View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11533_high_1 (Length: 852)

Name: NF11533_high_1
Description: NF11533
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11533_high_1
NF11533_high_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (11-836)||(42392625-42393450)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 777; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 777; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 836
Target Start/End: Complemental strand, 42393450 - 42392625
Alignment:
Q  11 cataggaaggggcggacgcatgtaggaatatgcagtttccaaattacactccaattgcgttgaatgaattcatgagcaggttcaacaattagcaattagc 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42393450 cataggaaggggcggacgcatgtaggaatatgcagtttccaaattacactccaattgcgttgaatgaattcacgagcaggttcaacaattagcaattagc 42393351  T
Q  111 ttcatacgtaagctgtatgaagacttgacagaaaattttccatcacttgacacattccagatacgacagtccatgatatctctgctaaaaagcggcattt 210  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  42393350 ctcatacgtaagctgtatgaagacttgacagaatattttccatcacttgacacattccagatacgacagtccatgatatctctgctaaaaagaggcattt 42393251  T
Q  211 gaaaaattgcatcagcatcaaaagtattaaaactagcactcctcgtgtcattgttccaagagagaagatcagaagacatcagactgtgtactgtcaaccc 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42393250 gaaaaattgcatcagcatcaaaagtattaaaactagcactcctcgtgtcattgttccaagagagaagatcagaagacatcagactgtgtactgtcaaccc 42393151  T
Q  311 gagaaggtgagggtatggcgaatctaaggatcattccaaatgttaattttggaaccatctccagatgttatttaaaaaactcacaatacataataaattt 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42393150 gagaaggtgagggtatggcgaatctaaggatcattccaaatgttaattttggaaccatctccagatgttatttaaaaaactcacaatacataataaattt 42393051  T
Q  411 agatgcatacatatactatatacactgtttttattgttcttgcatttttattttgaaaattgttaatgatagtaacgctaagttttatctctagagtaac 510  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42393050 agatgcatacatatactatacacactgtttttattgttcttgcatttttattttgaaaattgttaatgatagtaacgataagttttatctctagagtaac 42392951  T
Q  511 tcatcatcttatggagggaattatgctataaaaccttggcatggacacaatgcaatatcacattcatnnnnnnngttgtgctttgtagaagtgagtgaat 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  42392950 tcatcatcttatggagggaattatgctataaaaccttggcatggacacaatgcaatatcacattcataaaaaaagttgtgctttgtagaagtgagtgaat 42392851  T
Q  611 tgcattgaagatatgaatatcagctgggtttataaacatgcacttaggattacattcatctgagatggcttcaagctcatgtatctacctcatgtcgtaa 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42392850 tgcattgaagatatgaatatcagctgggtttataaacatgcacttaggattacattcatctgagatggcttcaagttcatgtatctacctcatgtcgtaa 42392751  T
Q  711 aatgtagtgagagtttattttttccttagttttgaagtgtactactaatggccaggccaggtctaaggaatttttcttacaattttttaacttaaccaaa 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42392750 aatgtagtgagagtttattttttccttagttttgaagtgtactactaatggccaggccaggtctaaggaatttttcttacaattttttaacttaaccaaa 42392651  T
Q  811 tgaaagttaaaaagtggagtgataag 836  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  42392650 tgaaagttaaaaagtggagtgataag 42392625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University