View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11515_low_9 (Length: 462)

Name: NF11515_low_9
Description: NF11515
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11515_low_9
NF11515_low_9
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (16-457)||(2361240-2361681)
chr6 (46-403)||(2365874-2366231)
chr6 (170-435)||(2355711-2355976)
chr6 (192-357)||(2305712-2305877)
chr6 (192-360)||(2338033-2338201)
chr6 (192-360)||(2349082-2349250)
chr6 (197-348)||(2264031-2264182)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (57-436)||(4303043-4303422)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (318-436)||(41340088-41340206)
chr5 (136-286)||(41339926-41340069)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (192-360)||(5806093-5806261)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 394; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 457
Target Start/End: Original strand, 2361240 - 2361681
Alignment:
Q  16 cttctatccatccccactaggccatcggagcttttccttacctaataaaatggatttggttcttgatttcctatctagtgtcacttcagtagcactcgtt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2361240 cttctatccatccccactaggccatcggagcttttccttacctaataaaatggatttggttcttgatttcctatctagtgtcacttcagtagcactcttt 2361339  T
Q  116 tcaatattcttgttttcttttttgtttctttatcgttcctacaaagtttcccatagcaaagaggctcctatagttcaaggggcatggccaatacttggtc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2361340 tcaatattcttgttttcttttttgtttctttatcgttcctacaaagtttcccatagcaaagaggctcctatagttcaaggggcatggccaatacttggtc 2361439  T
Q  216 acctcccactattaagatcttcacaatcacctcatagaaccttaggtgccttggctgataaatatggacccttgttcactattaagcttggttccaaacg 315  Q
    |||| | |||||||| |  |||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2361440 acctacaactattaaaaaattcacaaaaacctcatagaaccttaggtgcattggctgataaatatggacccttgttcactattaagcttggttccaaacg 2361539  T
Q  316 tgctttggttgttagcaattgggaaatggcaaaggaatgtttcacaaaaattgacttagcaatatccaatcgccctaaacttgaagcaactcaacatttg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2361540 tgctttggttgttagcaattgggaaatggcaaaggaatgtttcacaaaaattgacttggcaatatccaatcgccctaaacttgaagcaactcaacatttg 2361639  T
Q  416 ggttacaatggtgccatgtttgtgttagcaccctatgcttct 457  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  2361640 ggttacaatggtgccatgtttgcgttagcaccctatggttct 2361681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 46 - 403
Target Start/End: Original strand, 2365874 - 2366231
Alignment:
Q  46 cttttccttacctaataaaatggatttggttcttgatttcctatctagtgtcacttcagtagcactcgtttcaatattcttgttttcttttttgtttctt 145  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| || |||||||  |||||||| ||||||||| || ||||||||||    
T  2365874 cttttccttacctaataaaatggatttggttcttgatttcctaactagtgccactacactagcactattttcaatactcttgttttattgtttgtttctt 2365973  T
Q  146 tatcgttcctacaaagtttcccatagcaaagaggctcctatagttcaaggggcatggccaatacttggtcacctcccactattaagatcttcacaatcac 245  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2365974 tatcgttcctacaaagtttctcatagcaaagaggatcctatagttcaaggggcatggccaatacttggtcacctcccactattaagatcttcacaatcac 2366073  T
Q  246 ctcatagaaccttaggtgccttggctgataaatatggacccttgttcactattaagcttggttccaaacgtgctttggttgttagcaattgggaaatggc 345  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2366074 ctcatagaaccttaggtgcattggctgataaatatggacccttgttcactattaagattggttccaaacgtgctttggttcttagcaattgggaaatggc 2366173  T
Q  346 aaaggaatgtttcacaaaaattgacttagcaatatccaatcgccctaaacttgaagca 403  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||    
T  2366174 aaaggaatgtttcaccaaaattgacttggcaatatccactcgccctaaaggtgaagca 2366231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 170 - 435
Target Start/End: Original strand, 2355711 - 2355976
Alignment:
Q  170 agcaaagaggctcctatagttcaaggggcatggccaatacttggtcacctcccactattaagatcttcacaatcacctcatagaaccttaggtgccttgg 269  Q
    |||||||| |||||||||||    || ||||||||||||||||||||||||||| | ||||   ||||  || |||| |||||||| |||||||  || |    
