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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF11538_high_19 (Length: 596)
Name: NF11538_high_19
Description: NF11538
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11538_high_19 |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 520; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 520; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 577
Target Start/End: Original strand, 31180252 - 31180821
Alignment:
| Q |
8 |
aaaaagaaatgtcagggaggacaaaactataaaaatcctcaagacaaccatttcattacgaacaccataacgacagttgtaaaatacaaatatcgaacct |
107 |
Q |
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| T |
31180252 |
aaaaagaaatgtcagggaggacaaaactataaaaatcctcaagacaaccatttcattacgaacaccataacgacagttgtaaaatacaaatatcgaacct |
31180351 |
T |
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| Q |
108 |
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207 |
Q |
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| T |
31180352 |
ctgcaaatagactgcacaaagatagaggacttccgcagtgtagtatatgttttccgactaaaatgagttctagtatgcttttggataattgttgcagagt |
31180451 |
T |
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| Q |
208 |
tgctaagcatgtatgctctccgagcatccaattctgccatatgaccagctcttaggaatattttcgtttgccccatctggaaaattaacttaacacgatt |
307 |
Q |
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| T |
31180452 |
tgctaagcatgtatgctctcagagcatccaattctgccatatgaccagctcttaggaatattttcgtttgccccatctggaaaattaacttaacacgatt |
31180551 |
T |
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| Q |
308 |
atgaaaagttcggttcggcatacaagagcatcttgctaaaaagagtttcggttaacatatgtgagttagaacacacatttttcagcatgagcagtttaca |
407 |
Q |
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| T |
31180552 |
atgaaaagttcggttcagcatacaagagcatcttgctaaaaagagtttcggttaacatatgtgagttagaacacacatttttcagcatgagcagtttaca |
31180651 |
T |
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| Q |
408 |
tgccccaacaaatgtgtaagaaccagaaaaagatttacgaaaataccacaacagcagaatctaaacgacagcaagtttaatgttaaaggataacaannnn |
507 |
Q |
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| T |
31180652 |
tgccccaacaaatgtgtaagaaccagaaaaagatttacgaaaataccacaacagcagaatctaaacgacagcaagtttaatgttaaaggataacaatttt |
31180751 |
T |
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| Q |
508 |
nnnnnnnnnnaaatattagatggtagtaacaaattaaattcaatagaattccagttctacctgataacct |
577 |
Q |
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| T |
31180752 |
taatttttttaaatattagatggtagtaacaaattaaattcaatagaattccagttctacctgataacct |
31180821 |
T |
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Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 577
Target Start/End: Original strand, 31002776 - 31003351
Alignment:
| Q |
8 |
aaaaagaaatgtcagggaggacaaaactataaaaatcctcaagac--aaccatttcattacgaacaccataacgacagttgtaaaatacaaatatcgaac |
105 |
Q |
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| T |
31002776 |
aaaaagaaatgtcagggaggacaaaactataaaaatcctcatgatttaaccatttcaatacgaacaccataaggacagttgtaaaatacaaatatctaac |
31002875 |
T |
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| Q |
106 |
ctctgcaaatagactgcacaaagatagaggacttccgcagtgtagtatatgttttccgactaaaatgagttctagtatgcttttggataattgttgcaga |
205 |
Q |
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| T |
31002876 |
ctctgcaaatagactgcaaaaacaaagaggacttccgcagtgtagtatatcttttctgactaaaatgagttctagtatgcttttggataattgttgcaga |
31002975 |
T |
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| Q |
206 |
gttgctaagcatgtatgctctccgagcatccaattctgccatatgaccagctcttaggaatattttcgtttgccccatctggaaaattaacttaacacga |
305 |
Q |
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| T |
31002976 |
gttgctaagcatgtatgctctccgagcatccaattctgccatatgaccagctcttaggaataattttgtttgccctatctggaaaattaatttaacacga |
31003075 |
T |
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| Q |
306 |
ttatg-aaaagttcggttcggcatacaagagcatcttgctaaaaagagtttcggttaacatatgtgagtt-agaacacacatttttcagcatgagcagtt |
403 |
Q |
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| T |
31003076 |
ttatgaaaaagttcagttcaccatacaagagcatcttgctaaaaagagttttggt---aatatgtgagttaagaacacacatttttcagcatgagcagtt |
31003172 |
T |
|
| Q |
404 |
tacatgccc-caacaaatgtgtaagaaccagaaaaag-atttacgaaaatac-cacaacagcagaatctaaacgacagcaagtttaatgttaaaggataa |
500 |
Q |
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| T |
31003173 |
tacatgccctttacaaatgtttaagaaccagattttgtttttaccaaaatactaacaacagcagaatctaaacgacagcaagtttaatgttacaggataa |
31003272 |
T |
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| Q |
501 |
--caannnnnnnnnnnnnnaaatattagatggtagtaacaaattaaattcaatagaattccagttctacctgataacct |
577 |
Q |
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| T |
31003273 |
atatatatatatattttttaaatattagatggtagtaacaaattaaattcaatagaattccagttctacctgataacct |
31003351 |
T |
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