View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11512_low_1 (Length: 736)

Name: NF11512_low_1
Description: NF11512
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11512_low_1
NF11512_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (14-719)||(43377132-43377837)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (40-707)||(34428133-34428800)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 682; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 682; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 719
Target Start/End: Complemental strand, 43377837 - 43377132
Alignment:
Q  14 cagagaaacaaaccttcacacaatcatatctatgtatcaaatttatcacttcatcataattccacaacaatgcttccttagatgatgcaccaggatatag 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43377837 cagagaaacaaaccttcacacaatcatatctatgtatcaaatttatcacttcatcataattccacaacaatgcttccttagatgatgcaccaggatatag 43377738  T
Q  114 agacaaatgacaacaaaccacaactttttgtttcaattttgttgcttcttgaagaatattattcaaccattccatttgtttctttccaatacctccattg 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43377737 agacaaatgacaacaaaccacaactttttgtttcaattttgttgcttcttgaagaatattattcaaccattctatttgtttctttccaatacctccattg 43377638  T
Q  214 aacatgagaaaccttctttcaagtccaaccaaacctgttggactattcttatcttcatttggattcttctctttgagaaatttcattgcctctgatgttt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43377637 aacatgagaaaccttctttcaagtccaactaaacctgttggactattcttatcttcatttggattcttctctttgagaaatttcattgcctccgatgttt 43377538  T
Q  314 tatgatgatcttttggccaaccaattgcacttatatcatatccatcaagaactacaaatctatattccgggacgggagaaaattcgtagtaagcataacc 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43377537 tatgatgatcttttggccaaccaattgcacttatatcatatccatcaagaactacaaatctatattccgggacgggagaaaattcgtagtaagcataacc 43377438  T
Q  414 ttcaaggttatgaatcttcaacaacggaagtaacttttcgcgaggtagattgtatagacagtgatttccaattaaatgatatacttgtccatcgaatttg 513  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43377437 ttcaaggctatgaatcttcaacaacggaagtaacttttcgcgaggtagattgtatagacagtgatttccaattaaatgatatacttgtccatcgaatttg 43377338  T
Q  514 tcgaattcatcaacaatcttttttacagtgttaaaagattggtcttttggacaaaacccatcaacaatatctcctaaatttatcacaaatttgtgttttt 613  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43377337 tcaaattcatcgacaatcttttttacagtgttaaaagattggtcttttggacaaaacccatcaacaatatctcctaaatttatcacaaatttgtgttttt 43377238  T
Q  614 gatgattgttccaattttgaactgctctttgtaacacatcaatgctatgcctatagtaacgaggaacaccaaggaatgaacgtccatcaggaatatcact 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43377237 gatgattgttccaattttgaactgctctttgtaacacatcaatgctatgcctatagtaacgaggaacaccaaggaatgaacgtccatcaggaatatcact 43377138  T
Q  714 atattg 719  Q
    ||||||    
T  43377137 atattg 43377132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 132; Significance: 4e-68; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 40 - 707
Target Start/End: Complemental strand, 34428800 - 34428133
Alignment:
Q  40 tatctatgtatcaaatttatcacttcatcataattccacaacaatgcttccttagatgatgcaccaggatatagagacaaatgacaacaaaccacaactt 139  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||  |  || ||||  |||| ||||| ||||| ||||| || ||| ||    || || ||||    
T  34428800 tatctgtgtatcaaattcatcacttcatcacaattccacagtagcgcctcctcggatgttgcacaaggatctagaggcagatggcatgtgacaaccactt 34428701  T
Q  140 tttgtttcaattttgttgcttcttgaagaatattattcaaccattccatttgtttctttccaatacctccattgaacatgagaaaccttctttcaagtcc 239  Q
    | ||||||||||| ||||| || || ||||||  || |||||||||||| |||| |||||||| |||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||    
T  34428700 tctgtttcaatttggttgcatcctggagaataccatccaaccattccatctgttcctttccaacacctccgttaaacataagaaaccttctttcaagccc 34428601  T
Q  240 aaccaaacctgttggactattcttatcttcatttggattcttctctttgagaaatttcattgcctctgatgttttatgatgatcttttggccaaccaatt 339  Q
        |||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || |||||||  |||||  |||||||  ||||||| |  |||||||||||     
T  34428600 ctttaaattatttggactattcttatcttcatttggattcttctccctaagcaatttcaaggcctccaatgtttttggatgatcctgaggccaaccaatg 34428501  T
Q  340 gcacttatatcatatccatcaagaactacaaatctatattccgggacgggagaaaattcgtagtaagcataaccttcaaggttatgaatcttcaacaacg 439  Q
    ||||| || ||||| | ||| |||||||||||||||||||| || || || || || || ||||||||| |||| |||||| |  | ||||| || || |    
T  34428500 gcactgatgtcatagctatccagaactacaaatctatattctggcactggtgagaagtcatagtaagcacaaccatcaagggttgggatctttaataatg 34428401  T
Q  440 gaagtaacttttcgcgaggtagattgtatagacagtgatttccaattaaatgatatacttgtccatcgaatttgtcgaattcatcaacaatcttttttac 539  Q
    |||||||  |    ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| | || ||| ||  ||||   |||  | || |||||||| ||||  || |||||    
T  34428400 gaagtaatgtgcttcgaggaagattgtaaagacagtgattgccaatcatattatacacaggtcccctgaacatttcaaattcatccacaactttctttac 34428301  T
Q  540 agtgttaaaagattggtcttttggacaaaacccatcaacaatatctcctaaatttatcacaaatttgtgtttttgatgattgttccaattttgaactgct 639  Q
    ||  |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || || ||||||   ||||| | ||  ||||||    
T  34428300 agcattaatagattgatctttgggacaaaacccatcaacaatatctcctaaattaatcacaaacttatgcttctgatgagaattccattctttcactgct 34428201  T
Q  640 ctttgtaacacatcaatgctatgcctatagtaacgaggaacaccaaggaatgaacgtccatcaggaat 707  Q
    || || | ||||  ||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  34428200 ctctgcagcacaagaatactatgcctataataccgcggaacaccaaggaatgagcggccatcaggaat 34428133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University