T  2355711 agcaaagaagctcctatagtggctggtgcatggccaatacttggtcacctcccattgttaaaggcttccaaagcaccacatagaactttaggtgatttag 2355810  T
Q  270 ctgataaatatggacccttgttcactattaagcttggttccaaacgtgctttggttgttagcaattgggaaatggcaaaggaatgtttcacaaaaattga 369  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||  |||||||||  ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  2355811 ctgataaatatggacccttgttcaccatcaaacttggttccaaaaatgctttggtacttagcaattcggaaatggcgaaggaatgtttcaccaaatttga 2355910  T
Q  370 cttagcaatatccaatcgccctaaacttgaagcaactcaacatttgggttacaatggtgccatgtt 435  Q
    | | ||||| |||| ||| ||||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  2355911 cgttgcaatttccactcgtcctaaacttgttgcaactgaacatttggcttacaatggagccatgtt 2355976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 192 - 357
Target Start/End: Original strand, 2305712 - 2305877
Alignment:
Q  192 aaggggcatggccaatacttggtcacctcccactattaagatcttcacaatcacctcatagaaccttaggtgccttggctgataaatatggacccttgtt 291  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||| || ||     |||||||||| |||||   ||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||    
T  2305712 aaggtgcatggccaatacttggtcacctctcactttttagtggcacacaatcaccccatagggtcttaggtaccttagctgataaatatggaccattatt 2305811  T
Q  292 cactattaagcttggttccaaacgtgctttggttgttagcaattgggaaatggcaaaggaatgttt 357  Q
    ||| || ||||||||||| |||||||||||  || | | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  2305812 caccatcaagcttggttctaaacgtgctttaattctcaacaattgggaaatggccaaggaatgttt 2305877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 192 - 360
Target Start/End: Original strand, 2338033 - 2338201
Alignment:
Q  192 aaggggcatggccaatacttggtcacctcccactattaagatcttcacaatcacctcatagaaccttaggtgccttggctgataaatatggacccttgtt 291  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||  |     |||||||||| ||||||  ||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||    
T  2338033 aaggtgcatggccaatacttggtcatctctcactttttcgtggcacacaatcaccccatagagtcttaggtaccttagctgataaatatggaccattatt 2338132  T
Q  292 cactattaagcttggttccaaacgtgctttggttgttagcaattgggaaatggcaaaggaatgtttcac 360  Q
    ||| || ||||||||  | |||| ||||||  |  | | ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2338133 caccatcaagcttggcactaaacatgctttaatactcaacaattgggaaatggccaaggaatgtttcac 2338201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 192 - 360
Target Start/End: Original strand, 2349082 - 2349250
Alignment:
Q  192 aaggggcatggccaatacttggtcacctcccactattaagatcttcacaatcacctcatagaaccttaggtgccttggctgataaatatggacccttgtt 291  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| | || ||      |||| |||| || |||   |||||| | || |||||||||||||||||  | ||    
T  2349082 aaggtgcatggccaatacttggtcacctcccaatttttagtggcaaacaaccaccccacagagttttaggtccattagctgataaatatggaccaatatt 2349181  T
Q  292 cactattaagcttggttccaaacgtgctttggttgttagcaattgggaaatggcaaaggaatgtttcac 360  Q
    |||||| ||||||||||| |||| ||||||  |  ||| |||||||||||| || ||||||||||||||    
T  2349182 cactatcaagcttggttctaaacatgctttaatacttaacaattgggaaattgccaaggaatgtttcac 2349250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 197 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 2264182 - 2264031
Alignment:
Q  197 gcatggccaatacttggtcacctcccactattaagatcttcacaatcacctcatagaaccttaggtgccttggctgataaatatggacccttgttcacta 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | | ||| |   |||  || ||||||||| ||| |||||  || ||||| | |||||||||||| | ||||| |    
T  2264182 gcatggccaatacttggtcacctcttagtcttaggtggttctaaaacacctcataaaacattaggcaccatggctaacaaatatggacccctattcacca 2264083  T
Q  297 ttaagcttggttccaaacgtgctttggttgttagcaattgggaaatggcaaa 348  Q
    | || |||||| | || |||||||||||  | ||||||||||||||||||||    
T  2264082 taaaacttggtacaaatcgtgctttggtactaagcaattgggaaatggcaaa 2264031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 144; Significance: 2e-75; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 57 - 436
