View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11520_high_1 (Length: 940)

Name: NF11520_high_1
Description: NF11520
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11520_high_1
NF11520_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (11-923)||(33251598-33252505)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 814; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 814; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 923
Target Start/End: Complemental strand, 33252505 - 33251598
Alignment:
Q  11 agcatagggaggatgacagtagttgctcaaaggggatgatgtttttgcaaatactcttgcggtcaaattagtttgtgatcaaatgtgtggaattttaagg 110  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33252505 agcatggggaggatgacaatagttgctcaaaggggatgatgtttctgcaaatactcttgcggtcaaattagtttgtgatcaaatgtgtggaattttaagg 33252406  T
Q  111 gttaaaagtagtgcacctttaacttgcattaggttttcatgtggtttcgaggtgaaatatgtcgagtctgttgaattgtatcaagttttattaatggatc 210  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||         
T  33252405 gttaaaagtaatgcacctttaacttgcattaggttttcatgtggtttcgaggtgaaatatgttgagcctgttgaattgtatcaagttttattaat----- 33252311  T
Q  211 attgtccgattgtcattgattaacgccagcgagaccactgaactcgtttaagtgtgccggtgttacatcatcctaacatgttgagaagcgacccaatctt 310  Q
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33252310 --tgtccgattgtcattgattgacgccagcgagaccactaaactcgtttaagtgtgccggtgttacatcatcctaacatgttgagaagcgacccaatctt 33252213  T
Q  311 ttagcttattgggcttagtccaaccaaataagcttattgggggtagcccaatcaagaacacaatttaagaagattttctattagacagatatttttggtt 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33252212 ttagcttattgggcttagtccaaccaaataagcttattgggcttagcccaatcaagaacacaatttaagaagattttctattagacagatatttttggtt 33252113  T
Q  411 ctaatattccaaacaataatgtcctttctttttcaattctcatatcaattccaacgatctgaatatcaatttccccaaagttgccttgaaaaaaggaagt 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33252112 ctaatattccaaacaataatgtcctttctttttcaattctcatatcaattccaacgatctgaatttcaatttccccaaacttgccttgaaaaaaggaagt 33252013  T
Q  511 gggacagagtgaagattgacaaaacttccaaccccaaaaatatctcagccccacaactataccacgtgtattatatttacctcatttcatacaaaatatc 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33252012 gggacagagtgaagattgacaaaacttccaacccgaaaaatatctcagccccacaaccataccacgtgtattatatttacctcatttcatacaaaatatc 33251913  T
Q  611 cacatctcacgcaacaagtacaaagacaaatatcttgtacaagaacattcgagagttagcatgtgcatgttccgtggtcaccactacaatcgtgttaaca 710  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33251912 cacatctcatgcaacaagtacaaagacaaatatcttgtacaagaacattcgagagttagcatgtgcatgttccgtggtcaccactacaatcgtgttaaca 33251813  T
Q  711 ataataataaggataatgttgtttcttagatatttttgcgcaacttctagagcattcctttcctaattaaccgactttaactcccaataaataccatcca 810  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33251812 acaataataaggataatgttgtttcttagatatttttgcgcaacttctagagcattcctttcctaattaaccgactttaactcccaataaataccatcca 33251713  T
Q  811 tcataaataatttccacatactcccttgttctttaatt--tgtctgtcaattattatcaatacattacatgtgtcattgatctaaatacgaacaccaaaa 908  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33251712 tcataaataatttccacatactcccttgttctttaatttgtgtctgtcaattattatcaatacattacatgtgtcattgatctaaatacgaacaccaaaa 33251613  T
Q  909 acattactttgtctc 923  Q
    |||||||||||||||    
T  33251612 acattactttgtctc 33251598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University