View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF11537_low_7 (Length: 664)
Name: NF11537_low_7
Description: NF11537
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11537_low_7 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 607; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 607; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 39882667 - 39882033
Alignment:
| Q |
13 |
acatcaaacacaacgcagacacgtagtgaagttaattgtttgttagtttccttacattaaatgccgattcaaggattcgatgctcgaatccggaaagtac |
112 |
Q |
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||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
39882667 |
acatcgaacacaacgcagacacgtagtgaagttaattgtttgttagtttccttacattaaatgccgattcaaggattcgatgctcgaatccggaaagtac |
39882568 |
T |
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| Q |
113 |
tgataatggagctcctcctccaatatagaaagactacaaacatgtaaagcaaacatatcatttaatggattagcaagattaatcaaactatatataaagg |
212 |
Q |
| |
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|
|
| T |
39882567 |
tgataatggagctcctcctccaatatagaaagactacaaacatgtaaagcaaacatatcatttaatggattagcaagattaatcaaactatatataaagg |
39882468 |
T |
|
| Q |
213 |
tattggttatgcaaatgcttgtatatacctggaaaataccaattctcaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagtttttgaccctcacc |
312 |
Q |
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| T |
39882467 |
tattggttatgcaaatgcttgtatatacctggaaaataccaattctcaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagtttttgaccctcacc |
39882368 |
T |
|
| Q |
313 |
aatattcgacaaatagaatgcagaaccagctggaatttgatatacatcccccttcttcaattcgctctcctccaattcatcctcatacatgattccaacc |
412 |
Q |
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| T |
39882367 |
aatattcgacaaatagaatgcagaaccagctggaatttgatatacatcccccttcttcaattcgctctcctccaattcatcctcatacatgattccaacc |
39882268 |
T |
|
| Q |
413 |
tttgcttcccctgaaatccattttcaacttaactcctgaattctaaaatttccaacatacagttataaaattaggaattacatattggagtttcacaagt |
512 |
Q |
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| T |
39882267 |
tttgcttcccctgaaatccattttcaacttaactcctaaattctaaaatttccaacatacagttataaaattaggaattacatcttggagtttcacaagt |
39882168 |
T |
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| Q |
513 |
gatctcaagttcctatatttttacttcactgtaaattttaaaaatataactatgttactcct-atatttttagtcatgcagatcatacaaagcagttatt |
611 |
Q |
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| T |
39882167 |
gatctcaagttcctatatttttacttcactgtaaattttaaaaatataactatgttactcctaagatttttagtcatgcagatcatacaatgcagttatt |
39882068 |
T |
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| Q |
612 |
tgttcaagcaaccaaaactattatcaaggttttac |
646 |
Q |
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| T |
39882067 |
tgttcaagcaaccaaaactattatcaaggttttac |
39882033 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 436; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 39910033 - 39909404
Alignment:
| Q |
12 |
gacatcaaacacaacgcagacacgtagtgaagttaattgtttgttagtttccttacattaaatgccgattcaaggattcgatgctcgaatccggaaagta |
111 |
Q |
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|
|
| T |
39910033 |
gacatcaaactcaacaccgacacatagtgaagtt----gtttgttagtttccttacattaaatgcggattcaaggatttgaggctcgaatccggaaaata |
39909938 |
T |
|
| Q |
112 |
ctgataatggagctcctcctccaatatagaaagactacaaacatgtaaagcaaacatatcatttaatggattagcaagattaatcaaactatatataaag |
211 |
Q |
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| T |
39909937 |
ccgacactggagctcctcctccaatatagaatgactacaaacatgtaaaccaaccatatcattaaatggattagcaacattaatcaaattatatataaag |
39909838 |
T |
|
| Q |
212 |
gtattggttatgcaaatgcttgtatatacctggaaaataccaattctcaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagtttttgaccctcac |
311 |
Q |
| |
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|
| T |
39909837 |
gtattgattatacaaatgcttgtatatacctggaaaataccaattcccaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagtttttgaccctccc |
39909738 |
T |
|
| Q |
312 |
caatattcgacaaatagaatgcagaaccagctggaatttgatatacatcccccttcttcaattcgctctcctccaattcatcctcatacatgattccaac |
411 |
Q |
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|
|
| T |
39909737 |
caatatttgacaaataaaatgcagaaccagctggaatttgatacacatcccccttcttcaattcactctcctccaattcattctcatacatgaatccaac |
39909638 |
T |
|
| Q |
412 |
ctttgcttcccctgaaatccattttcaacttaactcctgaattctaaaatttccaacatacagttataaaattaggaattacatattggagtttcacaag |
