View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11527_low_5 (Length: 646)

Name: NF11527_low_5
Description: NF11527
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11527_low_5
NF11527_low_5
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (1-629)||(7128671-7129296)
chr4 (1-629)||(7481842-7482467)
chr4 (1-629)||(7519911-7520536)
chr4 (1-628)||(7721946-7722570)
chr4 (1-629)||(7494244-7494869)
chr4 (1-629)||(7527961-7528586)
chr4 (1-365)||(7713921-7714283)
chr4 (1-195)||(7506508-7506699)
chr4 (227-278)||(18035190-18035241)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (70-274)||(16750324-16750524)
chr8 (433-622)||(16749959-16750148)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (227-278)||(4497228-4497279)
chr3 (227-278)||(4528479-4528530)
chr3 (256-302)||(10184242-10184288)
chr3 (256-302)||(10260698-10260744)
chr3 (256-308)||(10032003-10032055)
chr3 (256-308)||(10126928-10126980)
chr3 (256-308)||(10363815-10363867)
chr3 (256-308)||(10663526-10663578)
chr3 (256-308)||(11769234-11769286)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 499; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 499; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 7129296 - 7128671
Alignment:
Q  1 attaaggaacttagtaagagaattaaggaccttaatgttggtcagagaagatttaatttcacaaatcgtactcctgagcaacgagttttgaaacaaagag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| | |||||   |||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  7129296 attaaggaacttagtaagagaattgaggcccttaattttgataagagagtctttaattttacaaatcgcgcacctgagcaacgagttttgagagaaagag 7129197  T
Q  101 aaactcactcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagtttttgttgtttaacaccggcaacaatgtgaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||    
T  7129196 aaactcactcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagtt---gttgtttaacaccggcaacaatgtgaa 7129100  T
Q  201 agagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacagagaagtgcaacaacatttt 300  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7129099 agagaatgtttcaattatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacaaagaagtgcaacaacatttt 7129000  T
Q  301 gagttgaaaaaatgggtctgtatttcggatgattttgatgtaaaagttattattgcaaagatcatagaatctcaaactaatgttgagatggataaagtgc 400  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||  |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||    
T  7128999 gagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgctgcaaaaatcatagaatctaaaaataatgttgagatggataaaatgc 7128900  T
Q  401 aatcgaaactccgcgaaaaagttgatggccgaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcgtgatctttggcttcaattgatgacact 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  7128899 aatcgaaactccgcgaaaaagttgatggccgaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcgtgatctttggcttcaattgatgacatt 7128800  T
Q  501 gttgaaagacggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagaaggttgccaaggcaagtggttcatcttctatcttgtttttagagggt 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7128799 gttgaaagacggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgagaaggttgccaaggcaagtggttcatcttctatcttgtttttaaagggt 7128700  T
Q  601 ctcagtgaaaaacaatcttggacattatt 629  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7128699 ctcagtgaaaaacaatcttggacattatt 7128671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 629
Target Start/End: Original strand, 7481842 - 7482467
Alignment:
Q  1 attaaggaacttagtaagagaattaaggaccttaatgttggtcagagaagatttaatttcacaaatcgtactcctgagcaacgagttttgaaacaaagag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  7481842 attaaggaacttagtaagagaattgaggctcttaatgttggtcagagaatttttaattttacaaatcgtacacctgagcaacgagttttgaaacaacgag 7481941  T
Q  101 aaactcactcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagtttttgttgtttaacaccggcaacaatgtgaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||    
T  7481942 aaactcactcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaagagttgatagagtt---gttgtttaacaccggcaacaatgtgaa 7482038  T
Q  201 agagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacagagaagtgcaacaacatttt 300  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7482039 agagaatgtttcaattatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacaaagaagtgcaacaacatttt 7482138  T
Q  301 gagttgaaaaaatgggtctgtatttcggatgattttgatgtaaaagttattattgcaaagatcatagaatctcaaactaatgttgagatggataaagtgc 400  Q
