View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1153_low_49 (Length: 286)

Name: NF1153_low_49
Description: NF1153
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1153_low_49
NF1153_low_49
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (25-206)||(24219709-24219890)
chr3 (79-195)||(16350448-16350564)
[»] chr6 (35 HSPs)
chr6 (43-196)||(24887005-24887158)
chr6 (49-198)||(29928641-29928790)
chr6 (45-198)||(29902620-29902773)
chr6 (58-198)||(24711515-24711655)
chr6 (43-170)||(28927492-28927619)
chr6 (43-206)||(24272421-24272584)
chr6 (43-206)||(24890720-24890883)
chr6 (43-170)||(29349108-29349235)
chr6 (55-198)||(29881809-29881952)
chr6 (55-198)||(29908965-29909108)
chr6 (49-198)||(24264234-24264383)
chr6 (43-196)||(29073125-29073278)
chr6 (43-196)||(29105698-29105851)
chr6 (49-177)||(29886665-29886793)
chr6 (49-177)||(29897450-29897578)
chr6 (43-182)||(24730217-24730356)
chr6 (43-170)||(29366931-29367058)
chr6 (43-177)||(29834577-29834711)
chr6 (43-177)||(29866011-29866145)
chr6 (43-196)||(29211562-29211715)
chr6 (46-177)||(29945997-29946128)
chr6 (50-196)||(29084387-29084533)
chr6 (43-196)||(29893915-29894068)
chr6 (55-203)||(25450282-25450430)
chr6 (49-177)||(29905021-29905149)
chr6 (87-176)||(31000442-31000531)
chr6 (50-170)||(29098712-29098832)
chr6 (50-170)||(29115630-29115750)
chr6 (79-206)||(21161099-21161226)
chr6 (87-203)||(24934073-24934189)
chr6 (87-203)||(24941606-24941722)
chr6 (77-173)||(29876221-29876317)
chr6 (79-206)||(24739669-24739796)
chr6 (112-178)||(24726258-24726324)
chr6 (117-203)||(30578245-30578331)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (30-206)||(10129486-10129662)
chr1 (77-198)||(4260799-4260920)
chr1 (77-198)||(4264421-4264542)
chr1 (78-196)||(17250710-17250828)
chr1 (117-161)||(19489686-19489730)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (46-198)||(15063358-15063510)
[»] scaffold0054 (1 HSPs)
scaffold0054 (43-177)||(54204-54338)
[»] scaffold0237 (1 HSPs)
scaffold0237 (49-177)||(21711-21839)
[»] scaffold1840 (1 HSPs)
scaffold1840 (102-194)||(830-922)
[»] scaffold0572 (1 HSPs)
scaffold0572 (102-194)||(2652-2744)
[»] scaffold0014 (2 HSPs)
scaffold0014 (78-195)||(136771-136888)
scaffold0014 (79-195)||(105223-105339)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (66-203)||(44263070-44263207)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 162; Significance: 2e-86; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 25 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 24219890 - 24219709
Alignment:
Q  25 caaaggctgccttagaaatgctgagacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataa 124  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24219890 caaaagctgccttagaaatgctgagacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataa 24219791  T
Q  125 acttgttaattatgcttttgatttatattatgaaatggttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacttataatacttta 206  Q
    |||||||||  ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24219790 acttgttaacgatgcttttgatttctattctgaaatggttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacttataatacttta 24219709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 79 - 195
Target Start/End: Original strand, 16350448 - 16350564
Alignment:
Q  79 atgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgatttatattatgaaatggttgctaagagaatttg 178  Q
    ||||||| ||||| | ||| || ||||||||| |||| ||||||||||| || | | |||| | || ||||||||  |||||| |||  |||||||||      
T  16350448 atgtggtaatgtatagcacaatcattgatggtttgtgtaaagataaactagtaactgatgcctatggtttatattcagaaatgattgtaaagagaattcc 16350547  T
Q  179 tcctactgttgtcactt 195  Q
    ||| |||||||||||||    
T  16350548 tcccactgttgtcactt 16350564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 35)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 43 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 24887158 - 24887005
Alignment:
Q  43 tgctgagacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttt 142  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||| || | ||||| | ||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  24887158 tgctgagacgagttgatggcaaattggttcaacctaatgtgataatgtacagcaccattattgatggtatgtgcaaaggtaaacttgttaatgatgcttt 24887059  T
