View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11515_low_3 (Length: 593)

Name: NF11515_low_3
Description: NF11515
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11515_low_3
NF11515_low_3
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (2-571)||(30241259-30241831)
chr5 (1-509)||(30436468-30436976)
chr5 (17-562)||(29853982-29854530)
chr5 (1-556)||(30337418-30337976)
chr5 (17-544)||(30207193-30207723)
chr5 (1-556)||(30676181-30676739)
chr5 (2-509)||(30484057-30484564)
chr5 (1-460)||(30712420-30712879)
chr5 (17-556)||(30400745-30401287)
chr5 (17-562)||(29872845-29873393)
chr5 (18-556)||(30061044-30061585)
chr5 (8-556)||(30750308-30750859)
chr5 (17-556)||(30476046-30476588)
chr5 (17-508)||(17417537-17418028)
chr5 (35-537)||(30520537-30521042)
chr5 (35-537)||(30560877-30561382)
chr5 (17-460)||(17983569-17984012)
chr5 (268-471)||(30330190-30330393)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (17-556)||(26708003-26708545)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-568)||(25292828-25293379)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (17-509)||(20295525-20296017)
chr4 (8-571)||(52352621-52353186)
chr4 (384-508)||(13617637-13617761)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (17-549)||(7100092-7100627)
chr1 (17-549)||(7580619-7581154)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 447; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 30241831 - 30241259
Alignment:
Q  2 aaacggtgagtttcccatgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatt 101  Q
    |||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  30241831 aaacggtgagtttcccttgtttttgtgattgttgcaacaacctcatcacgagtggatactaaaatggaactacctttggatccacatgacaacacagatt 30241732  T
Q  102 tcaaattatcccatttatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaa 201  Q
    ||||  | | |||||| ||| |||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30241731 tcaatgtgttccatttctctcgtgttaaccctgattccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaactagcaaatatattttaccttgtaacaa 30241632  T
Q  202 ttcctgcacctttttctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaa 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30241631 ttcctgcacctttttctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaa 30241532  T
Q  302 ttctcagaaacagaaacccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatcgattgaagaagagttgtttttccaagaccaccta 401  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30241531 ttctcagaaacacaaacccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagaccgattgaagaagagtggtttttccaagaccaccta 30241432  T
Q  402 acccaaaaacgggatagatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaacctgataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacacttt 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30241431 acccaaaaacgggatagatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaactggataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacacttt 30241332  T
Q  502 tggttc---aatcatagagctggtttgacgccattcagctacttcatttgggctttcctgaacagttccagta 571  Q
    ||||||   ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30241331 tggttcagtaataatagcgctggtttgacgccattcagctacgtcatttgggctttcccgaacagttccagta 30241259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 509
Target Start/End: Original strand, 30436468 - 30436976
Alignment:
Q  1 caaacggtgagtttcccatgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30436468 caaacggtgagtttcccatgttcccatgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagat 30436567  T
Q  101 ttcaaattatcccatttatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaaca 200  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  30436568 ttcaaatgatcccatctatcttgtgttaacccaaattccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttcccttgcaaca 30436667  T
Q  201 attcctgcacctttttctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaa 300  Q
    || | ||||||||| | |   |||||| |||||||||| || || |||||| |  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| ||||| |||||    
T  30436668 atccttgcacctttctttccattacatctaaatcaaagtcagcacacttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatccttttgaccgagaa 30436767  T
Q  301 attctcagaaacagaaacccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatcgattgaagaagagttgtttttccaagaccacct 400  Q
    | ||||||||||| ||||||||| |||  ||| |||||||| ||||||  ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  30436768 agtctcagaaacacaaacccaaatttttttatcaaaattgcgactcaccctaacatcattgtagatcaattgaacaagagttgtttttccaataccacct 30436867  T
Q  401 aacccaaaaacgggatagatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaacctgataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacactt 500  Q
    || |||| |||||||||||  ||||  ||||| |||||||| ||  |||| |||||||||  || |||||| | |||||| || |||| ||| |||||||    
T  30436868 aaaccaacaacgggatagacagaaataaagtcagagtccttcgcaagggtaagaagaaactggacaatcttttctttatcatcgtctcttcctaacactt 30436967  T
Q  501 ttggttcaa 509  Q
    ||| |||||    
T  30436968 ttgtttcaa 30436976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 17 - 562
Target Start/End: Original strand, 29853982 - 29854530
Alignment:
Q  17 catgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatt 116  Q
    ||||||||| ||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || |||||    
T  29853982 catgttcccatgattgttgcaacaaatttatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaacacagacttcaaatgattccatt 29854081  T
Q  117 tatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcaccttttt 216  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || |    
T  29854082 tatcttgtgttaacccatattccaattgttgattttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgcaacaattcttgcacccttct 29854181  T
Q  217 ctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaa 316  Q
     |    ||||| |||||||||| || || |||||| |  ||||||| ||| || ||| ||||||||||| || ||||| |||||| | ||||||||  ||    
T  29854182 ttccaatacatctaaatcaaagtcagcagacttctctcttgtgatagattctacaatagaacacaaaattctcttgactgagaaagtttcagaaacgcaa 29854281  T