     |||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  7482139 cagttgaaaaagtgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgcatcaaagatcatagaatctaaaactaatgatgagatggataaagtgc 7482238  T
Q  401 aatcgaaactccgcgaaaaagttgatggccgaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcgtgatctttggcttcaattgatgacact 500  Q
    ||| | | ||||| ||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  7482239 aattggagctccgtgaaaaagttgaaggaagaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcgtgatctttggcttgaattgatgagact 7482338  T
Q  501 gttgaaagacggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagaaggttgccaaggcaagtggttcatcttctatcttgtttttagagggt 600  Q
    | |||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||| |||||    
T  7482339 gctgaaaggcggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagaaggttgccaaggcaagtggtacatcttctatcttcaatttaaagggt 7482438  T
Q  601 ctcagtgaaaaacaatcttggacattatt 629  Q
    ||   ||||||||||||||||| ||||||    
T  7482439 ctggatgaaaaacaatcttggagattatt 7482467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 427; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 629
Target Start/End: Original strand, 7519911 - 7520536
Alignment:
Q  1 attaaggaacttagtaagagaattaaggaccttaatgttggtcagagaagatttaatttcacaaatcgtactcctgagcaacgagttttgaaacaaagag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  7519911 attaaggaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaaaagaagttttaactttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaacgag 7520010  T
Q  101 aaactcactcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagtttttgttgtttaacaccggcaacaatgtgaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||  ||||||||||||     
T  7520011 aaactcactcctttattcgtgcagaagaagttattggaagagaggaggagaagaaagagttgatagagtt---gttgtttaacactagcaacaatgtgac 7520107  T
Q  201 agagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacagagaagtgcaacaacatttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||||| ||||||||    
T  7520108 agagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaatttgtatacaatgacaagaaagtgcaagaacatttt 7520207  T
Q  301 gagttgaaaaaatgggtctgtatttcggatgattttgatgtaaaagttattattgcaaagatcatagaatctcaaactaatgttgagatggataaagtgc 400  Q
    ||||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  7520208 gagtttaaaaaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgctgcaaagatcacagaatctcaaactaatgttgagatggataaagttc 7520307  T
Q  401 aatcgaaactccgcgaaaaagttgatggccgaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcgtgatctttggcttcaattgatgacact 500  Q
    ||| | ||||||| ||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  7520308 aattggaactccgtgaaaaagttgaaggaagaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcgtaatctttggcttgaattgatgacact 7520407  T
Q  501 gttgaaagacggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagaaggttgccaaggcaagtggttcatcttctatcttgtttttagagggt 600  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  | |||||||||| |||||    
T  7520408 gctgaaagatggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagatggttgccaaggcaagtggttcttctttcaccttgtttttacagggt 7520507  T
Q  601 ctcagtgaaaaacaatcttggacattatt 629  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7520508 ctcggtgaaaaacaatcttggacattatt 7520536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 7722570 - 7721946
Alignment:
Q  1 attaaggaacttagtaagagaattaaggaccttaatgttggtcagagaagatttaatttcacaaatcgtactcctgagcaacgagttttgaaacaaagag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| | ||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7722570 attaaggaacttagtaagagaattgaggcccttaatattgataagagaagttttaattttacaaatcgcacacctgagcaacgagttttgagacaaagag 7722471  T
Q  101 aaactcactcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagtttttgttgtttaacaccggcaacaatgtgaa 200  Q
    ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||    
T  7722470 aaactcattcttttattcgcgaggaagaagttattggaagagataaggagaagaaagagctgatagagtt---gttgtttaacaccggcaacaatttgaa 7722374  T
Q  201 agagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacagagaagtgcaacaacatttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||    
T  7722373 agagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggactcggaaagactgcgcttgctcaacttgtatacggcgacaaagaagtgcaacaacatttt 7722274  T