Q  143 tgatttatattatgaaatggttgctaagagaatttgtcctactgttgtcactta 196  Q
    ||||||||||| ||||||||| || |||||||||| ||||  |||| |||||||    
T  24887058 tgatttatattctgaaatggtcgcgaagagaatttctcctgatgttatcactta 24887005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 49 - 198
Target Start/End: Original strand, 29928641 - 29928790
Alignment:
Q  49 gacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgattt 148  Q
    ||||| ||||||| ||||| ||||  | ||||||||| |||||||| || ||||| |||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  29928641 gacgatttgatggaaaatttgttcagcctgatgtggtaatgtacaataccattatcgatggtatgtgtaaagataaacatgttaatgatgcttttgattt 29928740  T
Q  149 atattatgaaatggttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacttata 198  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  29928741 atattctgaaatggttgcaaagagaatttctcctaatgttgtcacttata 29928790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 45 - 198
Target Start/End: Original strand, 29902620 - 29902773
Alignment:
Q  45 ctgagacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttg 144  Q
    ||||||||  ||||| ||||||||||||  | | ||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  29902620 ctgagacgtgttgatcggaaattggttcagcctaatgtggtaatgtataatacgattattgatggtatgtgcaaaggtaaatttgttaatgatgcttttg 29902719  T
Q  145 atttatattatgaaatggttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacttata 198  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| ||||| || ||||| ||||||||||||||    
T  29902720 atttatattttgaaatggtttctaggagaacttctcctaatgttgtcacttata 29902773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 58 - 198
Target Start/End: Original strand, 24711515 - 24711655
Alignment:
Q  58 atgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgatttatattatga 157  Q
    ||||||||||||||| || | ||||||| ||||||| ||| ||||||||| || | |||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||    
T  24711515 atgggaaattggttcaacctaatgtggtaatgtacaccacaattattgatagtttatgcaaatataaacttgttaatgatgcatttgatttatattctga 24711614  T
Q  158 aatggttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacttata 198  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||    
T  24711615 aatggctgctaagagaatttgccctgatgttgtcacttata 24711655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 43 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 28927619 - 28927492
Alignment:
Q  43 tgctgagacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttt 142  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||  | |||||||||| || |||| |||||||||||||||||| | |||||    
T  28927619 tgctgagacgagttgatgggaaattggttcaacctgatgtggtaatgtacactatgattattgatagtatgtgtaaagataaacttgttaatgaagcttt 28927520  T
Q  143 tgatttatattatgaaatggttgctaag 170  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||    
T  28927519 tgatttatattctgaaatggtttctaag 28927492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 43 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 24272584 - 24272421
Alignment:
Q  43 tgctgagacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttt 142  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||| ||| || | |  |||| ||||||||||| ||||||||| |  |||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  24272584 tgctgagacgagttgatggtaaattgcttcaacctaacttggtaatgtacaacaccattattgatagcatgtgcaaagataaacttgataatgatgcttt 24272485  T
Q  143 tgatttatattatgaaatggttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacttataatacttta 206  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  |||  ||||  |||||||||| |||||    
T  24272484 tgatttatattctgaaatggtttctaagagaattttccctgatgttaacacttataatgcttta 24272421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 43 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 24890883 - 24890720
Alignment:
Q  43 tgctgagacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttt 142  Q
    |||||| |||| ||||||||||||| ||||  | | ||| ||| |||||||||| ||||||||||  | ||||||||| ||| ||||||||| |||||||    
T  24890883 tgctgaaacgagttgatgggaaattagttcagcctaatgcggtaatgtacaacatgattattgataatatgtgcaaagctaagcttgttaatgatgcttt 24890784  T
Q  143 tgatttatattatgaaatggttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacttataatacttta 206  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||| ||| |||||    