Q  317 acccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatcgattgaagaagagttgtttttccaagaccacctaacccaaaaacgggat 416  Q
    ||||||| |||  ||| |||||||| ||||||  ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||    
T  29854282 acccaaatttttttatcaaaattgccactcaccctaacatcattgtagaccaattgaagaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaaaaatgggat 29854381  T
Q  417 agatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaacctgataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacacttttggtt---caatcat 513  Q
    ||| |||||||||||| |||||| | | ||||||||||||||||   | |||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||   |||| ||    
T  29854382 agacggaaaggaagtctgagtccctcgtttgggtgagaagaaactcaacaatcttttctttatcatcttctcgtccaaacacttttggttcagcaataat 29854481  T
Q  514 agagctggtttgacgccattcagctacttcatttgggctttcctgaaca 562  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  29854482 ggagctggtttgacgccattcagctacttcatttgagctttccttaaca 29854530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 1 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 30337976 - 30337418
Alignment:
Q  1 caaacggtgagtttcccatgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagat 100  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30337976 caaacggtgactttcccatgtccccatgattgatgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagat 30337877  T
Q  101 ttcaaattatcccatttatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaaca 200  Q
    ||||||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  30337876 ttcaaacgattccatctatcttgtgttaacccagattccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttcccttgcaaca 30337777  T
Q  201 attcctgcacctttttctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaa 300  Q
    || | |||||||||   |   |||||    |||||||| ||  | |||||| |  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| || || |||||    
T  30337776 atccttgcacctttccttccattacagcataatcaaagtcaggacacttctctaatgtgatagattctataatagaacacaaaatcctctttaccgagaa 30337677  T
Q  301 attctcagaaacagaaacccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatcgattgaagaagagttgtttttccaagaccacct 400  Q
    | ||||||||||| ||||||||| |||  | | |||||||| ||||||  ||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  30337676 agtctcagaaacacaaacccaaatttttttttcaaaattgccactcaccctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacct 30337577  T
Q  401 aacccaaaaacgggatagatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaacctgataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacactt 500  Q
    || ||||  | |||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||   | |||||| | ||||||  ||||||||||||||||||    
T  30337576 aaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgagaagaaactcaacaatcttttctttatcaacttctcgtccaaacactt 30337477  T
Q  501 ttggtt---caatcatagagctggtttgacgccattcagctacttcatttgggctttcc 556  Q
    ||||||   |||| || |||| |||||| |||| ||||||||||| || |||| |||||    
T  30337476 ttggttcagcaataatggagccggtttggcgcccttcagctacttgatctgggatttcc 30337418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 17 - 544
Target Start/End: Original strand, 30207193 - 30207723
Alignment:
Q  17 catgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatt 116  Q
    ||||||||| |||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||   ||| |||||    
T  30207193 catgttcccatgatcgtcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacacgataacactgatttcagtatattccatt 30207292  T
Q  117 tatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcaccttttt 216  Q
    | |||||  |||| ||  ||||||||||   | |||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |    
T  30207293 tctcttggcttaatccgaattccaattgctgatttttgttccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttaccttgcagcaattcctgcacctttct 30207392  T
Q  217 ctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaa 316  Q
     ||| |||||| |||||  ||||| |||||||||| |  ||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||| |||||| ||    
T  30207393 ttgtattacatctaaattgaagccgtcatacttctctcttgtgatagattctataatggagcacaaaatcctcttgaccgagaaagtctcggaaacacaa 30207492  T
Q  317 acccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatcgattgaagaagagttgtttttccaagaccacctaacccaaaaacgggat 416  Q
    ||||| | ||| ||||||||||||||||||||  || |||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||    
T  30207493 acccatatttttgtattaaaattgctactcaccctagcatcattgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaatgggat 30207592  T
Q  417 agatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaacctgataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacacttttggtt---caatcat 513  Q
    ||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||||   |||| ||    
T  30207593 agacggaaaggaagtcggagtccctcgcttgggtgagaagaaactcgataatcttctctttatcatcttctcgcccaaatacttttggttcagcaataat 30207692  T
Q  514 agagctggtttgacgccattcagctacttca 544  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  30207693 agagctagtttgacgccattctgctacttca 30207723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 30676739 - 30676181
Alignment:
Q  1 caaacggtgagtttcccatgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagat 100  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30676739 caaacggtgactttcccatgtccccatgattgatgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttagatccacacgacaaaacagat 30676640  T
Q  101 ttcaaattatcccatttatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaaca 200  Q
    ||||||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||    
T  30676639 ttcaaacgattccatctatcttgtgttaacccagattccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatcttttcccttgcaaca 30676540  T
Q  201 attcctgcacctttttctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaa 300  Q
    || | |||||||||   |   |||||    | |||||| ||  | |||||| |  ||||||| |||  | ||| |||||||||||||| ||||| |||||    
T  30676539 atccttgcacctttccttccattacagcatactcaaagtcaggacacttctctaatgtgatagattcgaaaatagaacacaaaatcctcttgaccgagaa 30676440  T
