View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11519_high_1 (Length: 672)

Name: NF11519_high_1
Description: NF11519
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11519_high_1
NF11519_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (14-647)||(31140726-31141360)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 595; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 595; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 31141360 - 31140726
Alignment:
Q  14 agagaagtagctagggaaaccgaggcatgaactcgtaacacatacattacatatcttcatgtcttaaagtttaccaataagtctcttgttggaactctgc 113  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31141360 agagaggtagctagggaaaccgaggcatgaactcgtaacacatacattacatatcttcatgtcttaaagtttaccaataagtctcttgttggaactctgc 31141261  T
Q  114 aaagttagtctccttgttagtttggaaagttgttaatgtaacaatccaaagaattggcgagtttttgctacaacagaaacgattgatactgcctgaaata 213  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31141260 aaagttagactccttgttagtttggaaagttgttaatgtaacaatccaaagaattggcgagtttttgctacaacagaaacgattgatactgcctgaaata 31141161  T
Q  214 gctgcatttgtcttgtaaccattaggtaagctcatagttaaaggttaaatgtgctgaaaacatgagaaattttgaagaaagagtgatgtagggtcagtga 313  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31141160 gctgcattagtcttgtaaccattaggtaagctcatagttaaaggttaaatgtgctgaaaacatgagaaattttgaagaaagagtgatgtagggtcagtga 31141061  T
Q  314 cacttgtatctatgtcccaaaggatatccttcttacacatatgagta-aagagatggaattgatggatgcagatcgagaaagaaacaaatttgcggtagg 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31141060 cacttgtatctatgtcccaaaggatatccttcttacacatatgagtagaagagatggaattgatggatgcagattgagaaagaaacaaatttgcggtagg 31140961  T
Q  413 ttgagttgaaacaaaatttgtatttcatgatgatgaatcgaagtatagaaaagtcatagtaaaacttctatacttaagtactacccggacatatacctct 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31140960 ttgagttgaaacaaaatttgtatttcatgatgatgaatcaaagtatagaaacgtcgtagtaaaacttctatacttaagtactacccggacatatacctct 31140861  T
Q  513 ttctttgcccgatgattgagtcaacatgtctccaaaagtcaacaagttcactaccaggccgccattacaatgttacagcatcttaagagtgtactctctt 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31140860 ttctttgcccgatgattgagtcaacatgtctccaaaagtcaacaagttcactaccaggccgccattacaatgttacagcatctcaagagtgtactctctt 31140761  T
Q  613 gccaagggccttccaaagtgtggcatttttgtcct 647  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31140760 gccaagggccttccaaagtgtggcatttttgtcct 31140726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University