Target Start/End: Original strand, 4303043 - 4303422
Alignment:
Q  57 ctaataaaatggatttggttcttgatttcctatctagtgtcacttcagtagcactcgtttcaatattcttgttttcttttttgtttctttatcgttccta 156  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||| |||| |||||  ||   || ||||| || |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |     
T  4303043 ctaattaaatggatttggtttttgattccctaactagtaccatcacattagcattcttttctatattcttgttttatattttgtttctttatcgttcttc 4303142  T
Q  157 caaagtttcccatagcaaagaggctcctatagttcaaggggcatggccaatacttggtcacctcccactattaagatcttcacaatcacctcatagaacc 256  Q
    ||||| ||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||   |  |||||||  |||||||||||||    
T  4303143 caaagcttctcaatgcaaagaggctcccatagttcaaggggcatggccaatacttggtcaccttcaactattgttaggttcacaaggacctcatagaacc 4303242  T
Q  257 ttaggtgccttggctgataaatatggacccttgttcactattaagcttggttccaaacgtgctttggttgttagcaattgggaaatggcaaaggaatgtt 356  Q
    |||||||| |||||||| | ||||||||| || ||||| || || |||||||| | |  |||||||||  | || ||||||||||||||  |||||||||    
T  4303243 ttaggtgcattggctgacacatatggacctttattcacaatcaaacttggttcgagaaatgctttggtgctaagtaattgggaaatggctgaggaatgtt 4303342  T
Q  357 tcacaaaaattgacttagcaatatccaatcgccctaaacttgaagcaactcaacatttgggttacaatggtgccatgttt 436  Q
    |||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||  ||||||||| |||||||||    
T  4303343 tcaccaaaattgacttggcaatttccgatcgccctacacttgaaacaactcaacatatgacttacaatggagccatgttt 4303422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 59; Significance: 8e-25; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 318 - 436
Target Start/End: Original strand, 41340088 - 41340206
Alignment:
Q  318 ctttggttgttagcaattgggaaatggcaaaggaatgtttcacaaaaattgacttagcaatatccaatcgccctaaacttgaagcaactcaacatttggg 417  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||  |||||||||| || ||| ||||||| ||| | || ||||||||||||||||||| |||| |||||||||     
T  41340088 ctttggtgcttagcaattgggaaatggctgaggaatgttttaccaaagttgacttggcagtttcaaatcgccctaaacttgaagtaactaaacatttggc 41340187  T
Q  418 ttacaatggtgccatgttt 436  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  41340188 ttacaatggagccatgttt 41340206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 136 - 286
Target Start/End: Original strand, 41339926 - 41340069
Alignment:
Q  136 tttgtttctttatcgttcctacaaagtttcccatagcaaagaggctcctatagttcaaggggcatggccaatacttggtcacctcccactattaagatct 235  Q
    ||||||||||||| |||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||       || |||  |||||||| |||||||||| |||| |   ||    
T  41339926 tttgtttctttatagttcatccaaagtttctcatagcaaagaggctcctatagt-------gcgtggtgaatacttgttcacctcccattattgacggct 41340018  T
Q  236 tcacaatcacctcatagaaccttaggtgccttggctgataaatatggaccc 286  Q
    |||| |  ||| |||| || ||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  41340019 tcactaggaccccataaaatcttaggtgcattggctgacaaatatggaccc 41340069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000004; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 192 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 5806261 - 5806093
Alignment:
Q  192 aaggggcatggccaatacttggtcacctcccactattaagatcttcacaatcacctcatagaaccttaggtgccttggctgataaatatggacccttgtt 291  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||  |     ||||| |||| ||||||| |||||||||| | | ||||||| |||||||  | ||    
T  5806261 aaggtgcatggccaatacttggtcacctcccaattttttgtggcacacaagcaccccatagaatcttaggtgccctaggtgataaacatggaccaatatt 5806162  T
Q  292 cactattaagcttggttccaaacgtgctttggttgttagcaattgggaaatggcaaaggaatgtttcac 360  Q
    ||| || ||||||||| | |||| ||| || ||  | | ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5806161 caccatcaagcttggtcctaaacatgccttagtactcaacaattgggaaatggctaaggaatgtttcac 5806093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University