Q  301 attctcagaaacagaaacccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatcgattgaagaagagttgtttttccaagaccacct 400  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||| || ||||||  ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  30676439 agtctcagaaacacaaacccaaacttttttatcaaaatggccactcaccctaacatcattgaagatcaattgaacaagagttgtttttccaataccacct 30676340  T
Q  401 aacccaaaaacgggatagatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaacctgataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacactt 500  Q
    || ||||||| ||||||||  |||| |||||| |||||||| || |||||||||||||||  || |||||| | || |||  ||||||||||||||||||    
T  30676339 aaaccaaaaatgggatagacagaaatgaagtcagagtccttcgcatgggtgagaagaaactcgacaatcttttcttgatcaacttctcgtccaaacactt 30676240  T
Q  501 ttggtt---caatcatagagctggtttgacgccattcagctacttcatttgggctttcc 556  Q
    ||| ||   |||| || |||| |||||| |||| ||||||||||| || |||| |||||    
T  30676239 ttgattcagcaataattgagccggtttggcgcccttcagctacttgatctgggatttcc 30676181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 2 - 509
Target Start/End: Original strand, 30484057 - 30484564
Alignment:
Q  2 aaacggtgagtttcccatgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatt 101  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30484057 aaacggtgactttcccatgtccccatgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatt 30484156  T
Q  102 tcaaattatcccatttatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaa 201  Q
    |||||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| |||||    
T  30484157 tcaaacgattccatctatcttgtgttaacccagattccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttccgttgcaacaa 30484256  T
Q  202 ttcctgcacctttttctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaa 301  Q
    | | ||||||||| | |     |||| ||| |||||| ||| | |||||| |  ||| ||| ||| ||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  30484257 tccttgcacctttctttccaagacatctaactcaaagtcatgacacttctctaatgtaatagattctataatacaacacaaaatcctcttgaccgagaaa 30484356  T
Q  302 ttctcagaaacagaaacccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatcgattgaagaagagttgtttttccaagaccaccta 401  Q
     ||||||||||| ||||||||| |||  ||| |||||||| ||||||  ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  30484357 gtctcagaaacacaaacccaaatttttttatcaaaattgcgactcaccctaacatcattgtagatcaattgaacaagagttgtttttccaataccaccta 30484456  T
Q  402 acccaaaaacgggatagatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaacctgataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacacttt 501  Q
    | |||| || ||||||||  |||| |||||  |||||||| || | |||||||||||||  || |||||| | |||||| || |||| ||| ||  ||||    
T  30484457 aaccaacaatgggatagacagaaatgaagttagagtccttcgcataggtgagaagaaactcgacaatcttttctttatcatcgtctcttcctaatgcttt 30484556  T
Q  502 tggttcaa 509  Q
    || |||||    
T  30484557 tgattcaa 30484564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 30712879 - 30712420
Alignment:
Q  1 caaacggtgagtttcccatgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30712879 caaacggtgagtttcccatgttcccatgatagttgcaacaacctcatcacgggtggacaataaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagat 30712780  T
Q  101 ttcaaattatcccatttatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaaca 200  Q
    || |||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  30712779 tttaaacgatcccatctatcttgtgttaacccagattccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttcccttgcaaca 30712680  T
Q  201 attcctgcacctttttctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaa 300  Q
    || | |||| |||| | |     |||| ||| |||||| ||  | |||||| |  ||| ||| ||| ||||||  ||||||||||||| ||||| |||||    
T  30712679 atccttgcagctttctttccaagacatctaactcaaagtcaggacacttctctaatgtaatagattctataatacaacacaaaatcctcttgaccgagaa 30712580  T
Q  301 attctcagaaacagaaacccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatcgattgaagaagagttgtttttccaagaccacct 400  Q
    | ||||||||||| ||||||||| |||  ||| |||||||| ||||||  ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  30712579 agtctcagaaacacaaacccaaaattttttatcaaaattgcgactcaccctaacatcattgtagatcaattgaacaagagttgtttttccaataccacct 30712480  T
Q  401 aacccaaaaacgggatagatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaac 460  Q
    || |||| || ||||||||  |||| |||||| |||||||| || |||||||||||||||    
T  30712479 aaaccaacaatgggatagacagaaatgaagtcagagtccttcgcatgggtgagaagaaac 30712420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 17 - 556
Target Start/End: Original strand, 30400745 - 30401287
Alignment:
Q  17 catgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatt 116  Q
    ||||||||| |||||||||||||| | | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||     
T  30400745 catgttcccatgattgttgcaacaactttatcacgggtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaacgattccatc 30400844  T
Q  117 tatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcaccttttt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||| |    
T  30400845 tatcttgtgttaacccagattccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattctcccttgcaacaattcttgcacctttct 30400944  T
Q  217 ctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaa 316  Q
     ||| |||||| | |||| ||| ||||| |  ||| | |||| ||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||    
T  30400945 ttgtattacatctgaatccaaggcatcacatatctctcctgtaatatattctataatagaacacaaaatcctcttgacagagaaagtctcggaaacacaa 30401044  T
Q  317 acccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatcgattgaagaagagttgtttttccaagaccacctaacccaaaaacgggat 416  Q
    ||||||  | |  | | ||||| |   |||||  ||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| |||| ||||||||| |||| || ||| |    
T  30401045 acccaagatcttatgtcaaaatagtccctcaccctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgttttaccaataccacctaaaccaacaatggggt 30401144  T
Q  417 agatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaacctgataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacacttttggtt---caatcat 513  Q