511 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
39909637 |
ctttgcttcccctgaaatccattttcaacttaactcctaaattctaaaatttccaacatacagttat--aattaggaattacatcttggagtttcgcaag |
39909540 |
T |
|
| Q |
512 |
tgatctcaagttcctatatttttacttcactgtaaattttaaaaatataactatgttactcctat-atttttagtcatgcagatcatacaaagcag-tta |
609 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
39909539 |
tgatctcaagttcctatatttttacttcactttaaattttaaaaatctaactatgttactcctatgatttttagtcatgcagatcatacggtgcagtttt |
39909440 |
T |
|
| Q |
610 |
tttgttcaagcaaccaaaactattatcaaggtttta |
645 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |
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|
| T |
39909439 |
tttgttcaagataccaaaactactatcaaggtttta |
39909404 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 39921351 - 39920724
Alignment:
| Q |
13 |
acatcaaacacaacgcagacacgtagtgaagttaattgtttgttagtttccttacattaaatgccgattcaaggattcgatgctcgaatccggaaagtac |
112 |
Q |
| |
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||||| ||||| |||| ||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |
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|
| T |
39921351 |
acatcgaacacgacgccgacacatagtgaagtt----gtttgtttgtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaaatac |
39921256 |
T |
|
| Q |
113 |
tgataatggagctcctcctccaatatagaaagactacaaacatgtaaagcaaacatatcatttaatggattagcaagattaatcaaactatatataaagg |
212 |
Q |
| |
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|| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
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|
| T |
39921255 |
cgacactggagctcctcctccaatatagaaagactacaaacatataaacaaaccatatcattaaatggattagcaagattaatcaaattatatataaagg |
39921156 |
T |
|
| Q |
213 |
tattggttatgcaaatgcttgtatatacctggaaaataccaattctcaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagtttttgaccctcacc |
312 |
Q |
| |
|
||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
39921155 |
tattgcttatacaaatgcttgtatatacctggaaaataccaattcccaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagtttttgaccctcccc |
39921056 |
T |
|
| Q |
313 |
aatattcgacaaatagaatgcagaaccagctggaatttgatatacatcccccttcttcaattcgctctcctccaattcatcctcatacatgattccaacc |
412 |
Q |
| |
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||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
39921055 |
aatattcgacaaataaaatgcagaaccagctggaatttgatatacatcccccttcttcaattcgctctcctccaattcattctcatacatgaatccaacc |
39920956 |
T |
|
| Q |
413 |
tttgcttcccctgaaatccattttcaacttaactcctgaattctaaaatttccaacatacagttataaaattaggaattacatattggagtttcacaagt |
512 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
39920955 |
tttgcttcccctgaaatccattttcaacttaactcctaaattctaaaatttccaacatacagt--ttcaattaggaattacatcttggagttttacaagt |
39920858 |
T |
|
| Q |
513 |
gatctcaagttcctatatttttacttcactgtaaattttaaaaatataactatgttactcct-atatttttagtcatgcagatcatacaaagcagttatt |
611 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||| || |
|
|
| T |
39920857 |
gatctcaagttcctatattttttcttcactttaaattttaaaaatctaactatgttactcctaaaatttgtagtcatgcagatcatacagtgcagttttt |
39920758 |
T |
|
| Q |
612 |
tgttcaagcaaccaaaactattatcaaggtttta |
645 |
Q |
| |
|
| | ||||||||||| ||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
39920757 |
ttgttaagcaaccaaagctactatcaaggtttta |
39920724 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 46 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 39813545 - 39813153
Alignment:
| Q |
46 |
aattgtttgttagtttccttacattaaatgccgattcaaggattcgatgctcgaatccggaaagtactgataatggagctcctcctccaatatagaaaga |
145 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39813545 |
aattgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaagtaccgacactggagctcctcctccaatatagaaaga |
39813446 |
T |
|
| Q |
146 |
ctacaaacatgtaaagcaaacatatcatttaatggattagcaagattaatcaaactatatataaaggtattggtt----atgcaaatgcttgtatatacc |
241 |
Q |
| |
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|||||| ||| |||| | ||||| |||| ||| | |||||||||| | ||||||||||||||||| || || ||||||| | |||||||| |
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|
| T |
39813445 |
ctacaa-catataaacaagccatat----taattcattcgaaagattaatcgtattatatataaaggtattgattgattatacaaatgcatatatatacc |
39813351 |
T |
|
| Q |
242 |
tggaaaataccaattctcaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagtttttgaccctcaccaatattcgacaaatagaatgcagaaccag |
