View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11538_low_1 (Length: 1477)

Name: NF11538_low_1
Description: NF11538
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11538_low_1
NF11538_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-1468)||(50684353-50685785)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 1254; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 1254; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 1468
Target Start/End: Complemental strand, 50685785 - 50684353
Alignment:
Q  20 tgtagggcatatgagagttgtacccaaacccacaccagacgtgagcatggttattgaagttgtattttagtctcatatggttaaggttccttggctgtgc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50685785 tgtagggcatatgagagttgtacccaaacccacaccagacgtgagcatggttattgaagttgtattttagtctcatatggttaaggttccttggctgtgc 50685686  T
Q  120 aatgtataaacgtctttgtgcaccctcattttatgaggtaactttcgagaagttcatatggtgtcttatgatttttatttaactannnnnnnngtgatgc 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||             |||||||    
T  50685685 aatgtataaacgtctttgtgcaccctcattttatgaggtaactttcgagaagttcatatggtgtcttatgattttttttt-------------gtgatgc 50685599  T
Q  220 gacattcacattagttgttgaaatgttcaagttatgttaatgagtctgacatttaatttgtctgtggattagcttcnnnnnnnccaatgctagtttgtat 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||    
T  50685598 gacattcacattagttgttgaaatgttcaagttatgttaatgagtctgacatttaatttgtctgtggattagcttctttttttccaatgctagtttgtat 50685499  T
Q  320 ggttacttcnnnnnnnnccttttcttcagcataactacaaatgagtagtttaatcctgttcagttttgtagaaagccgatgactattgtaatttatattt 419  Q
    |||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  50685498 ggttacttcttttttt-ccttttcttcagcataactacaaatgagtagtttaatcctgttcagttttgtagaaagctgatgactattgtaatttatattt 50685400  T
Q  420 tatatgcctttatgttcttttcattaggtatgcatctgcgccgcaggaacttagaatggattgggcgaaattcaccaaagactatttccttaaccggtca 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50685399 tatatgcctttatgttcttttcattaggtatgcatctgcgccgcaggaacttagaatggattgggcgaaattcaccaaagactatttccttaaccggtca 50685300  T
Q  520 acattggtttcggttttccttctaatagatgctagcattcctgctagaaagattgatcttgagtatgctgcttggttgggtgagaataaggtaatgcatc 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50685299 acattggtttcggttttccttctaatagatgctagcattcctgctagaaagattgatcttgagtatgctgcttggttgggtgagaataaggtaatgcatc 50685200  T
Q  620 aaattttcttcattagaaaaagcaacacgttgtgnnnnnnnnaataatcctgcacatactatctgatggttatgttgtgacctgtgtggaagaatcgatg 719  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50685199 aaatcttcttcattagaaaaagcaacacgttgtgttttttt-aataatcctgcacatattatctgatggttatgttgtgacctgtgtggaagaatcgatg 50685101  T
Q  720 agagctgagcaacacattcgagttaatgccattttatctttatatgccccgtaaacaatgtgacaatgtgtacatgagaaacatgaaccgagaatattac 819  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50685100 agagctgagcggcacattcgagttactgccattttatctttatatgccccgtaaacaatgtgacaatgtgtacatgagaaacatgaaccgagaatattac 50685001  T
Q  820 tttttaataatttttaatatagttatggaaactgaaatccctcacttgattttaagttgatgacatcttggatcggctcggctgggtttgctcatctaga 919  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  50685000 tttttaataatttttaatatagttatggaaactgaaatccctcacttgattttaagttgatgacatcttggatcggctcggctggttttgctcatctaga 50684901  T
Q  920 agccaacaacctatctatttagaagagaaacgaaatactgtcgtagcacatattaggagtagtctttatgatatatgaacggataagggtatgtttacaa 1019  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  50684900 agccaacaacctatctatttagaagagaaacgaaatactgtcgtagcacatattaggagtagtctttatg-tatatgaacggataagggtatgtttacaa 50684802  T
Q  1020 catatattactatattagtcatcacaatttaaatattatgaaccaaggtaagcgtgtaccttgaagaaaagttaattttgagattgtagagagcctctat 1119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50684801 catatattactatattagtcatcacaatttaaatattatgaaccaaggtaagcgtgtaccttgaagaaaagttaattttgagattgtagagagcctctat 50684702  T
Q  1120 ctaaatagaagccatgtcatcaaacctgtgtcactcatgttgtattgaaaagagtagtttgtccacactaggttggacactcaagctgcaatagcacttg 1219  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50684701 ctaaatagaagccatgtcatgaaacctgtgtcactcatgttgtattgaaaagagtagtttgtccacactaggttggacactcaagctgcaatagcacttg 50684602  T
Q  1220 atgtactctaaagttcagatcataaaggaggaaagtctctagctgtctggccctctactttaaataagaacgtggttcactttccatgcctaggcagtat 1319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50684601 atgtactctaaagttcagatcataaaggaggaaagcctgtagcggtctggccctctactttaaataagaacgtggttcactttccatgcctaggcagtat 50684502  T
Q  1320 atgtagcacatacacttttggttgaagtcgcgtttgggtgtccgacacatatcattgtcttgcactcgcacgcccttacttcaatgacttttatttttct 1419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  50684501 atgtagcacatacacttttggttgaagttgcgtttaggtgtccgacacatatcattgtctcgcactcgcacgccattacttcaatgacttttatttttct 50684402  T
Q  1420 caaattactgctagtgtctatgagtcaattgtttgtgtgtctctgcttc 1468  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50684401 caaattactgctagtgtctatgagtcaattgtttgtgtgtctctgcttc 50684353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University