    ||| |||||||||||| |||||| | || |||||||||||||||   | |||||| | |||||| |||| |||||||||||||| |||||   |||| ||    
T  30401145 agacggaaaggaagtcagagtccctcgcatgggtgagaagaaactcaaaaatcttttctttatcatcttttcgtccaaacacttctggtttagcaataat 30401244  T
Q  514 agagctggtttgacgccattcagctacttcatttgggctttcc 556  Q
     ||| || |||||||||||||| ||||||||| || |||||||    
T  30401245 ggagttgatttgacgccattcatctacttcatctgagctttcc 30401287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 17 - 562
Target Start/End: Original strand, 29872845 - 29873393
Alignment:
Q  17 catgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatt 116  Q
    |||||||||  ||||||||||||| | | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || ||| |    
T  29872845 catgttcccacgattgttgcaacaactttatcacgggtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaacacagacttcaaatgattccact 29872944  T
Q  117 tatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcaccttttt 216  Q
    |||| |||||||  |||||||||||||||    |||  ||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||| | || ||| ||||||||| |    
T  29872945 tatcatgtgttagtccagattccaattgttgggttttgttccacagatcatccaaaacgagcaaatattttttaccttgcagcacttcttgcacctttct 29873044  T
Q  217 ctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaa 316  Q
     |   |||||| ||| || ||| || || |||||| |  ||||||| ||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||    
T  29873045 ttccattacatctaattcgaagtcagcacacttctctcttgtgatagattctataatggaacaacaaatcctcttgacagagaaagtctcagaaacacaa 29873144  T
Q  317 acccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatcgattgaagaagagttgtttttccaagaccacctaacccaaaaacgggat 416  Q
    |||||||  ||  | | |||||||| ||||||  ||||||||||||||| | ||||||  |||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||    
T  29873145 acccaaatatttttgtcaaaattgccactcaccctaacatcattgtagaccaattgaacgagagttgtttttccaataccacctaaaccaacaatgggat 29873244  T
Q  417 agatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaacctgataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacacttttggtt---caatcat 513  Q
    ||| |||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||   | |||||| | |||||| |||||||||||||| ||||||||||   |||| ||    
T  29873245 agacggaaaggaagtcagagtccctcgcttgggtgagaagaaactcaacaatcttttctttatcatcttctcgtccaaatacttttggttcaacaataat 29873344  T
Q  514 agagctggtttgacgccattcagctacttcatttgggctttcctgaaca 562  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  29873345 ggagctggtttgacgccattcagctacttcatttgagctttccttaaca 29873393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 18 - 556
Target Start/End: Original strand, 30061044 - 30061585
Alignment:
Q  18 atgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccattt 117  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||| || | ||||||    
T  30061044 atgttcctgtgatcgttgcaacaacttcatcacgggtggacactaaaatggaactacctttggatccacaagacaacacaggtttcaatttgttccattt 30061143  T
Q  118 atcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcacctttttc 217  Q
     ||| |||||||||| ||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| | ||||||| | |     
T  30061144 ctctcgtgttaaccctgattccaattgttgattttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatcttttcccttgcaacaatccttgcacctctctt 30061243  T
Q  218 tgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaaa 317  Q
    |   |||||    |||||||| ||  | |||||| |  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| || || |||||| ||||||||||| |||    
T  30061244 tccattacagcataatcaaagtcaggacacttctgtaatgtgatagattctataatagaacacaaaatcctctttaccgagaaagtctcagaaacacaaa 30061343  T
Q  318 cccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatcgattgaagaagagttgtttttccaagaccacctaacccaaaaacgggata 417  Q
    |||||| |||  | | |||||||| ||||||  ||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||  | ||||||    
T  30061344 cccaaatttttttttcaaaattgccactcaccctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggata 30061443  T
Q  418 gatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaacctgataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacacttttggtt---caatcata 514  Q
    || |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||   | |||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||||   |||| ||     
T  30061444 gacggaaaggaagtcagagtcccttgcttgggtgagaagaaactcaacaatcttttctttatcaacttctcgtccaaacacttttggttcagcaataatg 30061543  T
Q  515 gagctggtttgacgccattcagctacttcatttgggctttcc 556  Q
    |||| |||||| |||| ||||||||||| || |||| |||||    
T  30061544 gagccggtttggcgcccttcagctacttgatctgggatttcc 30061585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 8 - 556
Target Start/End: Original strand, 30750308 - 30750859
Alignment:
Q  8 tgagtttcccatgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaat 107  Q
    |||||||  |||||||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||| |    
T  30750308 tgagtttggcatgttcctgtgattgttgcaacaacttcatcacgggtggacaataaaatggaactacctttggatccacaagacaacacaggtttcaatt 30750407  T
Q  108 tatcccatttatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctg 207  Q
    | | |||||| ||| |||||||||| |||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||| | ||    
T  30750408 tgttccatttctctcgtgttaaccctgattccaattgttcattttgattccatacatcatccaaaaccaacaaatatcttttcccttgcaacaatccttg 30750507  T
Q  208 cacctttttctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctca 307  Q
    ||||||| | |   |||||    | |||||| ||  | |||||| |  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| || || |||||| |||||    
T  30750508 cacctttctttccattacagcatactcaaagtcaggacacttctctaatgtgatagattctataatagaacacaaaatcctctttaccgagaaagtctca 30750607  T
Q  308 gaaacagaaacccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatcgattgaagaagagttgtttttccaagaccacctaacccaa 407  Q
    |||||| ||||||||| |||  | | |||||||  ||||||  ||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  30750608 gaaacacaaacccaaatttttttttcaaaattgtcactcaccctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaa 30750707  T
