View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11541_high_4 (Length: 765)

Name: NF11541_high_4
Description: NF11541
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11541_high_4
NF11541_high_4
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-757)||(27755600-27756356)
chr1 (368-739)||(27766639-27767010)
chr1 (37-218)||(27766296-27766477)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 693; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 693; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 757
Target Start/End: Original strand, 27755600 - 27756356
Alignment:
Q  1 cgccctctcccgatctctgctccaccttggtattcgacgaggcgacgtggttttgctattagcacctaactcaatacgcttccctgtttgctttcttgct 100  Q
    |||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27755600 cgccctctcccactctttgctccaccttggtattcgacgaggcgacgtggttttgctattagcacctaactcaatacgcttccctgtttgcttccttgct 27755699  T
Q  101 atagtcgccataggtgctattgccaccacctctagtcctttatacaccctctccgaactctctaggcaaatccatgactccaaacctaagcttgttataa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27755700 atagtcgccataggtgctattgccaccacctctagtcctttatacaccctctccgaactctctaggcaaatccatgactccaaacctaagcttgttataa 27755799  T
Q  201 ccgtatctgaactcttcaagaaaatcgaagcattgaccttaggtttaccattaatattcctcgacgacccttccaagaagtttggtgctagggtttcaag 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27755800 ccgtatctgaactcttcaagaaaatcgaagcattgaccttaggtttaccattaatattactcgacgacccttccaagaagtttggtgctagggtttcaag 27755899  T
Q  301 ctatgaggatctgatcagggagtcatacaatagctccgatgatattccggtgaacagagatgtgtctcaatccgacgtggcggcgattctttactcttca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27755900 ctatgaggatctgatcagggagtcatacaatagctccgatgatattccggtgaacagagatgtgtctcaatccgacgtggcggcgattctttactcttca 27755999  T
Q  401 ggcacaacggggagaagcaagggagtgatgctgactcaccagaacttaatagctacagcggtggcgggagcggtggatcaggaccagaacggcgagggga 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27756000 ggcacaacggggagaagcaagggagtgatgctgactcaccagaacttaatagctacagcggtggcgggagcggtggatcaggaccagaacggcgagggga 27756099  T
Q  501 agaacgtgtttgtgtgttttgtgccaatgcaccacgtgatggggttagtggggataacgtacacgcagctgcggagagggaacacggtggtgtcgtttgg 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27756100 agaacgtgtttgtgtgttttgtgccaatgcaccacgtgatggggttagtggggataacgtacacgcagctgcggagagggaacacggtggtgtcgtttgg 27756199  T
Q  601 tggtagatttgatttggagaagatttttgcggcggtggagaagtttaaggcgacgcatttgtatgttgcaccgccggtcatggtggagctgatcaagcgg 700  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27756200 tggtagatttgatttggagaagacttttgcggcggtggagaagtttaaggtgacgcatttgtatgttgctccgccggtgatggtggagctgatcaagcgg 27756299  T
Q  701 cgtgaatttgtgagtggttacgagttgtcgtcgctgaagtatctcgtctgtgctgct 757  Q
    |||||  |||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  27756300 cgtgaggttgttatcggttacgagttgtcgtcgctgaagtatctcgtcggtggtgct 27756356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 368 - 739
Target Start/End: Original strand, 27766639 - 27767010
Alignment:
Q  368 caatccgacgtggcggcgattctttactcttcaggcacaacggggagaagcaagggagtgatgctgactcaccagaacttaatagctacagcggtggcgg 467  Q
    |||||||||||||||| |||||| || || |||||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||| | |||||| ||||| || ||| | || |    
T  27766639 caatccgacgtggcggtgattctgtattcctcaggcaccacggggaaaagtaagggagtgatgttgactcatcggaacttcatagcgacggcgatagcag 27766738  T
Q  468 gagcggtggatcaggaccagaacggcgaggggaagaacgtgtttgtgtgttttgtgccaatgcaccacgtgatggggttagtggggataacgtacacgca 567  Q
    | | || |||||||||     |||||||||||||||| |||||  | ||||| ||||| ||||| || |||||||| || | || ||||   ||||||||    
T  27766739 gtgtggcggatcaggatttttacggcgaggggaagaatgtgttcctttgtttggtgccgatgcatcatgtgatgggattggcggtgatattatacacgca 27766838  T
Q  568 gctgcggagagggaacacggtggtgtcgtttggtggtagatttgatttggagaagatttttgcggcggtggagaagtttaaggcgacgcatttgtatgtt 667  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||  | |  |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  27766839 gctgaggagagggaacacggtggtgtccatggcgggtagatttgatttggagaagactttggcggcggtggagaagtttagggtgacgcatttgtttgtt 27766938  T
Q  668 gcaccgccggtcatggtggagctgatcaagcggcgtgaatttgtgagtggttacgagttgtcgtcgctgaag 739  Q
    || |||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  27766939 gctccgccggtgatggtggagctggtcaagcggcgtgaggttgtgagtggttatgatttgtcgtcgctgaag 27767010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 37 - 218
Target Start/End: Original strand, 27766296 - 27766477
Alignment:
Q  37 acgaggcgacgtggttttgctattagcacctaactcaatacgcttccctgtttgctttcttgctatagtcgccataggtgctattgccaccacctctagt 136  Q
    ||||||||| || ||| ||||||  ||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||| | | |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27766296 acgaggcgatgtcgttatgctatacgcaccaaactccatacgtttccccgtctgcttcctcgctgtcgccgccataggtgctattgccaccacctgtagt 27766395  T
Q  137 cctttatacaccctctccgaactctctaggcaaatccatgactccaaacctaagcttgttataaccgtatctgaactcttca 218  Q
    |||||||||||| |||| |||||| | | |||| |  | || |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||    
T  27766396 cctttatacaccgtctctgaactcacgaagcaacttgaagattccaaacctaagcttgttgtaacggtatcagaactcttca 27766477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University