Q  301 gagttgaaaaaatgggtctgtatttcggatgattttgatgtaaaagttattattgcaaagatcatagaatctcaaactaatgttgagatggataaagtgc 400  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||    
T  7722273 gagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgcttcaaagatcatagaatctaaaactagtgttgagatcgataaagtgc 7722174  T
Q  401 aatcgaaactccgcgaaaaagttgatggccgaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcgtgatctttggcttcaattgatgacact 500  Q
    |||| | |||||| ||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7722173 aatctatactccgtgaaaaagttgaagggataagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcgtgatctttggcttcaattgatgacact 7722074  T
Q  501 gttgaaagacggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagaaggttgccaaggcaagtggttcatcttctatcttgtttttagagggt 600  Q
    | ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||| ||||     
T  7722073 gctgaaagacggcacggaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagaaggttgccaaggcaagtggtccatcttctatcttcaatttaaaggga 7721974  T
Q  601 ctcagtgaaaaacaatcttggacattat 628  Q
    |||  ||||||| ||||||||| |||||    
T  7721973 ctcgatgaaaaagaatcttggagattat 7721946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 629
Target Start/End: Original strand, 7494244 - 7494869
Alignment:
Q  1 attaaggaacttagtaagagaattaaggaccttaatgttggtcagagaagatttaatttcacaaatcgtactcctgagcaacgagttttgaaacaaagag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | |||||   |||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  7494244 attaaggaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttgctaagagagtctttaattttacaaatcgtgcacctgagcaacgagttttgagagaaagag 7494343  T
Q  101 aaactcactcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagtttttgttgtttaacaccggcaacaatgtgaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||    
T  7494344 aaactcactcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagtt---gttgtttaacaccggcaacaatgtgaa 7494440  T
Q  201 agagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacagagaagtgcaacaacatttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||   ||||| |||||||||||    
T  7494441 agagaatgtttcagttatttctataattggaatcggaggactggggaagactgcgcttgctcaatttgtatacaatgacaagaaagtgaaacaacatttt 7494540  T
Q  301 gagttgaaaaaatgggtctgtatttcggatgattttgatgtaaaagttattattgcaaagatcatagaatctcaaactaatgttgagatggataaagtgc 400  Q
    ||||| ||||||||||| ||| |||| || |||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| | ||||  | |||||| ||  ||||||    
T  7494541 gagtttaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaaaagttattgctgcaaagatcataaaatctaacactacagctgagatagaagaagtgc 7494640  T
Q  401 aatcgaaactccgcgaaaaagttgatggccgaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcgtgatctttggcttcaattgatgacact 500  Q
    ||| | |||||||||| |||||| | |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  7494641 aattggaactccgcgataaagttaaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcgtaatctttggcttgaattgatgacact 7494740  T
Q  501 gttgaaagacggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagaaggttgccaaggcaagtggttcatcttctatcttgtttttagagggt 600  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  | |||||| ||| |||||    
T  7494741 gctgaaagatggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagatggttgccaaggcaagtggttcttctttcaccttgttcttacagggt 7494840  T
Q  601 ctcagtgaaaaacaatcttggacattatt 629  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7494841 ctcggtgaaaaacaatcttggacattatt 7494869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 629
Target Start/End: Original strand, 7527961 - 7528586
Alignment:
Q  1 attaaggaacttagtaagagaattaaggaccttaatgttggtcagagaagatttaatttcacaaatcgtactcctgagcaacgagttttgaaacaaagag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | |||||   |||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  7527961 attaaggaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttgataagagagtctttaattttacaaatcgcgcacctgagcaacgagttttgagagaaagag 7528060  T
Q  101 aaactcactcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagtttttgttgtttaacaccggcaacaatgtgaa 200  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||   ||||||||||||  |||||||||||||    
T  7528061 aaactcactcctttattagtgcagaagatgttattggaagagatgaggaaaagaaagagttgatagagtt---gttgtttaacactagcaacaatgtgaa 7528157  T