341 |
Q |
| |
|
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|
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| T |
39813350 |
tggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccccagtattcaacaaatagaatgcagaaccag |
39813251 |
T |
|
| Q |
342 |
ctggaatttgatatacatcccccttcttcaattcgctctcctccaattcatcctcatacatgattccaacctttgcttcccctgaaatccattttcaa |
439 |
Q |
| |
|
| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| | | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39813250 |
caggaatttgatacacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatcctcatttacaaatcccacctttgcttctcctgaaatccattttcaa |
39813153 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 11 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 39825085 - 39824654
Alignment:
| Q |
11 |
ggacatcaaacacaacgcagacacgtagtgaagttaattgtttgttagtttccttacattaaatgccgattcaaggattcgatgctcgaatccggaaagt |
110 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| || |
|
|
| T |
39825085 |
ggacatcgaacacaacacagacacatagtgaagtt----gtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaggt |
39824990 |
T |
|
| Q |
111 |
actgataatggagctcctcctccaatatagaaagactacaaacatgtaaagcaaacatatcatttaatggattagcaagattaatcaaactatatataaa |
210 |
Q |
| |
|
||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| | ||| ||||| ||||| ||||||||||| | ||||||| || |
|
|
| T |
39824989 |
actgacagtggggctccacctccaatatagaaagactacaa-catataaa-caagc-tata--ttaatttattagaaagattaatcatattatatatgaa |
39824895 |
T |
|
| Q |
211 |
ggtat----tggttatgcaaatgcttgtatatacctggaaaataccaattctcaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagtttttgacc |
306 |
Q |
| |
|
|||| || |||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||| | |
|
|
| T |
39824894 |
agtatggattgattatacaaatgcatatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcgatgctacaaataatgtgaagcttttgagc |
39824795 |
T |
|
| Q |
307 |
ctcaccaatattcgacaaatagaatgcagaaccagctggaatttgatatacatcccccttcttcaattcgctctcctccaattcatcctcatacatgatt |
406 |
Q |
| |
|
||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||| ||| |||| | |
|
|
| T |
39824794 |
ctccccagtattcaacaaatagaatgcagaaccagctggaatttgatacacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatccttatatatgaat |
39824695 |
T |
|
| Q |
407 |
ccaacctttgcttcccctgaaatccattttcaacttaactc |
447 |
Q |
| |
|
|| |||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||| |
|
|
| T |
39824694 |
cccacctttgcttatcctgaaatccgttttcaagttaactc |
39824654 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 11 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 39805048 - 39804617
Alignment:
| Q |
11 |
ggacatcaaacacaacgcagacacgtagtgaagttaattgtttgttagtttccttacattaaatgccgattcaaggattcgatgctcgaatccggaaagt |
110 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39805048 |
ggacatcgaacacaatgccgacacgtagtgaagtt----gtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaagt |
39804953 |
T |
|
| Q |
111 |
actgataatggagctcctcctccaatatagaaagactacaaacatgtaaagcaaacatatcatttaatggattagcaagattaatcaaactatatataaa |
210 |
Q |
| |
|
|| || | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| | ||||| |||| ||||| |||||| ||| | |||||||||| |
|
|
| T |
39804952 |
accgacagtggggctccacctccaatatagaaagactacaa-catataaacaagccatat----taatttattagaaagattgatcgtattatatataaa |
39804858 |
T |
|
| Q |
211 |
ggt----attggttatgcaaatgcttgtatatacctggaaaataccaattctcaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagtttttgacc |
306 |
Q |
| |
|
||| |||| |||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | |
|
|
| T |
39804857 |
ggtattgattgattatacaaatgcatatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaagcttttgagc |
39804758 |
T |
|
| Q |
307 |
ctcaccaatattcgacaaatagaatgcagaaccagctggaatttgatatacatcccccttcttcaattcgctctcctccaattcatcctcatacatgatt |
406 |
Q |
| |
|
||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| | || | |
|
|
| T |
39804757 |
ctccccagtattcaacaaatagaatgcagaaccagcaggaatttgatacacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatcctcatttacgaat |
39804658 |
T |
|
| Q |
407 |
ccaacctttgcttcccctgaaatccattttcaacttaactc |
447 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||| |
|
|
| T |
39804657 |
cccacctttgcttctcctgaaattcatttacaagttaactc |
39804617 |
T |
|
Back To:
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