T  24890783 tgatttatattctcaaatggttgctaagagaatttgccctgatgttttcacttacaatgcttta 24890720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 43 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 29349235 - 29349108
Alignment:
Q  43 tgctgagacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttt 142  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||| || | ||||||| ||||||||||| ||||||||| |  ||||||||| ||||||||||||| | |||||    
T  29349235 tgctgagacgagttgatggtaaattggttcaacctaatgtggtaatgtacaacaccattattgatagcatgtgcaaagttaaacttgttaatgaagcttt 29349136  T
Q  143 tgatttatattatgaaatggttgctaag 170  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||    
T  29349135 tgatttatattctgaaatggtttctaag 29349108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 55 - 198
Target Start/End: Original strand, 29881809 - 29881952
Alignment:
Q  55 ttgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgatttatatta 154  Q
    ||||||| ||||||||||  ||||||| ||| |||||||   ||||||||||| |  |||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||     
T  29881809 ttgatggaaaattggttcagcttgatgcggtaatgtacagttcgattattgatagcatgtgtaaagataaacatgttaatgatgcttttgatttatattc 29881908  T
Q  155 tgaaatggttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacttata 198  Q
    |||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  29881909 tgaaatggctgcaaagagaatttctcctaatgttgtcacttata 29881952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 55 - 198
Target Start/End: Original strand, 29908965 - 29909108
Alignment:
Q  55 ttgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgatttatatta 154  Q
    ||||||| ||||||||||  ||||||| ||| |||||||   ||||||||||| |  |||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||     
T  29908965 ttgatggaaaattggttcagcttgatgcggtaatgtacagttcgattattgatagcatgtgtaaagataaacatgttaatgatgcttttgatttatattc 29909064  T
Q  155 tgaaatggttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacttata 198  Q
    |||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  29909065 tgaaatggctgcaaagagaatttctcctaatgttgtcacttata 29909108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 49 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 24264383 - 24264234
Alignment:
Q  49 gacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgattt 148  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||| |||||||  |||||||||||| || |||| |||||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  24264383 gacgagttgatggaaaattggttcagcttgatgtggtaatgtacagtacgattattgatagtatgtgtaaagataaaaatgttaatgatgcttttgattt 24264284  T
Q  149 atattatgaaatggttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacttata 198  Q
    ||||| |||||||||| ||| |||||||| | | | | ||||||||||||    
T  24264283 atattctgaaatggtttctaggagaatttcttccaatattgtcacttata 24264234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 43 - 196
Target Start/End: Original strand, 29073125 - 29073278
Alignment:
Q  43 tgctgagacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttt 142  Q
    ||||||||||| | ||||| |||||||||| || | ||||||| ||||||||||| ||||||||| |  ||||||||| ||||||||||||| | |||||    
T  29073125 tgctgagacgagtcgatggtaaattggttcaacctaatgtggtaatgtacaacaccattattgatagcatgtgcaaagttaaacttgttaatgaagcttt 29073224  T
Q  143 tgatttatattatgaaatggttgctaagagaatttgtcctactgttgtcactta 196  Q
    ||||||||||| |||||||||| || || |||||| ||||  |||||| |||||    
T  29073225 tgatttatattctgaaatggtttctgagggaatttctcctgatgttgttactta 29073278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 43 - 196
Target Start/End: Original strand, 29105698 - 29105851
Alignment:
Q  43 tgctgagacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttt 142  Q
    ||||||||||| | ||||| |||||||||| || | ||||||| ||||||||||| ||||||||| |  ||||||||| ||||||||||||| | |||||    
T  29105698 tgctgagacgagtcgatggtaaattggttcaacctaatgtggtaatgtacaacaccattattgatagcatgtgcaaagttaaacttgttaatgaagcttt 29105797  T
Q  143 tgatttatattatgaaatggttgctaagagaatttgtcctactgttgtcactta 196  Q
    ||||||||||| |||||||||| || || |||||| ||||  |||||| |||||    
T  29105798 tgatttatattctgaaatggtttctgagggaatttctcctgatgttgttactta 29105851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 49 - 177
Target Start/End: Original strand, 29886665 - 29886793
Alignment:
Q  49 gacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgattt 148  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||  | ||||||||| |||||||| || ||||| |||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  29886665 gacgagttgatggaaaattggttcagcctgatgtggtaatgtacaataccattatcgatggtatgtgtaaagataaacatgttaatgatgcttttgattt 29886764  T
Q  149 atattatgaaatggttgctaagagaattt 177  Q
    ||||| |||||||| | ||||||||||||    
T  29886765 atattctgaaatggcttctaagagaattt 29886793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 49 - 177
Target Start/End: Original strand, 29897450 - 29897578
Alignment:
Q  49 gacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgattt 148  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||  ||| ||| ||| |||||||| ||  ||||||||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  29897450 gacgagttgatggtaaattggttcagcttaatgcggtaatgtacaataccgttattgatggtatgtgtaaagataaacatgttaatgatgcttttgattt 29897549  T
Q  149 atattatgaaatggttgctaagagaattt 177  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  29897550 atattctgaaatggttgcaaagagaattt 29897578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 43 - 182
Target Start/End: Original strand, 24730217 - 24730356
Alignment:
Q  43 tgctgagacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttt 142  Q
    |||||| |||| ||||||||||||| ||||  | | ||| ||| |||||||||| ||||||||||  | ||||||||| ||| ||||||||| |||||||    
T  24730217 tgctgaaacgagttgatgggaaattagttcagcctaatgcggtaatgtacaacatgattattgataatatgtgcaaagctaagcttgttaatgatgcttt 24730316  T
Q  143 tgatttatattatgaaatggttgctaagagaatttgtcct 182  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||    
T  24730317 tgatttatattctcaaatggttgctaagagaatttctcct 24730356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 43 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 29367058 - 29366931
Alignment:
Q  43 tgctgagacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttt 142  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||| || | ||||||| ||||||||||| ||||||||| |  ||||||||| ||| ||||||||| | |||||    
T  29367058 tgctgagacgagttgatggtaaattggttcaacctaatgtggtaatgtacaacaccattattgatagcatgtgcaaagttaagcttgttaatgaagcttt 29366959  T
Q  143 tgatttatattatgaaatggttgctaag 170  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||    
T  29366958 tgatttatattctgaaatggtttctaag 29366931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 43 - 177
Target Start/End: Original strand, 29834577 - 29834711
Alignment:
Q  43 tgctgagacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttt 142  Q
    ||||||||||  | ||||||||||||||||  | |  |||||| |||||||| || ||||| |||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||    
T  29834577 tgctgagacgtgtagatgggaaattggttcagcctagtgtggtaatgtacaataccattatcgatggtatgtgtaaagataaacatgttaatgatgcttt 29834676  T
Q  143 tgatttatattatgaaatggttgctaagagaattt 177  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  29834677 tgatttatattctgaaatggtttctaagagaattt 29834711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 43 - 177
Target Start/End: Original strand, 29866011 - 29866145
Alignment:
Q  43 tgctgagacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttt 142  Q
    ||||||||||  | ||||||||||||||||  | |  |||||| |||||||| || ||||| |||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||    
T  29866011 tgctgagacgtgtagatgggaaattggttcagcctagtgtggtaatgtacaataccattatcgatggtatgtgtaaagataaacatgttaatgatgcttt 29866110  T
Q  143 tgatttatattatgaaatggttgctaagagaattt 177  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  29866111 tgatttatattctgaaatggtttctaagagaattt 29866145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 43 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 29211715 - 29211562
Alignment:
Q  43 tgctgagacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttt 142  Q
    |||| |||||| ||||||| ||||||||||  | | ||||||| |||||||  || ||||| |||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||    
T  29211715 tgctcagacgagttgatggtaaattggttcagcctaatgtggtaatgtacagtaccattatcgatggtatgtgtaaagataaacatgttaatgatgcttt 29211616  T
Q  143 tgatttatattatgaaatggttgctaagagaatttgtcctactgttgtcactta 196  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| ||| | |||||| |||||    
