View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11535_low_11 (Length: 250)

Name: NF11535_low_11
Description: NF11535
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11535_low_11
NF11535_low_11
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-240)||(8522623-8522862)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-237)||(25523368-25523604)
chr6 (87-237)||(24140436-24140586)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (4-237)||(11117666-11117899)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (1-237)||(34233127-34233363)
chr5 (1-237)||(34240900-34241136)
chr5 (1-237)||(41713892-41714128)
chr5 (1-237)||(41572353-41572589)
chr5 (1-237)||(41617992-41618228)
chr5 (4-240)||(42123003-42123239)
chr5 (1-239)||(42128394-42128632)
chr5 (1-237)||(42117252-42117488)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-239)||(12247959-12248197)
chr2 (1-239)||(11994732-11994971)
chr2 (182-237)||(32682256-32682311)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 240
Target Start/End: Original strand, 8522623 - 8522862
Alignment:
Q  1 aagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagat 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8522623 aagtttccttcataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagac 8522722  T
Q  101 tgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccagttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8522723 tgttaagattggttaattccaaaggaatcacatcggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaat 8522822  T
Q  201 atgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatg 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522823 atgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatg 8522862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 133; Significance: 3e-69; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 25523604 - 25523368
Alignment:
Q  1 aagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||||||||| | | | ||||||||||||| || ||||||||||     
T  25523604 aagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtgttgaattgctttcctctaggtatttctcccaccaaatggttattggaaagattcatgacttcaagaa 25523505  T
Q  101 tgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccagttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaat 200  Q
     ||| | |||||||||||||  ||||||  |||| |||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25523504 agtttaaattggttaattccgcaggaatcacaccggttaacatattcagggaaagatccagagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaat 25523405  T
Q  201 atgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccct 237  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25523404 atgaccggtaagtctgttgtgggaaaggttaagccct 25523368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 87 - 237
Target Start/End: Original strand, 24140436 - 24140586
Alignment:
Q  87 caagacttcaagattgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccagttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcct 186  Q
    ||||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||||  | || |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||     
T  24140436 caagacttcaagactgttcatattggttaattccgaaggaatcacgccggttaacatatttgatgaaagattcaaagattccaagtatgtcaactttccg 24140535  T
Q  187 atggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccct 237  Q
    |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24140536 atggattggggaatatgaccagtaagtctgttatgggaaaggttaatccct 24140586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 126; Significance: 4e-65; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 4 - 237
Target Start/End: Original strand, 11117666 - 11117899
Alignment:
Q  4 tttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagattgt 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||| ||| ||||||||||||  |     
T  11117666 tttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccactagatggttatttgaaatatctaagacttcaagaaagc 11117765  T
Q  104 taagattggttaattccaaaggaattgcaccagttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatg 203  Q
      | ||||||||||||   ||||||  |||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||    
T  11117766 ccaaattggttaattctgcaggaatcacactggttaacatatttgatgaaagatccaaagattccaagtatgccaagtttcctatggagttgggaatatg 11117865  T
Q  204 acctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccct 237  Q
    ||| |||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  11117866 accagtaagtctgttacgggaaagattaagccct 11117899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 121; Significance: 4e-62; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 34233363 - 34233127
Alignment:
Q  1 aagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagat 100  Q
    ||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||     
T  34233363 aagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagac 34233264  T
Q  101 tgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccagttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaat 200  Q
    |||| | ||||||||||||   ||||||   |||||| | ||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||  |||||    
T  34233263 tgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattgaggaat 34233164  T
Q  201 atgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccct 237  Q
    | |||| || ||||||||||| |||||||||||||||    
T  34233163 aggaccagtgagtctgttatgtgaaaggttaagccct 34233127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 34241136 - 34240900
Alignment:
Q  1 aagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagat 100  Q
    ||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||     
T  34241136 aagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagac 34241037  T
Q  101 tgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccagttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaat 200  Q
    |||| | ||||||||||||   ||||||   |||||| | ||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||  |||||    
T  34241036 tgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattgaggaat 34240937  T
Q  201 atgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccct 237  Q
    | |||| || ||||||||||| |||||||||||||||    
T  34240936 aggaccagtgagtctgttatgtgaaaggttaagccct 34240900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 41714128 - 41713892
Alignment:
Q  1 aagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||     
T  41714128 aagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaactgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattagaaagatccaagacttcaagaa 41714029  T
Q  101 tgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccagttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaat 200  Q
     ||  | ||||||||| |  | ||||||   |||||| | ||||||||| || |||||||| |||||||||| | |||||||||| |||||||  |||||    
T  41714028 agtccaaattggttaactttacaggaatccgaccagtgagcatatttgacgagagatccaatgattccaagtttatcaagtttcccatggattggggaat 41713929  T
Q  201 atgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccct 237  Q
     ||||| || ||| ||||||  |||||||||||||||    
T  41713928 gtgaccagtgagtttgttatatgaaaggttaagccct 41713892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 41572589 - 41572353
Alignment:
Q  1 aagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagat 100  Q