Q  201 agagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacagagaagtgcaacaacatttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||||| ||||||||    
T  7528158 agagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaatttgtatacaatgacaagaaagtgcaagaacatttt 7528257  T
Q  301 gagttgaaaaaatgggtctgtatttcggatgattttgatgtaaaagttattattgcaaagatcatagaatctcaaactaatgttgagatggataaagtgc 400  Q
    ||||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||| ||||| | ||||  | |||||||||  ||||||    
T  7528258 gagtttaaaaaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgctgcaaagatcataaaatctaacactacagctgagatggaagaagtgc 7528357  T
Q  401 aatcgaaactccgcgaaaaagttgatggccgaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcgtgatctttggcttcaattgatgacact 500  Q
    ||| | |||||||| | |||||| | |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||| |||    
T  7528358 aattggaactccgcaataaagttaaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgagaaccgtaatctttggcttgaattgatgatact 7528457  T
Q  501 gttgaaagacggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagaaggttgccaaggcaagtggttcatcttctatcttgtttttagagggt 600  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  7528458 gctgaaagacggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagatggttgccaaggcaagtggttcatcttctatcttgtttttgaagggt 7528557  T
Q  601 ctcagtgaaaaacaatcttggacattatt 629  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7528558 ctcagtgaaaaacaatcttggacattatt 7528586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 7714283 - 7713921
Alignment:
Q  1 attaaggaacttagtaagagaattaaggaccttaatgttggtcagagaagatttaatttcacaaatcgtactcctgagcaacgagttttgaaacaaagag 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |  | ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7714283 attaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagag 7714184  T
Q  101 aaactcactcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagtttttgttgtttaacaccggcaacaatgtgaa 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7714183 aaactcactcctttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaagagttgatagag---ttgttgtttaacaccggcaacgatgtgaa 7714087  T
Q  201 agagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaagac-tgcacttgctcaacttgtatacaatgacagagaagtgcaacaacattt 299  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||   ||||| ||||||| ||||||||||    
T  7714086 ggagaatgtttcagttatttctataattggaatcggaggacttggaaagacgtgcacttgctcaacttttatatggtgacaaagaagtgaaacaacattt 7713987  T
Q  300 tgagttgaaaaaatgggtctgtatttcggatgattttgatgtaaaagttattattgcaaagatcat 365  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||    
T  7713986 tgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaagatattgctgcaaagatcat 7713921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 195
Target Start/End: Original strand, 7506508 - 7506699
Alignment:
Q  1 attaaggaacttagtaagagaattaaggaccttaatgttggtcagagaagatttaatttcacaaatcgtactcctgagcaacgagttttgaaacaaagag 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7506508 attaatgaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaagagaatttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagag 7506607  T
Q  101 aaactcactcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagtttttgttgtttaacaccggcaacaat 195  Q
    |||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  7506608 aaactcactcttttattcgcgaggaataagttattggaagagatgaggagaagaaagagttgatagag---ttgttgtttaacaccggcaacaat 7506699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 227 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 18035241 - 18035190
Alignment:
Q  227 ttggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatga 278  Q
    |||| ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18035241 ttggcattggaggattaggtaagactgcacttgctcaacttgtctacaatga 18035190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 63; Significance: 5e-27; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 70 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 16750524 - 16750324
Alignment:
Q  70 actcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagt 169  Q
    ||||||||| |||||||| |||  || |||| |||||| ||||| |||||||||||| |||| || |||||||| || || |||||  | |||||| |||    
T  16750524 actcctgagaaacgagttatgaggcagagagtaactcattccttcattcgtgaggaaaaagtcataggaagagacgacgaaaagaaggatttgataaagt 16750425  T
Q  170 ttttgttgtttaacaccggcaacaatgtgaaagagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgt 269  Q