T  29211615 tgatttatattctgaaatggtttctaagggaatttctcccaatgttgttactta 29211562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 46 - 177
Target Start/End: Original strand, 29945997 - 29946128
Alignment:
Q  46 tgagacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttga 145  Q
    |||||||  ||||| | |||||||||| || ||||||||| ||||| |    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||    
T  29945997 tgagacgtgttgatagaaaattggttcaacctgatgtggtaatgtatagtgtgattattgatggtatgtgcaaagataaacttgttaatgatgttgttga 29946096  T
Q  146 tttatattatgaaatggttgctaagagaattt 177  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  29946097 tttatattctgaaatggttactaagagaattt 29946128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 50 - 196
Target Start/End: Original strand, 29084387 - 29084533
Alignment:
Q  50 acgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgattta 149  Q
    |||| ||||||| ||||||||||  ||| ||| ||| |||||||| ||  ||||| ||||| |||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  29084387 acgagttgatggtaaattggttcagcttaatgcggtaatgtacaataccgttatttatggtatgtgtaaagataaacatgttaatgatgcttttgattta 29084486  T
Q  150 tattatgaaatggttgctaagagaatttgtcctactgttgtcactta 196  Q
    |||| |||||||||| ||||| |||||| ||| | |||||| |||||    
T  29084487 tattctgaaatggtttctaagggaatttctcccaatgttgttactta 29084533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 43 - 196
Target Start/End: Original strand, 29893915 - 29894068
Alignment:
Q  43 tgctgagacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttt 142  Q
    |||| |||||| ||||||| || |||||||  | | ||||||| |||||||  || ||||| |||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||    
T  29893915 tgctcagacgagttgatggtaatttggttcagcctaatgtggtaatgtacagtaccattatcgatggtatgtgtaaagataaacatgttaatgatgcttt 29894014  T
Q  143 tgatttatattatgaaatggttgctaagagaatttgtcctactgttgtcactta 196  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| ||| | |||||| |||||    
T  29894015 tgatttatattctgaaatggtttctaagggaatttctcccaatgttgttactta 29894068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 55 - 203
Target Start/End: Original strand, 25450282 - 25450430
Alignment:
Q  55 ttgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgatttatatta 154  Q
    ||||||| ||||||||||  | | |||| || |||||||||  | |||||||| |  |||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  25450282 ttgatggtaaattggttcagcctcatgtagtaatgtacaacgtgcttattgatagaatgtgtaaagataaacttgttaacgttgcttttgatttatatta 25450381  T
Q  155 tgaaatggttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacttataatact 203  Q
    ||||||| |||||||||| |||| ||||| |||| ||||||| ||||||    
T  25450382 tgaaatgcttgctaagaggatttctcctaatgttatcacttacaatact 25450430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 49 - 177
Target Start/End: Original strand, 29905021 - 29905149
Alignment:
Q  49 gacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgattt 148  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||| || ||||||||| | |||||   ||||||||||| || |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  29905021 gacgagttgatggaaaactggttcaacctgatgtggtaaagtacattgcgattattgatagtatgtgtaaagataaacatgttaatcatgcttttgattt 29905120  T
Q  149 atattatgaaatggttgctaagagaattt 177  Q
    ||||| | |||||||| ||||||||||||    
T  29905121 atattctaaaatggtttctaagagaattt 29905149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 87 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 31000531 - 31000442
Alignment:
Q  87 atgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgatttatattatgaaatggttgctaagagaatt 176  Q
    ||||||| ||| ||||||||| || | |||||| |||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31000531 atgtacaccacaattattgatagtttatgcaaatataaacttgtcaacgatgcttttgatttatattctgaaatggttgctaagagaatt 31000442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 50 - 170
Target Start/End: Original strand, 29098712 - 29098832
Alignment:
Q  50 acgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgattta 149  Q
    |||| ||||||| || |||||||  | | ||||||| ||||||||||| ||||||||| |  ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||    
T  29098712 acgagttgatggtaatttggttcagcctaatgtggtaatgtacaacaccattattgatagcatgtgcaaagttaaacttgttaatgaagcttttgattta 29098811  T
Q  150 tattatgaaatggttgctaag 170  Q