Q  408 aaacgggatagatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaacctgataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacacttttggtt- 506  Q
      | |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||     |||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||||     
T  30750708 ctatgggatagacggaaaggaagtcagagtcccttgcttgggtgagaagaaactcagcaatcttttctttatcaacttctcgtccaaacacttttggttc 30750807  T
Q  507 --caatcatagagctggtttgacgccattcagctacttcatttgggctttcc 556  Q
      |||| || |||| |||||| |||| ||||||||||| || |||| |||||    
T  30750808 agcaataatggagccggtttggcgcccttcagctacttgatctgggatttcc 30750859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 17 - 556
Target Start/End: Original strand, 30476046 - 30476588
Alignment:
Q  17 catgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatt 116  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||   ||||| |||||||| |||||  |||||||||| || | |||||    
T  30476046 catgttcccatgatttctgcaacatccttatcacgagtggaaactaaaatggaagatcctttggatccacatgacaacgcagatttcaacttgttccatt 30476145  T
Q  117 tatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcaccttttt 216  Q
    | |||||  |||| ||   |||||||  |  | ||    |||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||| || | |||  |  | ||| |    
T  30476146 tgtcttggcttaatcctagttccaatccttgatttctgctccatacatcatccaaaaccagcaaaaatcttttaccttgcaatagttctcgtgcttttct 30476245  T
Q  217 ctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaa 316  Q
     ||| |||||| |||||| ||| ||||| |||| | || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||    
T  30476246 ttgtattacatctaaatccaaggcatcaaacttgtcttttgtgatagattctataatggaacacaaaatccttttgacagagaaagtctccgaaacacaa 30476345  T
Q  317 acccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatcgattgaagaagagttgtttttccaagaccacctaacccaaaaacgggat 416  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||  ||||||||||| |  ||||  ||| |||||||| |||| ||||||||  |||| ||  ||||    
T  30476346 atccaaacttttgtattaaaattgctacttaccctatgatcattgtagaccatttgagcaagtgttgttttaccaacaccacctaggccaacaataggat 30476445  T
Q  417 agatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaacctgataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacacttttggtt---caatcat 513  Q
    ||||||| |||||||| ||  | |  ||||||||||||||||||  || |||| ||| | |||| ||| |||||||||||||||| ||||   |||| ||    
T  30476446 agatggataggaagtcagatacttgcgcttgggtgagaagaaactcgacaatcctctctctatcatctactcgtccaaacactttgggttcagcaataat 30476545  T
Q  514 agagctggtttgacgccattcagctacttcatttgggctttcc 556  Q
     ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  30476546 ggagcttgtttggcgccattcagcaacttcatttggcctttcc 30476588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 17418028 - 17417537
Alignment:
Q  17 catgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatt 116  Q
    ||||||||| ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   || || ||||||||  ||| |||||    
T  17418028 catgttcccatgattgccgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacacataaacactgatttcaacgtattccatt 17417929  T
Q  117 tatcttgtgttaacccagattccaattgta-cactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcacctttt 215  Q
    | |||||  |||| ||  || | ||||||  || |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||  || | ||| | |||||||     
T  17417928 tctcttggcttaatccgaatgctaattgttgcattttg-ttccacacatcgtccaaaaccagaaaatatcttttacctttcaatagttctttcacctttc 17417830  T
Q  216 tctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacaga 315  Q
    |  ||  ||||| |||||| ||| ||||| ||||     || | ||| ||| ||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||   ||||||||| |    
T  17417829 ttagtaatacatctaaatccaaggcatcacactttccacctattatagattctatgatggaacacaaaatcctcttgattgagaaagcatcagaaacaca 17417730  T
Q  316 aacccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatcgattgaagaagagttgtttttccaagaccacctaacccaaaaacggga 415  Q
    || ||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| | |||||   ||||||||||| |||| ||||||||||||||  | ||||    
T  17417729 aatccaaatttttgtattaaaattgctactcaccctaacatcattgtagaccaattgagctagagttgttttaccaataccacctaacccaactatggga 17417630  T
Q  416 tagatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaacctgataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacacttttggttca 508  Q
    ||||  |||||||  ||  | ||| ||||||||||||| ||||||   | |||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||    
T  17417629 tagactgaaaggatttcacaatcccttgcttgggtgagcagaaactcaacaatcttctttgtatcatcttcccgtccaaacacctttggttca 17417537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 35 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 30521042 - 30520537
Alignment:
Q  35 gcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatttatcttgtgttaacccag 134  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||   |||||| ||||||   ||||| || |||||||| |||| |||||| |||||  |||| |||     
T  30521042 gcaacatccttatcacgagtggagactaaaatggatgaacctttggatccagttgacaacacggatttcaacttattccatttctcttggcttaatccaa 30520943  T
Q  135 attccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcacctttttctgtgttacatttaaatc 234  Q
    |||||| || |  | ||   |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||| ||||| | |   ||| | |||| ||||||    
T  30520942 attccagttcttgatttctgttccacacatcatccaaaacaagcaaatatcttttaccttccaacaattcttgcacttgtcgttgtataacatctaaatc 30520843  T
Q  235 aaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaaacccaaactttagtatta 334  Q
     ||| ||||| |||| | |  ||  | | ||| |||||| | |||||||||  |||| |||||||||  |||||||||| ||||||||| ||| |||| |    
T  30520842 taaggcatcacacttttctcttgaaaaagattctataatagtacacaaaattttgttaacagagaaagcctcagaaacacaaacccaaatttttgtatca 30520743  T
Q  335 aaattgctactcacggtaacatcattgtagatcgattgaagaagagttgtttttccaagaccacctaacccaaaaacgggatagatggaaaggaagtcgg 434  Q
    ||||||  ||||||      |||||| || |   |||||  |||||||||||| |||| ||||||||| |||| ||  |||||||||||||||| ||| |    
T  30520742 aaattgtcactcacccggtgatcattataaactaattgagcaagagttgttttcccaataccacctaagccaacaattggatagatggaaaggaggtcag 30520643  T