    |||||||||||||| || ||||| | ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||  ||||||| ||| ||| ||| |     
T  41572589 aagtttccttcatatgagtcattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaatac 41572490  T
Q  101 tgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccagttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaat 200  Q
     ||| |||||| |||||||  |||||||| ||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| |||||  |||||    
T  41572489 cgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaat 41572390  T
Q  201 atgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccct 237  Q
    | |||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  41572389 aggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccct 41572353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 41618228 - 41617992
Alignment:
Q  1 aagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagat 100  Q
    |||||||||||||| || ||||| | ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||  ||||||| ||| ||| ||| |     
T  41618228 aagtttccttcatatgagtcattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaatac 41618129  T
Q  101 tgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccagttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaat 200  Q
     ||| |||||| |||||||  |||||||| ||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| |||||  |||||    
T  41618128 cgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaat 41618029  T
Q  201 atgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccct 237  Q
    | |||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  41618028 aggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccct 41617992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 4 - 240
Target Start/End: Original strand, 42123003 - 42123239
Alignment:
Q  4 tttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagattgt 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||| ||| ||||||||||||  |     
T  42123003 tttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaactgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttatttgaaatatctaagacttcaagaaagc 42123102  T
Q  104 taagattggttaattccaaaggaattgcaccagttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatg 203  Q
      | |||||||| |||   ||||||  || |||| | ||||||||| || ||||||||  ||||||||| || ||||| ||| || ||||  |||||| |    
T  42123103 ccaaattggttagttctgcaggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccaaccattccaagtttgacaagtatccaattgattggggaatagg 42123202  T
Q  204 acctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatg 240  Q
    |||  | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42123203 accattgagtctgttatgggaaaggttaagccctatg 42123239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 42128394 - 42128632
Alignment:
Q  1 aagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||||     
T  42128394 aagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaattgcggtccttgaggtatttctcccactagatggttatttgaaagatctaagacttcaagaa 42128493  T
Q  101 tgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccagttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaat 200  Q
         | |||| |||||||   ||||||  || |||| | || |||||| || ||||||||  ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||    
T  42128494 aacccaaattgcttaattctgcaggaatcacatcagtgagcacatttgatgagagatccaaccattccaagtttgtcaagtttcccatggattttggaat 42128593  T
Q  201 atgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctat 239  Q
    | | ||  | ||| |||||||||||||||| || |||||    
T  42128594 agggccaatgagtttgttatgggaaaggttgagtcctat 42128632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 42117252 - 42117488
Alignment:
Q  1 aagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagat 100  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| ||| |||| ||| |||    |||||||||||| |||||| ||| | ||||||||||||| |||||||| ||||     
T  42117252 aagtttcctttgtaggaatcatttggaaatgtatcgaagtgcggctcttgaggtatttttcccactagatggttattggaaagattcaagacttgaagaa 42117351  T
Q  101 tgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccagttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaat 200  Q
     ||  | ||||||||||||   ||| ||   ||| || | ||||||||| || |||||||| |||||||||| || ||||||||| |||||||| |||||    
T  42117352 agtctaaattggttaattctgcagggatcataccggtaagcatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgacaagtttcccatggatttgggaat 42117451  T
Q  201 atgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccct 237  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  42117452 atgaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccct 42117488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 59; Significance: 4e-25; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 12247959 - 12248197
Alignment:
Q  1 aagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagat 100  Q
    ||||||||| |||| |||||||||| ||| || | ||| || |||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||  || || ||| |||||     
T  12247959 aagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcgaactgttttcctcgaggtatttctcccactagatggttattggaaaagtctaaaactgcaagaa 12248058  T
Q  101 tgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccagttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaat 200  Q
     |   | |||||||||||     |||||  || |||| | ||||||||| || |||||||   ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||    
T  12248059 agcccaaattggttaattttgctggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaat 12248158  T
Q  201 atgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctat 239  Q
    | ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12248159 aggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctat 12248197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 11994971 - 11994732
Alignment:
Q  1 aagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattg-aattgctttccttgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaaga 99  Q
    ||||||||| |||| |||||||||| ||| || | | || || |||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||  || || ||| |||||    
T  11994971 aagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcggaactgttttcctcgaggtatttctcccactagatggttattggaaaagtctaaaactgcaaga 11994872  T
Q  100 ttgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccagttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaa 199  Q
      |   | |||||||||||     |||||  || |||| | ||||||||| || |||||||   ||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||    
T  11994871 aagcccaaattggttaattttgctggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaa 11994772  T
Q  200 tatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctat 239  Q
    || ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11994771 taggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctat 11994732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 182 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 32682311 - 32682256
Alignment:
Q  182 ttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccct 237  Q
    |||| |||||||  ||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||    
T  32682311 ttcccatggattggggaatatgatcggtgagtctgttatgggaaaggttaagccct 32682256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University