    | || |||||||||| |||||    
T  29098812 ttttctgaaatggtttctaag 29098832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 50 - 170
Target Start/End: Original strand, 29115630 - 29115750
Alignment:
Q  50 acgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgattta 149  Q
    |||| ||||||| || |||||||  | | ||||||| ||||||||||| ||||||||| |  ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||    
T  29115630 acgagttgatggtaatttggttcagcctaatgtggtaatgtacaacaccattattgatagcatgtgcaaagttaaacttgttaatgaagcttttgattta 29115729  T
Q  150 tattatgaaatggttgctaag 170  Q
    | || ||||||| || |||||    
T  29115730 ttttctgaaatgatttctaag 29115750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 79 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 21161226 - 21161099
Alignment:
Q  79 atgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgatttatattatgaaatggttgctaagagaatttg 178  Q
    ||||||| |||||||  || |||||| || || | ||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||| |     
T  21161226 atgtggtcatgtacagtacaattatttatagtttatgcaaggataaacttgtaattgatgcttttgatttatattctgaaatggttgccatgagaatatt 21161127  T
Q  179 tcctactgttgtcacttataatacttta 206  Q
    ||||| ||| || || ||||||||||||    
T  21161126 tcctaatgtggttacctataatacttta 21161099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 87 - 203
Target Start/End: Original strand, 24934073 - 24934189
Alignment:
Q  87 atgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgatttatattatgaaatggttgctaagagaatttgtcctactg 186  Q
    |||||||| || ||||||||| || ||||||| ||||||||||| | | |||| | |||||||| || ||||||| ||| ||||||||||| |||   ||    
T  24934073 atgtacaatacaattattgatagtttgtgcaaggataaacttgtaattcatgcctctgatttatgttctgaaatgattgttaagagaatttttccagatg 24934172  T
Q  187 ttgtcacttataatact 203  Q
    |||||||||||| ||||    
T  24934173 ttgtcacttatactact 24934189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 87 - 203
Target Start/End: Original strand, 24941606 - 24941722
Alignment:
Q  87 atgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgatttatattatgaaatggttgctaagagaatttgtcctactg 186  Q
    |||||||| || ||||||||| || ||||||| ||||||||||| | | |||| | |||||||| || ||||||| ||| ||||||||||| |||   ||    
T  24941606 atgtacaatacaattattgatagtttgtgcaaggataaacttgtaattcatgcctctgatttatgttctgaaatgattgttaagagaatttttccagatg 24941705  T
Q  187 ttgtcacttataatact 203  Q
    |||||||||||| ||||    
T  24941706 ttgtcacttatactact 24941722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 77 - 173
Target Start/End: Original strand, 29876221 - 29876317
Alignment:
Q  77 tgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgatttatattatgaaatggttgctaagaga 173  Q
    ||||||||| ||||| | | |||||||| ||||| |||| |||||||| |||||| || |||| |||||||| |||  |||||||||||||||||||    
T  29876221 tgatgtggtaatgtataccgcgattattaatggtttgtgtaaagataagcttgttgatgatgcgtttgatttgtatactgaaatggttgctaagaga 29876317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 79 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 24739796 - 24739669
Alignment:
Q  79 atgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgatttatattatgaaatggttgctaagagaatttg 178  Q
    ||||||| |||||||  || |||||| || || | ||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||||| | ||||| ||   ||||||||||     
T  24739796 atgtggtcatgtacagtacaattatttatagtttatgcaaggataaacttgtaattgatgcttttgatttatattctcaaatgcttctcaagagaatttc 24739697  T
Q  179 tcctactgttgtcacttataatacttta 206  Q
    ||||  |||  ||||||| |||||||||    
T  24739696 tcctgatgtcatcacttacaatacttta 24739669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 112 - 178
Target Start/End: Original strand, 24726258 - 24726324
Alignment:
Q  112 tgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgatttatattatgaaatggttgctaagagaatttg 178  Q
    ||||||||||||||||| | | | |  | ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  24726258 tgtgcaaagataaacttctaattgaaacatttgatttatattatgaaatggttgataagagcatttg 24726324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 117 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 30578331 - 30578245
Alignment:
Q  117 aaagataaacttgttaattatgcttttgatttatattatgaaatggttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacttataatact 203  Q