Q  435 agtcctttgcttgggtgagaagaaacctgataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacacttttggtt---caatcatagagctggtttgacgcca 531  Q
    || |||||||||||||||||||||||  || |||||||| |||||| |||||||| ||| | ||||||||||   |||| |||||||| |||||||||||    
T  30520642 agccctttgcttgggtgagaagaaactcgacaatcttctctttatcatcttctcgaccatatacttttggttcagcaataatagagctagtttgacgcca 30520543  T
Q  532 ttcagc 537  Q
    ||||||    
T  30520542 ttcagc 30520537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 35 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 30561382 - 30560877
Alignment:
Q  35 gcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatttatcttgtgttaacccag 134  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||   |||||| ||||||   ||||| || |||||||| |||| |||||| |||||  |||| |||     
T  30561382 gcaacatccttatcacgagtggagactaaaatggatgaacctttggatccagttgacaacacggatttcaacttattccatttctcttggcttaatccaa 30561283  T
Q  135 attccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcacctttttctgtgttacatttaaatc 234  Q
    |||||| || |  | ||   |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||| ||||| | |   ||| | |||| ||||||    
T  30561282 attccagttcttgatttctgttccacacatcatccaaaacaagcaaatatcttttaccttccaacaattcttgcacttgtcgttgtataacatctaaatc 30561183  T
Q  235 aaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaaacccaaactttagtatta 334  Q
     ||| ||||| |||| | |  ||  | | ||| |||||| | |||||||||  |||| |||||||||  |||||||||| ||||||||| ||| |||| |    
T  30561182 taaggcatcacacttttctcttgaaaaagattctataatagtacacaaaattttgttaacagagaaagcctcagaaacacaaacccaaatttttgtatca 30561083  T
Q  335 aaattgctactcacggtaacatcattgtagatcgattgaagaagagttgtttttccaagaccacctaacccaaaaacgggatagatggaaaggaagtcgg 434  Q
    ||||||  ||||||      |||||| || |   |||||  |||||||||||| |||| ||||||||| |||| ||  |||||||||||||||| ||| |    
T  30561082 aaattgtcactcacccggtgatcattataaactaattgagcaagagttgttttcccaataccacctaagccaacaattggatagatggaaaggaggtcag 30560983  T
Q  435 agtcctttgcttgggtgagaagaaacctgataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacacttttggtt---caatcatagagctggtttgacgcca 531  Q
    || |||||||||||||||||||||||  || |||||||| |||||| |||||||| ||| | ||||||||||   |||| |||||||| |||||||||||    
T  30560982 agccctttgcttgggtgagaagaaactcgacaatcttctctttatcatcttctcgaccatatacttttggttcagcaataatagagctagtttgacgcca 30560883  T
Q  532 ttcagc 537  Q
    ||||||    
T  30560882 ttcagc 30560877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 17 - 460
Target Start/End: Original strand, 17983569 - 17984012
Alignment:
Q  17 catgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatt 116  Q
    ||||||||| | ||||  |||||||||   |||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||  ||| ||| |    
T  17983569 catgttcccataattgaggcaacatccatgtcacgagtagacactaaaatggaagtacctttggatccacaagacaacacagacttcaacctattccact 17983668  T
Q  117 tatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcaccttttt 216  Q
    | | |||  |||| ||  |||| |||| | ||||||  ||||||||||| || ||||||| |||  || |||||| ||| |||| ||| ||||||||| |    
T  17983669 tcttttggtttaatccgaattcaaattcttcacttttgttccacacatcgtcgaaaaccaacaagcatcttttacgttgcaacatttcttgcacctttct 17983768  T
Q  217 ctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaa 316  Q
     ||| |||| | |||| | |   ||||| | || | |||||| ||  ||| ||||| |||||||||||| |  ||||| ||||||  ||  |||||  ||    
T  17983769 ttgtattacctctaaacctatttcatcaaatttttgttctgtcatggattctataacggaacacaaaattcccttgactgagaaaacctttgaaacccaa 17983868  T
Q  317 acccaaactttagtatt-aaaattgctactcacggtaacatcattgtagatcgattgaagaagagttgtttttccaagaccacctaacccaaaaacggga 415  Q
    ||||||| ||| || || |||||| | ||||||| || |||| ||||||| | |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||    
T  17983869 acccaaatttttgttttgaaaatttc-actcacgttatcatcgttgtagaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaacccaacaatggga 17983967  T
Q  416 tagatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaac 460  Q
    |||| |||||||||||| |||  | | ||||||||||||||||||    
T  17983968 tagacggaaaggaagtcagagaacctcgcttgggtgagaagaaac 17984012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 268 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 30330393 - 30330190
Alignment:
Q  268 tataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaaacccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatc 367  Q
    |||||| ||||||| |||||| |||| ||||||| ||||| | ||| ||||||||| | |  |||||||||| | ||||||  ||| ||||| || ||||    
T  30330393 tataatagaacacacaatcctattgagagagaaagtctcatatacacaaacccaaattattatattaaaatttccactcaccctaatatcatcgtggatc 30330294  T
Q  368 gattgaagaagagttgtttttccaagaccacctaacccaaaaacgggatagatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaacctgataa 467  Q
     || ||| || |||||||||||||| ||| ||||| ||||  | ||||||||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||||||| ||| ||    
T  30330293 aatcgaacaatagttgtttttccaatacctcctaaaccaactatgggatagatggaaaggaagtcagtgtccctcgcttgggtgagaagaaacttgacaa 30330194  T
Q  468 tctt 471  Q
    ||||    
T  30330193 tctt 30330190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 17 - 556
Target Start/End: Original strand, 26708003 - 26708545
Alignment:
Q  17 catgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatt 116  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||     
T  26708003 catgttcccatgattgttgcaacatccttatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacaggacaaaacagatttcaaacgattccatc 26708102  T
Q  117 tatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcaccttttt 216  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||| |    
T  26708103 tatcttgtgttaacccatattccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttcccttgcaacaatccttgcacctttct 26708202  T
Q  217 ctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaa 316  Q
     |   |||||| ||| |||||| ||  | |||||| |  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| ||    
T  26708203 ttccattacatctaactcaaagtcaggacacttctctaatgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgactgagaaagtctcagaaacacaa 26708302  T