    | ||||||   ||||| | || | |||| ||||  ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  16750424 tattgttg---aacactgacatcgatgtcaaaggaaatgtttcagttatttccatcattggaattggaggacttggaaagaccgca-ttgctcaacttgt 16750329  T
Q  270 ataca 274  Q
     ||||    
T  16750328 gtaca 16750324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 433 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 16750148 - 16749959
Alignment:
Q  433 agatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcgtgatctttggcttcaattgatgacactgttgaaagacggcgcagaaggaagtaaaataa 532  Q
    |||||||||||  | || |||||||  ||||||||||| |||||   ||||||||| ||||||||||||||||  || || ||| |||||||||||||      
T  16750148 agatatttgctcattttagatgacatgtggaatgaggagcgtgaaaattggcttcagttgatgacactgttgagggatggagcaaaaggaagtaaaattg 16750049  T
Q  533 ttatcaccgcaagaagtgagaaggttgccaaggcaagtggttcatcttctatcttgtttttagagggtctcagtgaaaaacaatcttgga 622  Q
    | || ||  |||| || |||| ||| ||||||  ||||||  |||||||  |||| | |||| |||||||   |||||||||||||||||    
T  16750048 tcataactacaaggagcgagacggtggccaagataagtggaacatcttccctcttctctttaaagggtcttgatgaaaaacaatcttgga 16749959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 227 - 278
Target Start/End: Original strand, 4497228 - 4497279
Alignment:
Q  227 ttggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatga 278  Q
    |||| ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4497228 ttggcattggaggattaggtaagactgcacttgctcaacttgtctacaatga 4497279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 227 - 278
Target Start/End: Original strand, 4528479 - 4528530
Alignment:
Q  227 ttggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatga 278  Q
    |||| ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4528479 ttgggattggaggattaggtaagactgcacttgctcaacttgtctacaatga 4528530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 256 - 302
Target Start/End: Original strand, 10184242 - 10184288
Alignment:
Q  256 cttgctcaacttgtatacaatgacagagaagtgcaacaacattttga 302  Q
    |||||||||||||| |||||||| | |||||| ||||||||||||||    
T  10184242 cttgctcaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttga 10184288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 256 - 302
Target Start/End: Original strand, 10260698 - 10260744
Alignment:
Q  256 cttgctcaacttgtatacaatgacagagaagtgcaacaacattttga 302  Q
    |||||||||||||| |||||||| | |||||| ||||||||||||||    
T  10260698 cttgctcaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttga 10260744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 256 - 308
Target Start/End: Original strand, 10032003 - 10032055
Alignment:
Q  256 cttgctcaacttgtatacaatgacagagaagtgcaacaacattttgagttgaa 308  Q
    ||||| |||||||| |||||||| | |||||| |||||||||||||| |||||    
T  10032003 cttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatttgaa 10032055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 256 - 308
Target Start/End: Original strand, 10126928 - 10126980
Alignment:
Q  256 cttgctcaacttgtatacaatgacagagaagtgcaacaacattttgagttgaa 308  Q
    ||||| |||||||| |||||||| | |||||| |||||||||||||| |||||    
T  10126928 cttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatttgaa 10126980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 256 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 10363867 - 10363815
Alignment:
Q  256 cttgctcaacttgtatacaatgacagagaagtgcaacaacattttgagttgaa 308  Q
    ||||| |||||||| |||||||| | |||||| |||||||||||||| |||||    
T  10363867 cttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatttgaa 10363815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 256 - 308
Target Start/End: Original strand, 10663526 - 10663578
Alignment:
Q  256 cttgctcaacttgtatacaatgacagagaagtgcaacaacattttgagttgaa 308  Q
    ||||| |||||||| |||||||| | |||||| |||||||||||||| |||||    
T  10663526 cttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatttgaa 10663578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 256 - 308
Target Start/End: Original strand, 11769234 - 11769286
Alignment:
Q  256 cttgctcaacttgtatacaatgacagagaagtgcaacaacattttgagttgaa 308  Q
    |||||||||||||| |||||||| | |||||| |||||| ||||||| |||||    
T  11769234 cttgctcaacttgtctacaatgataaagaagttcaacaatattttgatttgaa 11769286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University