View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11538_high_6 (Length: 783)

Name: NF11538_high_6
Description: NF11538
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11538_high_6
NF11538_high_6
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-766)||(38313535-38314300)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 742; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 742; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 766
Target Start/End: Complemental strand, 38314300 - 38313535
Alignment:
Q  1 agcatcaagaaaaaagtatattgtcttttgaagaaaaagggattggcggccgagatgctttaccaaatgatggttcctcagtgtctttaaagaaaaagag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38314300 agcatcaagaaaaaagtatattgtcttttgaagaaaaagggattggcggccgagatgctttaccaaatgatggttcctcagtgtctttaaagaaaaagag 38314201  T
Q  101 tcaggaaaagaattccaagatagggggacataagctctgcttcaccgaaagtgataccacagataaacttcatcaagacacctcaaagactgatccacca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38314200 tcaggaaaagaattccaagatagggggacataagctctgcttcaccgaaagtgataccacagataaacttcatcaagacacctcaaagactgatccacca 38314101  T
Q  201 ctgtatgcaggggccacgttttcacttgggaataaaatgggaggatttggtggtttcttagctgattatcatacaaatagccctaagacgcagaaaaaag 300  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38314100 ctgtatgcaggggccacattttcacttgggaataaaatgggaggatttggtggtttcttagctgattatcatacaaatagccctaagacgcagaaaaaag 38314001  T
Q  301 aacacaaaaaagaattataccagccacaaacagcgaacaatacagatcagcgtgtagaacatgaggtatcagaaaatagaaaccagcaagagcgtagaac 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38314000 aacacaaaaaagaattataccagccacaaacaacgaacaatacagatcagcgtgtagaacatgaggtatcagaaaatagaaaccagcaagagcgtagaac 38313901  T
Q  401 tatttctgctacacaaaatgatgccaagtcacaagatgaatttcaaagtcctacatttcaatttaagacacctactttgagctctcctagcccaacacca 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38313900 tatttctgctacacaaaatgatgccaagtcacaagatgaatttcaaagtcctacatttcaatttaagacacctactttgagctctcctagcccaacacca 38313801  T
Q  501 aagacacacctaaaggcaaatgatgtcaatagtccagcatcaaccgaaagaccaagattttctatgaggaccatgcctaatttaagcacttttatggctt 600  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38313800 aagacacaccaaaaggcaaatgatgtcaatagtccagcatcaactgaaagaccaagattttctatgaggaccatgcctaatttaagcacttttatggctt 38313701  T
Q  601 cggagccagacttcacaacaagggaacaagacaagtctcatgtatccttattattctagtgtttcaagttgatacttttgcgtcttttgtctttgaacta 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38313700 cggagccagacttcacaacaagggaacaagacaagtctcatgtatccttattattctagtgtttcaagttgatacttttgcgtcttttgtctttcaacta 38313601  T
Q  701 aagatgttgtgtttttgtattttgctttacttaatatacttcagcatatgaaggaacaaaagtatt 766  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38313600 aagatgctgtgtttttgtattttgctttacttaatatacttcagcatatgaaggaacaaaagtatt 38313535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University