Q  317 acccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatcgattgaagaagagttgtttttccaagaccacctaacccaaaaacgggat 416  Q
    ||||||| |||  ||| |||||||  ||||||  ||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||    
T  26708303 acccaaatttttttatcaaaattgtcactcaccctaacatcgttgtagatcaactgaacaagagttgtttttccaataccacctaagccaacaatgggat 26708402  T
Q  417 agatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaacctgataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacacttttggttcaa---tcat 513  Q
    |||  |||| |||||| |||||||| || |||||||||||||||  || |||||| | |||||| || |||| ||| ||| |||||| |||||      |    
T  26708403 agacagaaatgaagtcagagtccttcgcatgggtgagaagaaactcgacaatcttttctttatcatcgtctcttcccaacgcttttgtttcaagaggggt 26708502  T
Q  514 agagctggtttgacgccattcagctacttcatttgggctttcc 556  Q
     ||||||||||| |||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  26708503 ggagctggtttggcgcccttcagctacttgatatgggctttcc 26708545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 20 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 25293379 - 25292828
Alignment:
Q  20 gttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatttat 119  Q
    |||||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |||||| |||||||||||  ||| | |||| |    
T  25293379 gttcccattattgtcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacgattggatccaaccgacaatacagatttcaacatattcaattttt 25293280  T
Q  120 cttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcacctttttctg 219  Q
    |||| ||||| |   ||||||||||   | |||  ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| || | ||| | ||||||| | ||    
T  25293279 cttgggttaatctgaattccaattgctgatttttgttccacacatcgtccaaaataagcaaatatattttaccttgcaatagttcttacacctttctttg 25293180  T
Q  220 tgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaaacc 319  Q
    | |||||| |||||||||| ||||| |||||| |   |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| |||||    
T  25293179 tattacatctaaatcaaaggcatcacacttctctctagtgatagattctataatggaacacaaaatcctcttgaccgagaaagtctcagaaacacaaacc 25293080  T
Q  320 caaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatcgattgaagaagagttgtttttccaagaccacctaacccaaaaacgggataga 419  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||| ||    
T  25293079 caaatttttgtattaaaagtgctactcaccctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaatgggatgga 25292980  T
Q  420 tggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaacctgataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacacttttggtt---caatcataga 516  Q
     |||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||  || | |||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||   |||| |||||    
T  25292979 cggaaaggaagtcagagtcccttgcttgggtaagaagaaactcgacagtcttctctttatcatcttctcgtccaaatacttttggttcggcaataataga 25292880  T
Q  517 gctggtttgacgccattcagctacttcatttgggctttcctgaacagttcca 568  Q
     || ||||| ||| |||||||||||||| ||| |||||||  ||||||||||    
T  25292879 actagtttggcgctattcagctacttcagttgagctttccctaacagttcca 25292828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 169; Significance: 2e-90; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 17 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 20296017 - 20295525
Alignment:
Q  17 catgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatt 116  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |  ||||     
T  20296017 catgttcccatgattgttgcaacatccttatcacgagttgacactaaaatggaactaccttttgatccacatgacaaaacagatttcaaacgagtccata 20295918  T
Q  117 tatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcaccttttt 216  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||| |    
T  20295917 tatcgggtgttaacccagattccaattgatcattttgattccacacatcatctaaaatcaacaaatatattttcccttgcaacaatccttgcacctttct 20295818  T
Q  217 ctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaa 316  Q
     |    ||| | ||| |||||| ||  | |||||| |  ||||||| ||| |||||| |||| ||||||||| | ||  |||||| ||||||||||| ||    
T  20295817 ttccaatacgtctaagtcaaagtcaggacacttctctaatgtgatagattctataatagaacgcaaaatcctctcgaaggagaaagtctcagaaacacaa 20295718  T
Q  317 acccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatcgattgaagaagagttgtttttccaagaccacctaacccaaaaacgggat 416  Q
    ||||||| | |  ||| |||||||| |||||||  | ||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||    
T  20295717 acccaaattcttttatcaaaattgccactcacgcgatcatcattgtagactaattgaacaagagttgtttttccaataccacctaaaccaacaatgggat 20295618  T
Q  417 agatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaacctgataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacacttttggttcaa 509  Q
    |||  |||| |||||| |||||||| || |||||||||||||||  || |||||| |||||||| || |||| ||| ||  |||||| |||||    
T  20295617 agacagaaatgaagtcagagtccttcgcatgggtgagaagaaactcgacaatcttttttttatcatcgtctcttcccaatgcttttgattcaa 20295525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 8 - 571
Target Start/End: Original strand, 52352621 - 52353186
Alignment:
Q  8 tgagtttcccatgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaat 107  Q
    |||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||  |||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |    
T  52352621 tgagtttgacatgttcccatgattgtcgcaacatccttatcacaagtggaaactaaaatgtaagcacctttggatccacaggacaacacagatttcaact 52352720  T
Q  108 tatcccatttatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctg 207  Q
    | | |||||| |||||  |||| ||   ||  |||| || | ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||| ||    
T  52352721 tgttccatttttcttggcttaatcctagtttgaattctagatttctattccacacatcatccaaaaccaacaaatatcttttaccttgcaacaattcttg 52352820  T
Q  208 cacctttttctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctca 307  Q
    | |  || | ||| | |||| |||||| ||||||||| |||| | |  ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  52352821 cgctcttctttgtatcacatctaaatctaagccatcacacttttctcttgtaatagattctataatggaacacaaaatcctattgacagagaaatcctca 52352920  T