    ||||||||||||||   | |||| | ||||||||||| ||| |||||||  |||||||||| ||||  ||||||||| |||||||||    
T  30578331 aaagataaacttgtagttgatgcgtatgatttatattgtgagatggttgtcaagagaatttttcctgatgttgtcacgtataatact 30578245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 77; Significance: 9e-36; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 30 - 206
Target Start/End: Original strand, 10129486 - 10129662
Alignment:
Q  30 gctgccttagaaatgctgagacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttg 129  Q
    |||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||  | | ||||||| ||||| | || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10129486 gctgccctggaattgctgagacgagttgatgggaaaattgttcagcctaatgtggtaatgtataccatgatcattgatggtatgtgcaaagataaacttg 10129585  T
Q  130 ttaattatgcttttgatttatattatgaaatggttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacttataatacttta 206  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| ||||||| | ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||    
T  10129586 ttaatgatgcttttaatttatattctgaaatgatcgctaagagaatttttcctgatgttgtcacttataataattta 10129662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 77 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 4260920 - 4260799
Alignment:
Q  77 tgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgatttatattatgaaatggttgctaagagaatt 176  Q
    ||||||||| |||||||  ||| |||||||   | |||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||    
T  4260920 tgatgtggtaatgtacactacggttattgacaatatgtgcaaagatacatttgttaatgatgcttttgatttatattatgaaatggttgctagcggaatt 4260821  T
Q  177 tgtcctactgttgtcacttata 198  Q
    | ||||| ||||||||||||||    
T  4260820 tctcctaatgttgtcacttata 4260799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 77 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 4264542 - 4264421
Alignment:
Q  77 tgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgatttatattatgaaatggttgctaagagaatt 176  Q
    ||||||||| |||||||  ||| |||||||   | |||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||    
T  4264542 tgatgtggtaatgtacactacggttattgacaatatgtgcaaagatacatttgttaatgatgcttttgatttatattatgaaatggttgctagcggaatt 4264443  T
Q  177 tgtcctactgttgtcacttata 198  Q
    | ||||| ||||||||||||||    
T  4264442 tctcctaatgttgtcacttata 4264421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 78 - 196
Target Start/End: Original strand, 17250710 - 17250828
Alignment:
Q  78 gatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgatttatattatgaaatggttgctaagagaattt 177  Q
    ||||| || ||||| || || |||||||||||| | || |||||||||||||| |   |||| ||||||||||||| ||||||| |||  |||||  |||    
T  17250710 gatgttgtaatgtataatactattattgatggtttatgtaaagataaacttgtgagggatgcgtttgatttatattgtgaaatgtttgagaagagggttt 17250809  T
Q  178 gtcctactgttgtcactta 196  Q
     ||||| |||||| |||||    
T  17250810 ttcctaatgttgttactta 17250828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 117 - 161
Target Start/End: Original strand, 19489686 - 19489730
Alignment:
Q  117 aaagataaacttgttaattatgcttttgatttatattatgaaatg 161  Q
    |||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  19489686 aaagataaacatgtaaatgatgcttttgatttatattctgaaatg 19489730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 46 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 15063510 - 15063358
Alignment:
Q  46 tgagacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttga 145  Q
    |||||||  ||||||| ||||||||||| | | ||||||| ||||| | ||||||||||||| || |||| || ||||||||||||||  ||||||||||    
T  15063510 tgagacgggttgatggaaaattggttcggcctaatgtggtaatgtatagcacgattattgatagtatgtgtaaggataaacttgttaacgatgcttttga 15063411  T
Q  146 tttatattatgaaatggttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacttata 198  Q
    |||||||| |||||||||| |||| ||||||| ||||  ||| ||||||||||    
T  15063410 tttatattgtgaaatggtttctaaaagaatttctcctgatgtagtcacttata 15063358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0054 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0054
Description:

Target: scaffold0054; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 43 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 54338 - 54204
Alignment:
Q  43 tgctgagacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttt 142  Q
