagtcgcttcttcagactctcggcagggaattcagcctcaaggtt 46942324  T
Q  309 gtattcttctatgcatttaatcacggccttgagtgcagactgctcctttcttgcagctagatactgtgaaattacattcagcatnnnnnnnntcagttaa 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||    
T  46942325 gtattcttctatgcatttaatcacggccttgagtgcagactgctcctttcttgcagctagatactgtgaaattacattcagcataaaaaaaatcagttaa 46942424  T
Q  409 aatagtaaaccccatttgtaacaagtcaagaaaatataacagagcattgttaccattcccgacttttttcttccaactaatcaaaacaagcaacataaat 508  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46942425 aatagtaaaccccatttgtaataagtcaagaaaatataacagagcattgttaccattgccgacttttttcttccaactaatcaaaacaagcaacataaat 46942524  T
Q  509 agatgagataaaccagaaaccaaatcagtatttacaaactaacaacacattgtaaatgtagcctaaaggataattttaacactctattccctcatctcta 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  46942525 agatgagataaaccagaaaccaaatcagtatttacaaactaacaacacattgtaaatgtagcctaaaggataattttaacactctattcccttatctcta 46942624  T
Q  609 acaagtctcaagtgtaaccttcctaagctgcatactctatacaagtaaaccaaagatataaaatttctggactctatcatacacacattcactaaacaac 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  46942625 acaagtctcaagtgtaaccttcctaagctgcatactctatacaagtaaaccaaagatataaaatttctggactctatcatacacacattcactagacaac 46942724  T
Q  709 agaacacacgatcctattttaaattcaagggtaccaataccatgcagccgaaatatgaaatcggcagtgaaatgaaagctatgttactcattcattgacc 808  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46942725 agaacacacgatcctatttcaaattcaagggtaccaataccatgcagccgaaatatgaaatcggcagtgaaatgaaagctatgttactcattcattgacc 46942824  T
Q  809 accataaaggagagcttcatttagcatccacaacatttaacatatttgatcaattatag 867  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46942825 accataaaggagagcttaatttagcatccacaacatttaacatatttgatcaattatag 46942883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University