Q  308 gaaacagaaacccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatcgattgaagaagagttgtttttccaagaccacctaacccaa 407  Q
    |||||| ||||||||| |||  ||| ||| ||  |||||||  ||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||||    
T  52352921 gaaacacaaacccaaatttttctatgaaattttttactcactctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgttttaccaacaccacctaaaccaa 52353020  T
Q  408 aaacgggatagatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaacctgataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacacttttggttc 507  Q
     ||  ||||| |    |||||||||  | |   | ||||||||||||||||||  |  |||||||| |||||| ||||  |||||||| | ||| |||||    
T  52353021 caataggatacacaacaaggaagtcaaacttactcgcttgggtgagaagaaactcggcaatcttctctttatcttctttccgtccaaagattttcggttc 52353120  T
Q  508 ---aatcatagagctggtttgacgccattcagctacttcatttgggctttcctgaacagttccagta 571  Q
       ||  || ||||||||||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||    
T  52353121 agtaaaaatggagctggtttggcgccattcagctatttcagttgagctttcct-aacagttccagta 52353186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 384 - 508
Target Start/End: Original strand, 13617637 - 13617761
Alignment:
Q  384 tttttccaagaccacctaacccaaaaacgggatagatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaacctgataatcttctttttatcgtc 483  Q
    ||||| ||| ||||||||| |||| || |||||||   ||||| ||||| ||| || |  ||||||||||| ||||||| | |||||||| |||||  ||    
T  13617637 tttttgcaacaccacctaaaccaacaatgggatagtcagaaagaaagtcagaggccctcacttgggtgagatgaaacctaacaatcttctctttattatc 13617736  T
Q  484 ttctcgtccaaacacttttggttca 508  Q
    || |||||||||||| |||| ||||    
T  13617737 ttatcgtccaaacacctttgattca 13617761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 138; Significance: 7e-72; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 17 - 549
Target Start/End: Original strand, 7100092 - 7100627
Alignment:
Q  17 catgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatt 116  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||  ||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||| |||||    
T  7100092 catgttcccgtgattgaggcaacatccatatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatt 7100191  T
Q  117 tatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcaccttttt 216  Q
    | |||||  |||  ||  |||| |||| | || |||  |||||||||||||||||||||| |||| || || ||||||| | || ||| ||||| ||| |    
T  7100192 tctcttggtttagtccgaattcaaattcttcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttct 7100291  T
Q  217 ctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaa 316  Q
     ||| |||||| ||| || |    |||| |||| | || ||| ||  ||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||  ||| |||||| ||    
T  7100292 ttgtattacatctaactccattgaatcacacttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaa 7100391  T
Q  317 acccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatcgattgaagaagagttgtttttccaagaccacctaacccaaaaacgggat 416  Q
    ||||||| ||| || || ||||||  ||||||  || |||||||||| | | |||||  ||||||||||||||||| ||||||||| || | || |||||    
T  7100392 acccaaatttttgttttgaaattgtcactcaccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagagttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggat 7100491  T
Q  417 agatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaacctgataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacacttttggttcaatcata-- 514  Q
    ||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||   | |||||||| |||||| ||||||||||||||||  |||||||||   |||      
T  7100492 agacggataggaagtcagagtcctttgcttgggtgagaagaaactcaacaatcttctctttatcatcttctcgtccaaacatctttggttcagcaataaa 7100591  T
Q  515 -gagctggtttgacgccattcagctacttcatttgg 549  Q
     ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  7100592 ggagctggtttggcgccattcagccacttcagttgg 7100627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 17 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 7581154 - 7580619
Alignment:
Q  17 catgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatt 116  Q
    ||||||||| |||||| |||||| |||  ||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||  ||||| ||||||||||| |||| |||||    
T  7581154 catgttcccatgattgatgcaacctccatatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttcgatccaccagacaacacagatttcaatttattccatt 7581055  T
Q  117 tatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcaccttttt 216  Q
    | || ||   ||  ||| |||| |||| |  |||||   |||| ||||| |||||||||||||||  | |||| ||||| |||| ||| ||||||||| |    
T  7581054 tctcatggtctagtccaaattcaaattcttgactttttatccaaacatcgtccaaaaccagcaaacgtctttttccttgcaacatttcttgcacctttct 7580955  T
Q  217 ctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaa 316  Q
     ||| |||||| |||| | |   ||||| |||||| || ||| ||  ||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||||   ||| |||||| ||    
T  7580954 ttgtattacatctaaacccattgcatcacacttctgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgaccgagaatacctctgaaacacaa 7580855  T
Q  317 acccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatcgattgaagaagagttgtttttccaagaccacctaacccaaaaacgggat 416  Q
    ||||||| ||| || || ||||||  ||||||  || |||| ||||||| | |||||  ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||  ||||    
T  7580854 acccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgtagaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaattggat 7580755  T
Q  417 agatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaacctgataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacacttttggtt---caatcat 513  Q
    ||| |||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||   | |||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||   |||| ||    
T  7580754 agacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactcaacaatcctctctttatcatcttctcgtccaaacacctttggttcggcaataat 7580655  T
Q  514 agagctggtttgacgccattcagctacttcatttgg 549  Q
     ||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||||    
T  7580654 ggagctggtttggcgccagtcagccacttcaattgg 7580619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University