    ||||||||||  ||||||| ||||||||||  ||| ||| ||| |||||||| ||  ||||||||||| |||  |||||||||| ||||||| |||||||    
T  54338 tgctgagacgtgttgatggaaaattggttcagcttaatgcggtaatgtacaataccgttattgatggtatgtataaagataaacatgttaatgatgcttt 54239  T
Q  143 tgatttatattatgaaatggttgctaagagaattt 177  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  54238 tgatttatattctgaaatggttgcaaagagaattt 54204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0237 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0237
Description:

Target: scaffold0237; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 49 - 177
Target Start/End: Original strand, 21711 - 21839
Alignment:
Q  49 gacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgattt 148  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||  | ||||||||| |||||||| || ||||| |||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  21711 gacgaaatgatggaaaattagttcagcctgatgtggtaatgtacaataccattatcgatggtatgtgtaaagataaacatgttaatgatgcttttgattt 21810  T
Q  149 atattatgaaatggttgctaagagaattt 177  Q
    ||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  21811 atattctgaaaaggtttctaagagaattt 21839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1840 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold1840
Description:

Target: scaffold1840; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 102 - 194
Target Start/End: Original strand, 830 - 922
Alignment:
Q  102 attgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgatttatattatgaaatggttgctaagagaatttgtcctactgttgtcact 194  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| | ||| ||||||| ||||||| || | |||||||||| ||||||||||||||||    
T  830 attgatggtttgtgcaaagataaacttgtaaatgatgcatatgagttatattctgaaatgattacaaagagaatttctcctactgttgtcact 922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0572 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0572
Description:

Target: scaffold0572; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 102 - 194
Target Start/End: Original strand, 2652 - 2744
Alignment:
Q  102 attgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgatttatattatgaaatggttgctaagagaatttgtcctactgttgtcact 194  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| | ||| ||||||| ||||||| || | |||||||||| ||||||||||||||||    
T  2652 attgatggtttgtgcaaagataaacttgtaaatgatgcatatgagttatattctgaaatgattacaaagagaatttctcctactgttgtcact 2744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 2)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 78 - 195
Target Start/End: Original strand, 136771 - 136888
Alignment:
Q  78 gatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgatttatattatgaaatggttgctaagagaattt 177  Q
    |||||||| ||||| | ||  ||||||||| || |||| |||||||||||||| | | |||||| ||| ||||||| ||||||| |||| |||| |||||    
T  136771 gatgtggtaatgtatagcataattattgatagtttgtgtaaagataaacttgtaattgatgcttatgagttatattctgaaatgattgcaaagacaattt 136870  T
Q  178 gtcctactgttgtcactt 195  Q
     ||||  |||||||||||    
T  136871 ctcctgatgttgtcactt 136888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 79 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 105339 - 105223
Alignment:
Q  79 atgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgatttatattatgaaatggttgctaagagaatttg 178  Q
    ||||||| ||||| |||||  | |||||| || ||||||||||||||||||| | | |||| | ||| ||||| | ||||||| || | |||| |||||     
T  105339 atgtggtaatgtataacacagtcattgatagtttgtgcaaagataaacttgtaagtgatgcatatgagttatactctgaaatgattacaaagaaaatttc 105240  T
Q  179 tcctactgttgtcactt 195  Q
    |||||||||||||||||    
T  105239 tcctactgttgtcactt 105223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 66 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 44263207 - 44263070
Alignment:
Q  66 ttggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaattatgcttttgatttatattatgaaatggttg 165  Q
    |||||||| | | ||||||| |||||||| || |||||| || || |||||||| |||||||| | | | |||| | || ||||| || ||||||| |||    
T  44263207 ttggttcggcctaatgtggtcatgtacaatacaattattcatagtttgtgcaaaaataaacttataattgatgcctctgctttatgttctgaaatgattg 44263108  T
Q  166 ctaagagaatttgtcctactgttgtcacttataatact 203  Q
      |||||||||| |||   |||||||||||||| ||||    
T  44263107 tcaagagaatttttccggatgttgtcacttatactact 44263070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University